配列変化検出及び発見用の断片化をベースとする方法及びシステム
配列変化分析用の断片化をベースとした方法及びシステム、特に質量分析方法及びシステムを提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的分子中の配列変化を決定する方法であって：
ａ）標的生物分子を１又は複数以上の特異的開裂試薬と接触させることによって当該標的生物分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成したフラグメントと前記ｂ）で生成したフラグメントとの間で質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程、
を含む、標的生物分子中の配列変化を決定する方法。
【請求項２】
前記生物分子が生体高分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物分子がポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記生物分子が核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記生物分子がＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記生物分子がＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的核酸分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ａ）前記標的生物分子と前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む、減少した配列変化候補の組を決定する、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記質量シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
標的核酸分子中の配列変化を特定する方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることによって標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成したフラグメント及び前記ｂ）で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程、
を含む、標的核酸分子中の配列変化の決定方法。
【請求項１２】
ａ）前記標的核酸と前記参照核酸との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照核酸と比較した前記標的核酸中の配列変化を決定する工程を含む、減少した配列変化候補の組を決定する請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記出力シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記配列変化が変異又は多型である、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記変異が挿入、欠失、又は置換である、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記多型が単一ヌクレオチド多型である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的が真核生物、原核生物、及びウイルスから成る群から選択される生物由来の標的核酸分子である、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項１９】
前記生物が細菌である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記細菌がヘリコバクターピロリ（Helicobacter pyloris）、ボレリア・バーグドフェリ（Borelia burgdorferi）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、マイコバクテリア（Mycobacteria）種（例えば、結核菌（M. tuberculosis）、鳥結核菌（M. avium）、Ｍ．イントラセルラー（M. intracellulare）、Ｍ．カンサイ（M. kansaii）、Ｍ．ゴルドナエ（M. gordonae）)、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、淋菌（Neisseria gonorrhoeae）、髄膜炎菌（Neisseria meningitidis）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、ストレプトコッカス・アガラクティー（Streptococcus agalactiae）、連鎖球菌種（Streptococcus sp.）、大便連鎖球菌（Streptococcus faecalis）、ウシ型連鎖球菌（Streptococcus bovis）、肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumoniae）、カンピロバクター種（Campylobacter sp.）、腸球菌種（Enterococcus sp.）、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）、炭疽菌（Bacillus antracis）、ジフテリア菌（Corynebacterium diphtheriae）、コリネバクテリウム種（Corynebacterum sp.）、豚丹毒菌（Erysipelothrix rhusiopathiae）、ウェルシュ菌（Clostridium perfringens）、破傷風菌（Clostridium tetani）、エンテロバクター・アイロゲネス（Enterobacter aerogenes）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、パスツレラ・マルトシダ（Pasturella multocida）、バクテロイデス種（Bacteroides sp.）、フゾバクテリウム・ヌクレタム（Fusobacterium nucletum）、ストレプトバシラス・モニリフォルミス（Streptobacillus moniliformis）、梅毒トレポネーマ（Treponema palridium）、フランベジアトレポネーマ（Treponema peitenue）、レプトスピラ（Leptospira）、及びイスラエル放線菌（Actinomyces israelii）から成る群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２２】
特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ．ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチン（cusavitin）の中から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２４】
前記標的生物分子中の配列変化によって被検体のジェノタイピング、法医学分析、疾患診断、又は疾患予後が可能となる、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２５】
参照核酸分子に対する標的核酸分子中の後成的変化を決定する、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２６】
試料中の対立遺伝子頻度を決定するための方法であって：
ａ）野生型及び変異体対立遺伝子の混合物を含有する試料中の標的核酸分子の混合物を１又は複数の特異的開裂試薬を用いてフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ特異的開裂試薬を用いて野生型対立遺伝子を含む核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｃ）前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子の混合物と前記野生型核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補対立遺伝子である対立遺伝子変異体を決定する工程；
ｇ）前記候補対立遺伝子をスコア付けする工程；及び
ｈ）前記試料中の前記変異体対立遺伝子の対立遺伝子頻度を決定する工程、
を含む試料中の対立遺伝子頻度の決定方法である、請求項１１に記載の方法。
【請求項２７】
前記対立遺伝子頻度が約５〜１０％である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記対立遺伝子頻度が５％未満である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基の位置における配列変化を決定するための方法であって：
ａ）前記分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより前記標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により１又は複数の参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子と前記１つ以上の参照核酸分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程を含む、複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における配列変化の決定方法。
【請求項３０】
前記標的核分子及び前記１又は複数の参照分子をフラグメントに開裂する工程後、前記フラグメントを固体支持体上で固定化する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記フラグメントがアレイを構成する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記アレイが質量分析用チップである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
試料中の核酸混合物中の標的核酸における配列変化を検出するための方法であって：
ａ）同じ又は異なる特異的開裂試薬を試料に用いて１超の特異的開裂反応を行う工程、ここで、前記標的核酸は複数の断片化反応で開裂されて複数の断片化パターンを生ずる；
ｂ）前記工程ａ）の標的開裂反応の条件と同じ条件下で参照核酸に対して１超の特異的開裂反応を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記開裂標的核酸の複数の断片化パターンと前記開裂参照核酸の複数の断片化パターンとの間で異なるフラグメントを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸中の特定の配列変化と一致する前記異なるフラグメントを決定する工程；
ｅ）１又は複の配列変化に対応する前記一致した異なるフラグメントを合わせ、異なるフラグメントのスペクトルを得る工程；
ｆ）前記異なるフラグメントのスペクトルからコンポマー・ウィットネスであるコンポマーを含むそれらの異なるフラグメント決定する工程；
ｇ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｈ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｉ）生物試料中の核酸混合物中における前記標的核酸分子中の配列変化を決定する工程、
を含む、試料中の核酸混合物中における標的核酸中の配列変化を検出する方法。
【請求項３６】
前記生物試料が腫瘍試料である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記生物試料が個体のプール由来のゲノムＤＮＡを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記標的核酸の混合物の約５〜１０％が前記配列変化を含む、請求項３６又は３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記標的核酸の混合物の５％未満が前記配列変化を含む、請求項３６又は３７に記載の方法。
【請求項４０】
記録可能媒体；及び
ａ）標的生物分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより標的生物分子をフラグメントに開裂することにより生成された標的生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程、及び同じ開裂試薬を用いて参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションすることにより生成された参照生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｂ）前記標的生物分子で生成したフラグメントと前記参照生物分子で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；並びに
ｃ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む方法、を行うためのコンピュータによって実行可能である前記記録可能媒体上の複数のコンピュータ読み取り可能なプログラム命令を含む、標的生物分子中の配列変化を決定するためのコンピュータ読み取り可能な媒体上に記録されたプログラム命令を実行してコンピュータで使用のためのプログラム製品。
【請求項４１】
前記コンピュータ実行可能な方法が前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的生物分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４２】
前記コンピュータ実行可能な方法の減少した配列変化の組を決定する工程が：
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、工程ａ）で同定された前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４３】
前記出力シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４４】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４５】
記録可能媒体；及び
ａ）標的核酸分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂することにより生成された標的核酸分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程、及び同じ開裂試薬を用いて参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションすることにより生成された参照核酸分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｂ）前記標的核酸で生成したフラグメントと前記参照核酸で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；並びに
ｃ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む方法、
を行うためのコンピュータによって実行可能である前記記録可能媒体上の複数のコンピュータ読み取り可能なプログラム命令を含む、標的核酸分子中の配列変化を決定するためのコンピュータ読み取り可能な媒体上に記録されたプログラム命令を実行してコンピュータで使用のためのプログラム製品。
【請求項４６】
前記フラグメントの前記質量を質量分析によって決定する、請求項４５に記載のプログラム製品。
【請求項４７】
請求項４０又は４５に記載のプログラム製品及び１又は複数の特異的開裂試薬の組み合わせ。
【請求項４８】
コンピュータ、請求項４０又は４５に記載のプログラム製品、及び１又は複数の特異的開裂試薬を含むシステム。
【請求項４９】
１もしくは複数の参照核酸分子；及び／又は１もしくは複数の天然若しくは修飾ヌクレオシド三リン酸をさらに含む、請求項４７に記載の組み合わせ。
【請求項５０】
請求項４７又は４９に記載の組み合わせ、及び任意に配列変化を決定するための命令を含む、１又は複数の標的核酸分子中の配列変化を決定するためのキット。
【請求項５１】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項５０に記載のキット。
【請求項５２】
前記ＲＮＡｓｅがＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項５１に記載のキット。
【請求項５３】
１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法であって：
ａ）参照配列及び１又は複数の特異的開裂試薬の同一性をコンピュータに入力する工程；
ｂ）同じ開裂試薬と標的核酸分子との反応によって生じるフラグメントの質量を入力する工程；
ｃ）前記標的核酸分子と前記参照核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｄ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｃ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｅ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程を含む、１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法。
【請求項５４】
前記工程ｄ）において、コンポマー・ウィットネスである前記コンポマーが、前記工程ｃ）で生じた同定された異なるフラグメントに対応する前記コンポマーを前記特異的開裂試薬の各々について既に決定されているコンポマー・ウィットネスのデータベースと比較することによって決定される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システムであって：
１又は複数の特異的開裂試薬の存在下で反応混合物中の標的核酸分子に対して断片化反応を行う処理ステーション；
前記処理ステーション由来の得られた断片化生成物を該反応生成物の質量を決定する質量測定ステーションに移すロボットシステム；及び
請求項５３に記載の方法を行って前記試料中の標的核酸分子中の１又は複数の位置における配列変化を同定することにより、前記質量測定ステーションからのデータを処理するデータ分析システムを含む、試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システム。
【請求項５６】
各ステーションでの処理がいつ完了したかを決定し、それに則して、前記試料を次の試験ステーションに移し、制御システムが停止命令を受けるまで試料を次々と継続的に処理する制御システムをさらに含む、請求項５５に記載のシステム。
【請求項５７】
前記質量測定ステーションが質量分光計である、請求項５５に記載のシステム。
【請求項５８】
前記標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程の前に、前記開裂特異性が変わるように前記核酸を処理する、請求項１１に記載の方法。
【請求項５９】
複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における単一ヌクレオチド多型の決定方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の塩基特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて１又は複数の参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）ａ）及びｂ）で生成した前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子と前記１つ以上の参照核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）複数の前記標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程、
を含む、複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における単一ヌクレオチド多型の決定方法。
【請求項６０】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
前記標的核酸が個体のプール由来のゲノムを含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６５】
標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の塩基特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成されたフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成されたフラグメントと前記ｂ）で生成されたフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから単一ヌクレオチド多型候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程、
を含む、標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する方法。
【請求項６６】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅである、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴl、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６９】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項６５に記載の方法。
【請求項７０】
前記標的核酸が一個体由来のゲノムＤＮＡである、請求項６５に記載の方法。
【請求項７１】
前記単一ヌクレオチド多型候補の減少した組をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７２】
ヘテロ接合単一ヌクレオチド多型候補をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７３】
ホモ接合単一ヌクレオチド多型候補をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７４】
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の前記配列変化を決定する工程、
を含む、減少した配列変化候補の組を決定する請求項２〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
質量シグナルの前記違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項２〜７及び７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７６】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項２〜７及び７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７７】
前記配列変化が変異又は多型である、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記変異が挿入、欠失、又は置換である、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記標的が真核生物、原核生物、及びウイルスから成る群から選択される生物由来の標的核酸分子である、請求項２〜１０及び１２〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８０】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
前記標的生物分子中の配列変化によって被検体のジェノタイピング、法医学分析、疾患診断、又は疾患予後が可能となる、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
参照核酸分子に対する標的核酸分子中の後成遺伝子変化を決定する、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
試料中の対立遺伝子頻度を決定する方法であって：
ａ）野生型及び変異体対立遺伝子の混合物を含有する試料中の標的核酸分子の混合物を１つ以上の特異的開裂試薬を用いてフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて野生型対立遺伝子を含む核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｃ）前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；ｄ）前記標的核酸分子の混合物と前記野生型核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補対立遺伝子である対立遺伝子変異体を決定する工程；
ｇ）前記候補対立遺伝子をスコア付けする工程；及び
ｈ）前記試料中の前記変異体対立遺伝子の対立遺伝子頻度を決定する工程、
を含む試料中の対立遺伝子頻度を決定する方法である、請求項１２〜１７及び７７〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８５】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項８６】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項８７】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項６０、６１、６６、又は６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８８】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項６０〜６２及び６６〜６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８９】
前記標的核酸が個体のプール由来のゲノムＤＮＡを含む、請求項６０〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１】
標的分子中の配列変化を決定する方法であって：
ａ）標的生物分子を１又は複数以上の特異的開裂試薬と接触させることによって当該標的生物分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成したフラグメントと前記ｂ）で生成したフラグメントとの間で質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程、
を含む、標的生物分子中の配列変化を決定する方法。
【請求項２】
前記生物分子が生体高分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物分子がポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記生物分子が核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記生物分子がＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記生物分子がＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的核酸分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ａ）前記標的生物分子と前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む、減少した配列変化候補の組を決定する、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記質量シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
標的核酸分子中の配列変化を特定する方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることによって標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成したフラグメント及び前記ｂ）で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程、
を含む、標的核酸分子中の配列変化の決定方法。
【請求項１２】
ａ）前記標的核酸と前記参照核酸との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照核酸と比較した前記標的核酸中の配列変化を決定する工程を含む、減少した配列変化候補の組を決定する請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記出力シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記配列変化が変異又は多型である、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記変異が挿入、欠失、又は置換である、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記多型が単一ヌクレオチド多型である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的が真核生物、原核生物、及びウイルスから成る群から選択される生物由来の標的核酸分子である、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項１９】
前記生物が細菌である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記細菌がヘリコバクターピロリ（Helicobacter pyloris）、ボレリア・バーグドフェリ（Borelia burgdorferi）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、マイコバクテリア（Mycobacteria）種（例えば、結核菌（M. tuberculosis）、鳥結核菌（M. avium）、Ｍ．イントラセルラー（M. intracellulare）、Ｍ．カンサイ（M. kansaii）、Ｍ．ゴルドナエ（M. gordonae）)、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、淋菌（Neisseria gonorrhoeae）、髄膜炎菌（Neisseria meningitidis）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、ストレプトコッカス・アガラクティー（Streptococcus agalactiae）、連鎖球菌種（Streptococcus sp.）、大便連鎖球菌（Streptococcus faecalis）、ウシ型連鎖球菌（Streptococcus bovis）、肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumoniae）、カンピロバクター種（Campylobacter sp.）、腸球菌種（Enterococcus sp.）、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）、炭疽菌（Bacillus antracis）、ジフテリア菌（Corynebacterium diphtheriae）、コリネバクテリウム種（Corynebacterum sp.）、豚丹毒菌（Erysipelothrix rhusiopathiae）、ウェルシュ菌（Clostridium perfringens）、破傷風菌（Clostridium tetani）、エンテロバクター・アイロゲネス（Enterobacter aerogenes）、肺炎桿菌（Klebsiella pneumoniae）、パスツレラ・マルトシダ（Pasturella multocida）、バクテロイデス種（Bacteroides sp.）、フゾバクテリウム・ヌクレタム（Fusobacterium nucletum）、ストレプトバシラス・モニリフォルミス（Streptobacillus moniliformis）、梅毒トレポネーマ（Treponema palridium）、フランベジアトレポネーマ（Treponema peitenue）、レプトスピラ（Leptospira）、及びイスラエル放線菌（Actinomyces israelii）から成る群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２２】
特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ．ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチン（cusavitin）の中から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２４】
前記標的生物分子中の配列変化によって被検体のジェノタイピング、法医学分析、疾患診断、又は疾患予後が可能となる、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２５】
参照核酸分子に対する標的核酸分子中の後成的変化を決定する、請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項２６】
試料中の対立遺伝子頻度を決定するための方法であって：
ａ）野生型及び変異体対立遺伝子の混合物を含有する試料中の標的核酸分子の混合物を１又は複数の特異的開裂試薬を用いてフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ特異的開裂試薬を用いて野生型対立遺伝子を含む核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｃ）前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子の混合物と前記野生型核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補対立遺伝子である対立遺伝子変異体を決定する工程；
ｇ）前記候補対立遺伝子をスコア付けする工程；及び
ｈ）前記試料中の前記変異体対立遺伝子の対立遺伝子頻度を決定する工程、
を含む試料中の対立遺伝子頻度の決定方法である、請求項１１に記載の方法。
【請求項２７】
前記対立遺伝子頻度が約５〜１０％である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記対立遺伝子頻度が５％未満である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基の位置における配列変化を決定するための方法であって：
ａ）前記分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより前記標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により１又は複数の参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子と前記１つ以上の参照核酸分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程を含む、複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における配列変化の決定方法。
【請求項３０】
前記標的核分子及び前記１又は複数の参照分子をフラグメントに開裂する工程後、前記フラグメントを固体支持体上で固定化する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記フラグメントがアレイを構成する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記アレイが質量分析用チップである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
試料中の核酸混合物中の標的核酸における配列変化を検出するための方法であって：
ａ）同じ又は異なる特異的開裂試薬を試料に用いて１超の特異的開裂反応を行う工程、ここで、前記標的核酸は複数の断片化反応で開裂されて複数の断片化パターンを生ずる；
ｂ）前記工程ａ）の標的開裂反応の条件と同じ条件下で参照核酸に対して１超の特異的開裂反応を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記開裂標的核酸の複数の断片化パターンと前記開裂参照核酸の複数の断片化パターンとの間で異なるフラグメントを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸中の特定の配列変化と一致する前記異なるフラグメントを決定する工程；
ｅ）１又は複の配列変化に対応する前記一致した異なるフラグメントを合わせ、異なるフラグメントのスペクトルを得る工程；
ｆ）前記異なるフラグメントのスペクトルからコンポマー・ウィットネスであるコンポマーを含むそれらの異なるフラグメント決定する工程；
ｇ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｈ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｉ）生物試料中の核酸混合物中における前記標的核酸分子中の配列変化を決定する工程、
を含む、試料中の核酸混合物中における標的核酸中の配列変化を検出する方法。
【請求項３６】
前記生物試料が腫瘍試料である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記生物試料が個体のプール由来のゲノムＤＮＡを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記標的核酸の混合物の約５〜１０％が前記配列変化を含む、請求項３６又は３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記標的核酸の混合物の５％未満が前記配列変化を含む、請求項３６又は３７に記載の方法。
【請求項４０】
記録可能媒体；及び
ａ）標的生物分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより標的生物分子をフラグメントに開裂することにより生成された標的生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程、及び同じ開裂試薬を用いて参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションすることにより生成された参照生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｂ）前記標的生物分子で生成したフラグメントと前記参照生物分子で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；並びに
ｃ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む方法、を行うためのコンピュータによって実行可能である前記記録可能媒体上の複数のコンピュータ読み取り可能なプログラム命令を含む、標的生物分子中の配列変化を決定するためのコンピュータ読み取り可能な媒体上に記録されたプログラム命令を実行してコンピュータで使用のためのプログラム製品。
【請求項４１】
前記コンピュータ実行可能な方法が前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的生物分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４２】
前記コンピュータ実行可能な方法の減少した配列変化の組を決定する工程が：
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、工程ａ）で同定された前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４３】
前記出力シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４４】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項４０に記載のプログラム製品。
【請求項４５】
記録可能媒体；及び
ａ）標的核酸分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂することにより生成された標的核酸分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程、及び同じ開裂試薬を用いて参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションすることにより生成された参照核酸分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｂ）前記標的核酸で生成したフラグメントと前記参照核酸で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；並びに
ｃ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程を含む方法、
を行うためのコンピュータによって実行可能である前記記録可能媒体上の複数のコンピュータ読み取り可能なプログラム命令を含む、標的核酸分子中の配列変化を決定するためのコンピュータ読み取り可能な媒体上に記録されたプログラム命令を実行してコンピュータで使用のためのプログラム製品。
【請求項４６】
前記フラグメントの前記質量を質量分析によって決定する、請求項４５に記載のプログラム製品。
【請求項４７】
請求項４０又は４５に記載のプログラム製品及び１又は複数の特異的開裂試薬の組み合わせ。
【請求項４８】
コンピュータ、請求項４０又は４５に記載のプログラム製品、及び１又は複数の特異的開裂試薬を含むシステム。
【請求項４９】
１もしくは複数の参照核酸分子；及び／又は１もしくは複数の天然若しくは修飾ヌクレオシド三リン酸をさらに含む、請求項４７に記載の組み合わせ。
【請求項５０】
請求項４７又は４９に記載の組み合わせ、及び任意に配列変化を決定するための命令を含む、１又は複数の標的核酸分子中の配列変化を決定するためのキット。
【請求項５１】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項５０に記載のキット。
【請求項５２】
前記ＲＮＡｓｅがＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項５１に記載のキット。
【請求項５３】
１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法であって：
ａ）参照配列及び１又は複数の特異的開裂試薬の同一性をコンピュータに入力する工程；
ｂ）同じ開裂試薬と標的核酸分子との反応によって生じるフラグメントの質量を入力する工程；
ｃ）前記標的核酸分子と前記参照核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｄ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｃ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｅ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程を含む、１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法。
【請求項５４】
前記工程ｄ）において、コンポマー・ウィットネスである前記コンポマーが、前記工程ｃ）で生じた同定された異なるフラグメントに対応する前記コンポマーを前記特異的開裂試薬の各々について既に決定されているコンポマー・ウィットネスのデータベースと比較することによって決定される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システムであって：
１又は複数の特異的開裂試薬の存在下で反応混合物中の標的核酸分子に対して断片化反応を行う処理ステーション；
前記処理ステーション由来の得られた断片化生成物を該反応生成物の質量を決定する質量測定ステーションに移すロボットシステム；及び
請求項５３に記載の方法を行って前記試料中の標的核酸分子中の１又は複数の位置における配列変化を同定することにより、前記質量測定ステーションからのデータを処理するデータ分析システムを含む、試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システム。
【請求項５６】
各ステーションでの処理がいつ完了したかを決定し、それに則して、前記試料を次の試験ステーションに移し、制御システムが停止命令を受けるまで試料を次々と継続的に処理する制御システムをさらに含む、請求項５５に記載のシステム。
【請求項５７】
前記質量測定ステーションが質量分光計である、請求項５５に記載のシステム。
【請求項５８】
前記標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程の前に、前記開裂特異性が変わるように前記核酸を処理する、請求項１１に記載の方法。
【請求項５９】
複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における単一ヌクレオチド多型の決定方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の塩基特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて１又は複数の参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）ａ）及びｂ）で生成した前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子と前記１つ以上の参照核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）複数の前記標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程、
を含む、複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における単一ヌクレオチド多型の決定方法。
【請求項６０】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６４】
前記標的核酸が個体のプール由来のゲノムを含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６５】
標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する方法であって：
ａ）標的核酸分子を１又は複数の塩基特異的開裂試薬と接触させることにより標的核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成されたフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成されたフラグメントと前記ｂ）で生成されたフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから単一ヌクレオチド多型候補の減少した組を決定し、それによって前記参照核酸と比較した前記標的中の単一ヌクレオチド多型を決定する工程、
を含む、標的核酸分子中の単一ヌクレオチド多型を決定する方法。
【請求項６６】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅである、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴl、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６９】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項６５に記載の方法。
【請求項７０】
前記標的核酸が一個体由来のゲノムＤＮＡである、請求項６５に記載の方法。
【請求項７１】
前記単一ヌクレオチド多型候補の減少した組をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７２】
ヘテロ接合単一ヌクレオチド多型候補をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７３】
ホモ接合単一ヌクレオチド多型候補をスコア付けする工程をさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項７４】
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の前記配列変化を決定する工程、
を含む、減少した配列変化候補の組を決定する請求項２〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７５】
質量シグナルの前記違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項２〜７及び７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７６】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項２〜７及び７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７７】
前記配列変化が変異又は多型である、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記変異が挿入、欠失、又は置換である、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記標的が真核生物、原核生物、及びウイルスから成る群から選択される生物由来の標的核酸分子である、請求項２〜１０及び１２〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８０】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
前記標的生物分子中の配列変化によって被検体のジェノタイピング、法医学分析、疾患診断、又は疾患予後が可能となる、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
参照核酸分子に対する標的核酸分子中の後成遺伝子変化を決定する、請求項２〜１０、１２〜１７、及び７９〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８４】
試料中の対立遺伝子頻度を決定する方法であって：
ａ）野生型及び変異体対立遺伝子の混合物を含有する試料中の標的核酸分子の混合物を１つ以上の特異的開裂試薬を用いてフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を用いて野生型対立遺伝子を含む核酸分子をフラグメントに開裂する工程；
ｃ）前記フラグメントの質量シグナルを決定する工程；ｄ）前記標的核酸分子の混合物と前記野生型核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｄ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補対立遺伝子である対立遺伝子変異体を決定する工程；
ｇ）前記候補対立遺伝子をスコア付けする工程；及び
ｈ）前記試料中の前記変異体対立遺伝子の対立遺伝子頻度を決定する工程、
を含む試料中の対立遺伝子頻度を決定する方法である、請求項１２〜１７及び７７〜８１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８５】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅＴ1、ＲＮａｓｅＵ2、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項８６】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項８７】
前記標的核酸分子が一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及びＤＮＡ／ＲＮＡモザイク核酸の中から選択される、請求項６０、６１、６６、又は６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８８】
前記標的核酸が転写によって生成される、請求項６０〜６２及び６６〜６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８９】
前記標的核酸が個体のプール由来のゲノムＤＮＡを含む、請求項６０〜６３のいずれか１項に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図２】
【図３】
【図４】
【公表番号】特表２００６−５１５９８７（Ｐ２００６−５１５９８７Ａ）
【公表日】平成１８年６月１５日（２００６．６．１５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５５７３６９（Ｐ２００４−５５７３６９）
【出願日】平成１５年１１月２６日（２００３．１１．２６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３７９３１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５０８３９
【国際公開日】平成１６年６月１７日（２００４．６．１７）
【出願人】（５０５１９８９５０）セクエノム，インコーポレイティド (6)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年６月１５日（２００６．６．１５）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年１１月２６日（２００３．１１．２６）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０３７９３１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／０５０８３９
【国際公開日】平成１６年６月１７日（２００４．６．１７）
【出願人】（５０５１９８９５０）セクエノム，インコーポレイティド (6)
【Ｆターム（参考）】
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