癌組織でディファレンシャルに発現される核酸配列
【課題】本発明は、癌細胞でディファレンシャルに発現される新規核酸配列に関する。
【解決手段】癌細胞でディファレンシャルに発現される新規核酸配列にコードされるタンパク質およびペプチド、当該配列およびタンパク質に基づく診断アッセイならびに治療薬、ならびに当該配列およびタンパク質またはペプチドに由来するプローブ、アンチセンス構築物および抗体に関する。対象核酸は、腫瘍細胞、特に結腸癌組織でディファレンシャルに発現されることが見出された。
【解決手段】癌細胞でディファレンシャルに発現される新規核酸配列にコードされるタンパク質およびペプチド、当該配列およびタンパク質に基づく診断アッセイならびに治療薬、ならびに当該配列およびタンパク質またはペプチドに由来するプローブ、アンチセンス構築物および抗体に関する。対象核酸は、腫瘍細胞、特に結腸癌組織でディファレンシャルに発現されることが見出された。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の１つまたは複数をプローブとして使用する癌の検出方法であって、 （ａ）患者から細胞の試料を収集することと； （ｂ）該試料の該細胞から核酸を単離することと； （ｃ）該核酸のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、該核酸試料を、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の核酸配列に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと接触させることと； （ｄ）増幅産物の存在、非存在、またはサイズを、正常な細胞の増幅産物と比較することと；を含む方法。
【請求項２】
前記癌は、結腸癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号１〜４４７０にコードされるタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項４】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４の１つまたは複数にコードされるタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項５】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の配列を有するタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項６】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、 （ａ）細胞を供給することと； （ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと； （ｃ）配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の該細胞中の発現レベルを決定することと； （ｄ）処理細胞中の該核酸の発現レベルを、未処理細胞中の核酸の発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該核酸の該発現レベルを変更させる作用物質であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項７】
配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４、あるいはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、
（ａ）細胞を供給することと；
（ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと；
（ｃ）配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４、あるいはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の該細胞中の発現レベルを決定することと；
（ｄ）処理細胞中の該核酸の発現レベルを、未処理細胞中の核酸の発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該核酸の該発現レベルを変更させる作用物質を示すことによって、比較することとを含む方法。
【請求項８】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の１つまたは複数のポリペプチドの細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、
（ａ）細胞を供給することと；
（ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと；
（ｃ）配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３のポリペプチドの１つまたは複数に特異的な抗体と前記細胞を反応させることにより、前記細胞中の配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の１つまたは複数のポリペプチドの発現レベルを決定することと；
（ｄ）処理細胞中の前記１つまたは複数のポリペプチドの該発現レベルを、未処理細胞中の前記１つまたは複数のポリペプチドの発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該ポリペプチドの該発現レベルを変更させる作用物質であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項９】
請求項２９、３０または３１に記載の方法により同定される作用物質を含む薬学的組成物。
【請求項１０】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸を含む薬学的組成物。
【請求項１１】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸にコードされるポリペプチドを含む薬学的組成物。
【請求項１２】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３のうちの１つの配列を有するポリペプチドを含む薬学的組成物。
【請求項１３】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の配列を有する１つまたは複数のポリペプチドに結合する抗体を含む薬学的組成物。
【請求項１４】
配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも１つの核酸の、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、前記核酸は、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１５】
患者からの細胞試料中の細胞の表現型の決定方法であって、
（ａ）配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４のいずれかの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む核酸プローブを供給することと；
（ｂ）患者からの細胞試料を獲得することと；
（ｃ）実質的に全てが非癌性である第２の細胞試料を供給することと；
（ｄ）該核酸プローブを、ストリンジェントな条件下で、前記第１および第２の細胞試料それぞれのｍＲＮＡと接触させて、（ａ）該第１の細胞試料のｍＲＮＡとの該プローブのハイブリダイゼーションの量を、（ｂ）該第２の細胞試料のｍＲＮＡとの該プローブのハイブリダイゼーションの量と比較することであって、該比較において、該第２の細胞試料の該ｍＲＮＡとの該ハイブリダイゼーションの量と比較した場合の該第１の細胞試料の該ｍＲＮＡとの該ハイブリダイゼーションの量における少なくとも２つからなるファクターの差異が、該第１の細胞試料中の細胞の該表現型であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項１６】
配列番号１〜４４７０のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１７】
配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４からなる群から選択される配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１８】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、および４４９３のポリペプチドの群から選択される少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１９】
前記ポリペプチドのレベルは、イムノアッセイで検出される、請求項１６、１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列の核酸に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする試験核酸中の突然変異の検出方法であって、 （ａ）患者から細胞の試料を収集することと； （ｂ）該試料の該細胞から核酸を単離することと； （ｃ）該核酸のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、該核酸試料を、配列番号１〜４４７０の核酸配列に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと接触させることと； （ｄ）増幅産物の存在、非存在、またはサイズを、正常な細胞の増幅産物と比較することと；を含む方法。
【請求項２１】
配列番号５０４〜１１０３のヌクレオチド配列、またはそれらに相補的な配列の一部を含む単離核酸。
【請求項２２】
配列番号１〜５０３のうちの１つにハイブリダイズする遺伝子。
【請求項２３】
配列番号１〜５０３の配列、またはそれらに相補的な配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む単離核酸。
【請求項２４】
配列番号１〜５０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも約１５個の連続したヌクレオチドに相当する配列に対して少なくとも８０％同一のヌクレオチド配列を含む単離核酸。
【請求項２５】
配列番号１〜５０３のヌクレオチド配列、またはそれらに相補的な配列を含む単離核酸。
【請求項２６】
前記ヌクレオチド配列を発現ベクターとして使用するのに適切とするように、前記ヌクレオチド配列に操作可能に連結される転写調節配列をさらに含む、請求項２５に記載の単離核酸。
【請求項２７】
請求項２６に記載の核酸を含む、原核細胞および真核細胞の少なくとも１つで複製することが可能な発現ベクター。
【請求項２８】
請求項２７に記載の発現ベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項２９】
請求項２５に記載の核酸の導入遺伝子を細胞に組み込まれたトランスジェニック動物であって、該導入遺伝子は、該核酸の発現レベル、該核酸のｍＲＮＡ転写体の安定性、または該核酸のコード産物の活性を改変させるトランスジェニック動物。
【請求項３０】
配列番号１〜１１０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに相当する核酸プローブに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする実質的に純粋な核酸。
【請求項３１】
請求項２５に記載の核酸にコードされるアミノ酸配列、またはその少なくとも２５個のアミノ酸を含む断片を含むポリペプチド。
【請求項３２】
実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含むプローブ／プライマーであって、該オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１１０３から選択されるセンスまたはアンチセンス配列の少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含有するプローブ／プライマー。
【請求項３３】
固体支持体に結合された請求項３２に記載の少なくとも１０個の異なるプローブを含むアレイ。
【請求項３４】
プローブ／プライマーに結合され、かつ検出可能な標識基をさらに含む、請求項３２に記載のプローブ／プライマー。
【請求項３５】
前記標識基は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、および酵素補因子から選択される、請求項３４に記載のプローブ／プライマー。
【請求項３６】
請求項３１に記載のポリペプチドと免疫反応性のある抗体。
【請求項３７】
配列番号１〜１１０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の存在または非存在の決定方法であって、該細胞を請求項３２に記載のプローブと接触させることを含む方法。
【請求項３８】
配列番号１〜５０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされるポリペプチドの細胞中の存在または非存在の決定方法であって、該細胞を請求項３６に記載の抗体と接触させることを含む方法。
【請求項３９】
配列番号１〜５０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつヌクレアーゼによる切断に耐性であるアンチセンスオリゴヌクレオチド類縁体。
【請求項４０】
患者から単離される細胞試料中の、配列番号１〜４４７０の核酸に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸のレベルを測定するための、請求項３４に記載のプローブ／プライマーを含む、形質転換細胞の表現型を決定するための試験キット。
【請求項４１】
配列番号１〜４４７０のいずれか１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされるタンパク質に特異的な抗体を含む、形質転換細胞の表現型を決定するための試験キット。
【請求項１】
配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の１つまたは複数をプローブとして使用する癌の検出方法であって、 （ａ）患者から細胞の試料を収集することと； （ｂ）該試料の該細胞から核酸を単離することと； （ｃ）該核酸のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、該核酸試料を、配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４の核酸配列に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと接触させることと； （ｄ）増幅産物の存在、非存在、またはサイズを、正常な細胞の増幅産物と比較することと；を含む方法。
【請求項２】
前記癌は、結腸癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号１〜４４７０にコードされるタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項４】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４の１つまたは複数にコードされるタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項５】
患者試料における癌の検出方法であって、配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の配列を有するタンパク質に対する抗体が、前記試料中のタンパク質と反応するのに使用される方法。
【請求項６】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、 （ａ）細胞を供給することと； （ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと； （ｃ）配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の該細胞中の発現レベルを決定することと； （ｄ）処理細胞中の該核酸の発現レベルを、未処理細胞中の核酸の発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該核酸の該発現レベルを変更させる作用物質であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項７】
配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４、あるいはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、
（ａ）細胞を供給することと；
（ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと；
（ｃ）配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４、あるいはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の該細胞中の発現レベルを決定することと；
（ｄ）処理細胞中の該核酸の発現レベルを、未処理細胞中の核酸の発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該核酸の該発現レベルを変更させる作用物質を示すことによって、比較することとを含む方法。
【請求項８】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の１つまたは複数のポリペプチドの細胞中の発現レベルを変更させる作用物質の同定方法であって、
（ａ）細胞を供給することと；
（ｂ）該細胞を試験作用物質で処理することと；
（ｃ）配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３のポリペプチドの１つまたは複数に特異的な抗体と前記細胞を反応させることにより、前記細胞中の配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の１つまたは複数のポリペプチドの発現レベルを決定することと；
（ｄ）処理細胞中の前記１つまたは複数のポリペプチドの該発現レベルを、未処理細胞中の前記１つまたは複数のポリペプチドの発現レベルと比較することであって、該比較において、未処理細胞中の該核酸の該発現レベルに対する処理細胞中の該核酸の該発現レベルの変化が、細胞中の該ポリペプチドの該発現レベルを変更させる作用物質であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項９】
請求項２９、３０または３１に記載の方法により同定される作用物質を含む薬学的組成物。
【請求項１０】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸を含む薬学的組成物。
【請求項１１】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸にコードされるポリペプチドを含む薬学的組成物。
【請求項１２】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３のうちの１つの配列を有するポリペプチドを含む薬学的組成物。
【請求項１３】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、または４４９３の配列を有する１つまたは複数のポリペプチドに結合する抗体を含む薬学的組成物。
【請求項１４】
配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、または４４９４のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも１つの核酸の、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、前記核酸は、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１５】
患者からの細胞試料中の細胞の表現型の決定方法であって、
（ａ）配列番号１〜４４７０、４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４のいずれかの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む核酸プローブを供給することと；
（ｂ）患者からの細胞試料を獲得することと；
（ｃ）実質的に全てが非癌性である第２の細胞試料を供給することと；
（ｄ）該核酸プローブを、ストリンジェントな条件下で、前記第１および第２の細胞試料それぞれのｍＲＮＡと接触させて、（ａ）該第１の細胞試料のｍＲＮＡとの該プローブのハイブリダイゼーションの量を、（ｂ）該第２の細胞試料のｍＲＮＡとの該プローブのハイブリダイゼーションの量と比較することであって、該比較において、該第２の細胞試料の該ｍＲＮＡとの該ハイブリダイゼーションの量と比較した場合の該第１の細胞試料の該ｍＲＮＡとの該ハイブリダイゼーションの量における少なくとも２つからなるファクターの差異が、該第１の細胞試料中の細胞の該表現型であることを示していることによって、比較することと；を含む方法。
【請求項１６】
配列番号１〜４４７０のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１７】
配列番号４４７２、４４７４、４４７６、４４７８、４４８０、４４８２、４４８４、４４８６、４４８８、４４９０、４４９２、および４４９４からなる群から選択される配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされる少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１８】
配列番号４４７１、４４７３、４４７５、４４７７、４４７９、４４８１、４４８３、４４８５、４４８７、４４８９、４４９１、および４４９３のポリペプチドの群から選択される少なくとも１つのポリペプチドの、正常細胞に対するディファレンシャルな発現を検出することを含む、細胞の表現型の決定方法であって、該ポリペプチドは、少なくとも２つからなるファクターがディファレンシャルに発現される方法。
【請求項１９】
前記ポリペプチドのレベルは、イムノアッセイで検出される、請求項１６、１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
配列番号１〜４４７０、またはそれらに相補的な配列の核酸に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする試験核酸中の突然変異の検出方法であって、 （ａ）患者から細胞の試料を収集することと； （ｂ）該試料の該細胞から核酸を単離することと； （ｃ）該核酸のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、該核酸試料を、配列番号１〜４４７０の核酸配列に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーと接触させることと； （ｄ）増幅産物の存在、非存在、またはサイズを、正常な細胞の増幅産物と比較することと；を含む方法。
【請求項２１】
配列番号５０４〜１１０３のヌクレオチド配列、またはそれらに相補的な配列の一部を含む単離核酸。
【請求項２２】
配列番号１〜５０３のうちの１つにハイブリダイズする遺伝子。
【請求項２３】
配列番号１〜５０３の配列、またはそれらに相補的な配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む単離核酸。
【請求項２４】
配列番号１〜５０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも約１５個の連続したヌクレオチドに相当する配列に対して少なくとも８０％同一のヌクレオチド配列を含む単離核酸。
【請求項２５】
配列番号１〜５０３のヌクレオチド配列、またはそれらに相補的な配列を含む単離核酸。
【請求項２６】
前記ヌクレオチド配列を発現ベクターとして使用するのに適切とするように、前記ヌクレオチド配列に操作可能に連結される転写調節配列をさらに含む、請求項２５に記載の単離核酸。
【請求項２７】
請求項２６に記載の核酸を含む、原核細胞および真核細胞の少なくとも１つで複製することが可能な発現ベクター。
【請求項２８】
請求項２７に記載の発現ベクターで形質転換された宿主細胞。
【請求項２９】
請求項２５に記載の核酸の導入遺伝子を細胞に組み込まれたトランスジェニック動物であって、該導入遺伝子は、該核酸の発現レベル、該核酸のｍＲＮＡ転写体の安定性、または該核酸のコード産物の活性を改変させるトランスジェニック動物。
【請求項３０】
配列番号１〜１１０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに相当する核酸プローブに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする実質的に純粋な核酸。
【請求項３１】
請求項２５に記載の核酸にコードされるアミノ酸配列、またはその少なくとも２５個のアミノ酸を含む断片を含むポリペプチド。
【請求項３２】
実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含むプローブ／プライマーであって、該オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜１１０３から選択されるセンスまたはアンチセンス配列の少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含有するプローブ／プライマー。
【請求項３３】
固体支持体に結合された請求項３２に記載の少なくとも１０個の異なるプローブを含むアレイ。
【請求項３４】
プローブ／プライマーに結合され、かつ検出可能な標識基をさらに含む、請求項３２に記載のプローブ／プライマー。
【請求項３５】
前記標識基は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素、および酵素補因子から選択される、請求項３４に記載のプローブ／プライマー。
【請求項３６】
請求項３１に記載のポリペプチドと免疫反応性のある抗体。
【請求項３７】
配列番号１〜１１０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸の細胞中の存在または非存在の決定方法であって、該細胞を請求項３２に記載のプローブと接触させることを含む方法。
【請求項３８】
配列番号１〜５０３のうちの１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされるポリペプチドの細胞中の存在または非存在の決定方法であって、該細胞を請求項３６に記載の抗体と接触させることを含む方法。
【請求項３９】
配列番号１〜５０３、またはそれらに相補的な配列のうちの１つの少なくとも１２個の連続したヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつヌクレアーゼによる切断に耐性であるアンチセンスオリゴヌクレオチド類縁体。
【請求項４０】
患者から単離される細胞試料中の、配列番号１〜４４７０の核酸に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸のレベルを測定するための、請求項３４に記載のプローブ／プライマーを含む、形質転換細胞の表現型を決定するための試験キット。
【請求項４１】
配列番号１〜４４７０のいずれか１つに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸にコードされるタンパク質に特異的な抗体を含む、形質転換細胞の表現型を決定するための試験キット。
【公開番号】特開２００７−２８９１９６（Ｐ２００７−２８９１９６Ａ）
【公開日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−１５０５５２（Ｐ２００７−１５０５５２）
【出願日】平成１９年６月６日（２００７．６．６）
【分割の表示】特願２００２−５３２６５５（Ｐ２００２−５３２６５５）の分割
【原出願日】平成１３年１０月２日（２００１．１０．２）
【出願人】（３０００５８８９１）バイエル コーポレーション (5)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年６月６日（２００７．６．６）
【分割の表示】特願２００２−５３２６５５（Ｐ２００２−５３２６５５）の分割
【原出願日】平成１３年１０月２日（２００１．１０．２）
【出願人】（３０００５８８９１）バイエル コーポレーション (5)
【Ｆターム（参考）】
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