癌における新規の治療標的
本発明は、癌（特に、リンパ腫）を検出、診断および処置する際に使用するための新規配列に関する。本発明は、その発現が癌と関連する癌関連（ＣＡ）ポリヌクレオチド配列を提供する。本発明は、細胞表面上に提示されそして癌に対する新規な治療標的を提示する、癌と関連するＣＡポリペプチドを提供する。本発明は、さらに、癌の診断組成物および癌の検出のための方法を提供する。本発明は、ＣＡポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を提供する。本発明はまた、診断ツールおよび治療組成物、ならびに癌のスクリーニング、予防および処置のための方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された核酸であって、該核酸は、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される配列またはその相補体の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、核酸。
【請求項２】
請求項１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
【請求項３】
請求項１に記載の単離された核酸を含む、発現ベクター。
【請求項４】
請求項３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、少なくとも部分的に化学合成によって調製される、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、アンチセンスフラグメントである、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、一本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、二本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
癌関連（ＣＡ）核酸を検出するためのマイクロアレイであって、該核酸は、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される配列またはその相補体の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、少なくとも１つのプローブを含む、マイクロアレイ。
【請求項１４】
少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１６】
単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４、および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡのオープンリーディングフレームまたはその相補体内にコードされる、ポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択されるポリペプチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ポリペプチドが細胞表面上に発現され、前記ＣＡタンパク質が、配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
前記ポリペプチドまたはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
請求項１６〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２３】
前記抗体またはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２４】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２５】
前記抗体が、ポリクローナル抗体である、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２６】
前記抗体またはそのフラグメントが、検出可能な標識をさらに含む、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２７】
請求項１６〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する単離された抗体、またはその抗原結合フラグメントであって、
（ｉ）該ポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントを含む組成物で宿主動物を免疫する工程；および
（ｉｉ）該抗原に対する抗体またはその抗原結合フラグメントを発現する該宿主から細胞を収集する工程、
を包含する方法によって調製される、抗体。
【請求項２８】
前記モノクローナル抗体が、前記ＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合する、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項２９】
前記モノクローナル抗体が、少なくとも１種のヒト癌細胞株に結合する、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項３０】
前記モノクローナル抗体が、
（ａ）該モノクローナル抗体を産生し得るハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマによる該モノクローナル抗体の産生を提供する条件下において、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスによって調製される、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項３１】
請求項２４に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項３２】
前記抗体が、ヒト化抗体である、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３３】
前記ＣＡＰが、癌細胞表面で発現されるが、正常細胞表面では発現されない、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３４】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面と比較して、癌細胞表面で差示的に発現される、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３５】
前記抗体が、治療剤に連結される、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３６】
前記抗体が、治療剤に連結される、請求項２４に記載の抗体。
【請求項３７】
請求項２２に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項３８】
請求項３５に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項３９】
請求項３６に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項４０】
請求項２２に記載の抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項４１】
請求項２４に記載のモノクローナル抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項４２】
個体において癌細胞の存在または非存在を検出するための方法であって、該方法は、
該個体由来の細胞と請求項２２または２４のいずれかに記載の抗体とを接触させる工程；および
該癌細胞由来のＣＡＰおよび該抗体の複合体を検出する工程、
を包含し、ここで該複合体の検出は、該個体における癌細胞の存在と相関する、方法。
【請求項４３】
個体において癌の増殖を阻害するための方法であって、該方法は、
有効量の請求項３７、３８または３９のいずれかに記載の薬学的組成物を該個体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】
個体において治療剤を癌細胞に送達するための方法であって、該方法は、
有効量の請求項３７、３８または３９のいずれかに記載の薬学的組成物を該個体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】
試験サンプルにおいて癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチド配列またはその相補体に選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項４６】
試験サンプルにおいて癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列、そのフラグメント、またはその相補体の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項４７】
ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリヌクレオチドは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチドまたはその相補体を含む、電子ライブラリー。
【請求項４８】
ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリヌクレオチドは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、電子ライブラリー。
【請求項４９】
ポリペプチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリペプチドは、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４のポリペプチド配列からなる群より選択されるＣＡポリペプチド配列を含む、電子ライブラリー。
【請求項５０】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は、
（ａ）表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０の配列からなる群より選択される核酸配列によってコードされる癌関連（ＣＡ）遺伝子またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞に由来する組織サンプルと抗癌薬物候補とを接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプル中のＣＡポリヌクレオチドの発現に対する抗癌薬物候補の効果をモニタリングする工程、
を包含する、方法。
【請求項５１】
前記ＣＡ遺伝子が、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３の配列からなる群より選択される少なくとも１つの核酸配列を含む、請求項５０に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、
（ｄ）前記薬物候補の非存在下における発現のレベルを該薬物候補の存在下における発現レベルと比較する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項５３】
前記薬物候補が、転写のインヒビターであり、さらに前記核酸配列が、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３からなる群より選択される、請求項５１に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法。
【請求項５４】
試験細胞サンプルにおいてポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの発現レベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを正常細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現レベルと比較する工程、
を包含し、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現のレベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルの変化は、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、方法。
【請求項５５】
試験細胞サンプルにおいてポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはそのフラグメントの活性のレベルを検出する工程であって、該活性は、表１８に列挙されるポリペプチドについての少なくとも１つの活性に対応する、工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該ポリペプチドの活性のレベルを正常細胞サンプル中のポリペプチドの活性のレベルと比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性のレベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの活性のレベルの変化は、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項５６】
試験血清サンプルにおいて抗体の存在に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００，１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される抗原性ポリペプチドまたはその抗原性フラグメントに対する抗体のレベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該抗体の該レベルを該コントロールサンプル中の該抗体のレベルと比較する工程であって、ここで該コントロールサンプルにおける抗体のレベルに対する該試験サンプルにおける抗体のレベルの変化は、該試験血清サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項５７】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性因子についてスクリーニングするための方法であって、該ＣＡＰは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされ、該方法は、
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性因子とを合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補因子の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項５８】
前記生物活性因子が、前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の発現に影響する、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項５９】
前記生物活性因子が、前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性に影響し、そのような活性は、表１８に列挙される活性から選択される、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項６０】
前記生物活性因子が、細胞接着、イオン輸送、低分子輸送、シグナリング、シグナル伝達、炎症応答およびフェロモン応答からなる群より選択される活性の調節因子である、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項６１】
癌を診断するための方法であって、該方法は、
ａ）第一の個体の第一の組織型において、表１〜１６に概説されるヒトゲノム配列およびｍＲＮＡ配列からなる群より選択される核酸配列を含む１以上の遺伝子の発現を決定する工程；ならびに
ｂ）該第一の個体または第二の影響されていない個体の由来の第二の正常組織型に由来する該遺伝子の該発現を比較する工程、
を包含する方法であって、該発現の差は、該第一の個体が癌を有することを示す、方法。
【請求項６２】
癌を処置するための方法であって、該方法は、
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターを患者に投与する工程
を包含し、該ＣＡＰは、表１〜１６のヒト核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされる、方法。
【請求項６３】
前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターが、該ＣＡタンパク質に結合する、請求項６２に記載の癌を処置するための方法。
【請求項６４】
前記インヒビターが、細胞接着、イオン輸送、低分子輸送、シグナリング、シグナル伝達、炎症応答およびフェロモン応答からなる群より選択される活性の調節因子からなる群より選択される活性のアンタゴニストであり、そして表１〜１６に示されるＣＡＰ配列は、図１８に示される活性に対応する、請求項６２に記載の癌を処置するための方法。
【請求項６５】
細胞において癌関連（ＣＡ）遺伝子の発現を阻害するための方法であって、該方法は、
ＣＡ遺伝子発現細胞を、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列に対応する癌関連（ＣＡ）ｍＲＮＡにハイブリダイズし得る配列を含む二本鎖ＲＮＡと、ＲＮＡ干渉を誘導するのに十分な量で接触させる工程；ならびに
該細胞においてＣＡ遺伝子の発現を阻害する工程、
を包含する、方法。
【請求項６６】
前記二本鎖ＲＮＡが、トランスフェクション、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションからなる群より選択される方法によって、短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を前記細胞に導入することにより提供される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記二本鎖ＲＮＡが、発現ベクターによって短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を前記細胞に導入することにより提供される、請求項６５に記載の方法。
【請求項１】
単離された核酸であって、該核酸は、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される配列またはその相補体の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、核酸。
【請求項２】
請求項１に記載の組換え核酸を含む、宿主細胞。
【請求項３】
請求項１に記載の単離された核酸を含む、発現ベクター。
【請求項４】
請求項３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、検出可能な標識をさらに含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、少なくとも部分的に化学合成によって調製される、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、アンチセンスフラグメントである、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、一本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドまたはその相補体もしくはそのフラグメントが、二本鎖である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１３】
癌関連（ＣＡ）核酸を検出するためのマイクロアレイであって、該核酸は、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される配列またはその相補体の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、少なくとも１つのプローブを含む、マイクロアレイ。
【請求項１４】
少なくとも１５個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
少なくとも２０個の連続するヌクレオチドを含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１６】
単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４、および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡのオープンリーディングフレームまたはその相補体内にコードされる、ポリペプチド。
【請求項１７】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択されるポリペプチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択されるＣＡポリペプチドのアミノ酸配列のエピトープのアミノ酸配列を含む、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ポリペプチドが細胞表面上に発現され、前記ＣＡタンパク質が、配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２１】
前記ポリペプチドまたはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
請求項１６〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する、単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２３】
前記抗体またはそのフラグメントが、固体支持体に結合されている、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２４】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２５】
前記抗体が、ポリクローナル抗体である、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２６】
前記抗体またはそのフラグメントが、検出可能な標識をさらに含む、請求項２２に記載の単離された抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２７】
請求項１６〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチドに結合する単離された抗体、またはその抗原結合フラグメントであって、
（ｉ）該ポリペプチドまたはその抗原結合フラグメントを含む組成物で宿主動物を免疫する工程；および
（ｉｉ）該抗原に対する抗体またはその抗原結合フラグメントを発現する該宿主から細胞を収集する工程、
を包含する方法によって調製される、抗体。
【請求項２８】
前記モノクローナル抗体が、前記ＣＡタンパク質の細胞外ドメインに結合する、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項２９】
前記モノクローナル抗体が、少なくとも１種のヒト癌細胞株に結合する、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項３０】
前記モノクローナル抗体が、
（ａ）該モノクローナル抗体を産生し得るハイブリドーマを提供する工程；および
（ｂ）該ハイブリドーマによる該モノクローナル抗体の産生を提供する条件下において、該ハイブリドーマを培養する工程、
を包含するプロセスによって調製される、請求項２４に記載のモノクローナル抗体。
【請求項３１】
請求項２４に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項３２】
前記抗体が、ヒト化抗体である、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３３】
前記ＣＡＰが、癌細胞表面で発現されるが、正常細胞表面では発現されない、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３４】
前記ＣＡＰが、正常細胞表面と比較して、癌細胞表面で差示的に発現される、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３５】
前記抗体が、治療剤に連結される、請求項２２に記載の抗体。
【請求項３６】
前記抗体が、治療剤に連結される、請求項２４に記載の抗体。
【請求項３７】
請求項２２に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項３８】
請求項３５に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項３９】
請求項３６に記載の抗体および薬学的に受容可能な賦形剤を含有する、薬学的組成物。
【請求項４０】
請求項２２に記載の抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項４１】
請求項２４に記載のモノクローナル抗体を含む、癌細胞を検出するためのキット。
【請求項４２】
個体において癌細胞の存在または非存在を検出するための方法であって、該方法は、
該個体由来の細胞と請求項２２または２４のいずれかに記載の抗体とを接触させる工程；および
該癌細胞由来のＣＡＰおよび該抗体の複合体を検出する工程、
を包含し、ここで該複合体の検出は、該個体における癌細胞の存在と相関する、方法。
【請求項４３】
個体において癌の増殖を阻害するための方法であって、該方法は、
有効量の請求項３７、３８または３９のいずれかに記載の薬学的組成物を該個体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】
個体において治療剤を癌細胞に送達するための方法であって、該方法は、
有効量の請求項３７、３８または３９のいずれかに記載の薬学的組成物を該個体に投与する工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】
試験サンプルにおいて癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチド配列またはその相補体に選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項４６】
試験サンプルにおいて癌の存在を診断するためのキットであって、該キットは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列、そのフラグメント、またはその相補体の配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項４７】
ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリヌクレオチドは、表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチドまたはその相補体を含む、電子ライブラリー。
【請求項４８】
ポリヌクレオチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリヌクレオチドは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択されるＣＡポリヌクレオチド配列を含む、電子ライブラリー。
【請求項４９】
ポリペプチドまたはそのフラグメントを含む電子ライブラリーであって、該ポリペプチドは、表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４のポリペプチド配列からなる群より選択されるＣＡポリペプチド配列を含む、電子ライブラリー。
【請求項５０】
抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、該方法は、
（ａ）表１〜１６に示される配列番号４、１０、１８、２６、３４、４４、５０、６０、８２、８８、１１２、１２２、１２８、１３６、１５４および１７０の配列からなる群より選択される核酸配列によってコードされる癌関連（ＣＡ）遺伝子またはそのフラグメントを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）癌細胞に由来する組織サンプルと抗癌薬物候補とを接触させる工程；および
（ｃ）該組織サンプル中のＣＡポリヌクレオチドの発現に対する抗癌薬物候補の効果をモニタリングする工程、
を包含する、方法。
【請求項５１】
前記ＣＡ遺伝子が、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３の配列からなる群より選択される少なくとも１つの核酸配列を含む、請求項５０に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法であって、
（ｄ）前記薬物候補の非存在下における発現のレベルを該薬物候補の存在下における発現レベルと比較する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項５３】
前記薬物候補が、転写のインヒビターであり、さらに前記核酸配列が、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３からなる群より選択される、請求項５１に記載の抗癌活性についてスクリーニングする方法。
【請求項５４】
試験細胞サンプルにおいてポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される少なくとも１つのポリペプチドまたはそのフラグメントの発現レベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを正常細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現レベルと比較する工程、
を包含し、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド発現のレベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルの変化は、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、方法。
【請求項５５】
試験細胞サンプルにおいてポリペプチドの発現に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはそのフラグメントの活性のレベルを検出する工程であって、該活性は、表１８に列挙されるポリペプチドについての少なくとも１つの活性に対応する、工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該ポリペプチドの活性のレベルを正常細胞サンプル中のポリペプチドの活性のレベルと比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおけるポリペプチド活性のレベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの活性のレベルの変化は、該試験細胞サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項５６】
試験血清サンプルにおいて抗体の存在に関連する癌を検出するための方法であって、該方法は、
（ｉ）表１〜１６に示される配列番号６、１２、１４、２０、２８、３０、３６、３８、４０、４６、５２、５４、５６、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、８４、９０、９２、９４、９６、９８、１００，１０２、１０４、１０６、１０８、１１４、１１６、１１８、１２４、１３０、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１７２および１７４からなる群より選択される抗原性ポリペプチドまたはその抗原性フラグメントに対する抗体のレベルを検出する工程；ならびに
（ｉｉ）該試験サンプル中の該抗体の該レベルを該コントロールサンプル中の該抗体のレベルと比較する工程であって、ここで該コントロールサンプルにおける抗体のレベルに対する該試験サンプルにおける抗体のレベルの変化は、該試験血清サンプル中の癌の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項５７】
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性を調節し得る生物活性因子についてスクリーニングするための方法であって、該ＣＡＰは、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされ、該方法は、
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性因子とを合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補因子の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項５８】
前記生物活性因子が、前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の発現に影響する、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項５９】
前記生物活性因子が、前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の活性に影響し、そのような活性は、表１８に列挙される活性から選択される、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項６０】
前記生物活性因子が、細胞接着、イオン輸送、低分子輸送、シグナリング、シグナル伝達、炎症応答およびフェロモン応答からなる群より選択される活性の調節因子である、請求項５７に記載の生物活性因子についてスクリーニングする方法。
【請求項６１】
癌を診断するための方法であって、該方法は、
ａ）第一の個体の第一の組織型において、表１〜１６に概説されるヒトゲノム配列およびｍＲＮＡ配列からなる群より選択される核酸配列を含む１以上の遺伝子の発現を決定する工程；ならびに
ｂ）該第一の個体または第二の影響されていない個体の由来の第二の正常組織型に由来する該遺伝子の該発現を比較する工程、
を包含する方法であって、該発現の差は、該第一の個体が癌を有することを示す、方法。
【請求項６２】
癌を処置するための方法であって、該方法は、
ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターを患者に投与する工程
を包含し、該ＣＡＰは、表１〜１６のヒト核酸配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされる、方法。
【請求項６３】
前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）のインヒビターが、該ＣＡタンパク質に結合する、請求項６２に記載の癌を処置するための方法。
【請求項６４】
前記インヒビターが、細胞接着、イオン輸送、低分子輸送、シグナリング、シグナル伝達、炎症応答およびフェロモン応答からなる群より選択される活性の調節因子からなる群より選択される活性のアンタゴニストであり、そして表１〜１６に示されるＣＡＰ配列は、図１８に示される活性に対応する、請求項６２に記載の癌を処置するための方法。
【請求項６５】
細胞において癌関連（ＣＡ）遺伝子の発現を阻害するための方法であって、該方法は、
ＣＡ遺伝子発現細胞を、表１〜１６に示される配列番号５、１１、１３、１９、２７、２９、３５、３７、３９、４５、５１、５３、５５、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、８３、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１１３、１１５、１１７、１２３、１２９、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１７１および１７３のポリヌクレオチド配列に対応する癌関連（ＣＡ）ｍＲＮＡにハイブリダイズし得る配列を含む二本鎖ＲＮＡと、ＲＮＡ干渉を誘導するのに十分な量で接触させる工程；ならびに
該細胞においてＣＡ遺伝子の発現を阻害する工程、
を包含する、方法。
【請求項６６】
前記二本鎖ＲＮＡが、トランスフェクション、エレクトロポレーションおよびマイクロインジェクションからなる群より選択される方法によって、短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を前記細胞に導入することにより提供される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記二本鎖ＲＮＡが、発現ベクターによって短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を前記細胞に導入することにより提供される、請求項６５に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公表番号】特表２００７−５３５３３０（Ｐ２００７−５３５３３０Ａ）
【公表日】平成１９年１２月６日（２００７．１２．６）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５１１０９８（Ｐ２００７−５１１０９８）
【出願日】平成１７年４月２７日（２００５．４．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１５４６７
【国際公開番号】ＷＯ２００５／１０４８１０
【国際公開日】平成１７年１１月１０日（２００５．１１．１０）
【出願人】（５０６３５３６３３）サグレシュ ディスカバリー， インコーポレイテッド (8)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１２月６日（２００７．１２．６）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年４月２７日（２００５．４．２７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１５４６７
【国際公開番号】ＷＯ２００５／１０４８１０
【国際公開日】平成１７年１１月１０日（２００５．１１．１０）
【出願人】（５０６３５３６３３）サグレシュ ディスカバリー， インコーポレイテッド (8)
【Ｆターム（参考）】
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