説明

インスリン様増殖因子−1受容体キナーゼ阻害剤に対する抗癌反応の予測に役立つ生物学的マーカー

本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた卵巣癌患者の治療有効性を予測する診断方法を提供する。腫瘍細胞が突然変異型K−RASを有するかどうかを評価することを含む、腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測するための方法が提供される。従って本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が最も高い卵巣癌患者を同定する方法を提供する。また、この方法論を包含するIGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いて癌患者を治療するための改良方法も提供される。本発明はまた、遺伝子K−RAS、B−RAF、PTENおよびPIK3CAの突然変異の状態の決定に基づいて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた癌患者の治療の有効性を予測する診断方法も提供するものであり、ここでこのような突然変異の状態は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性を有すると予測される腫瘍の細胞型だけでなく非感受性と予想される腫瘍の細胞型も確認するのに利用できる。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い卵巣癌患者を同定する方法であって、該方法は、
患者の腫瘍サンプルを得ること;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い患者であると同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項2】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の卵巣癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い卵巣腫瘍を有するかどうか決定することによって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する見込みがあるかどうかを診断する工程、
ここで該決定は:
患者の腫瘍サンプルを得て;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定し;そして、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと確認すること、
によってなされる、および、
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項3】
卵巣腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する方法であって、該方法は、
卵巣腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−rasを有する場合、予め決められた突然変異型K−rasの存在と前記高い感受性との相関に基づいて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する高い感受性が予測されると結論付けること、
を含む、上記方法。
【請求項4】
患者の卵巣癌を治療する方法であって、
卵巣腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定することによって、卵巣腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する工程;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−rasを有する場合、予め決められた突然変異型K−rasの存在と前記高い感受性との相関に基づいて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する高い感受性が予測されると結論付ける工程;および、
卵巣腫瘍細胞のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する高い感受性が予測される場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程、
を含む、上記方法。
【請求項5】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤と化学療法剤とを併用した治療により利益を得る可能性が非常に高い卵巣癌患者を同定する方法であって、
患者の腫瘍サンプルを得ること;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と化学療法剤とを併用した治療により利益を得る可能性が非常に高い患者であと同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項6】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の卵巣癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と化学療法剤との併用に対して反応性を有する可能性があるかどうかを、患者がこのような組み合わせを用いた治療に応答する可能性が高い卵巣腫瘍を有するかどうかを決定することによって診断する工程、
ここで該決定は:
患者の腫瘍サンプルを得ること;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と化学療法剤とを併用した治療により利益を得る可能性が高いと確認すること、
によってなされる、および、
(B)患者がこのような組み合わせに反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に化学療法剤を併用した治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項7】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い卵巣癌患者を同定する方法であって、該方法は、
患者の腫瘍サンプルを得ること;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在するかどうかを評価すること;および、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有し、且つ、腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い患者であると同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項8】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の卵巣癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があるかどうかを、
患者の腫瘍サンプルを得て;
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定し、および、腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在するかどうかを評価すること;そして、
腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有し、且つ腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在する場合、その患者を、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い卵巣腫瘍を有するかどうか決定することによって診断する工程、および、
(B)腫瘍中に突然変異型KRAS遺伝子が存在し、さらにIGF−1および/またはIGF−2が存在する腫瘍細胞を有することにより、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項9】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い癌患者を同定する方法であって、該方法は、
患者の腫瘍サンプルを得ること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項10】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があるかどうかを:
患者の腫瘍サンプルを得ること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること
によって、患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い腫瘍を有するかどうかを決定することによって診断する工程;および、
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項11】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い癌患者を同定する方法であって、
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項12】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があるかどうかを:
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
によって、患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い腫瘍を有するかどうかを決定することによって診断する工程;および、
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項13】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が非常に高い癌患者を同定する方法であって、該方法は、
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項14】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があるかどうかを:
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること、
によって、患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い腫瘍を有するかどうかを決定することによって診断する工程;および、
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項15】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が、非常に高いまたは、非常に低い、癌患者を同定する方法であって、該方法は、
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型PIK3CAが存在する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が低いと確認すること、
を含む、上記方法。
【請求項16】
以下の(A)と(B)の工程を含む、患者の癌を治療する方法:
(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して反応性を有する可能性があるかどうかを:
患者の腫瘍サンプルを得ること、
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;
サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFが存在するが突然変異型PIK3CAが存在しない場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと同定すること;および、
患者の腫瘍細胞中に突然変異型PIK3CAが存在する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が低いと同定すること、
によって、患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での治療に応答する可能性が高い腫瘍を有するかどうかを決定することによって診断する工程;および、
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程。
【請求項17】
前記IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、OSI−906である、請求項1〜16および30〜37のいずれか一項に記載の方法。
【請求項18】
前記IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、抗IGF−1R抗体、または、抗体フラグメントである、請求項1〜16および30〜37のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記化学療法剤は、パクリタキセル、ドセタキセル、ドキソルビシン、または、エルロチニブである、請求項5または6に記載の方法。
【請求項20】
1種またはそれより多くの追加の抗癌剤が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に、または、それと連続して共に投与される、請求項2、4、8、10、12、14、16または31のいずれか一項に記載の方法。
【請求項21】
前記突然変異型K−RAS遺伝子は、コドン12、13、または、61に活性化突然変異を有するヒトK−RAS遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記突然変異型K−RAS遺伝子は、G12D、G12A、G12V、G12S、G12R、G12C、G13D、Q61H、または、Q61Kから選択される活性化突然変異を有するヒトK−RAS遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記活性化突然変異は、G12A、G12V、G12C、G13D、または、Q61Hから選択される、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
前記突然変異型B−RAF遺伝子は、コドン600、または、601に活性化突然変異を有するヒトB−RAF遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項25】
前記突然変異型B−RAF遺伝子は、V600E、V600G、V600A、V600R、V600D、V600K、K601N、または、K601Eから選択される活性化突然変異を有するヒトB−RAF遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項26】
前記活性化突然変異は、V600E、または、K601Nである、請求項25に記載の方法。
【請求項27】
前記突然変異型PIK3CA遺伝子は、コドン111、542、545、549、または、1047に活性化突然変異を有するヒトPIK3CA遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項28】
前記突然変異型PIK3CA遺伝子は、E542K、E545K、E545G、E545D、H1047R、H1047L、K111N、K111E、または、D549Nから選択される活性化突然変異を有するヒトPIK3CA遺伝子である、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項29】
前記活性化突然変異は、E545K、H1047R、K111N、K111E、または、D549Nから選択される、請求項28に記載の方法。
【請求項30】
患者の腫瘍細胞が、突然変異型PIK3CA遺伝子の非存在下で突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAF遺伝子を有することを決定することによって、
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、
前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することを含む、患者の癌を治療する方法。
【請求項31】
患者の腫瘍細胞が突然変異型K−ras遺伝子を有することを決定することによって、
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、
前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することを含む、患者の卵巣癌を治療する方法。
【請求項32】
腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、腫瘍細胞が突然変異型PIK3CAを有する場合、予め決められた突然変異型PIK3CAの存在と低い感受性との相関に基づいて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する低い感受性が予測されると結論付けることを含む、
腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する方法。
【請求項33】
腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する方法であって:
腫瘍細胞が、突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、腫瘍細胞が突然変異型K−RASまたは突然変異型B−RAFを有するが突然変異型PIK3CAを有さない場合、予め決められた突然変異型PIK3CAがない状態における突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFの存在と高い感受性との相関に基づいて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する高い感受性が予測されると結論付けることを含む、上記方法。
【請求項34】
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が最も高い癌を有する患者を同定する方法であって:
患者の腫瘍サンプルを得て、サンプルの腫瘍細胞が突然変異型K−RAS遺伝子を有するかどうかを決定すること;サンプルの腫瘍細胞が突然変異型B−RAF遺伝子を有するかどうかを決定すること;サンプルの腫瘍細胞が突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在するかどうかを評価すること;および、患者の腫瘍細胞中に突然変異型K−rasまたは突然変異型B−RAFが存在し、突然変異型PIK3CAが存在せず、さらに腫瘍中にIGF−1および/またはIGF−2が存在する場合、その患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた治療により利益を得る可能性が高いと確認すること、を含む、上記方法。
【請求項35】
前記腫瘍細胞は、骨髄腫、NSCLC、ACC、卵巣癌、HNSCC、結腸癌、ユーイング肉腫、横紋筋肉腫、神経芽細胞腫、膵臓癌、または、乳癌から選択される癌由来である、請求項9〜30および32〜37のいずれか一項に記載の方法。
【請求項36】
患者における腫瘍細胞増殖のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測する方法であって:
患者の腫瘍サンプルからの腫瘍細胞が突然変異型PTEN遺伝子または突然変異型PIK3CA遺伝子を有するかどうかを決定すること;および、腫瘍細胞が突然変異型PTENまたは突然変異型PIK3CAを有する場合、予め決められた突然変異型PTENまたは突然変異型PIK3CAの存在と低い感受性との相関に基づいて、患者におけるIGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する低い感受性が予測されると結論付けること、を含む、上記方法。
【請求項37】
患者の腫瘍細胞が突然変異型PTEN遺伝子または突然変異型PIK3CA遺伝子を有さないという決定によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性を有する可能性があると診断された場合、前記患者に治療有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することを含む、患者の癌を治療する方法。
【請求項38】
前記IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、シクスツムマブ、MK−0646、フィギツムマブ、AMG−479、および、ロバツムマブからなる群より選択される抗IGF−1R抗体である、請求項1〜16および30〜37のいずれか一項に記載の方法。

【図1】
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【図2】
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【図3】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【公表番号】特表2013−520998(P2013−520998A)
【公表日】平成25年6月10日(2013.6.10)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2012−556234(P2012−556234)
【出願日】平成23年3月3日(2011.3.3)
【国際出願番号】PCT/US2011/026968
【国際公開番号】WO2011/109584
【国際公開日】平成23年9月9日(2011.9.9)
【出願人】(511205552)オーエスアイ・ファーマシューティカルズ,エルエルシー (14)
【Fターム(参考)】