血管新生において差次的に発現するＥＳＭ−１遺伝子、そのアンタゴニスト、および、それらを使用する方法
本発明は、血管形成および発癌において発現が調節される、核酸およびそのコードされるポリペプチドであるＥＳＭ−１に関する。本発明はまた、前記ポリペプチドに対する特異性を有する抗体に関する。本発明はまた、アンチセンス分子に関する。本発明はさらに、このような生物学的効果を必要としている哺乳動物における血管形成を治療または調節するのに有用な方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下：
（ａ）配列番号：２の配列を含むアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号：２の配列を含むアミノ酸配列のバリアントであって、前記バリアントが前記アミノ酸配列とアミノ酸残基の約３０％以下で異なるという条件で、前記バリアントにおける１またはそれより多くのアミノ酸残基が、前記成熟型アミノ酸配列と異なるバリアント；
（ｃ）配列番号：１９のアミノ酸配列の分泌成熟型；
（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列の成熟型のバリアントであって、前記バリアントが前記成熟型のアミノ酸配列とアミノ酸残基の約３０％以下で異なるという条件で、前記バリアントにおける１またはそれより多くのアミノ酸残基が、前記成熟型アミノ酸配列と異なるバリアント；および、
（ｅ）配列番号：２または配列番号：１９のアミノ酸配列の断片；
からなる群より選択したアミノ酸配列を含む、単離ＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドが、配列番号：２および配列番号：３からなる群より選択されたアミノ酸配列の自然発生アリルのバリアントのアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項３】
前記バリアントのアミノ酸配列が保存性アミノ酸置換を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】
配列番号：２または配列番号：３からなる群より選択されたアミノ酸配列を含む、単離ＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項５】
請求項１のポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離核酸分子。
【請求項６】
核酸配列が以下：
（ａ）ストリンジェントな条件下で配列番号：１のＤＮＡ配列とハイブリダイズ可能な核酸配列、または、遺伝子コードの縮重がなければ前記条件下でハイブリダイズ可能であろう核酸配列；
（ｂ）配列番号：１のＤＮＡ配列と少なくとも８０％相同性を有する、核酸配列；および、
（ｃ）配列番号：１の相補体；
からなる群より選択された配列を含む、請求項１に記載の単離核酸分子。
【請求項７】
核酸分子が配列番号：１である、請求項６に記載の核酸分子。
【請求項８】
前記核酸分子が、ストリンジェントな条件下で配列番号：１のヌクレオチド配列または前記ヌクレオチド配列の相補体とハイブリダイズする請求項６に記載の核酸分子。
【請求項９】
請求項５、６、７または８の核酸分子を含むベクター。
【請求項１０】
前記核酸分子と機能可能に連結したプロモーターをさらに含む、請求項９に記載のベクター。
【請求項１１】
請求項１０のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１２】
ＥＳＭ−１ポリペプチドを産生する方法であって：前記ＥＳＭ−１ポリペプチドの発現を生じる条件下で、請求項１１の宿主細胞を適切な栄養条件下にて増殖させることを含む、前記方法。
【請求項１３】
請求項１の核酸配列を含むマイクロアレイ。
【請求項１４】
前記核酸配列が配列番号：１の核酸配列を含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
免疫特異的に請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドと結合する抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体が抗体断片である、請求項１６に記載の抗体。
【請求項１８】
前記抗体断片が、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、（Ｆａｂ）２断片および一本鎖抗体からなる群より選択される、請求項１７に記載の抗体。
【請求項１９】
前記抗体がアンタゴニストである、請求項１５、１６、１７または１８に記載の抗体。
【請求項２０】
抗体がヒト化抗体である、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
抗体が完全ヒト抗体である、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２２】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドと結合する薬剤を同定する方法であって、以下：
（ａ）前記ポリペプチドを前記薬剤と接触させること；および、
（ｂ）前記薬剤が前記ポリペプチドと結合するかどうかを判断すること；
を含む、前記方法。
【請求項２３】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドの発現または活性を調節する薬剤を同定する方法であって、以下：
（ａ）実行可能な方法にて、前記ポリペプチドを発現している細胞を提供すること；
（ｂ）細胞を前記薬剤と接触させること；および、
（ｃ）前記ペプチドの発現または活性の変化が、前記薬剤が前記ポリペプチドの発現または活性を調節することを示すことによって、薬剤が前記ポリペプチドの発現または活性を調節するかどうかを判断すること；
を含む、前記方法。
【請求項２４】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドの活性を調節する方法であって：、請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを発現している細胞試料を、前記ポリペプチドと結合する化合物と、ポリペプチド活性を調節するのに十分な量で接触させることを含む、前記方法。
【請求項２５】
血管形成関連障害を治療または予防する方法であって、このような治療または予防が望ましい個体に、請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを、前記個体において前記血管形成関連障害を治療または予防するのに十分な量で投与することを含む、前記方法。
【請求項２６】
血管形成関連障害を治療または予防する方法であって、このような治療または予防が望ましい個体に、請求項１９の抗体を、前記個体において前記血管形成関連障害を治療または予防するのに十分な量で投与することを含む、前記方法。
【請求項２７】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドおよび薬学的に許容可能なキャリアを含む、医薬組成物。
【請求項２８】
請求項１９の抗体および薬学的に許容可能なキャリアを含む、医薬組成物。
【請求項２９】
請求項２８の医薬組成物を含むキット。
【請求項３０】
哺乳動物細胞の癌状態と相互に関連した、差次的に発現する遺伝子を検出する方法であって、遺伝子産物が配列番号：１の核酸配列によってコードされる、少なくとも一つの差次的に発現する遺伝子産物を、癌であることが疑われる細胞に由来する試験試料中に検出する工程を含み、ここで、差次的に発現する産物の検出が、試験試料が由来する細胞の癌状態と関連する、前記方法。
【請求項３１】
請求項６の核酸分子の存在を試料中に検出するための方法であって、以下：
ａ）試料を、選択的に核酸分子とハイブリダイズする核酸プローブまたはプライマーと接触させること；および、
ｂ）核酸プローブまたはプライマーが試料中の核酸分子と結合するかどうかを判断し、それによって請求項Ｉの核酸分子の存在を試料中に検出すること；
を含む、前記方法。
【請求項３２】
患者における血管形成障害の進行をモニターする方法であって、以下：
ａ）最初の時点で、マーカーが請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである、マーカーの発現を患者試料中に検出すること；
ｂ）ａ）の工程を、それに続く時点で繰り返すこと；および、
ｃ）ａ）およびｂ）の工程で検出された発現レベルを比較し、そしてそれから血管形成障害の進行をモニターすること；
を含む、前記方法。
【請求項３３】
血管形成を阻害することに対する試験化合物の有効性を評価する方法であって、以下：
ａ）試験化合物に曝露した患者から得た第一試料におけるマーカーの発現、ここでマーカーは請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである；および
ｂ）試料を試験化合物に曝露していない、患者から得た第二試料におけるマーカーの発現；
を比較することを含み、ここで、第二試料と比較して第一試料におけるマーカーの発現が有意に低レベルであることが、該試験化合物が患者における癌を阻害するのに有効であることを示す、前記方法。
【請求項３４】
患者において血管形成を阻害する療法の有効性を評価する方法であって、以下：
ａ）少なくとも療法の一部を患者に提供する前に患者から得た第一試料におけるマーカーの発現、ここで、マーカーは請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである；および
ｂ）療法の一部を提供した後に患者から得た第二試料におけるマーカーの発現；
を比較することを含み、ここで、第一試料と比較して第二試料におけるマーカーの発現が有意に低レベルであることが、該療法が患者における癌を阻害するのに有効であることを示す、前記方法。
【請求項３５】
患者における血管形成を阻害するための組成物を選択する方法であって、以下：
（ａ）患者由来の癌細胞を含む試料を得ること；
（ｂ）複数の試験組成物の存在下で試料のアリコットを別々に曝露すること；
（ｃ）各アリコットにおけるマーカーの発現を比較すること、ここで、マーカーは配列番号：２および配列番号：３のマーカーからなる群より選択される；および、
（ｄ）試験組成物を含有するアリコットにおけるマーカーの発現レベルが、他の試験組成物と比較して変わる、試験組成物の一つを選択すること；
を含む、前記方法。
【請求項３６】
ＥＳＭ−１ポリペプチドアンタゴニスト。
【請求項３７】
前記アンタゴニストがアンチセンス分子である、請求項３６に記載のアンタゴニスト。
【請求項３８】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを含むキメラ分子。
【請求項３９】
制御エレメントと機能可能に連結されたＥＳＭ−１をコードする核酸配列がそのゲノム中に組込まれているトランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、コード配列が請求項６の核酸である、前記コード配列の発現が、同じ種の非トランスジェニック哺乳動物と比較してＥＳＭ−１レベルを増加させる、前記トランスジェニック動物。
【請求項４０】
マウスである、請求項３９に記載の哺乳動物。
【請求項４１】
内因性ＥＳＭ−１遺伝子中にホモ接合性の破壊を含む、トランスジェニックノックアウト非ヒト哺乳動物であって、前記破壊が機能的ＥＳＭ−１タンパク質の発現を妨げる、トランスジェニックノックアウト非ヒト哺乳動物。
【請求項１】
以下：
（ａ）配列番号：２の配列を含むアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号：２の配列を含むアミノ酸配列のバリアントであって、前記バリアントが前記アミノ酸配列とアミノ酸残基の約３０％以下で異なるという条件で、前記バリアントにおける１またはそれより多くのアミノ酸残基が、前記成熟型アミノ酸配列と異なるバリアント；
（ｃ）配列番号：１９のアミノ酸配列の分泌成熟型；
（ｄ）配列番号：１９のアミノ酸配列の成熟型のバリアントであって、前記バリアントが前記成熟型のアミノ酸配列とアミノ酸残基の約３０％以下で異なるという条件で、前記バリアントにおける１またはそれより多くのアミノ酸残基が、前記成熟型アミノ酸配列と異なるバリアント；および、
（ｅ）配列番号：２または配列番号：１９のアミノ酸配列の断片；
からなる群より選択したアミノ酸配列を含む、単離ＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドが、配列番号：２および配列番号：３からなる群より選択されたアミノ酸配列の自然発生アリルのバリアントのアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項３】
前記バリアントのアミノ酸配列が保存性アミノ酸置換を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】
配列番号：２または配列番号：３からなる群より選択されたアミノ酸配列を含む、単離ＥＳＭ−１ポリペプチド。
【請求項５】
請求項１のポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離核酸分子。
【請求項６】
核酸配列が以下：
（ａ）ストリンジェントな条件下で配列番号：１のＤＮＡ配列とハイブリダイズ可能な核酸配列、または、遺伝子コードの縮重がなければ前記条件下でハイブリダイズ可能であろう核酸配列；
（ｂ）配列番号：１のＤＮＡ配列と少なくとも８０％相同性を有する、核酸配列；および、
（ｃ）配列番号：１の相補体；
からなる群より選択された配列を含む、請求項１に記載の単離核酸分子。
【請求項７】
核酸分子が配列番号：１である、請求項６に記載の核酸分子。
【請求項８】
前記核酸分子が、ストリンジェントな条件下で配列番号：１のヌクレオチド配列または前記ヌクレオチド配列の相補体とハイブリダイズする請求項６に記載の核酸分子。
【請求項９】
請求項５、６、７または８の核酸分子を含むベクター。
【請求項１０】
前記核酸分子と機能可能に連結したプロモーターをさらに含む、請求項９に記載のベクター。
【請求項１１】
請求項１０のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１２】
ＥＳＭ−１ポリペプチドを産生する方法であって：前記ＥＳＭ−１ポリペプチドの発現を生じる条件下で、請求項１１の宿主細胞を適切な栄養条件下にて増殖させることを含む、前記方法。
【請求項１３】
請求項１の核酸配列を含むマイクロアレイ。
【請求項１４】
前記核酸配列が配列番号：１の核酸配列を含む、請求項１３に記載のマイクロアレイ。
【請求項１５】
免疫特異的に請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドと結合する抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体が抗体断片である、請求項１６に記載の抗体。
【請求項１８】
前記抗体断片が、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、（Ｆａｂ）２断片および一本鎖抗体からなる群より選択される、請求項１７に記載の抗体。
【請求項１９】
前記抗体がアンタゴニストである、請求項１５、１６、１７または１８に記載の抗体。
【請求項２０】
抗体がヒト化抗体である、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
抗体が完全ヒト抗体である、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２２】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドと結合する薬剤を同定する方法であって、以下：
（ａ）前記ポリペプチドを前記薬剤と接触させること；および、
（ｂ）前記薬剤が前記ポリペプチドと結合するかどうかを判断すること；
を含む、前記方法。
【請求項２３】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドの発現または活性を調節する薬剤を同定する方法であって、以下：
（ａ）実行可能な方法にて、前記ポリペプチドを発現している細胞を提供すること；
（ｂ）細胞を前記薬剤と接触させること；および、
（ｃ）前記ペプチドの発現または活性の変化が、前記薬剤が前記ポリペプチドの発現または活性を調節することを示すことによって、薬剤が前記ポリペプチドの発現または活性を調節するかどうかを判断すること；
を含む、前記方法。
【請求項２４】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドの活性を調節する方法であって：、請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを発現している細胞試料を、前記ポリペプチドと結合する化合物と、ポリペプチド活性を調節するのに十分な量で接触させることを含む、前記方法。
【請求項２５】
血管形成関連障害を治療または予防する方法であって、このような治療または予防が望ましい個体に、請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを、前記個体において前記血管形成関連障害を治療または予防するのに十分な量で投与することを含む、前記方法。
【請求項２６】
血管形成関連障害を治療または予防する方法であって、このような治療または予防が望ましい個体に、請求項１９の抗体を、前記個体において前記血管形成関連障害を治療または予防するのに十分な量で投与することを含む、前記方法。
【請求項２７】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドおよび薬学的に許容可能なキャリアを含む、医薬組成物。
【請求項２８】
請求項１９の抗体および薬学的に許容可能なキャリアを含む、医薬組成物。
【請求項２９】
請求項２８の医薬組成物を含むキット。
【請求項３０】
哺乳動物細胞の癌状態と相互に関連した、差次的に発現する遺伝子を検出する方法であって、遺伝子産物が配列番号：１の核酸配列によってコードされる、少なくとも一つの差次的に発現する遺伝子産物を、癌であることが疑われる細胞に由来する試験試料中に検出する工程を含み、ここで、差次的に発現する産物の検出が、試験試料が由来する細胞の癌状態と関連する、前記方法。
【請求項３１】
請求項６の核酸分子の存在を試料中に検出するための方法であって、以下：
ａ）試料を、選択的に核酸分子とハイブリダイズする核酸プローブまたはプライマーと接触させること；および、
ｂ）核酸プローブまたはプライマーが試料中の核酸分子と結合するかどうかを判断し、それによって請求項Ｉの核酸分子の存在を試料中に検出すること；
を含む、前記方法。
【請求項３２】
患者における血管形成障害の進行をモニターする方法であって、以下：
ａ）最初の時点で、マーカーが請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである、マーカーの発現を患者試料中に検出すること；
ｂ）ａ）の工程を、それに続く時点で繰り返すこと；および、
ｃ）ａ）およびｂ）の工程で検出された発現レベルを比較し、そしてそれから血管形成障害の進行をモニターすること；
を含む、前記方法。
【請求項３３】
血管形成を阻害することに対する試験化合物の有効性を評価する方法であって、以下：
ａ）試験化合物に曝露した患者から得た第一試料におけるマーカーの発現、ここでマーカーは請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである；および
ｂ）試料を試験化合物に曝露していない、患者から得た第二試料におけるマーカーの発現；
を比較することを含み、ここで、第二試料と比較して第一試料におけるマーカーの発現が有意に低レベルであることが、該試験化合物が患者における癌を阻害するのに有効であることを示す、前記方法。
【請求項３４】
患者において血管形成を阻害する療法の有効性を評価する方法であって、以下：
ａ）少なくとも療法の一部を患者に提供する前に患者から得た第一試料におけるマーカーの発現、ここで、マーカーは請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドである；および
ｂ）療法の一部を提供した後に患者から得た第二試料におけるマーカーの発現；
を比較することを含み、ここで、第一試料と比較して第二試料におけるマーカーの発現が有意に低レベルであることが、該療法が患者における癌を阻害するのに有効であることを示す、前記方法。
【請求項３５】
患者における血管形成を阻害するための組成物を選択する方法であって、以下：
（ａ）患者由来の癌細胞を含む試料を得ること；
（ｂ）複数の試験組成物の存在下で試料のアリコットを別々に曝露すること；
（ｃ）各アリコットにおけるマーカーの発現を比較すること、ここで、マーカーは配列番号：２および配列番号：３のマーカーからなる群より選択される；および、
（ｄ）試験組成物を含有するアリコットにおけるマーカーの発現レベルが、他の試験組成物と比較して変わる、試験組成物の一つを選択すること；
を含む、前記方法。
【請求項３６】
ＥＳＭ−１ポリペプチドアンタゴニスト。
【請求項３７】
前記アンタゴニストがアンチセンス分子である、請求項３６に記載のアンタゴニスト。
【請求項３８】
請求項１のＥＳＭ−１ポリペプチドを含むキメラ分子。
【請求項３９】
制御エレメントと機能可能に連結されたＥＳＭ−１をコードする核酸配列がそのゲノム中に組込まれているトランスジェニック非ヒト哺乳動物であって、コード配列が請求項６の核酸である、前記コード配列の発現が、同じ種の非トランスジェニック哺乳動物と比較してＥＳＭ−１レベルを増加させる、前記トランスジェニック動物。
【請求項４０】
マウスである、請求項３９に記載の哺乳動物。
【請求項４１】
内因性ＥＳＭ−１遺伝子中にホモ接合性の破壊を含む、トランスジェニックノックアウト非ヒト哺乳動物であって、前記破壊が機能的ＥＳＭ−１タンパク質の発現を妨げる、トランスジェニックノックアウト非ヒト哺乳動物。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【公表番号】特表２００６−５０６９６６（Ｐ２００６−５０６９６６Ａ）
【公表日】平成１８年３月２日（２００６．３．２）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００４−５１８１８０（Ｐ２００４−５１８１８０）
【出願日】平成１５年７月１日（２００３．７．１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２０７２１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／００３１７２
【国際公開日】平成１６年１月８日（２００４．１．８）
【出願人】（５０２４２７３２３）ファルマシア・コーポレーション (67)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１８年３月２日（２００６．３．２）
【国際特許分類】
【出願日】平成１５年７月１日（２００３．７．１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２０７２１
【国際公開番号】ＷＯ２００４／００３１７２
【国際公開日】平成１６年１月８日（２００４．１．８）
【出願人】（５０２４２７３２３）ファルマシア・コーポレーション (67)
【Ｆターム（参考）】
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