β−カテニンスプライス変異体を用いた癌の診断および処置の方法
本発明は、癌、特にβ‐カテニン関連癌の処置および診断のための方法および組成物に関する。概して、かかる方法は、RNAi構築を施すことを含む。本発明は、さらに、CTNNB1関連癌の治療剤を同定する方法に関連する。
Notice: Undefined index: DEJ in /mnt/www/gzt_disp.php on line 298
【特許請求の範囲】
【請求項1】
(a)サンプルからの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)前記比率、レベル、または細胞局在を、標準の比率、レベル、または細胞局在と比較すること;および
(c)サンプルからの細胞における変調した比率、レベル、または細胞局在を、癌がCTNNB1関連癌であろうという徴候と相関させること、
を含む、サンプル中のβ‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌の存在または不存在を検出する方法。
【請求項2】
サンプルが、正常から新生物への進行のどこかにある、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
サンプルが、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、胸部、腎臓および首の食道扁平上皮癌(ESCC)、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
比率、レベル、または細胞局在を、ウエスタンブロットにより決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
ウエスタンブロット上のタンパク質のレベルを、癌細胞の総タンパク質レベルに対して、または標準の内部タンパク質に対して、標準化する、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
標準の内部タンパク質が、アクチンまたはGAPDHである、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項12】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項13】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項1に記載の方法。
【請求項16】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項1に記載の方法。
【請求項17】
対象からの細胞サンプルを得ることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項18】
比率、レベル、細胞局在、活性、または関連を、対象または健康管理の専門家に報告することを、さらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項19】
(a)対象からの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(c)対象からの細胞における、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、変調した比率、レベル、または細胞局在を、癌がCTNNB1関連癌であろうという徴候と相関させること、
を含む、対象が、対象におけるβ‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌を有するかどうか診断するまたは予測する方法。
【請求項20】
癌性であるとの疑いのある対象からの細胞が、正常から新生物への進行のどこかにある、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
対象からの細胞が、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項19に記載の方法。
【請求項22】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、胸部、腎臓または首の食道扁平上皮癌(ESCC)、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項19に記載の方法。
【請求項23】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項24】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項26】
比率、レベル、または細胞局在を、ウエスタンブロットにより決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項27】
ウエスタンブロット上のタンパク質のレベルを、癌細胞の総タンパク質レベルに対して、または標準の内部タンパク質に対して、標準化する、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
標準の内部タンパク質がアクチンまたはGAPDHである、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項30】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項31】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項32】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項33】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項19に記載の方法。
【請求項34】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項19に記載の方法。
【請求項35】
対象からの細胞サンプルを得ることをさらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項36】
その比率、レベル、細胞局在、活性、または関連を、対象または健康管理の専門家に報告することを、さらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項37】
(a)対象からの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)癌細胞または代用細胞における、16B転写物に対する、16A転写物の比率;
(ii)癌細胞または代用細胞における、WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率:
(iii)癌細胞または代用細胞における、16A転写物のレベル;
(iv)癌細胞または代用細胞における、16B転写物のレベル;
(v)癌細胞または代用細胞における、cMYC転写物のレベル;
(vi)癌細胞または代用細胞における、WAF1転写物のレベル;
(vii)癌細胞または代用細胞における、WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率;
(viii)癌細胞または代用細胞における、16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率;
(ix)癌細胞または代用細胞における、cMYCタンパク質のレベル;
(x)癌細胞または代用細胞における、WAF1タンパク質のレベル;
(xi)癌細胞または代用細胞における、全体の転写活性のレベル;または
(xii)癌細胞または代用細胞における、CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(c)癌細胞または代用細胞における、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、変調した比率、レベル、または細胞局在を、対象が、処置または臨床的介入に対する好都合な臨床反応を呈するであろうという徴候と相関させること、
を含む、癌、または新生物発生前の疾患を有する、または癌または新生物発生前の疾患に対する上昇したリスクにある対象が、処置または臨床的介入に対する好都合な臨床反応を呈するであろうかどうかを評価する方法。
【請求項38】
処置が、外科手術、局所治療、セレン強化、化学放射線療法、フルオロウラシル(5-FU)、シスプラチン、ビンブラスチン、パクリタキセル、デプシペプチド類、フラボピリドール、メルファラン、およびデシタビンならびに免疫調節剤などである、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
癌細胞または代用細胞が、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項37に記載の方法。
【請求項40】
癌または新生物発生前の疾患が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項37に記載の方法。
【請求項41】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項37に記載の方法。
【請求項42】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項37に記載の方法。
【請求項44】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象が癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項45】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項46】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項47】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有する可能性があるか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにあることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項48】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項37に記載の方法。
【請求項49】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項37に記載の方法。
【請求項50】
(a)腫瘍細胞サンプルを獲得すること;
(b)前記腫瘍細胞サンプルにおける以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に他kする、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(c)潜在性CTNNB1関連癌処置での処置後に、標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、腫瘍細胞サンプルにおける(b)(i)〜(b)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(d)処置後のサンプルにおいて(b)(i)〜(b)(xii)の段階の1つまたは2つ以上において測定する比率、レベル、または活性における変調を、前記腫瘍がCTNNB1関連癌処置での処置に対して好都合な臨床的反応を有しそうであるという徴候と相関させること、
を含むCTNNB1関連対象治療に反応する可能性がある腫瘍を同定する方法。
【請求項51】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項50に記載の方法。
【請求項55】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における低下が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項56】
WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率における上昇が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項57】
16A転写物のレベルにおけるまたはWAF1転写物レベルにおける低下が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項58】
16B転写物、cMYC転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項59】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項50に記載の方法。
【請求項60】
参照細胞が、以下の細胞:
腫瘍からの細胞、培養細胞、腫瘍からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の腫瘍からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項50に記載の方法。
【請求項61】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと;および
(c)CTNNB1関連処置での処置開始時点後の腫瘍または標的組織において、段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上で定める比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置後のレベルを決定することであって、CTNNB1関連癌処置での処置後の癌細胞または標的組織での(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で定める比率、レベル、細胞局在または活性における変調が、損傷/患者がCTNNB1関連癌処置での処置に好都合な臨床反応を有しそうであることを示すこと、を含む、CTNNB1と直接的にまたは間接的に標的とする分子または組成物での処置のための、癌、前新生物形成、または上昇したリスクを有する対象を選択する方法。
【請求項62】
処置の開始時期が、CTNNB1関連癌処置の定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
癌が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項61に記載の方法。
【請求項64】
比率、レベル、または細胞局在を、PCRにより決定する、請求項61に記載の方法。
【請求項65】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項61に記載の方法。
【請求項67】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における低下が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項68】
WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率における上昇が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項69】
16A転写物のレベルにおけるまたはWAF1転写物の低下が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項70】
16B転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇またはcMYC転写物における低下が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項71】
標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、処置前または処置後の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上を比較することをさらに含む、請求項61に記載の方法。
【請求項72】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
参照細胞が以下:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上である、請求項72の記載の方法。
【請求項74】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(vi)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;および
(b)段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上で測定する比率、レベル、細胞局在の1つまたは2つ以上が、CTNNB1関連癌処置での処置が効能のあるものであろうことを示す場合、対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと、
を含む、対象を処置する方法。
【請求項75】
対象が癌を有するかまたはハイリスクな損傷(例えば、高度異形成)を有すると同定する、請求項74に記載の方法。
【請求項76】
処置の開始時期が、CTNNB1関連癌処置の定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項74に記載の方法。
【請求項77】
付加的なCTNNB1治療剤または処置様式(例えば、食道切除術、粘膜切除術、放射線治療)を施すことをさらに含む、請求項74に記載の方法。
【請求項78】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗癌剤または化学発癌抑制剤である、請求項77に記載の方法。
【請求項79】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗炎症性物質である、請求項77に記載の方法。
【請求項80】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYC、WAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在:
(b)対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと;および
(c)CTNNB1関連癌処置での処置の開始時期後の腫瘍における、比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定することであって、CTNNB1関連願書地を施した後の癌細胞における(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上の段階で測定される比率、レベル、細胞局在または活性の変調が癌処置が効能のあるものであることを示すこと、
を含む、CTNNB1対象治療で処置する対象の進行をモニタリングする方法。
【請求項81】
さらに、対象に第2のCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連願書地を施すこと;および
CTNNB1関連癌処置での処置の第2ピリオド後の腫瘍における、請求項80の(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定すること、
を含む、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
少なくとも2つの試薬を含む、対象におけるCTNNB1対象治療に対する反応を決定するためのキットであって、癌細胞における以下:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在、
の1つまたは2つ以上を決定する前記キット。
【請求項83】
試薬をプライマー、ポリメラーゼ、抗体、緩衝液、または標識の1つまたは2つ以上から選択する、請求項82に記載のキット。
【請求項84】
比率、レベル、または細胞局在をPCR法により決定する、請求項82に記載のキット。
【請求項85】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項84に記載のキット。
【請求項86】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学的方法により決定する、請求項82に記載のキット。
【請求項87】
(a)以下の1つまたは2つ以上を決定するため:
(i)16B転写物に対する16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A,16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在、および、
(b)前記比率、レベル、または活性と、標準の比率、レベル、または活性とを比較することであって;癌細胞における(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上において測定される変調した割合、レベル、または活性が、標準の比率、レベル、または細胞局在に相対すると所見される場合、CTNNB1の投与は癌処置化合物を対象に相関させるための、
内部に説明書を有する、CTNNB1関連癌処置化合物または組成物および標識またはパッケージを含む容器を含む組成物。
【請求項88】
(a)試験組成物で癌細胞を処置すること;
(b)癌細胞において以下の1つまたは2つ以上を決定すること;
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCおよびWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(c)標準の比率、レベル、または細胞局在に対して、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(d)癌細胞において段階(b)(i)〜(b)(xii)の1つまたは2つ以上で測定される変調した比率、レベル、または細胞局在を関連付けて、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示すこと、
を含む、潜在的CTNNB1関連癌治療剤を同定する方法。
【請求項89】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における上昇が、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項90】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における低下が、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項91】
16A転写物のレベルにおける上昇またはWAF1転写物のレベルにおける上昇が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項92】
16B転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における低下、またはcMYC転写物における低下が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項93】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項88に記載の方法。
【請求項94】
参照細胞が以下:
腫瘍からの細胞、対象からの細胞、培養細胞、腫瘍からの培養細胞、または処置前の腫瘍からの細胞、
の1つまたは2つ以上である、請求項88に記載の方法。
【請求項95】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連疾患に罹患するかまたは敏感である対象を処置する方法であって、その必要のある対象にRNAi誘導実体を施すことを含む、前記方法。
【請求項96】
RNAi誘導実体がRNAi構築である、請求項95に記載の方法。
【請求項97】
RNAi誘導実体が低分子干渉RNA(siRNA)である、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
siRNAが19〜30塩基対長である、請求項97に記載の方法。
【請求項99】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写されるコード配列を有する発現ベクターである、請求項96に記載の方法。
【請求項100】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項96に記載の方法。
【請求項101】
RNAi構築が、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)から選択された1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰させる、請求項96に記載の方法。
【請求項102】
RNAi構築が、低下した増殖を生じる遺伝子の発現を減衰させる、請求項96に記載の方法。
【請求項103】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写するコード配列を有する発現ベクターである、請求項96に記載の方法。
【請求項104】
さらに対象への付加的な治療剤を投与することを含む、請求項95に記載の方法。
【請求項105】
siRNAが、
TATGGGAACAATTGAAGTAAA(16A−1)(配列番号1)、
CAGAAAGTGCCTGACACACTA(16A−2)(配列番号2)、
CTCGGGATGTTCACAACCGAA(16A+16B−1)(配列番号3)、
ATGGGTAGGGTAAATCAGTAA(16A+16B−2)(配列番号4)
または配列番号1、配列番号2、配列番号3または配列番号4のいずれかの断片または変異体
の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項95に記載の方法。
【請求項106】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約80%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項107】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約90%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項108】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約99.9%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項109】
CTNNB1核酸配列の少なくとも一部位を含む二本鎖RNAを含む化合物を対象に投与することであって、前記投与は対象におけるCTNNB1関連癌を処置するまたは防ぐために十分量であること
を含む、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌に罹患するまたは敏感である対象を処置する方法。
【請求項110】
二本鎖RNAを、19〜25ヌクレオチド長の小分子干渉RNA(siRNAs)へと処理する、請求項109に記載の方法。
【請求項111】
対象に一本鎖低分子干渉RNA分子(ss−siRNA)を施すことであって、前記ss−siRNA分子の配列が、標的特異的なRNA干渉(RNAi)を対象とする標的mRNA配列に十分相補的であり、5’ヌクレオチドが5’リン酸化物であるかまたはin situまたはin vivoで5’リン酸化されることができ、前記ss−siRNA分子を前記標的mRNAの分解が起こるための十分量を施し、そこで有機体における標的特異的なRNAiを活性化すること
を含む、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌に罹患するかまたは敏感である対象を処置する方法。
【請求項112】
標的配列がCTNNB1である、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
標的mRNAの分解を、標的mRNAが特定するタンパク質を少なくとも10%低下させるようにする、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
siRNAが19〜30塩基対長である、請求項111に記載の方法。
【請求項115】
siRNAが、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)から選択した1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰する、請求項111に記載の方法。
【請求項116】
ss−siRNAを、吸入または鼻腔内的に投与する、請求項111に記載の方法。
【請求項117】
対象へ投与するために製剤化されたおよび1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰させるに作動的な1つまたは2つ以上のRNAi構築を含む組成物であって、少なくとも1つの標的遺伝子がベータカテニン遺伝子(CTNNB1)である、前記組成物。
【請求項118】
組成物をアエロゾルとして投与する、請求項117に記載の組成物。
【請求項119】
組成物を静脈内投与する、請求項117に記載の組成物。
【請求項120】
組成物を、対象の細胞への送達を増強するための送達増強成分を含む送達剤において処方する、請求項117に記載の方法。
【請求項121】
送達増強成分が、対象の細胞により発現する分子に特異的に結合する抗体、抗体断片、リガンドを含む、請求項120に記載の組成物。
【請求項122】
RNAi構築が、19〜30塩基対長である、請求項117に記載の組成物。
【請求項123】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写されるコード配列を有する発現ベクターである、請求項117に記載の組成物。
【請求項124】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項117に記載の組成物。
【請求項125】
RNAi構築を、多次元高分子網目を含む超分子複合体として処方する、請求項117に記載の組成物。
【請求項126】
RNAi構築を、リポソームとともにカプセル化させるまたは接着させる、請求項117に記載の組成物。
【請求項127】
リポソームが、カチオンベシクル形成の脂質から形成されるカチオンリポソームである、請求項126に記載の組成物。
【請求項128】
リポソームが、約200nmより小さい平均直径を有する、請求項126に記載の組成物。
【請求項129】
対象がヒトである、請求項117に記載の組成物。
【請求項130】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写するコード配列を有する発現ベクターである、請求項117に記載の組成物。
【請求項131】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項117に記載の組成物。
【請求項132】
RNAi構築の少なくとも一部位が
TATGGGAACAATTGAAGTAAA(16A−1)(配列番号1)、
CAGAAAGTGCCTGACACACTA(16A−2)(配列番号2)、
CTCGGGATGTTCACAACCGAA(16A+16B−1)(配列番号3)、
ATGGGTAGGGTAAATCAGTAA(16A+16B−2)(配列番号4)
または配列番号1、配列番号2、配列番号3または配列番号4の任意の1つの断片または変異体
の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項117に記載の組成物。
【請求項133】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約80%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項134】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約90%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項135】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約99.9%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項136】
RNAi構築が、配列番号5またはその断片または変異体の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項117に記載の組成物。
【請求項137】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約80%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項138】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約90%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項139】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約99.9%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項140】
CTNNB1 siRNA構築および薬学的に受容可能な搬送体を含む、薬学組成物。
【請求項141】
構築がCTNNB1遺伝子の少なくとも一部分に相補的な配列を有する、請求項140に記載の薬学組成物。
【請求項142】
構築がCTNNB1 mRNAに対するオリゴヌクレオチドアンチセンスである、請求項140に記載の薬学組成物。
【請求項143】
RNAi構築および取扱説明書を含む、対象におけるCTNNB1関連疾患を処置するためのキット。
【請求項144】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;および
(b)段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ上で測定される比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上がCTNNB1関連癌処置での処置が効果があろうと示す場合、対象にCTNNB1関連RNAiの治療的有効量を投与すること
を含む、対象を処置する方法。
【請求項145】
対象を癌またはハイリスクな損傷(例えば、高度異形成など)を有すると同定する、請求項144に記載の方法。
【請求項146】
処置の開始時期が、CTNNB1 RNAiの定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項144に記載の方法。
【請求項147】
付加的なCTNNB1治療剤または処置様式(例えば、食道切除術、粘膜切除術、放射線治療など)を含む、請求項144に記載の方法。
【請求項148】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗癌剤または化学発癌抑制剤である、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗炎症剤である、請求項147に記載の方法。
【請求項150】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)対象に治療的有効量のCTNNB1 RNAiを投与すること;および
(c)CTNNB1 RNAiでの処置の開始時期後の腫瘍における前記比率、レベル、細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定することであって、CTNNB1 RNAiの投与後の癌細胞における段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上において測定される比率、レベル、細胞局在または活性の変調が、前記癌処置が効能があるということを示すこと
を含む、CTNNB1対象療法で処置する対象の進行をモニタリングする方法。
【請求項151】
さらに、第2のCTNNB1治療的有効量のCTNNB1 RNAiを対象に投与すること;およびCTNNB1 RNAiでの第2の処置期間後の腫瘍における、請求項80に記載の(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定される比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定すること
を含む、請求項150に記載の方法。
【請求項152】
CTNNB1の核の局在の上昇したレベルが、転移および/または低下した予後診断と関連する、請求項1に記載の方法。
【請求項153】
16B転写物、cMYC転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇が、対象が腺種から癌腫への進行を有するか可能性が高いということを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項1】
(a)サンプルからの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)前記比率、レベル、または細胞局在を、標準の比率、レベル、または細胞局在と比較すること;および
(c)サンプルからの細胞における変調した比率、レベル、または細胞局在を、癌がCTNNB1関連癌であろうという徴候と相関させること、
を含む、サンプル中のβ‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌の存在または不存在を検出する方法。
【請求項2】
サンプルが、正常から新生物への進行のどこかにある、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
サンプルが、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、胸部、腎臓および首の食道扁平上皮癌(ESCC)、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項1に記載の方法。
【請求項5】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項6】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項5に記載の方法。
【請求項7】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項8】
比率、レベル、または細胞局在を、ウエスタンブロットにより決定する、請求項1に記載の方法。
【請求項9】
ウエスタンブロット上のタンパク質のレベルを、癌細胞の総タンパク質レベルに対して、または標準の内部タンパク質に対して、標準化する、請求項8に記載の方法。
【請求項10】
標準の内部タンパク質が、アクチンまたはGAPDHである、請求項9に記載の方法。
【請求項11】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項12】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項13】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項14】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項1に記載の方法。
【請求項15】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項1に記載の方法。
【請求項16】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項1に記載の方法。
【請求項17】
対象からの細胞サンプルを得ることをさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項18】
比率、レベル、細胞局在、活性、または関連を、対象または健康管理の専門家に報告することを、さらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項19】
(a)対象からの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(c)対象からの細胞における、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、変調した比率、レベル、または細胞局在を、癌がCTNNB1関連癌であろうという徴候と相関させること、
を含む、対象が、対象におけるβ‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌を有するかどうか診断するまたは予測する方法。
【請求項20】
癌性であるとの疑いのある対象からの細胞が、正常から新生物への進行のどこかにある、請求項19に記載の方法。
【請求項21】
対象からの細胞が、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項19に記載の方法。
【請求項22】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、胸部、腎臓または首の食道扁平上皮癌(ESCC)、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項19に記載の方法。
【請求項23】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項24】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項23に記載の方法。
【請求項25】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項26】
比率、レベル、または細胞局在を、ウエスタンブロットにより決定する、請求項19に記載の方法。
【請求項27】
ウエスタンブロット上のタンパク質のレベルを、癌細胞の総タンパク質レベルに対して、または標準の内部タンパク質に対して、標準化する、請求項26に記載の方法。
【請求項28】
標準の内部タンパク質がアクチンまたはGAPDHである、請求項27に記載の方法。
【請求項29】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項30】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項31】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項32】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項19に記載の方法。
【請求項33】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項19に記載の方法。
【請求項34】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項19に記載の方法。
【請求項35】
対象からの細胞サンプルを得ることをさらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項36】
その比率、レベル、細胞局在、活性、または関連を、対象または健康管理の専門家に報告することを、さらに含む、請求項19に記載の方法。
【請求項37】
(a)対象からの細胞または細胞群における、以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)癌細胞または代用細胞における、16B転写物に対する、16A転写物の比率;
(ii)癌細胞または代用細胞における、WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率:
(iii)癌細胞または代用細胞における、16A転写物のレベル;
(iv)癌細胞または代用細胞における、16B転写物のレベル;
(v)癌細胞または代用細胞における、cMYC転写物のレベル;
(vi)癌細胞または代用細胞における、WAF1転写物のレベル;
(vii)癌細胞または代用細胞における、WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率;
(viii)癌細胞または代用細胞における、16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルの1つまたは2つ以上に対する、CTNNB1タンパク質の比率;
(ix)癌細胞または代用細胞における、cMYCタンパク質のレベル;
(x)癌細胞または代用細胞における、WAF1タンパク質のレベル;
(xi)癌細胞または代用細胞における、全体の転写活性のレベル;または
(xii)癌細胞または代用細胞における、CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(c)癌細胞または代用細胞における、(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、変調した比率、レベル、または細胞局在を、対象が、処置または臨床的介入に対する好都合な臨床反応を呈するであろうという徴候と相関させること、
を含む、癌、または新生物発生前の疾患を有する、または癌または新生物発生前の疾患に対する上昇したリスクにある対象が、処置または臨床的介入に対する好都合な臨床反応を呈するであろうかどうかを評価する方法。
【請求項38】
処置が、外科手術、局所治療、セレン強化、化学放射線療法、フルオロウラシル(5-FU)、シスプラチン、ビンブラスチン、パクリタキセル、デプシペプチド類、フラボピリドール、メルファラン、およびデシタビンならびに免疫調節剤などである、請求項37に記載の方法。
【請求項39】
癌細胞または代用細胞が、新生物発生前の扁平上皮、扁平上皮異形成、扁平上皮内癌、浸潤性食道扁平上皮癌、あるいは任意の組織学的または細胞学的中間ステージの1つまたは2つ以上である、請求項37に記載の方法。
【請求項40】
癌または新生物発生前の疾患が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項37に記載の方法。
【請求項41】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項37に記載の方法。
【請求項42】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項41に記載の方法。
【請求項43】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項37に記載の方法。
【請求項44】
16B転写物に対する16A転写物の比率における低下により、対象が癌、新生物発生前の損傷を有するか、または進展しつつある癌に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項45】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における増加により、対象がCTNNB1関連癌、新生物発生前の損傷、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇しつつあるリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項46】
16A転写物またはWAF1転写物のレベルにおける低下が、対象がCTNNB1関連癌を有するか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにある可能性があることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項47】
16B転写物、cMYC転写物、または全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上のレベルにおける上昇が、対象がCTNNB1関連癌を有する可能性があるか、または進展しつつある癌または新生物発生前の疾患に対する上昇するリスクにあることを示す、請求項37に記載の方法。
【請求項48】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項37に記載の方法。
【請求項49】
参照細胞が、以下の細胞:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項37に記載の方法。
【請求項50】
(a)腫瘍細胞サンプルを獲得すること;
(b)前記腫瘍細胞サンプルにおける以下の1つまたは2つ以上を決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に他kする、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(c)潜在性CTNNB1関連癌処置での処置後に、標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、腫瘍細胞サンプルにおける(b)(i)〜(b)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(d)処置後のサンプルにおいて(b)(i)〜(b)(xii)の段階の1つまたは2つ以上において測定する比率、レベル、または活性における変調を、前記腫瘍がCTNNB1関連癌処置での処置に対して好都合な臨床的反応を有しそうであるという徴候と相関させること、
を含むCTNNB1関連対象治療に反応する可能性がある腫瘍を同定する方法。
【請求項51】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
比率、レベル、または細胞局在を、PCR法で決定する、請求項50に記載の方法。
【請求項53】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項50に記載の方法。
【請求項55】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における低下が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項56】
WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率における上昇が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項57】
16A転写物のレベルにおけるまたはWAF1転写物レベルにおける低下が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項58】
16B転写物、cMYC転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇が、腫瘍がCTNNB1関連治療に反応する可能性があることを示す、請求項50に記載の方法。
【請求項59】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項50に記載の方法。
【請求項60】
参照細胞が、以下の細胞:
腫瘍からの細胞、培養細胞、腫瘍からの培養細胞、参照対象からの細胞または処置前の腫瘍からの細胞、
の1つまたは2つ以上のである、請求項50に記載の方法。
【請求項61】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと;および
(c)CTNNB1関連処置での処置開始時点後の腫瘍または標的組織において、段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上で定める比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置後のレベルを決定することであって、CTNNB1関連癌処置での処置後の癌細胞または標的組織での(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で定める比率、レベル、細胞局在または活性における変調が、損傷/患者がCTNNB1関連癌処置での処置に好都合な臨床反応を有しそうであることを示すこと、を含む、CTNNB1と直接的にまたは間接的に標的とする分子または組成物での処置のための、癌、前新生物形成、または上昇したリスクを有する対象を選択する方法。
【請求項62】
処置の開始時期が、CTNNB1関連癌処置の定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項61に記載の方法。
【請求項63】
癌が、頸部、肺、頭部、および首の食道扁平上皮癌、胃腸のまたは食道の腺癌、胃腸のまたは食道の異形成、胃腸のまたは食道の化生、バレット腸組織、組織学的に正常を呈する食道の扁平粘膜、新生組織形成および新生組織形成前駆損傷における前癌性状態の1つまたは2つ以上である、請求項61に記載の方法。
【請求項64】
比率、レベル、または細胞局在を、PCRにより決定する、請求項61に記載の方法。
【請求項65】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項64に記載の方法。
【請求項66】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学の方法により決定する、請求項61に記載の方法。
【請求項67】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における低下が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項68】
WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率における上昇が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項69】
16A転写物のレベルにおけるまたはWAF1転写物の低下が、対象がCTNNB1関連癌処置に対して好都合に反応する可能性があるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項70】
16B転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇またはcMYC転写物における低下が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項61に記載の方法。
【請求項71】
標準の比率、レベル、または細胞局在に対する、処置前または処置後の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上を比較することをさらに含む、請求項61に記載の方法。
【請求項72】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項71に記載の方法。
【請求項73】
参照細胞が以下:
対象からの細胞、培養細胞、対象からの培養細胞、または処置前の対象からの細胞、
の1つまたは2つ以上である、請求項72の記載の方法。
【請求項74】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(vi)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;および
(b)段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上で測定する比率、レベル、細胞局在の1つまたは2つ以上が、CTNNB1関連癌処置での処置が効能のあるものであろうことを示す場合、対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと、
を含む、対象を処置する方法。
【請求項75】
対象が癌を有するかまたはハイリスクな損傷(例えば、高度異形成)を有すると同定する、請求項74に記載の方法。
【請求項76】
処置の開始時期が、CTNNB1関連癌処置の定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項74に記載の方法。
【請求項77】
付加的なCTNNB1治療剤または処置様式(例えば、食道切除術、粘膜切除術、放射線治療)を施すことをさらに含む、請求項74に記載の方法。
【請求項78】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗癌剤または化学発癌抑制剤である、請求項77に記載の方法。
【請求項79】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗炎症性物質である、請求項77に記載の方法。
【請求項80】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYC、WAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在:
(b)対象にCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連癌処置を施すこと;および
(c)CTNNB1関連癌処置での処置の開始時期後の腫瘍における、比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定することであって、CTNNB1関連願書地を施した後の癌細胞における(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上の段階で測定される比率、レベル、細胞局在または活性の変調が癌処置が効能のあるものであることを示すこと、
を含む、CTNNB1対象治療で処置する対象の進行をモニタリングする方法。
【請求項81】
さらに、対象に第2のCTNNB1治療的有効量のCTNNB1関連願書地を施すこと;および
CTNNB1関連癌処置での処置の第2ピリオド後の腫瘍における、請求項80の(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定する、比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定すること、
を含む、請求項80に記載の方法。
【請求項82】
少なくとも2つの試薬を含む、対象におけるCTNNB1対象治療に対する反応を決定するためのキットであって、癌細胞における以下:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物に対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在、
の1つまたは2つ以上を決定する前記キット。
【請求項83】
試薬をプライマー、ポリメラーゼ、抗体、緩衝液、または標識の1つまたは2つ以上から選択する、請求項82に記載のキット。
【請求項84】
比率、レベル、または細胞局在をPCR法により決定する、請求項82に記載のキット。
【請求項85】
PCR法が、RT−PCR、リアルタイムPCR、リアルタイムRT−PCR、シークエンシング、転写転写アッセイ、または量的分枝RNA解析の1つまたは2つ以上である、請求項84に記載のキット。
【請求項86】
比率、レベル、または細胞局在を、免疫組織化学的方法により決定する、請求項82に記載のキット。
【請求項87】
(a)以下の1つまたは2つ以上を決定するため:
(i)16B転写物に対する16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A,16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在、および、
(b)前記比率、レベル、または活性と、標準の比率、レベル、または活性とを比較することであって;癌細胞における(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上において測定される変調した割合、レベル、または活性が、標準の比率、レベル、または細胞局在に相対すると所見される場合、CTNNB1の投与は癌処置化合物を対象に相関させるための、
内部に説明書を有する、CTNNB1関連癌処置化合物または組成物および標識またはパッケージを含む容器を含む組成物。
【請求項88】
(a)試験組成物で癌細胞を処置すること;
(b)癌細胞において以下の1つまたは2つ以上を決定すること;
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCおよびWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(c)標準の比率、レベル、または細胞局在に対して、比率、レベル、または細胞局在を比較すること;および
(d)癌細胞において段階(b)(i)〜(b)(xii)の1つまたは2つ以上で測定される変調した比率、レベル、または細胞局在を関連付けて、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示すこと、
を含む、潜在的CTNNB1関連癌治療剤を同定する方法。
【請求項89】
16B転写物に対する、16A転写物の比率における上昇が、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項90】
WAF1転写物に対するcMYC転写物の比率における低下が、試験化合物が臨床的効能を有しそうであることを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項91】
16A転写物のレベルにおける上昇またはWAF1転写物のレベルにおける上昇が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項92】
16B転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における低下、またはcMYC転写物における低下が、試験組成物が臨床的効能を有しそうであるということを示す、請求項88に記載の方法。
【請求項93】
標準の比率、レベル、または細胞局在が、参照細胞または細胞群における対応する比率、レベル、または細胞局在である、請求項88に記載の方法。
【請求項94】
参照細胞が以下:
腫瘍からの細胞、対象からの細胞、培養細胞、腫瘍からの培養細胞、または処置前の腫瘍からの細胞、
の1つまたは2つ以上である、請求項88に記載の方法。
【請求項95】
β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連疾患に罹患するかまたは敏感である対象を処置する方法であって、その必要のある対象にRNAi誘導実体を施すことを含む、前記方法。
【請求項96】
RNAi誘導実体がRNAi構築である、請求項95に記載の方法。
【請求項97】
RNAi誘導実体が低分子干渉RNA(siRNA)である、請求項96に記載の方法。
【請求項98】
siRNAが19〜30塩基対長である、請求項97に記載の方法。
【請求項99】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写されるコード配列を有する発現ベクターである、請求項96に記載の方法。
【請求項100】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項96に記載の方法。
【請求項101】
RNAi構築が、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)から選択された1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰させる、請求項96に記載の方法。
【請求項102】
RNAi構築が、低下した増殖を生じる遺伝子の発現を減衰させる、請求項96に記載の方法。
【請求項103】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写するコード配列を有する発現ベクターである、請求項96に記載の方法。
【請求項104】
さらに対象への付加的な治療剤を投与することを含む、請求項95に記載の方法。
【請求項105】
siRNAが、
TATGGGAACAATTGAAGTAAA(16A−1)(配列番号1)、
CAGAAAGTGCCTGACACACTA(16A−2)(配列番号2)、
CTCGGGATGTTCACAACCGAA(16A+16B−1)(配列番号3)、
ATGGGTAGGGTAAATCAGTAA(16A+16B−2)(配列番号4)
または配列番号1、配列番号2、配列番号3または配列番号4のいずれかの断片または変異体
の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項95に記載の方法。
【請求項106】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約80%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項107】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約90%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項108】
siRNAが、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約99.9%同一である、請求項105に記載の方法。
【請求項109】
CTNNB1核酸配列の少なくとも一部位を含む二本鎖RNAを含む化合物を対象に投与することであって、前記投与は対象におけるCTNNB1関連癌を処置するまたは防ぐために十分量であること
を含む、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌に罹患するまたは敏感である対象を処置する方法。
【請求項110】
二本鎖RNAを、19〜25ヌクレオチド長の小分子干渉RNA(siRNAs)へと処理する、請求項109に記載の方法。
【請求項111】
対象に一本鎖低分子干渉RNA分子(ss−siRNA)を施すことであって、前記ss−siRNA分子の配列が、標的特異的なRNA干渉(RNAi)を対象とする標的mRNA配列に十分相補的であり、5’ヌクレオチドが5’リン酸化物であるかまたはin situまたはin vivoで5’リン酸化されることができ、前記ss−siRNA分子を前記標的mRNAの分解が起こるための十分量を施し、そこで有機体における標的特異的なRNAiを活性化すること
を含む、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)関連癌に罹患するかまたは敏感である対象を処置する方法。
【請求項112】
標的配列がCTNNB1である、請求項111に記載の方法。
【請求項113】
標的mRNAの分解を、標的mRNAが特定するタンパク質を少なくとも10%低下させるようにする、請求項111に記載の方法。
【請求項114】
siRNAが19〜30塩基対長である、請求項111に記載の方法。
【請求項115】
siRNAが、β‐カテニン遺伝子(CTNNB1)から選択した1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰する、請求項111に記載の方法。
【請求項116】
ss−siRNAを、吸入または鼻腔内的に投与する、請求項111に記載の方法。
【請求項117】
対象へ投与するために製剤化されたおよび1つまたは2つ以上の標的遺伝子を減衰させるに作動的な1つまたは2つ以上のRNAi構築を含む組成物であって、少なくとも1つの標的遺伝子がベータカテニン遺伝子(CTNNB1)である、前記組成物。
【請求項118】
組成物をアエロゾルとして投与する、請求項117に記載の組成物。
【請求項119】
組成物を静脈内投与する、請求項117に記載の組成物。
【請求項120】
組成物を、対象の細胞への送達を増強するための送達増強成分を含む送達剤において処方する、請求項117に記載の方法。
【請求項121】
送達増強成分が、対象の細胞により発現する分子に特異的に結合する抗体、抗体断片、リガンドを含む、請求項120に記載の組成物。
【請求項122】
RNAi構築が、19〜30塩基対長である、請求項117に記載の組成物。
【請求項123】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写されるコード配列を有する発現ベクターである、請求項117に記載の組成物。
【請求項124】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項117に記載の組成物。
【請求項125】
RNAi構築を、多次元高分子網目を含む超分子複合体として処方する、請求項117に記載の組成物。
【請求項126】
RNAi構築を、リポソームとともにカプセル化させるまたは接着させる、請求項117に記載の組成物。
【請求項127】
リポソームが、カチオンベシクル形成の脂質から形成されるカチオンリポソームである、請求項126に記載の組成物。
【請求項128】
リポソームが、約200nmより小さい平均直径を有する、請求項126に記載の組成物。
【請求項129】
対象がヒトである、請求項117に記載の組成物。
【請求項130】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAを産生する1つまたは2つ以上の転写産物を産生するように転写するコード配列を有する発現ベクターである、請求項117に記載の組成物。
【請求項131】
RNAi構築が、処置する細胞においてsiRNAへと処理されるヘパリンRNAである、請求項117に記載の組成物。
【請求項132】
RNAi構築の少なくとも一部位が
TATGGGAACAATTGAAGTAAA(16A−1)(配列番号1)、
CAGAAAGTGCCTGACACACTA(16A−2)(配列番号2)、
CTCGGGATGTTCACAACCGAA(16A+16B−1)(配列番号3)、
ATGGGTAGGGTAAATCAGTAA(16A+16B−2)(配列番号4)
または配列番号1、配列番号2、配列番号3または配列番号4の任意の1つの断片または変異体
の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項117に記載の組成物。
【請求項133】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約80%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項134】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約90%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項135】
RNAi構築の少なくとも一部位が、配列番号5で同定されるヌクレオチド配列またはその断片または変異体と少なくとも約99.9%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項136】
RNAi構築が、配列番号5またはその断片または変異体の1つまたは2つ以上に対応する配列を有する、請求項117に記載の組成物。
【請求項137】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約80%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項138】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約90%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項139】
RNAi構築が、配列番号5が同定するヌクレオチド配列またはその断片または変異体に対して約99.9%同一である、請求項117に記載の組成物。
【請求項140】
CTNNB1 siRNA構築および薬学的に受容可能な搬送体を含む、薬学組成物。
【請求項141】
構築がCTNNB1遺伝子の少なくとも一部分に相補的な配列を有する、請求項140に記載の薬学組成物。
【請求項142】
構築がCTNNB1 mRNAに対するオリゴヌクレオチドアンチセンスである、請求項140に記載の薬学組成物。
【請求項143】
RNAi構築および取扱説明書を含む、対象におけるCTNNB1関連疾患を処置するためのキット。
【請求項144】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;および
(b)段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ上で測定される比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上がCTNNB1関連癌処置での処置が効果があろうと示す場合、対象にCTNNB1関連RNAiの治療的有効量を投与すること
を含む、対象を処置する方法。
【請求項145】
対象を癌またはハイリスクな損傷(例えば、高度異形成など)を有すると同定する、請求項144に記載の方法。
【請求項146】
処置の開始時期が、CTNNB1 RNAiの定常状態血漿または細胞濃度を達成するために必要な時である、請求項144に記載の方法。
【請求項147】
付加的なCTNNB1治療剤または処置様式(例えば、食道切除術、粘膜切除術、放射線治療など)を含む、請求項144に記載の方法。
【請求項148】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗癌剤または化学発癌抑制剤である、請求項147に記載の方法。
【請求項149】
付加的なCTNNB1治療剤が、抗炎症剤である、請求項147に記載の方法。
【請求項150】
(a)対象からの癌細胞における、以下の比率、レベル、細胞局在、または活性の1つまたは2つ以上の処置前のレベルを決定すること:
(i)16B転写物に対する、16A転写物の比率、
(ii)WAF1転写物に対する、cMYC転写物の比率、
(iii)16A転写物のレベル、
(iv)16B転写物のレベル、
(v)cMYC転写物のレベル、
(vi)WAF1転写物のレベル、
(vii)WAF1タンパク質に対する、cMYCタンパク質の比率、
(viii)16A、16B、cMYCまたはWAF1転写物のレベルに対する、CTNNB1タンパク質の比率、
(ix)cMYCタンパク質のレベル、
(x)WAF1タンパク質のレベル、
(xi)全体の転写活性のレベル、または
(xii)CTNNB1タンパク質の細胞局在;
(b)対象に治療的有効量のCTNNB1 RNAiを投与すること;および
(c)CTNNB1 RNAiでの処置の開始時期後の腫瘍における前記比率、レベル、細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定することであって、CTNNB1 RNAiの投与後の癌細胞における段階(a)(i)〜(a)(xii)の1つまたは2つ以上において測定される比率、レベル、細胞局在または活性の変調が、前記癌処置が効能があるということを示すこと
を含む、CTNNB1対象療法で処置する対象の進行をモニタリングする方法。
【請求項151】
さらに、第2のCTNNB1治療的有効量のCTNNB1 RNAiを対象に投与すること;およびCTNNB1 RNAiでの第2の処置期間後の腫瘍における、請求項80に記載の(a)(i)〜(a)(xii)の段階の1つまたは2つ以上で測定される比率、レベル、または細胞局在の1つまたは2つ以上のレベルを決定すること
を含む、請求項150に記載の方法。
【請求項152】
CTNNB1の核の局在の上昇したレベルが、転移および/または低下した予後診断と関連する、請求項1に記載の方法。
【請求項153】
16B転写物、cMYC転写物のレベルまたは全体の転写活性のレベルの1つまたは2つ以上における上昇が、対象が腺種から癌腫への進行を有するか可能性が高いということを示す、請求項1に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7AB】
【図7CD】
【図7EF】
【図7G】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図10】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7AB】
【図7CD】
【図7EF】
【図7G】
【図8】
【図9A】
【図9B】
【図10】
【公表番号】特表2008−535474(P2008−535474A)
【公表日】平成20年9月4日(2008.9.4)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2007−555317(P2007−555317)
【出願日】平成18年2月10日(2006.2.10)
【国際出願番号】PCT/US2006/005032
【国際公開番号】WO2006/086772
【国際公開日】平成18年8月17日(2006.8.17)
【出願人】(507269131)アメリカ合衆国 (2)
【氏名又は名称原語表記】GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES
【Fターム(参考)】
【公表日】平成20年9月4日(2008.9.4)
【国際特許分類】
【出願日】平成18年2月10日(2006.2.10)
【国際出願番号】PCT/US2006/005032
【国際公開番号】WO2006/086772
【国際公開日】平成18年8月17日(2006.8.17)
【出願人】(507269131)アメリカ合衆国 (2)
【氏名又は名称原語表記】GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES
【Fターム(参考)】
[ Back to top ]