説明

蛍光発生性pH感受性色素およびその使用方法

新しい種類のpH感受性蛍光性色素と、それに関連するアッセイ法とを記載する。この色素およびアッセイ法は、食作用、および細胞プロセスをモニターすることを含めた生物学的応用に特に好適である。本発明のpH感受性蛍光性色素は、式(I)の化合物を含み、その式中の変動要素を本願全体にわたって記載する。



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【特許請求の範囲】
【請求項1】
蛍光性pHセンサーとして使用するための化合物であって、
以下の式Aを有し、RおよびRがヒドロキシでもなく、チオールでもなく、かつそれらのいずれの脱プロトン化形態でもないことを特徴とする、化合物:

式中、
−Rは、水素であるか、または電子吸引性基以外の置換基であり、かつ
Xはフルオロフォアであるか、あるいは
およびR−Rは、水素であるか、または電子吸引性基以外の置換基であり、かつXおよびRは一緒になって、位置XとRとの間で式Aのベンゼン環に縮合した5員もしくは6員の複素環式環を含む部分を形成する。
【請求項2】
、R、RおよびRのいずれも、ヒドロキシルでもなく、チオールでもなく、かつそれらのいずれの脱プロトン化形態でもない、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
−Rが、
水素、
ヒドロカルビル、または−O−、−S−もしくは−NR−から選択される1つまたは複数の結合によって遮られたヒドロカルビル;またはR、R、RおよびRついて言えば、−O−、−S−もしくは−NR−結合を介して式Aのベンゼン環に結合され、かつ−O−、−S−もしくは−NR−から選択される1つまたは複数の結合によって任意で遮られたヒドロカルビル
から選択され、このヒドロカルビルが非置換であるかまたは−L−Rもしくは−L−Sによって置換されており、かつ
ヒドロカルビルが1、2、3、4、5または6個の炭素原子を有し、
が、H、OH、C−Cヒドロカルビル、または−O−結合を介して隣接するNに結合されかつ/または1つまたは複数の−O−結合によって遮られたC−Cヒドロカルビルであり、このヒドロカルビルが非置換であるかまたは−L−Rもしくは−L−Sによって置換されており、
−Lが、共有単結合であるリンカー、または一連の安定な共有結合を含みかつC、N、O、SおよびPから選択される多価の原子を組み込む部分であり、
−Rが反応基であり、
−Lが、−LをSに結合している反応基の残基を任意でさらに含むリンカー−Lであり、
−Sが結合された物質であり、
任意でR、R、RおよびRのうちの少なくとも1つ(例えばそれらのうちの2つ)がHではない、
請求項1または請求項2に記載の化合物。
【請求項4】
およびRのうちの少なくとも1つがアルコキシまたは−L−Rもしくは−L−Sによって置換されたアルコキシであり、アルコキシが1、2、3、4、5または6個の炭素原子を有し、他の記号が請求項3で定義されたとおりである、請求項1または請求項2に記載の化合物。
【請求項5】
、ならびにR、RおよびRのうちの1つ、2つまたは3つが、−O−もしくは−NR−結合を介して前記ベンゼンに結合されたヒドロカルビルであり、
前記ヒドロカルビルが、前記結合の1つまたは複数によって遮られていないかまたは遮られており、かつ非置換であるかまたは−L−Rもしくは−L−Sによって置換されており、
前記R、R、RおよびRのうちの1つ、2つまたは3つが、互いに同じであるかまたは異なる、
請求項3または請求項4に記載の化合物。
【請求項6】
およびRが請求項5で定義されたとおりであるが、RおよびRが、請求項5で定義されたものではなく、かつ任意でともに水素である、請求項5に記載の化合物。
【請求項7】
Xがキサンテン、インドールまたはボラポリアザインダシンである、請求項1から請求項6のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項8】
以下の式Iを有する、請求項1に記載の化合物、またはその立体異性体、互変異性体、もしくは塩:

式中、
、R、RおよびRは、各々独立に、H、Z、または電子供与性基(EDG)であるが、ただし、RおよびRはヒドロキシルでもなく、かつチオールでもなく、かつそれらの脱プロトン化形態でもなく、
は、H、アルキル、置換されたアルキル、アシル、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、反応基、担体分子、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択され、
は、独立にY、アルキル、置換されたアルキル、アルケニル、置換されたアルケニル、アシル、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、反応基、担体分子、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択され、
Xはフルオロフォアであり、
Yは=CRまたは=CRであり、
Zは−OR、−SR、−NRであり、
はH、アルキル、または置換されたアルキルであり、
はアルキルまたは置換されたアルキルであり、かつ
はアミノまたは置換されたアミノである。
【請求項9】
Xがキサンテン、インドールまたはボラポリアザインダシンである、請求項8に記載の化合物。
【請求項10】
Xが、

である、請求項8に記載の化合物:
式中、
、R、RおよびR10は、各々独立に、アルキル、置換されたアルキル、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択され、かつ
11、R12、R13およびR14は、各々独立に、H、アルキル、置換されたアルキル、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アシル、アシルアミノ、アシルオキシ、アミノ、置換されたアミノ、アミノカルボニル、アミノチオカルボニル、アミノカルボニルアミノ、アミノチオカルボニルアミノ、アミノカルボニルオキシ、アミノスルホニル、アミノスルホニルオキシ、アミノスルホニルアミノ、アミジノ、カルボキシル、カルボキシルエステル、(カルボキシルエステル)アミノ、(カルボキシルエステル)オキシ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、ニトロ、−SOH、スルホニル、置換されたスルホニル、スルホニルオキシ、チオアシル、チオール、アルキルチオ、置換されたアルキルチオ、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択されるか、あるいは
11およびR14はRおよびRと一緒になって縮合環を形成し、かつR12およびR13はRおよびR10と一緒になって縮合環を形成する。
【請求項11】
、R、RおよびR10がアルキルである、請求項9に記載の化合物。
【請求項12】
、R、RおよびR10がメチルである、請求項10に記載の化合物。
【請求項13】
11、R12、R13およびR14がHである、請求項9から請求項12のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項14】
11およびR14がRおよびRと一緒になって縮合環を形成し、R12およびR13がRおよびR10と一緒になって縮合環を形成し、各縮合環が以下の構造を有する、請求項9に記載の化合物:

式中、
27およびR28は、各々独立に、H、アルキル、置換されたアルキル、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アルケニル、置換されたアルケニル、アルキニル、置換されたアルキニル、アシル、アシルアミノ、アシルオキシ、アミノ、置換されたアミノ、アミノカルボニル、アミノチオカルボニル、アミノカルボニルアミノ、アミノチオカルボニルアミノ、アミノカルボニルオキシ、アミノスルホニル、アミノスルホニルオキシ、アミノスルホニルアミノ、アミジノ、カルボキシル、カルボキシルエステル、(カルボキシルエステル)アミノ、(カルボキシルエステル)オキシ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、ニトロ、SO、スルホニル、置換されたスルホニル、スルホニルオキシ、チオアシル、チオール、アルキルチオ、置換されたアルキルチオ、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択される。
【請求項15】
Xが、

であり、
15、R16、R17、R18、R19およびR20が、各々独立に、H、アルキル、置換されたアルキル、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アシル、アシルアミノ、アシルオキシ、アミノ、置換されたアミノ、アミノカルボニル、アミノチオカルボニル、アミノカルボニルアミノ、アミノチオカルボニルアミノ、アミノカルボニルオキシ、アミノスルホニル、アミノスルホニルオキシ、アミノスルホニルアミノ、アミジノ、カルボキシル、カルボキシルエステル、(カルボキシルエステル)アミノ、(カルボキシルエステル)オキシ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、ニトロ、−SOH、スルホニル、置換されたスルホニル、スルホニルオキシ、チオアシル、チオール、アルキルチオ、置換されたアルキルチオ、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択される、
請求項8に記載の化合物。
【請求項16】
16およびR19がHである、請求項15に記載の化合物。
【請求項17】
15、R17、R18およびR20がメチルである、請求項15または請求項16に記載の化合物。
【請求項18】
Xが、

であり、
21が、H、アルキル、置換されたアルキル、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択され、かつ
22、R23、R24、R25およびR26が、各々独立に、H、アルキル、置換されたアルキル、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アシル、アシルアミノ、アシルオキシ、アミノ、置換されたアミノ、アミノカルボニル、アミノチオカルボニル、アミノカルボニルアミノ、アミノチオカルボニルアミノ、アミノカルボニルオキシ、アミノスルホニル、アミノスルホニルオキシ、アミノスルホニルアミノ、アミジノ、カルボキシル、カルボキシルエステル、(カルボキシルエステル)アミノ、(カルボキシルエステル)オキシ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、ニトロ、−SOH、スルホニル、置換されたスルホニル、スルホニルオキシ、チオアシル、チオール、アルキルチオ、置換されたアルキルチオ、アリール、置換されたアリール、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、シクロアルキル、置換されたシクロアルキル、ヘテロシクリル、および置換されたヘテロシクリルからなる群から選択される、
請求項8に記載の化合物。
【請求項19】
21、R22、R24、R25およびR26がHである、請求項18に記載の化合物。
【請求項20】
23がカルボキシルエステルである、請求項18または請求項19に記載の化合物。
【請求項21】
23が−COCHである、請求項18または請求項19に記載の化合物。
【請求項22】
前記EDGが、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アミノ、置換されたアミノ、チオール、アルキルチオ、ヒドロキシ、アシルアミノ、および(カルボキシルエステル)オキシからなる群から選択される、請求項8から請求項21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項23】
前記EDGが、アルコキシ、置換されたアルコキシ、アミノ、置換されたアミノ、アルキルチオ、アシルアミノ、および(カルボキシルエステル)オキシからなる群から選択される、請求項22に記載の化合物。
【請求項24】
Z部分が存在する、請求項8から請求項21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項25】
Y部分が存在する、請求項8から請求項21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項26】
にZを含み、少なくとも1つのさらなるEDGを含む、請求項24に記載の化合物。
【請求項27】
がアルコキシである、請求項24または請求項25に記載の化合物。
【請求項28】
が−OCHである、請求項20に記載の化合物。
【請求項29】
およびRが−OCHまたは−N(CHである、請求項8から請求項25のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項30】
およびRがHである、請求項8から請求項21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項31】
前記EDGが、アルキル、置換されたアルキル、アルケニル、置換されたアルケニル、アリール、置換されたアリール、シクロアルキル、置換されたアルキル、ヘテロシクリル、置換されたヘテロシクリル、ヘテロアリール、および置換されたヘテロアリールからなる群から選択される、請求項8から請求項21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項32】
およびRがアルキルまたは置換されたアルキルである、請求項8から請求項31のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項33】
が、−(CH−CO(CHHであり、
式中、nが0、1、2、3、4または5であり、かつmが0、1、2または3である、
請求項32に記載の化合物。
【請求項34】
が=CH(置換されたアミノ)である、請求項33に記載の化合物。
【請求項35】
がエチルである、請求項32に記載の化合物。
【請求項36】
前記化合物のpKaが約5〜約8である、請求項1から請求項35のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項37】
以下の式IIIの化合物:

式中、
は電子供与性基(EDG)であり、かつ
およびRは、各々独立に、H、アルキル、置換されたアルキル、アシル、=CH(アミノ)、=CH(置換されたアミノ)、=CH(アルキル)、および=CH(置換されたアルキル)からなる群から選択される。
【請求項38】
およびRが、各々独立にH、アルキルおよび置換されたアルキルから選択される、請求項37に記載の化合物。
【請求項39】
(a)試料を請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物と接触させ、接触させた試料を形成する段階と、
(b)前記接触させた試料をインキュベーションし、インキュベーションされた試料を形成する段階と、
(c)前記インキュベーションされた試料を照射し、照射された試料を形成する段階と、
(d)前記照射された試料からの蛍光性発光を検出する段階と
を含む、試料のpHを測定する方法であって、
前記蛍光性発光が前記試料のpHを測定するために使用される方法。
【請求項40】
前記試料が細胞を含む、請求項39に記載の方法。
【請求項41】
前記試料が、生細胞、細胞内液、細胞外液、血清、生体液、生物学的発酵培地、環境試料、工業試料、タンパク質、ペプチド、緩衝液、生体液もしくは化学反応器、血液細胞、免疫細胞、培養細胞、筋肉組織、ニューロン、細胞外小胞、脈管組織、血液、唾液、尿、水、土壌、廃水、海水、薬剤、食品または飲料を含む、請求項38に記載の方法。
【請求項42】
前記試料が、ポリマー膜上、ポリマーゲル内、微小粒子上、マイクロアレイ上、シリコンチップ上、スライドガラス上、マイクロウェルプレート上、および微小流体チップ上に固定化されている、請求項39、請求項40および請求項41のいずれか一項に記載の方法。
【請求項43】
前記接触させる段階が、前記試料を第2の色素と接触させることをさらに含む、請求項39から請求項42のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
前記第2の色素が、前記色素とまたは化合物と異なる蛍光性発光スペクトルを有しかつ前記化合物のpKaと異なるpKaを有するpH感受性色素である、請求項36に記載の方法。
【請求項45】
(a)前記細胞を請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物と接触させ、接触させた細胞を形成する段階と、
(b)前記接触させた細胞を、前記化合物が前記細胞に侵入するためにインキュベーションし、標識された細胞を形成する段階と、
(c)前記標識された細胞を、蛍光が測定される適切な波長を用いて照射し、それによって前記細胞内部のpHをモニターする段階と
を含む、生細胞内部のpHをモニターするための方法。
【請求項46】
前記細胞内部のpHの変化が細胞プロセスに対応する、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
前記化合物がタンパク質、核酸または脂質に結合されている、請求項45または請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記細胞がニューロンである、請求項45、請求項46および請求項47のいずれか一項に記載の方法。
【請求項49】
(a)担体分子を蛍光性pH感受性色素に結合し、担体結合体を形成する段階と、
(b)前記担体結合体を細胞と接触させ、接触させた細胞を形成する段階と、
(c)前記接触させた細胞をインキュベーションし、インキュベーションされた溶液を形成する段階と、
(d)前記インキュベーションされた溶液を照射し、照射された溶液を形成する段階と、
(e)前記照射された溶液からの蛍光性発光を検出する段階と
を含む、溶液中の担体分子の食作用を検出するための方法であって、
蛍光性発光が前記担体分子の食作用を示す方法。
【請求項50】
前記担体分子が大腸菌(E.coli)生体粒子である、請求項47に記載の方法。
【請求項51】
前記色素が、請求項1から請求項38のいずれか一項で特許請求される色素である、請求項49または請求項50に記載の方法。
【請求項52】
(a)請求項1から請求項38にいずれか一項に記載の化合物を細胞と接触させ、接触させた細胞を形成する段階と、
(b)前記接触させた細胞をインキュベーションし、インキュベーションされた溶液を形成する段階と、
(c)前記インキュベーションされた溶液を照射し、照射された溶液を形成する段階と、
(d)前記照射された溶液からの蛍光性発光を検出する段階と
を含む、pHに関連する細胞プロセスを検出する方法であって、
蛍光性発光の増加が前記細胞プロセスの活性化を示す方法。
【請求項53】
前記細胞プロセスがイオンチャネルの開口である、請求項52に記載の方法。
【請求項54】
前記イオンチャネルがカルシウムチャネルである、請求項53に記載の方法。
【請求項55】
請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物を細胞の集団と接触させ、接触させた細胞集団を形成する段階と、
前記接触させた細胞集団を、前記化合物が前記標的細胞に侵入するのに十分な時間インキュベーションし、それによってインキュベーションされた細胞集団を形成する段階と、
前記インキュベーションされた細胞集団を照射する段階を含む、標的細胞が集団内の隣接する細胞とは異なって標識される、前記細胞の集団内の標的細胞を同定する方法であって、
前記標的細胞が、前記集団内の隣接する細胞と異なる標識によって同定される、
方法。
【請求項56】
前記標的細胞が神経細胞である、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
前記異なる標識が蛍光の増加を含む、請求項56に記載の方法。
【請求項58】
請求項10から請求項14のいずれか一項に記載の化合物を合成する方法であって、
(a)式IIA:

の化合物を、式IIC:

の化合物と接触させ、前記標的化合物を形成する段階を含む方法。
【請求項61】
式IIAの化合物を合成する段階をさらに含む、請求項60に記載の方法であって、該方法が、
(b)式IIB:

の化合物を塩素化剤、例えば塩化オキサリルと接触させ、式IIAの化合物を形成する段階を含む、方法。
【請求項62】
請求項15から請求項17のいずれか一項に記載の化合物または請求項15に直接的もしくは間接的に従属する場合には請求項22から請求項36のいずれか一項に記載の化合物を合成する方法であって、
IV
(a)式IVA:

の化合物を、式IVB:

および/またはIVC:

の化合物、ならびに2,3,5,6−テトラクロロシクロヘキサ−2,5−ジエン−1,4−ジオン(クロラニル)、およびBF・EtOと接触させ、前記標的化合物を形成する段階を含む方法。
【請求項63】
請求項18から請求項21のいずれか一項に記載の化合物、または請求項18に直接的もしくは間接的に従属する場合には請求項22から請求項36のいずれか一項に記載の化合物を合成する方法であって、

(a)式VA:

の化合物をP(OEt)と接触させ、前記標的化合物を形成する段階を含む方法。
【請求項64】
式VAの化合物を合成する段階をさらに含む、請求項63に記載の方法であって、該方法が、
(a)式IVA:

の化合物を式VB:

の化合物と接触させ、式VAの化合物を形成する段階を含む、方法。
【請求項65】
(a)請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物と、
(b)検体と
を含む、組成物。
【請求項66】
前記検体が細胞であり、前記化合物が前記細胞内部に位置する、請求項65に記載の組成物。
【請求項67】
前記検体がタンパク質、脂質または核酸である、請求項65に記載の組成物。
【請求項68】
前記化合物が担体分子に結合されている、請求項67に記載の組成物。
【請求項69】
試料のpHを測定するためのキットであって、
(a)請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物と、
(b)前記試料のpHを測定するための指示書と
を含むキット。
【請求項70】
緩衝剤、精製培地、前記試料を含むバイアル、または有機溶媒のうちの1つまたは複数をさらに含む、請求項69に記載のキット。
【請求項71】
任意で、生細胞に関する、または生物学的実体もしくは物質、例えば生細胞、細胞内液、細胞外液、体液、血清、発酵培地、細胞培養液、もしくは組織を含むかまたは含むと思われる試料における、請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物のpHセンサーとしての使用。
【請求項72】
バイオアッセイ法における、請求項1から請求項38のいずれか一項に記載の化合物の使用。

【公表番号】特表2010−508295(P2010−508295A)
【公表日】平成22年3月18日(2010.3.18)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2009−534880(P2009−534880)
【出願日】平成19年10月26日(2007.10.26)
【国際出願番号】PCT/US2007/082617
【国際公開番号】WO2008/076524
【国際公開日】平成20年6月26日(2008.6.26)
【出願人】(502221282)ライフ テクノロジーズ コーポレーション (113)
【Fターム(参考)】