本発明は、コリスミ酸合成酵素の構造座標の同定について記載する。分子又は分子複合体の三次元表示を作成するようにコンピュータをプログラムし、
ここで、上記分子又は分子複合体は、以下：
（ａ）図１のＡｒｇ３９、Ｈｉｓ１１０、Ｓｅｒ１３２、Ｔｈｒ１３６、Ｌｙｓ２５４、Ｇｌｙ２９７、Ｌｙｓ３１１、Ｔｈｒ３１５、Ａｒｇ３３７及びＡｓｐ３３９；若しくは、
（ｂ）図１のＳｅｒ９、Ｈｉｓ１０、Ａｒｇ３９、Ａｓｐ５４、Ａｒｇ１０７、Ｈｉｓ１１０、Ｓｅｒ１３２、Ａｌａ１３３、Ａｒｇ１３４、Ｔｈｒ１３６、Ａｒｇ３３７及びＡｓｐ３３９：
の構造座標によって定義される結合ドメインを含むか、又は、
上記分子複合体若しくは結合ドメインは、保存された残基の骨格原子を、上記アミノ酸の構造座標によって記載された相当骨格原子に重ね合わせた際に、二乗平均平方根偏差が２Å未満であるかのいずれかである。
（もっと読む）

【課題】 被験物質がリガンドと相互作用することにより生じるリガンドの構造変化を分析する方法を提供すること。
【解決手段】 リガントと被験物質との相互作用を少なくとも２種以上の高屈折率溶媒を用いて測定し、得られた測定結果からリガンドの排除体積の変化を求めることを含む、リガンドと被験物質との相互作用により生じるリガンドの構造変化を分析する方法。 （もっと読む）

本発明は、細胞、組織、または動物における一以上の代謝関連表現型に対する化合物の影響を測定するための、いくつかのアッセイフォーマットを提供する。アッセイフォーマットは、癌原遺伝子Ｃｂｌが、ベースのグルコース取込み、代謝率、脂肪生成、筋肉熱産生、ミトコンドリアの構造および機能、除脂肪筋肉量対体脂肪比、および食行動を調整することに関与しているという発見に基づいている。 （もっと読む）

【課題】生体物質の固定化に適した材料、および日常の診断方法における使用にも適した、生体物質とくに核酸を単離するための簡便な方法を提供すること。
【解決手段】核酸における酵素反応を行う方法であって、ここで液体中に核酸を含む試料由来の核酸が、ガラス表面を有する磁性粒子への吸着により天然型で単離され、その後酵素反応における基質として使用される方法；（ａ）ガラス表面を有する磁性粒子、（ｂ）試料を溶解させるためのカオトロピック塩溶液、（ｃ）任意に洗浄溶液、および（ｄ）任意に抽出溶液を含む試料から核酸を単離するための試薬組成物；ならびに、実質的に無孔または１０ｎｍ未満の直径の孔を有するガラスの外表面を有してなり、ここで該ガラスは酸化ホウ素を含有する磁性粒子、など。 （もっと読む）

本発明者らは、遺伝子発現の事実を示す方法であって、 (a)ある遺伝子の末端転写配列を含む末端を有する相補的デオキシリボ核酸（cDNA）を用意する工程、(b)cDNAを、第1認識部位から離れた部位で核酸の切断を可能にする第1核酸開裂酵素、好ましくは制限エンドヌクレアーゼ、の該第1認識配列を含むリンカー配列に連結し、それによって連結核酸を形成する工程、(c)連結核酸を第1核酸開裂酵素で切断することにより、該遺伝子の末端転写配列を表すヌクレオチド配列タグを含む連結タグを付与する工程、および(d)連結タグまたはヌクレオチド配列タグの存在または同一性を検出することにより、遺伝子発現の事実を示すことを含む、上記方法を記載する。
（もっと読む）

本発明は、候補タンパク質発現ライブラリー内の可溶性候補タンパク質の発現についてスクリーニングする方法に関する。本方法は、ライブラリーの各タンパク質をペプチド基質と融合させ、更に前記ペプチド基質の酵素による改変を検出することによって可溶性候補タンパク質を発現する細胞を同定することを必要とする。
（もっと読む）

本発明は、減少した塩基類似体検出活性を有する古細菌DNAポリメラーゼ突然変異体の生成および解析に関する。本発明は更に、DNA重合または3'-5'エキソヌクレアーゼ活性を含む他のDNAポリメラーゼ活性を調節する更なる突然変異を含む、減少した塩基類似体検出活性を有する古細菌DNAポリメラーゼ突然変異体を提供する。本発明はまた、減少した塩基類似体検出活性を有するDNAポリメラーゼの方法および応用を開示する。 （もっと読む）

本発明開示は、検出プローブを持つ汎用検出子が、標的に対応する識別子タグを持つタグ付き分子と共にインキュベートされ、相補的検出プローブへの識別子タグのハイブリダイゼーションが、アッセイ対象物中に、対応する標的が存在することを示すという、汎用タグアッセイのための方法および組成物を提供する。特に、本発明開示は、標的ヌクレオチド配列に対応する識別子タグを持つタグ付き分子を生成させる標的依存的操作によって、試料中の標的ヌクレオチド配列を検出するための方法および組成物を提供する。この方法では、検出プローブを持つ汎用検出子と共にタグ付き分子をインキュベートすることによって、相補的な検出プローブへの識別子タグのハイブリダイゼーションが可能になり、それによって、各識別子タグに対応する標的ヌクレオチド配列の存在が示される。好ましい実施形態には、一塩基多型（SNP）、対立遺伝子変異体、およびスプライス変異体を含む変異体配列を検出するための汎用タグアッセイの使用が含まれる。好ましい実施形態には、さらに、汎用検出子（好ましくは金電極または炭素電極を持つ汎用チップ）上に固定化された検出プローブへのタグ付きDNAまたはRNA分子のハイブリダイゼーションを検出するためのルテニウムアンペロメトリーの使用が含まれる。
（もっと読む）

複数の核酸分子の中で既知の配列を有する標的核酸分子を検出するための方法を開示する。該方法は、標的核酸分子上の隣接したヌクレオチド配列に２つのオリゴヌクレオチドをハイブリダイズさせること、２つのオリゴヌクレオチドを互いに連結すること、および標的核酸分子上の５’ヌクレオチド配列にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの３’末端にハイブリダイズしたプライマーを伸長させることを含む。標的核酸分子が存在する（および、それによって２つのオリゴヌクレオチドが連結される）場合、プライマーの伸長によって、標的核酸分子上の３’ヌクレオチド配列にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの５’末端にハイブリダイズした検出プローブが除去される。本発明の方法を実施するためのキットも提供される。 （もっと読む）

本発明は、標的ＲＮＡの複数のコピーを、非特異的様式で、効率的に合成する新規方法に関する。本発明はまた、同方法に関するキットおよび、遺伝子発現パターンを決定するための、これらのコピーの使用に関する。
特に本発明は、複数のＲＮＡコピーを作成する方法であって以下のステップを含む方法に関する：（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；このステップでは、当該サンプルは以下と同時に接触させる：オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、および場合によりその３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド；およびＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；ならびに、（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
（もっと読む）

本発明は、造血器型プロスタグランジンＤ２合成酵素（ｈＰＧＤＳ）の活性を減少させる、または阻害するそれらの能力に関して化合物および物質を分析するための、新規で有用な方法に関する。具体的には、本発明は、ｈＰＧＤＳ阻害剤の効力、特異性および毒性を測定するための分析に関する。 （もっと読む）

本発明は、修飾核酸オリゴヌクレオチドを検出及び／又は定量するための方法及び組成物を提供する。これらの方法及び組成物は、生物試料中の、アプタマー、ＲＮＡｉ、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド又はリボザイムなどの、診断及び／又は治療用合成修飾オリゴヌクレオチドを検出及び定量するのに有用である。
（もっと読む）

本教示は、ポリヌクレオチドをライゲーションする方法、反応混合物およびキットに関する。幾つかの実施形態において、熱活性化可能なライゲーション剤、リン酸化剤および夾雑物除去剤が、少なくとも１組のプローブセット、少なくとも１組のリンカーセット、および少なくとも１種の標的ポリヌクレオチドと共に、同じ反応混合物中に含まれる。第１温度での反応は、標的へのプローブのハイブリダイゼーション、プローブのリン酸化、および不要な反応成分の除去をもたらす。第２温度での反応は、これらのプローブのライゲーションをもたらす。幾つかの実施形態において、本教示は、高度に多重なライゲーション反応に適用され、この高度に多重なライゲーションにおいて、複数の標的ポリヌクレオチドにおける複数の１ヌクレオチド多形が調べられ、最終的に移動度依存的分析技術を用いて検出される。
（もっと読む）

ビオチン結合ドメインが欠失され、カルボキシトランスフェラーゼドメインが欠失され、且つ機能的なビオチンカルボキシラーゼ（ＢＣ）ドメインを有するアセチルＣｏＡカルボキシラーゼ（ＡＣＣアーゼ）を含むペプチドを記載する。上記ペプチドをコードする核酸および前記核酸を含み、且つコードしたペプチドを発現する組換え宿主細胞もまた記載する。アセチルＣｏＡカルボキシラーゼインヒビター、殺真菌薬、および除草剤の同定方法も本明細書中に記載する。 （もっと読む）

【課題】 腫瘍性病変の有無を鑑別するために用いられる方法、並びに当該方法を用いた腫瘍性病変の鑑別方法を提供する。
【解決手段】腫瘍性病変の鑑別方法に、下記工程
(1)ゲノムDNAを、ゲノムにおいて出現頻度が高く、上記対象とする遺伝子の再構成によって除去されない領域部位を認識する制限酵素ａで切断する、
(2)上記(1)で得られたDNA断片の制限酵素切断部にリンカーを接続する、
(3)上記(2)で得られたリンカー付きDNA断片を、ゲノムにおいて出現頻度が低く、上記対象とする遺伝子の再構成によって除去されない領域部位を認識する制限酵素ｂで切断する、
(4)(2)で得られたリンカー付きDNA断片の下流領域にハイブリダイズするプライマー及びリンカー領域の塩基配列と相補的な塩基配列にハイブリダイズするプライマーを用いて、上記(3)で得られたDNA断片を鋳型にPCRをする、及び
(5)(4)で得られるPCR産物の単一性を測定する、
を有する、再構成された遺伝子の単クローン性の判定法を使用する。 （もっと読む）

本発明は、連結および増幅を用いて標的核酸配列の存在もしくは不在を検出する（または定量する）ための方法およびキットに関する。本発明はまた、アドレス可能部分および標識プローブを用いる方法、試薬、およびキットにも関する。本発明はまた、連結反応組成物を形成する工程を包含し、この連結反応組成物は、サンプルおよび標的核酸配列についての連結プローブセットを含む。本発明はまた、サンプル中の少なくとも一つの標的核酸配列を検出するための方法を包含する。 （もっと読む）

本発明は、サンプルから得られる少なくとも１つの生物学的または化学的被検体の検出および／または定量のための試薬容器であって、上記試薬容器が、体積を囲む内側表面を包含し、少なくとも１つの被検体の検出および／または定量のための少なくとも１つの分析の体積分析的反応が起こり、被検体の分析の少なくとも２つの試薬が、上記内側表面上で乾燥され、少なくとも１つの第一の上記試薬が、少なくとも１つの第二の試薬が乾燥された内側表面の第二の領域から明らかに隔たった、すなわち、なんらの重複もない内側表面の第一の領域上で乾燥された試薬容器に関する。試薬容器についての特徴は、第一の試薬と第二の試薬が、第一の試薬が酵素であり、第二の試薬が上記酵素の基質である対を形成することであり、該対は、核酸ポリメラーゼおよびその基質より構成されるものである。本発明は、試薬容器の内側表面の上に、サンプルから得られる生物学的または化学的被検体の検出および／または定量のための乾燥アッセイ試薬を安定化させる方法にも関し、該方法は、試薬容器の内側表面の上に、被検体の検出に必要とされる少なくとも２つの試薬、第一の試薬および第二の試薬を分配させること；試薬から過剰の水を除去すること、の段階を包含するものであって、第一の試薬は、第二の試薬がその上に分配される内側表面の第二の領域からはっきりと隔たった、すなわち、なんらの重複もない内側表面の第一の領域の上に分配されることを包含する。該方法の特徴は、第一の試薬と第二の試薬が、第一の試薬が酵素であり、第二の試薬が上記酵素の基質である対を形成することであり、該対は核酸ポリメラーゼおよびその基質より構成されることである。本発明は、さらに、逆転写酵素を利用するアッセイであるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイ、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応、免疫ＰＣＲアッセイ、核酸配列基本アッセイ（ＮＡＳＢＡ）、近接ライゲーションアッセイ、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）アッセイ、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）アッセイ、および鎖置換増幅（ＳＤＡ）アッセイより構成される群から選択されるアッセイを行う試薬容器の使用に関する。 （もっと読む）

本発明は、ユニバーサルプライマーを用いる、複数の標的核酸のハイスループット単一分子配列決定のための方法およびデバイスを提供する。本発明のデバイスは、同じ配列を有し、固体支持体に結合されかつ複数の標的核酸にライゲーションされる複数のオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、これらの全てもしくは幾つかを個々に光学的に分解可能にする空間配置で、固体支持体に結合される。本発明のオリゴヌクレオチドは、プライマー結合部位および標的ポリヌクレオチドに結合するための末端結合部位をさらに含む。 （もっと読む）

本発明は、糖尿病の微小血管合併症の処置のためのＧＭ３合成酵素遺伝子の発現または活性の阻害薬の使用に関し、これらの合併症の処置および／または予防に有用な化合物をスクリーニングする方法に関する。
（もっと読む）

本発明は、コード化反応およびデコード反応を使用して少なくとも１つのサンプルにおける標的のポリヌクレオチド配列およびタンパク質の存在または非存在を検出（または定量）するための方法、試薬およびキットに関する。例えば、特定の標的ポリヌクレオチドがサンプルに存在するとき、アドレス可能なプライマー部分を含む反応生成物がコード化反応において形成される。少なくとも１つの標識化プローブおよび少なくとも１つのアドレスプライマーがデコード増幅反応において用いられ得、それにより、配列が存在するか、または非存在であるかに依存して、検出可能なシグナル値を提供し得る。いくつかの実施形態において、コード化は、リンカープローブとのライゲーション反応を包含し、そして単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）が分析される。
（もっと読む）