本発明は、核酸断片の選択的断片化によるDNA断片の作製方法に関する。本発明の方法は、a) 平滑または付着末端を有するDNA断片F1を生じることにより、分析されるべき核酸試料を無作為に断片化することができる少なくとも1種の制限酵素E1を用いて第一の二本鎖DNA断片F1を作製し；b) 工程(a)で得られたDNA断片F1の末端を少なくとも1種のアダプタAA'に連結させ；c) 工程(b)で得られたDNA断片F'1を、短い断片F2のフラクションを選択するようにして制限酵素E2を用いて切断し；そしてd) いずれの適切な手段を用いて、上記の短い断片F2のフラクションを精製する、短い断片の選択を含む第一の選択工程を含む。本発明の方法は、次に、工程(d)で得られた短い断片F2のフラクションからの断片の1以上の部分集合の第二の選択を含む任意工程をも含み、該任意工程は、e) 工程d)で得られた短い断片F2の遊離末端を少なくとも1種の第二の相補アダプタBB'にライゲーションし(断片F'2の生成)；そしてf) 短い断片F2を増幅させることにある。本発明は、上記の方法の、ゲノムおよびトランスクリプトームの分析のための適用にも関する。
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本発明は、ｔＲＮＡスプライシング経路における１以上の構成要素の活性をモジュレートする化合物のスクリーニング及び同定方法に関する。特に本発明は、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼ及び／又はｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性をモジュレートする化合物のスクリーニング及び同定方法に関する。本発明は、動物界のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼ及び／又は動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼを阻害する化合物を同定するためのアッセイを提供する。本発明はまた、真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼ及び／又は真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼを阻害する化合物を同定するためのアッセイを提供する。本発明の方法は、癌及び／又は真菌感染症を治療及び／又は予防するために有用な医薬品のリードを同定するために、化合物ライブラリーをハイスループットでスクリーニングするための簡便な高感度アッセイを提供する。 （もっと読む）

【課題】 遺伝分析のためにＤＮＡマーカーとして一般的に用いられる変異型全てに適用しうる一般的な方法を提供する。
【解決手段】 分析方法であって、規定の位置のヌクレオチドを含むポリヌクレオチド標的、および支持体に固定されたオリゴヌクレオチドプローブであって、該標的に対して相補的であり且つ該規定の位置でまたはその近くで終結する該プローブを与え；そして （ａ）該標的を該プローブと一緒にインキュベートして二重鎖を形成し、 （ｂ）該二重鎖を、該標的に対して相補的な標識オリゴヌクレオチドと一緒に連結反応条件下でインキュベートし、そして （ｃ）該標的中の規定の位置での点突然変異を示すものとして（ｂ）の連結反応を監視する工程を行うことを含む上記方法。 （もっと読む）

本発明は、標的分子の間接的な検出を可能にする「コンポマー」と名付けられる新規クラスの分子、並びに新規標的検出試薬及びコンポマーをコードするコンポマー鋳型を提供する。コンポマーは、アッセイ中において標的検出試薬のコンポマー鋳型部分から製造される直線状のポリマーである。所定のアッセイにおいて、各コンポマー種は、異なる標的分子、例えば炭水化物、脂質、ポリペプチド、又は標的核酸、特に標的核酸内の特異的ヌクレオチドに関連する。例えば、標的核酸がアッセイ中に存在する場合、特定の標的（例えば、既知のＳＮＰ又は遺伝的バリアント）に特異的に及び固有に関連するコンポマー種は、標的特異的検出試薬から直接的に生成され（又はコンポマー鋳型によりコードされ、そしてそこから次に遊離される大きな前駆体から間接的に生成され）、その後、数十、数百、又は数千の異なるコンポマー種が生成されるアッセイにおいてでさえ、当該コンポマー種を容易に検出することができる。なぜなら、各コンポマー種は、小さく分解能の高い規定の特徴（例えば、質量増加、サブユニット組成の変化、配列、大きさ、長さなど）により他の元の異なるように操作されているからである。高感受性検出技術（例えば、ＭＡＬＤＩ-ＴＯＦ質量分析、核酸ハイブリダイゼーション、核磁気共鳴分析など）と共に用いる場合、多くの異なるコンポマー種が、一回の反応で検出することができ、それにより、複合サンプルの高度に多重化された分析が容易になる。
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本発明は、単一分子、すなわち核酸を分析するための方法および装置に関する。そのような単一分子は、個々の成分を分離または濃縮することなく、細胞、組織、土壌、空気、および水などの天然試料から得ることができる。本発明の特定の態様において、これらの方法および装置は、プローブハイブリダイゼーションによる核酸配列分析を行う際に有用である。
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【課題】 ハイブリダイゼーションプローブアレイ、プローブアレイのハイブリダイゼーションを検知する方法、ｃＤＮＡ特徴づける方法、および核酸の塩基配列を決定する方法を提供する。
【解決手段】 その各々が所定の鎖長の既知の塩基配列に結合された質量標識を有し、アレイの各々の質量標識を、必要に応じて既知の塩基配列と共に、質量分析法によりその塩基配列と関連づけることが可能である、ハイブリダイゼーションプローブアレイ。
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本発明は前立腺癌に関する。より詳細には、本発明は、ＰＣＡ３遺伝子のコードするＲＮＡを患者サンプル中に検出することによって、前立腺癌を発見する方法に関する。更に詳細には、本発明は、患者における前立腺癌素因または前立腺癌の存在を検出するための方法であって、（ａ）患者から得た生物学的サンプルをＰＣＡ３ポリヌクレオチドにハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドと接触させる工程、（ｂ）上記生物学的サンプル中のＰＣＡ３ポリヌクレオチド量および第２前立腺特異的ポリヌクレオチド量を測定する工程、および（ｃ）上記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするＰＣＡ３ポリヌクレオチドの量を予め決められたカットオフ値と比較して、生物学的サンプル中に前立腺癌が存在するか否かを判定する工程を包含する方法に関する。また、本発明は、（ａ）ＰＣＡ３核酸またはその相補鎖にハイブリダイズする、少なくとも１種のオリゴヌクレオチドプローブまたはオリゴヌクレオチドプライマーの入った少なくとも１つの容器、（ｂ）第２前立腺特異的核酸またはその相補鎖にハイブリダイズする少なくとも１種のオリゴヌクレオチドプローブまたはオリゴヌクレオチドプライマー、および（ｃ）ＰＣＡ３核酸または第２前立腺特異的核酸が存在する場合に、ＰＣＡ３核酸と第２前立腺特異的核酸の検出を可能とする試薬を包含する、患者における前立腺癌の発見または患者の前立腺癌発生危険度を判定するためのキットにも関する。 （もっと読む）

本発明は、標的核酸から得られた興味の改変ヌクレオチドを、既知の比率で、その興味の改変ヌクレオチド周囲の配列を含め、または、含まずにアンプリコンに組み込むための、５‘タグを有する増幅プライマーの使用を含めた、プライマー伸長反応を実行するための組成物および方法を提供する。本発明は、標的核酸から生成された、また、５’タグから生成された改変ヌクレオチドを特定すること、これらの結果を比較すること、プライマー伸長反応の効率を評価すること、および、このような反応の効率を監視することを実現する。本発明は、ヌクレオチドの取り込み効率に影響を及ぼす可能性のあるＤＮＡ配列および実験変数の関与の程度を明らかにし、かつ、多型の解釈のための基準点を提供する。本発明はまた、スクラピー耐性ヒツジ集団の繁殖法を提供する。
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本発明は、ＰＡＲＰアクチベーターのスクリーニング方法に関する。本スクリーニング法は、細胞、細胞溶解産物または精製ＰＡＲＰを用いて、試験化合物のＰＡＲＰ活性化効果を評価するステップを含む。本発明はまた、癌を治療する方法を提供する。本治療方法は、被験体に治療上有効な量のＰＡＲＰアクチベーターを投与するステップを含む。本発明は例えば、ＰＡＲＰアクチベーターのスクリーニング方法であって、ＰＡＲＰをコードするＤＮＡを含有する細胞において試験化合物のＰＡＲＰ活性化効果を評価するステップを含む。
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【課題】プロテアーゼによるタンパク質プロセッシングは、多様なプロセスにおいて生物学的及び生理学的現象の様々な段階で重要な働きをしている。相同性（ホモロジー）に基づく分子クローニング法を使用し、多様なプロテアーゼ関与の現象・機構を解明することは、正常や病的なプロセスの解明に有用である。
【解決手段】細菌からヒトに至るまでの多様な生体に広く分布し、タンパク質の成熟、また生理活性ペプチドの代謝の調節などで重要な役割を果たすアミノペプチダーゼ類に着目し研究を行った結果、新規アミノペプチダーゼ遺伝子を同定した。該遺伝子並びにそれでコードされるタンパク質「アミノペプチダーゼＯ」の構造の解明により、遺伝子組換え技術などを利用し該タンパクの利用・測定が可能となり、その生理学的・生物学的活性などの解明手段を入手でき、該タンパクに起因する生理現象、関連疾患の診断、原因究明、予知などに利用可能である。 （もっと読む）

本発明は、農作物の真菌病の処置のためのメチオニンシンターゼ阻害剤の使用に関する。本発明はさらに、メチオニンシンターゼ阻害剤の施用を含む、真菌病に対する農作物の処置のための方法、また、メチオニンシンターゼ阻害剤の特定のための工程を含む、新規殺菌化合物の特定のための方法に関する。 （もっと読む）

本発明の方法は、試料中のホモシステインを検出または測定する方法であって、（ａ）試料中に存在するＤ−アミノ酸にＤ−アミノ酸変換酵素を作用させて、該Ｄ−アミノ酸を、Ｄ−アミノ酸オキシダーゼまたはＤ−アミノ酸アセチルトランスフェラーゼの基質とならない物質に変換する工程；（ｂ）該試料中のホモシステインをチオール化合物で還元処理する工程；（ｃ）該還元されたホモシステインに、メチル転移酵素およびメチル供与体を作用させ、新たにＤ−アミノ酸を生じさせる工程；および（ｄ）該生成したＤ−アミノ酸に、ＳＨ試薬の存在下で、該Ｄ−アミノ酸オキシダーゼまたはＤ−アミノ酸アセチルトランスフェラーゼを作用させて、過酸化水素生成へ導き、該生成した過酸化水素を酸化系発色剤により発色させる工程を含む。 （もっと読む）

【課題】内因性Ｄ−アミノ酸の影響を受けず、そして検体ブランクをとる必要のない、ホモシステインの測定方法を提供すること。
【解決手段】本発明の方法は、試料中のホモシステインを検出または測定する方法であって、（ａ）試料中に存在するＤ−アミノ酸にＤ−アミノ酸変換酵素を作用させて、該Ｄ−アミノ酸を、Ｄ−アミノ酸オキシダーゼまたはＤ−アミノ酸アセチルトランスフェラーゼの基質とならない物質に変換する工程；（ｂ）該試料中のホモシステインをチオール化合物で還元処理する工程；（ｃ）該還元されたホモシステインに、メチル転移酵素およびメチル供与体を作用させ、新たにＤ−アミノ酸を生じさせる工程；および（ｄ）該生成したＤ−アミノ酸に、ＳＨ試薬の存在下で、該Ｄ−アミノ酸オキシダーゼまたはＤ−アミノ酸アセチルトランスフェラーゼを作用させて、過酸化水素生成ヘ導き、該生成した過酸化水素を酸化系発色剤により発色させる工程を含む。 （もっと読む）

ディスプレイ分子部およびコード部を含む二官能性複合体を得る方法を開示し、その中で化学反応部位およびタグの酵素付加の促進部位を含む発生期の二官能性複合体は、一つまたはそれ以上の反応体と化学反応部位で反応し、一つまたはそれ以上の酵素を用いて促進部位で反応体を識別する各々のタグを与えられる。
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ＰＡＬＳＡＲ法によりＤＮＡチップにおける変異遺伝子の検出感度を向上させ、効率よくシグナルの増幅を確立させ、さらにＰＡＬＳＡＲ法に用いるオリゴヌクレオチド・プローブのデザインを工夫することにより簡便な検出を確立させることができるようにした変異遺伝子検出のためのシグナル増幅方法を提供する。ＤＮＡリガーゼを用いたライゲーション反応と、オリゴヌクレオチドの二本鎖の規則的な高次構造である自己集合体を形成する自己集合反応とを有し、ＤＮＡチップにおける変異遺伝子の検出感度を向上させるようにした。
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本発明は、一般に核酸検出分野に関する。特に、本発明は核酸を分析するためのラボ・オン・チップシステムを提供し、本システムには、制御可能閉鎖空間、調製し、および／または増幅できる、さらに核酸プローブとハイブリッド形成できる標的核酸、および必要に応じて制御可能閉鎖空間と外部環境との間の物質交換を一切せずに制御可能閉鎖空間内で取得できるハイブリッド形成信号が特に含まれる。このラボ・オン・チップシステムを使用して、核酸を分析する方法も提供される。 （もっと読む）

本発明者によってクローニングされたヒトｃ−ＭＩＲは、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルスのＫ３，Ｋ５蛋白といったウイルス蛋白の機能類似分子である、免疫抑制機能を持ったヒトホモログ等の哺乳類由来の新規タンパク質であり、その機能解析の結果、抗原提示関連分子であるＢ７−２分子さらにＭＨＣクラスＩＩ分子の細胞表面における発現を抑制する免疫抑制作用が認められた。よって、ｃ−ＭＩＲは、このような免疫抑制作用によりヒト免疫系において抗原提示関連分子の発現を調節する因子と考えられ、新たな免疫抑制方法の開発、細胞、臓器移植の際の拒絶反応の抑制、自己免疫疾患の治療、さらに新薬開発などに利用でき、医学上および産業上有用なものである。
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本発明は、質量分析計、具体的には、限定するものではないが、ＭＡＬＤＩ質量分析計などのレーザー脱離／イオン化を用いた使用のための酵素アレイ及びアッセイに関する。本発明は、固定化酵素を担持するプローブを提供する工程、任意選択により試験化合物を導入する工程、任意選択により試験化合物を導入する工程、１つ以上の反応物を固定化酵素に反応が起こるのに十分な時間及び形態で導入する工程、プローブを乾燥する工程、プローブに質量分析を施す工程、及び１つ以上の生成物及び／又は１つ以上の反応物の存在及び／又は非存在を検出することによって酵素の活性又は酵素の活性に対して試験化合物が有する効果を決定する工程を含む、酵素活性又は該酵素活性に対して試験化合物が有する効果の質量分析を用いた決定方法を含み、キナーゼアッセイに関して代表例である。本発明は、該方法で使用するためのアレイも提供する。
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ミクロソームのプロスタグランジンＥ合成酵素または造血系プロスタグランジンＤ合成酵素によるそれぞれのプロスタグランジン生成物を産生する活性を、化合物または薬剤が低下させる能力を評価するために新規で有用な方法を、ここに提供する。 （もっと読む）

【課題】簡便で実用的な非対称ジメチルアルギニン測定法の提供。
【解決手段】(１)ジメチルアルギニンジメチルアミノヒドロラーゼ及びジメチルアミンに作用する酵素又はシトルリンに作用する酵素を用いることを特徴とする非対称ジメチルアルギニン測定法。(２)ジメチルアルギニンジメチルアミノヒドロラーゼ及びジメチルアミンに作用する酵素又はシトルリンに作用する酵素からなる非対称ジメチルアルギニン測定キット。
【効果】非対称ジメチルアルギニン測定法及び非対称ジメチルアルギニン測定キットが提供された。 （もっと読む）