アルドラーゼ、それらをコードする核酸ならびにそれらの作製および使用方法
本発明は、限定されるものではないが、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性などのピルビン酸活性を含むアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドならびにこれらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドを作製および使用する方法に関する。いくつかの実施形態においては、本発明は、温度安定性活性および耐熱性活性などの、限定されるものではないが、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性などのピルビン酸活性を含むアルドラーゼ活性を有するポリペプチドならびにこれらの酵素をコードするポリヌクレオチドならびにこれらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドの作製および使用に関する。本発明に従うポリペプチドを、様々な医薬、農業および産業状況において使用することができる。いくつかの実施形態においては、本発明は、R-2-ヒドロキシ2-(インドール-3イルメチル)-4-ケトグルタル酸(R-MP)ならびにR,RおよびS,Rモナチンなどのモナチンの特定の立体異性体、およびその塩、ならびにR,RおよびS,R配置などのモナチン誘導体の特定の立体異性体、およびその塩の製造において有用であるポリペプチドおよび生合成経路を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸がcDNA、転写物(mRNA)もしくは遺伝子の少なくとも約20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150個以上の残基の領域、もしくは完全長に渡って、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337、および／もしくは配列番号338の配列に対して、少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは完全(100％)な配列同一性を有する配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるポリペプチドもしくはペプチド(エピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチド)をコードし、
ならびに必要に応じて、配列同一性を、配列比較アルゴリズムを用いる分析もしくは視覚的検査により決定し、
ならびに必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定をblastall -p blastp -d「nr pataa」-F Fに設定し、他のオプションを全てデフォルトに設定するBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、前記核酸；
(b)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337、および／もしくは配列番号338の配列を含む核酸の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるポリペプチドもしくはペプチド(エピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチド)をコードし、
ならびに必要に応じて、該ストリンジェントな条件が、約65℃の温度で約15分間、0.2X SSC中での洗浄を含む洗浄工程を含み、
ならびに必要に応じて、該核酸が、遺伝子もしくは転写物の少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000個以上の長さの残基もしくは完全長である、前記核酸；
(c)アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334の配列、またはその酵素的に活性な断片を含む、前記核酸；
(d)(i)少なくとも1個の保存的アミノ酸置換を有し、そのアルドラーゼ活性を保持するポリペプチドをコードする(a)、(b)もしくは(c)の核酸；または(ii)少なくとも1個の保存的アミノ酸置換が、アミノ酸を、同様の特徴を有する別のアミノ酸と置換することを含むか、または保存的置換が、脂肪族アミノ酸の別の脂肪族アミノ酸との置換；セリンのトレオニンとの置換もしくはその逆；酸性残基の別の酸性残基との置換；アミド基を担持する残基のアミド基を担持する別の残基との置換；塩基性残基の別の塩基性残基との交換；または芳香族残基の別の芳香族残基との置換を含む、(d)の(i)の核酸；
(e)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠くポリペプチドをコードする(a)、(b)、(c)もしくは(d)の核酸(ポリヌクレオチド)、
(f)アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、(d)もしくは(e)の核酸(ポリヌクレオチド)、
(g)異種配列が、(i)異種シグナル配列；(ii)異種シグナル配列が異種酵素から誘導された(ii)の配列；または(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分もしくは酵素をコードする配列を含む、(f)の核酸(ポリヌクレオチド)；または
(h)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、もしくは(g)と相補的な核酸配列、
を含む単離された、合成または組換え核酸。
【請求項２】
核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337または配列番号338に記載の配列を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項３】
アルドラーゼ活性がピルビン酸アルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項４】
アルドラーゼ活性がHMGアルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項５】
アルドラーゼ活性がKMGアルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項６】
(a)アルドラーゼ活性が温度安定性であるか、または(b)前記核酸によりコードされるポリペプチドが、約-100℃〜-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を保持する、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項７】
(a)アルドラーゼ活性が耐熱性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の範囲の温度に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項８】
アルドラーゼ活性が、約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件下で活性を保持するか、または約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項９】
アルドラーゼ活性が、約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件下で活性を保持するか、または約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項１０】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、請求項１に記載の配列の少なくとも20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225個以上の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションにより該核酸を同定する、前記プローブ。
【請求項１１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー対であって、(a)請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含む核酸を増幅することができるか、または(b)該増幅プライマー配列対のメンバーが、該配列の少なくとも約10〜50個の連続する塩基、もしくは該配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の連続する塩基を含む、(a)のプライマー対である、前記プライマー対。
【請求項１２】
プライマー対が、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列の最初(5'側)の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基により記載の配列を有する第1のメンバー、および該第1のメンバーの相補鎖の最初(5'側)の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基により記載の配列を有する第2のメンバーを含む、増幅プライマー対。
【請求項１３】
請求項１１に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅により生成されたアルドラーゼをコードする核酸であって、必要に応じて、増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によるものである、前記核酸。
【請求項１４】
前記核酸が遺伝子ライブラリーの増幅により生成されたものであり、および必要に応じて、該遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項１３に記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項１５】
請求項１３に記載のアルドラーゼをコードする核酸によりコードされる単離された、合成または組換えアルドラーゼ。
【請求項１６】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸配列、またはそのサブ配列を増幅することができる増幅プライマー対配列対を用いて鋳型核酸を増幅させることを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項１７】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルであって、必要に応じて、該クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージもしくは人工染色体を含む、前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項１８】
前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターもしくはアデノ随伴ウイルスベクターを含むか、または人工染色体が、細菌人工染色体(BAC)、バクテリオファージP1由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、もしくは哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項１７に記載のクローニングビヒクル。
【請求項１９】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含む核酸を含むか、または請求項１７に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、必要に応じて、該細胞が細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞である、前記形質転換細胞。
【請求項２０】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含むか、または請求項１７に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクル、請求項１９に記載の形質転換細胞を含むトランスジェニック非ヒト動物であって、必要に応じて、該トランスジェニック非ヒト動物がマウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ニワトリ、ヤギ、魚、またはウシである、前記動物。
【請求項２１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含むトランスジェニック植物、植物部分または種子であって、必要に応じて、該植物が、トウモロコシ植物、ソルガム植物、ジャガイモ植物、トマト植物、小麦植物、アブラナ植物、菜種植物、大豆植物、イネ植物、オオムギ植物、草、綿植物、綿実植物、ヤシ、ゴマ植物、ピーナッツ植物、ヒマワリ植物またはタバコ植物である、前記トランスジェニック植物、植物部分または種子。
【請求項２２】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列と相補的であるか、またはストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、必要に応じて、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225個以上の連続する長さの塩基である、前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項２３】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列のサブ配列を含む二本鎖干渉RNA(RNAi)であって、必要に応じて、該RNAiがsiRNAもしくはmiRNAを含み、必要に応じて、RNAi分子が約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26個以上の長さの二本鎖ヌクレオチドである、前記二本鎖干渉RNA。
【請求項２４】
請求項２２に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドもしくは請求項２３に記載の二本鎖阻害RNA(RNAi)分子を細胞に投与するか、もしくは細胞中で発現させることを含む、細胞中でのアルドラーゼメッセージの翻訳を阻害するか、または細胞中でのアルドラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項２５】
アルドラーゼ活性を有する単離された、合成または組換えポリペプチドもしくはペプチドであって、
(a) 少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300個以上の残基の領域に渡って、または該ポリペプチドもしくは酵素の完全長に渡って、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334に対して、少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは100％の(完全な)配列同一性を有するアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)であって、
必要に応じて、配列同一性を、配列比較アルゴリズムを用いる分析もしくは視覚的検査により決定し、必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定をblastall -p blastp -d「nr pataa」-F Fに設定し、他のオプションを全てデフォルトに設定するBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、前記アミノ酸配列および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)；
(b)ポリペプチドが、(i)アルドラーゼ活性を有するか、もしくは(ii)(a)の配列を有するポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成することができる免疫原性活性を有する、請求項１に記載の核酸によりコードされるアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)；
(c)少なくとも1個のアミノ酸残基の保存的置換を含み、アルドラーゼ活性を保持する、(a)もしくは(b)のアミノ酸配列、または請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドであって、
必要に応じて、保存的置換が、脂肪族アミノ酸の別の脂肪族アミノ酸との置換；セリンのトレオニンとの置換もしくはその逆；酸性残基の別の酸性残基との置換；アミド基を担持する残基のアミド基を担持する別の残基との置換；塩基性残基の別の塩基性残基との交換；もしくは芳香族残基の別の芳香族残基との置換、またはその組合せを含み、
ならびに必要に応じて、脂肪族残基が、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはその合成等価物を含み；酸性残基がアスパラギン酸、グルタミン酸もしくはその合成等価物を含み；アミド基を含む残基がアスパラギン酸、グルタミン酸もしくはその合成等価物を含み；塩基性残基がリジン、アルギニンもしくはその合成等価物を含み；または、芳香族残基がフェニルアラニン、チロシンもしくはその合成等価物を含む、前記ポリペプチド；
(d)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠く(a)、(b)、または(c)のポリペプチド；
(e)アルドラーゼ活性を有し、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、または(d)のポリペプチド；
(f)異種配列が、(i)異種シグナル配列；(ii)異種シグナル配列が異種酵素から誘導された(ii)の配列；および／もしくは(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分もしくは酵素を含む、(e)のポリペプチド；または
(j)請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたアミノ酸配列、
を含む、前記ポリペプチドもしくはペプチド。
【請求項２６】
アルドラーゼ活性がピルビン酸アルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２７】
アルドラーゼ活性がHMGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２８】
アルドラーゼ活性がKHGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２９】
(a)アルドラーゼ活性が温度安定性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を保持し、ならびに
必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３０】
(a)アルドラーゼ活性が耐熱性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の範囲の温度に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
必要に応じて、該耐熱性が、上昇した温度に加熱した後にアルドラーゼの比活性の少なくとも半分の保持を含み、必要に応じて、上昇した温度が、約0℃〜約20℃、約20℃〜約37℃、約37℃〜約50℃、約50℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約80℃、約80℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約110℃以上であり、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３１】
アルドラーゼ活性が、約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件下で活性を保持するか、または約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３２】
アルドラーゼ活性が、約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件下で活性を保持するか、または約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３３】
前記ポリペプチドが、少なくとも1個の糖鎖付加部位を含むか、または多糖類をさらに含み、必要に応じて、該糖鎖部位がN-結合糖鎖であり、ならびに必要に応じて該ポリペプチドが、ピチア・パストリスもしくはシゾサッカロミセス・ポンベ中で発現された後、糖鎖付加される、請求項２５〜３２のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３４】
液体、固体またはゲルを含む、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項３５】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび第2のドメインを含むヘテロダイマーであって、必要に応じて、第2のドメインがポリペプチドであり、ヘテロダイマーが融合タンパク質であり、必要に応じて、第2のドメインがエピトープ、免疫原性ペプチドまたはタグを含む、前記ヘテロダイマー。
【請求項３６】
請求項２５〜３２のいずれか１項に記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項３７】
ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含むか、または核酸が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列、もしくは請求項１０に記載のプローブを含み、必要に応じて、該ポリペプチドもしくは核酸を、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、黒鉛粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイもしくは毛細管上に固定する、固定されたポリペプチドまたは固定された核酸。
【請求項３８】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドに特異的に結合し、必要に応じて、モノクローナルまたはポリクローナル抗体である、単離された、合成または組換え抗体。
【請求項３９】
請求項３５に記載の固定されたポリペプチドもしくは固定された核酸または請求項３６に記載の抗体を含むアレイ。
【請求項４０】
請求項３６に記載の抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項４１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法であって、
(a)請求項３６に記載の抗体を提供する工程；
(b)ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；および
(c)抗体が該ポリペプチドに特異的に結合することができる条件下で、工程(b)のサンプルを、工程(a)の抗体と接触させることにより、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項４２】
抗アルドラーゼ抗体を作製する方法であって、
(a)体液性免疫応答を生成するのに十分な量の請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸もしくはそのサブ配列を非ヒト動物に投与することによって、抗アルドラーゼ抗体を作製すること、または
(b)体液性免疫応答を生成するのに十分な量の請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドもしくはそのサブ配列を、非ヒト動物に投与することによって、抗アルドラーゼ抗体を作製すること、
を含む、前記方法。
【請求項４３】
組換えポリペプチドを製造する方法であって、(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む、プロモーターに機能し得る形で連結された核酸を提供する工程；および(b)ポリペプチドの発現を可能にする条件下で、工程(a)の核酸を発現させることにより、組換えポリペプチドを製造する工程を含み、
必要に応じて、宿主細胞を工程(a)の核酸を用いて形質転換した後、工程(a)の核酸を発現させることにより、形質転換細胞中で組換えポリペプチドを製造することをさらに含む、前記方法。
【請求項４４】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを同定するための方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)アルドラーゼ基質を提供する工程；および
(c)該ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加が、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを検出するものである、該基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４５】
アルドラーゼ基質を同定するための方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験基質を提供する工程；および
(c)工程(a)のポリペプチドを、工程(b)の試験基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加が、試験基質をアルドラーゼ基質として同定するものである、該基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４６】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を有する核酸のポリペプチドへの翻訳を可能にする条件下で、該核酸または該核酸を含むベクターを発現させる工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)該ポリペプチドを該試験化合物と接触させる工程；および
(d)工程(b)の試験化合物が該ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４７】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)該ポリペプチドを試験化合物と接触させる工程；および
(d)工程(b)の試験化合物が該ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４８】
アルドラーゼ活性の調節因子を同定する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させ、アルドラーゼの活性を測定する工程であって、試験化合物の非存在下での活性と比較した、試験化合物の存在下で測定したアルドラーゼ活性における変化が、該試験化合物がアルドラーゼ活性を調節するという決定を提供する前記工程、
を含む、前記方法。
【請求項４９】
アルドラーゼ基質を提供し、基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加、または基質の量の増加もしくは反応生成物の量の減少を検出することにより、アルドラーゼ活性を測定し、
必要に応じて、試験化合物の非存在下での基質もしくは反応生成物の量と比較した、試験化合物の存在下での基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加が、該試験化合物をアルドラーゼ活性の活性化因子として同定し、
ならびに必要に応じて、試験化合物の非存在下での基質もしくは反応生成物の量と比較した、試験化合物の存在下での基質の量の増加もしくは反応生成物の量の減少が、該試験化合物をアルドラーゼ活性の阻害因子として同定する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
プロセッサーおよびデータ記憶装置を含むコンピューターシステムであって、該データ記憶装置が、その上にポリペプチド配列もしくは核酸配列を保存し、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列、請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含み、
必要に応じて、該方法が、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも1個の参照配列が保存されたデータ記憶装置をさらに含むか、または該配列中の1個以上の特徴を同定する識別子をさらに含み、
ならびに必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、多型性を示すコンピュータープログラムを含む、前記コンピューターシステム。
【請求項５１】
ポリペプチド配列または核酸配列をその上に保存したコンピューターで読み取り可能な媒体であって、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、または請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む、前記媒体。
【請求項５２】
配列中の特徴を同定するための方法であって、(a)配列中の1個以上の特徴を同定するコンピュータープログラムを用いて該配列を読み取る工程であって、該配列が、ポリペプチド配列もしくは核酸配列を含み、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド；請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む前記工程；および(b)該コンピュータープログラムを用いて該配列中の1個以上の特徴を同定する工程を含む前記方法。
【請求項５３】
第1の配列と第2の配列を比較する方法であって、(a)配列を比較するコンピュータープログラムの使用を介して第1の配列と第2の配列とを読み取る工程であって、第1の配列がポリペプチド配列もしくは核酸配列を含み、該ポリペプチド配列が請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドもしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む前記工程；および(b)コンピュータープログラムを用いて、第1の配列と第2の配列の間の差異を決定する工程を含み、
必要に応じて、第1の配列と第2の配列の間の差異を決定する工程をさらに含むか、または必要に応じて、多型性を同定する工程をさらに含むか、または配列中の1個以上の特徴を同定する識別子の使用をさらに含み、
ならびに必要に応じて、コンピュータープログラムを用いて第1の配列を読み取り、該配列中の1個以上の特徴を同定することを含む、前記方法。
【請求項５４】
環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法であって、
(a)請求項１１に記載の増幅プライマー対を提供する工程；
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、またはサンプル中の核酸が増幅プライマー対とのハイブリダイゼーションにとって接近可能であるように、環境サンプルを処理する工程；および
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と混合し、環境サンプルに由来する核酸を増幅することによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程、
を含み、
必要に応じて、環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含み、必要に応じて、生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞または哺乳動物細胞から誘導されたものである、前記方法。
【請求項５５】
環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収するための方法であって、
(a)請求項１に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含むポリヌクレオチドプローブ、または請求項１０に記載のプローブを提供する工程；
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、またはサンプル中の核酸が工程(a)のポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションにとって接近可能であるように、環境サンプルを処理する工程；
(c)工程(b)の単離された核酸または処理された環境サンプルを、工程(a)のポリヌクレオチドプローブと混合する工程；および
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブに特異的にハイブリダイズする核酸を単離することによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程、
を含み、
必要に応じて、環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含み、必要に応じて、生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞または哺乳動物細胞から誘導されたものである、前記方法。
【請求項５６】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変異体を作製する方法であって、
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および
(b)鋳型配列中の1個以上のヌクレオチドを改変、欠失もしくは付加するか、またはその組合せを行って、鋳型核酸の変異体を作製する工程、
を含み、
必要に応じて、変異体核酸を発現させて、変異体アルドラーゼポリペプチドを作製することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、改変、付加または欠失を、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発、アセンブリーPCR、性的PCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、帰納的集合突然変異誘発、指数集合突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再集合、遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、合成連結再集合(SLR)、組換え、帰納的配列組換え、ホスホチオエート改変DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二本鎖突然変異誘発、点不一致修復突然変異誘発、修復欠損宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限選択突然変異誘発、制限精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、集合突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー作製およびその組合せを含む方法により導入する、前記方法。
【請求項５７】
変異体アルドラーゼポリペプチドが、(a)耐熱性であり、上昇した温度に曝露された後もいくらかの活性を保持し、(b)鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼと比較して、増加した糖鎖を有するか、または(c)高温下でアルドラーゼ活性を有し、鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼが高温下で活性が低い、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
(a)鋳型核酸のものから変化したコドン使用を有するアルドラーゼコード配列が産生されるまで、または(b)鋳型核酸のものからより高いか、もしくはより低いレベルのメッセージ発現もしくは安定性を有するアルドラーゼ遺伝子が産生されるまで、前記方法を繰り返す、請求項５４に記載の方法。
【請求項５９】
アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変するための方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中のコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンと置換し、それによってアルドラーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程、
を含む前記方法。
【請求項６０】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変して、宿主細胞中でのその発現を増加させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中の好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする好ましいか、または天然に用いられるコドンと置換する工程であって、好ましいコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過剰出現するコドンであり、好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過少出現するコドンであり、それによって、該核酸を改変して、宿主細胞中でのその発現を増加させる工程、
を含み、
必要に応じて、該宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記方法。
【請求項６１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変して、宿主細胞中でのその発現を低下させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中の少なくとも1個の好ましいコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンと置換する工程であって、好ましいコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過剰出現するコドンであり、好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過少出現するコドンであり、それによって、該核酸を改変して、宿主細胞中でのその発現を低下させる工程、
を含み、
必要に応じて、該宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記方法。
【請求項６２】
複数の改変されたアルドラーゼ活性部位もしくは基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを製造する方法であって、改変された活性部位もしくは基質結合部位が、第1の活性部位もしくは第1の基質結合部位をコードする配列を含む第1の核酸から誘導されたものであり、下記工程：
(a)第1の活性部位もしくは第1の基質結合部位をコードする第1の核酸を提供する工程であって、第1の核酸配列が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、該核酸が、アルドラーゼ活性部位もしくはアルドラーゼ基質結合部位をコードする、前記工程；
(b)第1の核酸中の複数の標的化されたコドンで、天然のアミノ酸変異体をコードする変異原性オリゴヌクレオチドのセットを提供する工程；および
(c)突然変異誘発させた各アミノ酸コドンで、一定範囲のアミノ酸変異体をコードする、活性部位をコードするか、もしくは基質結合部位をコードする変異体核酸のセットを作製するために変異原性オリゴヌクレオチドのセットを使用することによって、複数の改変されたアルドラーゼ活性部位もしくは基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを製造する工程、
を含み、
必要に応じて、変異原性オリゴヌクレオチドもしくは変異体核酸を、最適化指向性進化系、遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、合成連結再集合(SLR)、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発、アセンブリーPCR、性的PCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、帰納的集合突然変異誘発、指数集合突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再集合、組換え、帰納的配列組換え、ホスホチオエート改変DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二本鎖突然変異誘発、点不一致修復突然変異誘発、修復欠損宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限選択突然変異誘発、制限精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、集合突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー作製およびその組合せを含む方法により作製する、前記方法。
【請求項６３】
小分子を作製する方法であって、下記工程：
(a)小分子を合成するか、もしくは改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、1個以上の酵素が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされたアルドラーゼ酵素を含む前記工程；
(b)工程(a)の少なくとも1個の酵素のための基質を提供する工程；および
(c) 一連の生物触媒反応により小分子を生成する複数の生物触媒反応を容易にする条件下で、工程(b)の基質を該酵素と反応させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項６４】
小分子を改変するための方法であって、下記工程：
(a)アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、該酵素が請求項２８に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸配列を含む核酸によりコードされるポリペプチドを含む前記工程；
(b)小分子を提供する工程；および
(c)アルドラーゼ酵素により触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程(a)の酵素を工程(b)の小分子と反応させることによって、アルドラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程、
を含み、
必要に応じて、工程(b)が、工程(a)の酵素のための複数の小分子基質を提供することによって、アルドラーゼ酵素により触媒される少なくとも1種の酵素反応により産生される改変された小分子のライブラリーを作製することを含み、
および必要に応じて、該方法が、複数の酵素反応により産生される改変された小分子のライブラリーを形成する酵素により複数の生物触媒反応を容易にする条件下で、複数のさらなる酵素を提供することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、該方法が、所望の活性を示す特定の改変された小分子が、該ライブラリー内に存在するかどうかを決定するために該ライブラリーを試験する工程をさらに含み、必要に応じて、該ライブラリーを試験する工程が、所望の活性を有する特定の改変された小分子の存在もしくは非存在について、改変された小分子の一部を試験することにより、該ライブラリー内の複数の改変された小分子の一部を産生するのに用いられる生物触媒反応の1つを除いて全部を合成的に排除する工程をさらに含む、前記方法。
【請求項６５】
アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定するための方法であって、
(a)アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、該酵素が請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む前記工程、および
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、アルドラーゼ活性について残りのサブ配列を試験することによって、アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する工程、
を含み、
必要に応じて、アルドラーゼ基質を提供し、基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加を検出することにより、アルドラーゼ活性を測定する、前記方法。
【請求項６６】
リアルタイム代謝フラックス分析を用いることにより、新規表現型もしくは改変された表現型の全細胞遺伝子操作のための方法であって、下記工程：
(a)細胞の遺伝子組成を改変することにより、改変された細胞を作製する工程であって、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸の細胞への添加により、該遺伝子組成を改変する前記工程；
(b)改変された細胞を培養して、複数の改変された細胞を作製する工程；
(c)リアルタイムで工程(b)の細胞培養物をモニターすることにより、該細胞の少なくとも1個の代謝パラメーターを測定する工程；および
(d)工程(c)のデータを分析して、測定されたパラメーターが、同様の条件下で未改変の細胞中の比較可能な測定値と異なるかどうかを決定することによって、リアルタイム代謝フラックス分析を用いて、該細胞中の遺伝子操作された表現型を同定する工程、
を含み、
必要に応じて、該細胞中での配列の欠失もしくは配列の改変、または遺伝子の発現をノックアウトすることを含む方法により、該細胞の遺伝子組成を改変し、
および必要に応じて、該方法が、新しく遺伝子操作された表現型を含む細胞を選択することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、該方法が、選択された細胞を培養することによって、新しく遺伝子操作された表現型を含む新しい細胞株を作製することをさらに含む、前記方法。
【請求項６７】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の(a)アミノ酸配列の、アミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜29、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43もしくは1〜44に記載のアミノ酸配列からなる単離された、合成もしくは組換えシグナルまたはリーダー配列。
【請求項６８】
請求項６６に記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列を含む少なくとも第1のドメイン、および異種ポリペプチドもしくはペプチドを含む少なくとも第2のドメインを含むキメラポリペプチドであって、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列と天然には結合しておらず、
および必要に応じて、該異種ポリペプチドもしくはペプチドがアルドラーゼではなく、必要に応じて、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列のアミノ末端、カルボキシ末端、またはその両方の末端にある、前記キメラポリペプチド。
【請求項６９】
キメラポリペプチドをコードする単離された、合成または組換え核酸であって、該キメラポリペプチドが、請求項６６に記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列を含む少なくとも第1のドメインおよび異種ポリペプチドもしくはペプチドを含む少なくとも第2のドメインを含み、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列と天然には結合していない、前記核酸。
【請求項７０】
アルドラーゼポリペプチドの耐熱性もしくは温度安定性を増加させる方法であって、該方法がアルドラーゼを糖鎖付加することを含み、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含み、それによってアルドラーゼの耐熱性もしくは温度安定性を増加させる、前記方法。
【請求項７１】
細胞中で組換えアルドラーゼを過剰発現させる方法であって、請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを発現させることを含み、過剰発現を、高活性のプロモーター、二シストロン性ベクターの使用もしくは該ベクターの遺伝子増幅により行う、前記方法。
【請求項７２】
トランスジェニック植物を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含む異種核酸配列を細胞中に導入することによって、形質転換植物細胞を作製する工程；
(b)該形質転換細胞からトランスジェニック植物を作製する工程、
を含み、
必要に応じて、工程(a)がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションもしくはマイクロインジェクションにより該異種核酸配列を導入することを含み、
および必要に応じて、工程(a)が、DNA粒子ボンバードメントによるか、もしくはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主を使用することにより、植物組織に該異種核酸配列を直接導入することを含む、前記方法。
【請求項７３】
植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含む、プロモーターに機能し得る形で連結された異種核酸配列を用いて、該植物細胞を形質転換する工程；
(b)該異種核酸配列が該植物細胞中で発現される条件下で、該植物を成長させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項７４】
組成物中の炭素-炭素結合を切断する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)炭素-炭素結合を含む組成物を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが該組成物中の炭素-炭素結合を切断する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、前記方法。
【請求項７５】
炭素-炭素結合を形成させる方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが炭素-炭素結合を形成する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、前記方法。
【請求項７６】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含むパン生地もしくはパン製品。
【請求項７７】
パン生地もしくはパン製品を、該パン生地を処理するのに十分な条件下で、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の少なくとも1種のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドと接触させることを含む、パン生地処理方法。
【請求項７８】
必要に応じて、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む飲料。
【請求項７９】
飲料の粘度を低下させるのに十分な条件下で、飲料もしくは飲料前駆体に、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の少なくとも1種のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを投与することを含み、必要に応じて、該飲料もしくは飲料前駆体が麦芽汁もしくはビールである、飲料製造方法。
【請求項８０】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む食品添加物、飼料添加物、飲料添加物もしくは栄養補助食品。
【請求項８１】
動物飼料における栄養補助食品としてアルドラーゼを利用する方法であって、
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含むアルドラーゼ酵素を含む栄養補助食品を調製すること；および
該栄養補助食品を動物に投与すること、
を含み、
必要に応じて、該動物がヒトであるか、または該動物が反芻動物もしくは単胃動物であり、
ならびに必要に応じて、細菌、酵母、植物、昆虫、菌類および動物からなる群より選択された生物中でのアルドラーゼをコードするポリヌクレオチドの発現により、アルドラーゼ酵素を調製し、必要に応じて、該生物が、シゾサッカロミセス・ポンベ、サッカロミセス・セレビジア、ピチア・パストリス、大腸菌、ストレプトミセス種、バチルス種、およびラクトバチルス種からなる群より選択される、前記方法。
【請求項８２】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む温度安定性組換えアルドラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックスまたはペレット。
【請求項８３】
アルドラーゼ補助食品を動物に送達するための方法であって、顆粒状食用担体と温度安定性組換えアルドラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックスまたはペレットであって、該ペレットが、水性媒体中に、そこに含まれるアルドラーゼ酵素を容易に分散させ、該組換えアルドラーゼ酵素が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、前記マトリックスまたはペレットを調製すること；ならびに該食用酵素送達マトリックスまたはペレットを該動物に投与することを含み、
必要に応じて、該顆粒状食用担体が、穀物胚芽、油を消費した穀物胚芽、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ、大豆皮、ヒマワリ種子穀粉および小麦穀粒からなる群より選択される担体を含み、
および必要に応じて、該食用担体が、油を消費した穀物胚芽を含み、
および必要に応じて、該アルドラーゼ酵素を糖鎖付加して、ペレット化する条件で温度安定性を提供し、
および必要に応じて、該送達マトリックスを、穀物胚芽とアルドラーゼを含む混合物をペレット化することにより形成させ、
ならびに必要に応じて、ペレット化する条件が、蒸気の適用を含み、および必要に応じて、ペレット化する条件が、約80℃の過剰な温度を約5分間適用することを含み、該酵素が、酵素1ミリグラムあたり少なくとも350〜約900ユニットの比活性を保持する、前記方法。
【請求項８４】
必要に応じて、アルドラーゼを、錠剤、ゲル、ピル、埋込み物、液体、スプレー、粉末、食品、飼料ペレットとして、もしくはカプセル化製剤として製剤化し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む医薬組成物または栄養補助食品。
【請求項８５】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む食品または飼料。
【請求項８６】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドと、炭素-炭素結合を含有する化合物を含む組成物とを接触させることを含む、食品または飼料を作製する方法。
【請求項８７】
4-置換D-グルタミン酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)α-ケト酸受容体およびピルビン酸もしくはピルビン酸供与体を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが、4-置換D-グルタミン酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、該方法がさらに、D-アミノトランスフェラーゼの使用を含む、前記方法。
【請求項８８】
抗生物質としての請求項８７に記載の4-置換D-グルタミン酸の使用。
【請求項８９】
3,4-置換2-ケト-グルタル酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが、3,4-置換2-ケト-グルタル酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、供与体および受容体が、ピルビン酸もしくはピルビン酸供与体ならびにα-ケト酸受容体、ケトンおよび／もしくはアルデヒドである、前記方法。
【請求項９０】
バイオマスまたは任意のリグノセルロース材料を燃料に変換する方法であって、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドと接触させることを含み、該ポリペプチドが請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を予備処理した後、アルドラーゼと接触させ、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、セルロースおよび／もしくはヘミセルロース分解酵素と接触させた後、アルドラーゼと接触させ、ならびに
必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記方法。
【請求項９１】
バイオマスまたは任意のリグノセルロース材料を燃料に変換するための、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドの使用であって、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を予備処理した後、アルドラーゼと接触させ、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料をセルロースおよび／もしくはヘミセルロース分解酵素と接触させた後、アルドラーゼと接触させ、ならびに
必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記使用。
【請求項９２】
燃料と、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドとを含む組成物であって、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記組成物。
【請求項１】
(a)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸がcDNA、転写物(mRNA)もしくは遺伝子の少なくとも約20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150個以上の残基の領域、もしくは完全長に渡って、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337、および／もしくは配列番号338の配列に対して、少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは完全(100％)な配列同一性を有する配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるポリペプチドもしくはペプチド(エピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチド)をコードし、
ならびに必要に応じて、配列同一性を、配列比較アルゴリズムを用いる分析もしくは視覚的検査により決定し、
ならびに必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定をblastall -p blastp -d「nr pataa」-F Fに設定し、他のオプションを全てデフォルトに設定するBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、前記核酸；
(b)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337、および／もしくは配列番号338の配列を含む核酸の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるポリペプチドもしくはペプチド(エピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチド)をコードし、
ならびに必要に応じて、該ストリンジェントな条件が、約65℃の温度で約15分間、0.2X SSC中での洗浄を含む洗浄工程を含み、
ならびに必要に応じて、該核酸が、遺伝子もしくは転写物の少なくとも約20、30、40、50、60、75、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000個以上の長さの残基もしくは完全長である、前記核酸；
(c)アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334の配列、またはその酵素的に活性な断片を含む、前記核酸；
(d)(i)少なくとも1個の保存的アミノ酸置換を有し、そのアルドラーゼ活性を保持するポリペプチドをコードする(a)、(b)もしくは(c)の核酸；または(ii)少なくとも1個の保存的アミノ酸置換が、アミノ酸を、同様の特徴を有する別のアミノ酸と置換することを含むか、または保存的置換が、脂肪族アミノ酸の別の脂肪族アミノ酸との置換；セリンのトレオニンとの置換もしくはその逆；酸性残基の別の酸性残基との置換；アミド基を担持する残基のアミド基を担持する別の残基との置換；塩基性残基の別の塩基性残基との交換；または芳香族残基の別の芳香族残基との置換を含む、(d)の(i)の核酸；
(e)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠くポリペプチドをコードする(a)、(b)、(c)もしくは(d)の核酸(ポリヌクレオチド)、
(f)アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、(d)もしくは(e)の核酸(ポリヌクレオチド)、
(g)異種配列が、(i)異種シグナル配列；(ii)異種シグナル配列が異種酵素から誘導された(ii)の配列；または(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分もしくは酵素をコードする配列を含む、(f)の核酸(ポリヌクレオチド)；または
(h)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、もしくは(g)と相補的な核酸配列、
を含む単離された、合成または組換え核酸。
【請求項２】
核酸配列が、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337または配列番号338に記載の配列を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項３】
アルドラーゼ活性がピルビン酸アルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項４】
アルドラーゼ活性がHMGアルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項５】
アルドラーゼ活性がKMGアルドラーゼ活性を含む、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項６】
(a)アルドラーゼ活性が温度安定性であるか、または(b)前記核酸によりコードされるポリペプチドが、約-100℃〜-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を保持する、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項７】
(a)アルドラーゼ活性が耐熱性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の範囲の温度に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項８】
アルドラーゼ活性が、約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件下で活性を保持するか、または約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項９】
アルドラーゼ活性が、約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件下で活性を保持するか、または約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換え核酸。
【請求項１０】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、請求項１に記載の配列の少なくとも20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225個以上の連続する塩基を含み、結合またはハイブリダイゼーションにより該核酸を同定する、前記プローブ。
【請求項１１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅するための増幅プライマー対であって、(a)請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含む核酸を増幅することができるか、または(b)該増幅プライマー配列対のメンバーが、該配列の少なくとも約10〜50個の連続する塩基、もしくは該配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の連続する塩基を含む、(a)のプライマー対である、前記プライマー対。
【請求項１２】
プライマー対が、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列の最初(5'側)の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基により記載の配列を有する第1のメンバー、および該第1のメンバーの相補鎖の最初(5'側)の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基により記載の配列を有する第2のメンバーを含む、増幅プライマー対。
【請求項１３】
請求項１１に記載の増幅プライマー対を用いるポリヌクレオチドの増幅により生成されたアルドラーゼをコードする核酸であって、必要に応じて、増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によるものである、前記核酸。
【請求項１４】
前記核酸が遺伝子ライブラリーの増幅により生成されたものであり、および必要に応じて、該遺伝子ライブラリーが環境ライブラリーである、請求項１３に記載のアルドラーゼをコードする核酸。
【請求項１５】
請求項１３に記載のアルドラーゼをコードする核酸によりコードされる単離された、合成または組換えアルドラーゼ。
【請求項１６】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸配列、またはそのサブ配列を増幅することができる増幅プライマー対配列対を用いて鋳型核酸を増幅させることを含む、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を増幅する方法。
【請求項１７】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含む核酸を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルであって、必要に応じて、該クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージもしくは人工染色体を含む、前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項１８】
前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターもしくはアデノ随伴ウイルスベクターを含むか、または人工染色体が、細菌人工染色体(BAC)、バクテリオファージP1由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)、もしくは哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、請求項１７に記載のクローニングビヒクル。
【請求項１９】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含む核酸を含むか、または請求項１７に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、必要に応じて、該細胞が細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞である、前記形質転換細胞。
【請求項２０】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含むか、または請求項１７に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクル、請求項１９に記載の形質転換細胞を含むトランスジェニック非ヒト動物であって、必要に応じて、該トランスジェニック非ヒト動物がマウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ニワトリ、ヤギ、魚、またはウシである、前記動物。
【請求項２１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を含むトランスジェニック植物、植物部分または種子であって、必要に応じて、該植物が、トウモロコシ植物、ソルガム植物、ジャガイモ植物、トマト植物、小麦植物、アブラナ植物、菜種植物、大豆植物、イネ植物、オオムギ植物、草、綿植物、綿実植物、ヤシ、ゴマ植物、ピーナッツ植物、ヒマワリ植物またはタバコ植物である、前記トランスジェニック植物、植物部分または種子。
【請求項２２】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列と相補的であるか、またはストリンジェントな条件下でそれにハイブリダイズすることができる核酸配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、必要に応じて、少なくとも約10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225個以上の連続する長さの塩基である、前記アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項２３】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列のサブ配列を含む二本鎖干渉RNA(RNAi)であって、必要に応じて、該RNAiがsiRNAもしくはmiRNAを含み、必要に応じて、RNAi分子が約11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26個以上の長さの二本鎖ヌクレオチドである、前記二本鎖干渉RNA。
【請求項２４】
請求項２２に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドもしくは請求項２３に記載の二本鎖阻害RNA(RNAi)分子を細胞に投与するか、もしくは細胞中で発現させることを含む、細胞中でのアルドラーゼメッセージの翻訳を阻害するか、または細胞中でのアルドラーゼの発現を阻害する方法。
【請求項２５】
アルドラーゼ活性を有する単離された、合成または組換えポリペプチドもしくはペプチドであって、
(a) 少なくとも約20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300個以上の残基の領域に渡って、または該ポリペプチドもしくは酵素の完全長に渡って、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334に対して、少なくとも50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは100％の(完全な)配列同一性を有するアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)であって、
必要に応じて、配列同一性を、配列比較アルゴリズムを用いる分析もしくは視覚的検査により決定し、必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、フィルタリング設定をblastall -p blastp -d「nr pataa」-F Fに設定し、他のオプションを全てデフォルトに設定するBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムである、前記アミノ酸配列および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)；
(b)ポリペプチドが、(i)アルドラーゼ活性を有するか、もしくは(ii)(a)の配列を有するポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成することができる免疫原性活性を有する、請求項１に記載の核酸によりコードされるアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性なサブ配列(断片)；
(c)少なくとも1個のアミノ酸残基の保存的置換を含み、アルドラーゼ活性を保持する、(a)もしくは(b)のアミノ酸配列、または請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドであって、
必要に応じて、保存的置換が、脂肪族アミノ酸の別の脂肪族アミノ酸との置換；セリンのトレオニンとの置換もしくはその逆；酸性残基の別の酸性残基との置換；アミド基を担持する残基のアミド基を担持する別の残基との置換；塩基性残基の別の塩基性残基との交換；もしくは芳香族残基の別の芳香族残基との置換、またはその組合せを含み、
ならびに必要に応じて、脂肪族残基が、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはその合成等価物を含み；酸性残基がアスパラギン酸、グルタミン酸もしくはその合成等価物を含み；アミド基を含む残基がアスパラギン酸、グルタミン酸もしくはその合成等価物を含み；塩基性残基がリジン、アルギニンもしくはその合成等価物を含み；または、芳香族残基がフェニルアラニン、チロシンもしくはその合成等価物を含む、前記ポリペプチド；
(d)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠く(a)、(b)、または(c)のポリペプチド；
(e)アルドラーゼ活性を有し、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、または(d)のポリペプチド；
(f)異種配列が、(i)異種シグナル配列；(ii)異種シグナル配列が異種酵素から誘導された(ii)の配列；および／もしくは(iii)タグ、エピトープ、標的化ペプチド、切断可能な配列、検出可能な部分もしくは酵素を含む、(e)のポリペプチド；または
(j)請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたアミノ酸配列、
を含む、前記ポリペプチドもしくはペプチド。
【請求項２６】
アルドラーゼ活性がピルビン酸アルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２７】
アルドラーゼ活性がHMGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２８】
アルドラーゼ活性がKHGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項２９】
(a)アルドラーゼ活性が温度安定性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の温度範囲を含む条件下でアルドラーゼ活性を保持し、ならびに
必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３０】
(a)アルドラーゼ活性が耐熱性であるか、または(b)前記ポリペプチドが、約-100℃〜約-80℃、約-80℃〜約-40℃、約-40℃〜約-20℃、約-20℃〜約0℃、約0℃〜約37℃、約0℃〜約5℃、約5℃〜約15℃、約15℃〜約25℃、約25℃〜約37℃、約37℃〜約45℃、約45℃〜約55℃、約55℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約105℃、約105℃〜約110℃、約110℃〜約120℃、もしくは95℃、96℃、97℃、98℃、99℃、100℃、101℃、102℃、103℃、104℃、105℃、106℃、107℃、108℃、109℃、110℃、111℃、112℃、113℃、114℃、115℃以上の範囲の温度に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
必要に応じて、該耐熱性が、上昇した温度に加熱した後にアルドラーゼの比活性の少なくとも半分の保持を含み、必要に応じて、上昇した温度が、約0℃〜約20℃、約20℃〜約37℃、約37℃〜約50℃、約50℃〜約70℃、約70℃〜約75℃、約75℃〜約80℃、約80℃〜約85℃、約85℃〜約90℃、約90℃〜約95℃、約95℃〜約100℃、約100℃〜約110℃以上であり、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３１】
アルドラーゼ活性が、約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件下で活性を保持するか、または約pH 6.5、pH 6、pH 5.5、pH 5、pH 4.5、pH 4.0、pH 3.5、pH 3.0以下(より酸性である)を含む酸性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３２】
アルドラーゼ活性が、約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件下で活性を保持するか、または約pH 7.0、pH 7.5、pH 8.0、pH 8.5、pH 9、pH 9.5、pH 10、pH 10.5、pH 11、pH 11.5、pH 12.0、pH 12.5以上(より塩基性である)を含む塩基性条件に曝露した後にアルドラーゼ活性を保持し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、タンパク質1ミリグラムあたり約1000〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約7500ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約5000〜約12,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約5000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約7500〜約10,000ユニット、タンパク質1ミリグラムあたり約10〜約2500ユニットもしくはタンパク質1ミリグラムあたり約10〜約1000ユニットの比活性を含む、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３３】
前記ポリペプチドが、少なくとも1個の糖鎖付加部位を含むか、または多糖類をさらに含み、必要に応じて、該糖鎖部位がN-結合糖鎖であり、ならびに必要に応じて該ポリペプチドが、ピチア・パストリスもしくはシゾサッカロミセス・ポンベ中で発現された後、糖鎖付加される、請求項２５〜３２のいずれか１項に記載の単離された、合成または組換えポリペプチド。
【請求項３４】
液体、固体またはゲルを含む、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物。
【請求項３５】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび第2のドメインを含むヘテロダイマーであって、必要に応じて、第2のドメインがポリペプチドであり、ヘテロダイマーが融合タンパク質であり、必要に応じて、第2のドメインがエピトープ、免疫原性ペプチドまたはタグを含む、前記ヘテロダイマー。
【請求項３６】
請求項２５〜３２のいずれか１項に記載のポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項３７】
ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含むか、または核酸が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列、もしくは請求項１０に記載のプローブを含み、必要に応じて、該ポリペプチドもしくは核酸を、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、黒鉛粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイもしくは毛細管上に固定する、固定されたポリペプチドまたは固定された核酸。
【請求項３８】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドに特異的に結合し、必要に応じて、モノクローナルまたはポリクローナル抗体である、単離された、合成または組換え抗体。
【請求項３９】
請求項３５に記載の固定されたポリペプチドもしくは固定された核酸または請求項３６に記載の抗体を含むアレイ。
【請求項４０】
請求項３６に記載の抗体を含むハイブリドーマ。
【請求項４１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する方法であって、
(a)請求項３６に記載の抗体を提供する工程；
(b)ポリペプチドを含むサンプルを提供する工程；および
(c)抗体が該ポリペプチドに特異的に結合することができる条件下で、工程(b)のサンプルを、工程(a)の抗体と接触させることにより、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを単離または同定する工程、
を含む前記方法。
【請求項４２】
抗アルドラーゼ抗体を作製する方法であって、
(a)体液性免疫応答を生成するのに十分な量の請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸もしくはそのサブ配列を非ヒト動物に投与することによって、抗アルドラーゼ抗体を作製すること、または
(b)体液性免疫応答を生成するのに十分な量の請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドもしくはそのサブ配列を、非ヒト動物に投与することによって、抗アルドラーゼ抗体を作製すること、
を含む、前記方法。
【請求項４３】
組換えポリペプチドを製造する方法であって、(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む、プロモーターに機能し得る形で連結された核酸を提供する工程；および(b)ポリペプチドの発現を可能にする条件下で、工程(a)の核酸を発現させることにより、組換えポリペプチドを製造する工程を含み、
必要に応じて、宿主細胞を工程(a)の核酸を用いて形質転換した後、工程(a)の核酸を発現させることにより、形質転換細胞中で組換えポリペプチドを製造することをさらに含む、前記方法。
【請求項４４】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを同定するための方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)アルドラーゼ基質を提供する工程；および
(c)該ポリペプチドを工程(b)の基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加が、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドを検出するものである、該基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４５】
アルドラーゼ基質を同定するための方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験基質を提供する工程；および
(c)工程(a)のポリペプチドを、工程(b)の試験基質と接触させ、基質の量の減少または反応生成物の量の増加が、試験基質をアルドラーゼ基質として同定するものである、該基質の量の減少または反応生成物の量の増加を検出する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４６】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜１０のいずれか１項に記載の配列を有する核酸のポリペプチドへの翻訳を可能にする条件下で、該核酸または該核酸を含むベクターを発現させる工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)該ポリペプチドを該試験化合物と接触させる工程；および
(d)工程(b)の試験化合物が該ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４７】
試験化合物がポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)該ポリペプチドを試験化合物と接触させる工程；および
(d)工程(b)の試験化合物が該ポリペプチドに特異的に結合するかどうかを決定する工程、
を含む、前記方法。
【請求項４８】
アルドラーゼ活性の調節因子を同定する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドを提供する工程；
(b)試験化合物を提供する工程；
(c)工程(a)のポリペプチドを工程(b)の試験化合物と接触させ、アルドラーゼの活性を測定する工程であって、試験化合物の非存在下での活性と比較した、試験化合物の存在下で測定したアルドラーゼ活性における変化が、該試験化合物がアルドラーゼ活性を調節するという決定を提供する前記工程、
を含む、前記方法。
【請求項４９】
アルドラーゼ基質を提供し、基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加、または基質の量の増加もしくは反応生成物の量の減少を検出することにより、アルドラーゼ活性を測定し、
必要に応じて、試験化合物の非存在下での基質もしくは反応生成物の量と比較した、試験化合物の存在下での基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加が、該試験化合物をアルドラーゼ活性の活性化因子として同定し、
ならびに必要に応じて、試験化合物の非存在下での基質もしくは反応生成物の量と比較した、試験化合物の存在下での基質の量の増加もしくは反応生成物の量の減少が、該試験化合物をアルドラーゼ活性の阻害因子として同定する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
プロセッサーおよびデータ記憶装置を含むコンピューターシステムであって、該データ記憶装置が、その上にポリペプチド配列もしくは核酸配列を保存し、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列、請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含み、
必要に応じて、該方法が、配列比較アルゴリズムおよび少なくとも1個の参照配列が保存されたデータ記憶装置をさらに含むか、または該配列中の1個以上の特徴を同定する識別子をさらに含み、
ならびに必要に応じて、配列比較アルゴリズムが、多型性を示すコンピュータープログラムを含む、前記コンピューターシステム。
【請求項５１】
ポリペプチド配列または核酸配列をその上に保存したコンピューターで読み取り可能な媒体であって、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、または請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む、前記媒体。
【請求項５２】
配列中の特徴を同定するための方法であって、(a)配列中の1個以上の特徴を同定するコンピュータープログラムを用いて該配列を読み取る工程であって、該配列が、ポリペプチド配列もしくは核酸配列を含み、該ポリペプチド配列が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド；請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む前記工程；および(b)該コンピュータープログラムを用いて該配列中の1個以上の特徴を同定する工程を含む前記方法。
【請求項５３】
第1の配列と第2の配列を比較する方法であって、(a)配列を比較するコンピュータープログラムの使用を介して第1の配列と第2の配列とを読み取る工程であって、第1の配列がポリペプチド配列もしくは核酸配列を含み、該ポリペプチド配列が請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドもしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされたポリペプチドを含む前記工程；および(b)コンピュータープログラムを用いて、第1の配列と第2の配列の間の差異を決定する工程を含み、
必要に応じて、第1の配列と第2の配列の間の差異を決定する工程をさらに含むか、または必要に応じて、多型性を同定する工程をさらに含むか、または配列中の1個以上の特徴を同定する識別子の使用をさらに含み、
ならびに必要に応じて、コンピュータープログラムを用いて第1の配列を読み取り、該配列中の1個以上の特徴を同定することを含む、前記方法。
【請求項５４】
環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する方法であって、
(a)請求項１１に記載の増幅プライマー対を提供する工程；
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、またはサンプル中の核酸が増幅プライマー対とのハイブリダイゼーションにとって接近可能であるように、環境サンプルを処理する工程；および
(c)工程(b)の核酸を工程(a)の増幅プライマー対と混合し、環境サンプルに由来する核酸を増幅することによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程、
を含み、
必要に応じて、環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含み、必要に応じて、生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞または哺乳動物細胞から誘導されたものである、前記方法。
【請求項５５】
環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収するための方法であって、
(a)請求項１に記載の配列、もしくはそのサブ配列を含むポリヌクレオチドプローブ、または請求項１０に記載のプローブを提供する工程；
(b)環境サンプルから核酸を単離するか、またはサンプル中の核酸が工程(a)のポリヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションにとって接近可能であるように、環境サンプルを処理する工程；
(c)工程(b)の単離された核酸または処理された環境サンプルを、工程(a)のポリヌクレオチドプローブと混合する工程；および
(d)工程(a)のポリヌクレオチドプローブに特異的にハイブリダイズする核酸を単離することによって、環境サンプルからアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を単離または回収する工程、
を含み、
必要に応じて、環境サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、空気サンプルまたは生物学的サンプルを含み、必要に応じて、生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞または哺乳動物細胞から誘導されたものである、前記方法。
【請求項５６】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変異体を作製する方法であって、
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む鋳型核酸を提供する工程；および
(b)鋳型配列中の1個以上のヌクレオチドを改変、欠失もしくは付加するか、またはその組合せを行って、鋳型核酸の変異体を作製する工程、
を含み、
必要に応じて、変異体核酸を発現させて、変異体アルドラーゼポリペプチドを作製することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、改変、付加または欠失を、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発、アセンブリーPCR、性的PCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、帰納的集合突然変異誘発、指数集合突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再集合、遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、合成連結再集合(SLR)、組換え、帰納的配列組換え、ホスホチオエート改変DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二本鎖突然変異誘発、点不一致修復突然変異誘発、修復欠損宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限選択突然変異誘発、制限精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、集合突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー作製およびその組合せを含む方法により導入する、前記方法。
【請求項５７】
変異体アルドラーゼポリペプチドが、(a)耐熱性であり、上昇した温度に曝露された後もいくらかの活性を保持し、(b)鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼと比較して、増加した糖鎖を有するか、または(c)高温下でアルドラーゼ活性を有し、鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼが高温下で活性が低い、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
(a)鋳型核酸のものから変化したコドン使用を有するアルドラーゼコード配列が産生されるまで、または(b)鋳型核酸のものからより高いか、もしくはより低いレベルのメッセージ発現もしくは安定性を有するアルドラーゼ遺伝子が産生されるまで、前記方法を繰り返す、請求項５４に記載の方法。
【請求項５９】
アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変するための方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中のコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンと置換し、それによってアルドラーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程、
を含む前記方法。
【請求項６０】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変して、宿主細胞中でのその発現を増加させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中の好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする好ましいか、または天然に用いられるコドンと置換する工程であって、好ましいコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過剰出現するコドンであり、好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過少出現するコドンであり、それによって、該核酸を改変して、宿主細胞中でのその発現を増加させる工程、
を含み、
必要に応じて、該宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記方法。
【請求項６１】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変して、宿主細胞中でのその発現を低下させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含むアルドラーゼポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中の少なくとも1個の好ましいコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンと置換する工程であって、好ましいコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過剰出現するコドンであり、好ましくないか、またはあまり好ましくないコドンが、宿主細胞中の遺伝子中のコード配列中に過少出現するコドンであり、それによって、該核酸を改変して、宿主細胞中でのその発現を低下させる工程、
を含み、
必要に応じて、該宿主細胞が、細菌細胞、菌類細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞または哺乳動物細胞である、前記方法。
【請求項６２】
複数の改変されたアルドラーゼ活性部位もしくは基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを製造する方法であって、改変された活性部位もしくは基質結合部位が、第1の活性部位もしくは第1の基質結合部位をコードする配列を含む第1の核酸から誘導されたものであり、下記工程：
(a)第1の活性部位もしくは第1の基質結合部位をコードする第1の核酸を提供する工程であって、第1の核酸配列が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくはそのサブ配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、該核酸が、アルドラーゼ活性部位もしくはアルドラーゼ基質結合部位をコードする、前記工程；
(b)第1の核酸中の複数の標的化されたコドンで、天然のアミノ酸変異体をコードする変異原性オリゴヌクレオチドのセットを提供する工程；および
(c)突然変異誘発させた各アミノ酸コドンで、一定範囲のアミノ酸変異体をコードする、活性部位をコードするか、もしくは基質結合部位をコードする変異体核酸のセットを作製するために変異原性オリゴヌクレオチドのセットを使用することによって、複数の改変されたアルドラーゼ活性部位もしくは基質結合部位をコードする核酸のライブラリーを製造する工程、
を含み、
必要に応じて、変異原性オリゴヌクレオチドもしくは変異体核酸を、最適化指向性進化系、遺伝子部位飽和突然変異誘発(GSSM)、合成連結再集合(SLR)、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発、アセンブリーPCR、性的PCR突然変異誘発、in vivo突然変異誘発、カセット突然変異誘発、帰納的集合突然変異誘発、指数集合突然変異誘発、部位特異的突然変異誘発、遺伝子再集合、組換え、帰納的配列組換え、ホスホチオエート改変DNA突然変異誘発、ウラシル含有鋳型突然変異誘発、ギャップ二本鎖突然変異誘発、点不一致修復突然変異誘発、修復欠損宿主株突然変異誘発、化学的突然変異誘発、放射性突然変異誘発、欠失突然変異誘発、制限選択突然変異誘発、制限精製突然変異誘発、人工遺伝子合成、集合突然変異誘発、キメラ核酸マルチマー作製およびその組合せを含む方法により作製する、前記方法。
【請求項６３】
小分子を作製する方法であって、下記工程：
(a)小分子を合成するか、もしくは改変することができる複数の生合成酵素を提供する工程であって、1個以上の酵素が、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされたアルドラーゼ酵素を含む前記工程；
(b)工程(a)の少なくとも1個の酵素のための基質を提供する工程；および
(c) 一連の生物触媒反応により小分子を生成する複数の生物触媒反応を容易にする条件下で、工程(b)の基質を該酵素と反応させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項６４】
小分子を改変するための方法であって、下記工程：
(a)アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、該酵素が請求項２８に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸配列を含む核酸によりコードされるポリペプチドを含む前記工程；
(b)小分子を提供する工程；および
(c)アルドラーゼ酵素により触媒される酵素反応を容易にする条件下で、工程(a)の酵素を工程(b)の小分子と反応させることによって、アルドラーゼ酵素反応により小分子を改変する工程、
を含み、
必要に応じて、工程(b)が、工程(a)の酵素のための複数の小分子基質を提供することによって、アルドラーゼ酵素により触媒される少なくとも1種の酵素反応により産生される改変された小分子のライブラリーを作製することを含み、
および必要に応じて、該方法が、複数の酵素反応により産生される改変された小分子のライブラリーを形成する酵素により複数の生物触媒反応を容易にする条件下で、複数のさらなる酵素を提供することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、該方法が、所望の活性を示す特定の改変された小分子が、該ライブラリー内に存在するかどうかを決定するために該ライブラリーを試験する工程をさらに含み、必要に応じて、該ライブラリーを試験する工程が、所望の活性を有する特定の改変された小分子の存在もしくは非存在について、改変された小分子の一部を試験することにより、該ライブラリー内の複数の改変された小分子の一部を産生するのに用いられる生物触媒反応の1つを除いて全部を合成的に排除する工程をさらに含む、前記方法。
【請求項６５】
アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定するための方法であって、
(a)アルドラーゼ酵素を提供する工程であって、該酵素が請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む前記工程、および
(b)工程(a)の配列から複数のアミノ酸残基を欠失させ、アルドラーゼ活性について残りのサブ配列を試験することによって、アルドラーゼ酵素の機能的断片を決定する工程、
を含み、
必要に応じて、アルドラーゼ基質を提供し、基質の量の減少もしくは反応生成物の量の増加を検出することにより、アルドラーゼ活性を測定する、前記方法。
【請求項６６】
リアルタイム代謝フラックス分析を用いることにより、新規表現型もしくは改変された表現型の全細胞遺伝子操作のための方法であって、下記工程：
(a)細胞の遺伝子組成を改変することにより、改変された細胞を作製する工程であって、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸の細胞への添加により、該遺伝子組成を改変する前記工程；
(b)改変された細胞を培養して、複数の改変された細胞を作製する工程；
(c)リアルタイムで工程(b)の細胞培養物をモニターすることにより、該細胞の少なくとも1個の代謝パラメーターを測定する工程；および
(d)工程(c)のデータを分析して、測定されたパラメーターが、同様の条件下で未改変の細胞中の比較可能な測定値と異なるかどうかを決定することによって、リアルタイム代謝フラックス分析を用いて、該細胞中の遺伝子操作された表現型を同定する工程、
を含み、
必要に応じて、該細胞中での配列の欠失もしくは配列の改変、または遺伝子の発現をノックアウトすることを含む方法により、該細胞の遺伝子組成を改変し、
および必要に応じて、該方法が、新しく遺伝子操作された表現型を含む細胞を選択することをさらに含み、
ならびに必要に応じて、該方法が、選択された細胞を培養することによって、新しく遺伝子操作された表現型を含む新しい細胞株を作製することをさらに含む、前記方法。
【請求項６７】
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の(a)アミノ酸配列の、アミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜29、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43もしくは1〜44に記載のアミノ酸配列からなる単離された、合成もしくは組換えシグナルまたはリーダー配列。
【請求項６８】
請求項６６に記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列を含む少なくとも第1のドメイン、および異種ポリペプチドもしくはペプチドを含む少なくとも第2のドメインを含むキメラポリペプチドであって、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列と天然には結合しておらず、
および必要に応じて、該異種ポリペプチドもしくはペプチドがアルドラーゼではなく、必要に応じて、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列のアミノ末端、カルボキシ末端、またはその両方の末端にある、前記キメラポリペプチド。
【請求項６９】
キメラポリペプチドをコードする単離された、合成または組換え核酸であって、該キメラポリペプチドが、請求項６６に記載のアミノ酸配列を有するシグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列を含む少なくとも第1のドメインおよび異種ポリペプチドもしくはペプチドを含む少なくとも第2のドメインを含み、該異種ポリペプチドもしくはペプチドが、該シグナルペプチド(SP)もしくはリーダー配列と天然には結合していない、前記核酸。
【請求項７０】
アルドラーゼポリペプチドの耐熱性もしくは温度安定性を増加させる方法であって、該方法がアルドラーゼを糖鎖付加することを含み、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含み、それによってアルドラーゼの耐熱性もしくは温度安定性を増加させる、前記方法。
【請求項７１】
細胞中で組換えアルドラーゼを過剰発現させる方法であって、請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを発現させることを含み、過剰発現を、高活性のプロモーター、二シストロン性ベクターの使用もしくは該ベクターの遺伝子増幅により行う、前記方法。
【請求項７２】
トランスジェニック植物を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含む異種核酸配列を細胞中に導入することによって、形質転換植物細胞を作製する工程；
(b)該形質転換細胞からトランスジェニック植物を作製する工程、
を含み、
必要に応じて、工程(a)がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションもしくはマイクロインジェクションにより該異種核酸配列を導入することを含み、
および必要に応じて、工程(a)が、DNA粒子ボンバードメントによるか、もしくはアグロバクテリウム・ツメファシエンス宿主を使用することにより、植物組織に該異種核酸配列を直接導入することを含む、前記方法。
【請求項７３】
植物細胞中で異種核酸配列を発現させる方法であって、下記工程：
(a)請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列、もしくは請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸を含む、プロモーターに機能し得る形で連結された異種核酸配列を用いて、該植物細胞を形質転換する工程；
(b)該異種核酸配列が該植物細胞中で発現される条件下で、該植物を成長させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項７４】
組成物中の炭素-炭素結合を切断する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)炭素-炭素結合を含む組成物を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが該組成物中の炭素-炭素結合を切断する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、前記方法。
【請求項７５】
炭素-炭素結合を形成させる方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが炭素-炭素結合を形成する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、前記方法。
【請求項７６】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含むパン生地もしくはパン製品。
【請求項７７】
パン生地もしくはパン製品を、該パン生地を処理するのに十分な条件下で、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の少なくとも1種のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドと接触させることを含む、パン生地処理方法。
【請求項７８】
必要に応じて、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む飲料。
【請求項７９】
飲料の粘度を低下させるのに十分な条件下で、飲料もしくは飲料前駆体に、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の少なくとも1種のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを投与することを含み、必要に応じて、該飲料もしくは飲料前駆体が麦芽汁もしくはビールである、飲料製造方法。
【請求項８０】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む食品添加物、飼料添加物、飲料添加物もしくは栄養補助食品。
【請求項８１】
動物飼料における栄養補助食品としてアルドラーゼを利用する方法であって、
請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドの少なくとも30個の連続するアミノ酸を含むアルドラーゼ酵素を含む栄養補助食品を調製すること；および
該栄養補助食品を動物に投与すること、
を含み、
必要に応じて、該動物がヒトであるか、または該動物が反芻動物もしくは単胃動物であり、
ならびに必要に応じて、細菌、酵母、植物、昆虫、菌類および動物からなる群より選択された生物中でのアルドラーゼをコードするポリヌクレオチドの発現により、アルドラーゼ酵素を調製し、必要に応じて、該生物が、シゾサッカロミセス・ポンベ、サッカロミセス・セレビジア、ピチア・パストリス、大腸菌、ストレプトミセス種、バチルス種、およびラクトバチルス種からなる群より選択される、前記方法。
【請求項８２】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む温度安定性組換えアルドラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックスまたはペレット。
【請求項８３】
アルドラーゼ補助食品を動物に送達するための方法であって、顆粒状食用担体と温度安定性組換えアルドラーゼ酵素を含む食用酵素送達マトリックスまたはペレットであって、該ペレットが、水性媒体中に、そこに含まれるアルドラーゼ酵素を容易に分散させ、該組換えアルドラーゼ酵素が、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む、前記マトリックスまたはペレットを調製すること；ならびに該食用酵素送達マトリックスまたはペレットを該動物に投与することを含み、
必要に応じて、該顆粒状食用担体が、穀物胚芽、油を消費した穀物胚芽、干し草、アルファルファ、オオアワガエリ、大豆皮、ヒマワリ種子穀粉および小麦穀粒からなる群より選択される担体を含み、
および必要に応じて、該食用担体が、油を消費した穀物胚芽を含み、
および必要に応じて、該アルドラーゼ酵素を糖鎖付加して、ペレット化する条件で温度安定性を提供し、
および必要に応じて、該送達マトリックスを、穀物胚芽とアルドラーゼを含む混合物をペレット化することにより形成させ、
ならびに必要に応じて、ペレット化する条件が、蒸気の適用を含み、および必要に応じて、ペレット化する条件が、約80℃の過剰な温度を約5分間適用することを含み、該酵素が、酵素1ミリグラムあたり少なくとも350〜約900ユニットの比活性を保持する、前記方法。
【請求項８４】
必要に応じて、アルドラーゼを、錠剤、ゲル、ピル、埋込み物、液体、スプレー、粉末、食品、飼料ペレットとして、もしくはカプセル化製剤として製剤化し、
ならびに必要に応じて、アルドラーゼ活性が、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む医薬組成物または栄養補助食品。
【請求項８５】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む食品または飼料。
【請求項８６】
必要に応じて、アルドラーゼ、例えば、ピルビン酸アルドラーゼ、例えば、HMGおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を含む活性を有する、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドと、炭素-炭素結合を含有する化合物を含む組成物とを接触させることを含む、食品または飼料を作製する方法。
【請求項８７】
4-置換D-グルタミン酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)α-ケト酸受容体およびピルビン酸もしくはピルビン酸供与体を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが、4-置換D-グルタミン酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、該方法がさらに、D-アミノトランスフェラーゼの使用を含む、前記方法。
【請求項８８】
抗生物質としての請求項８７に記載の4-置換D-グルタミン酸の使用。
【請求項８９】
3,4-置換2-ケト-グルタル酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項２５〜３３のいずれか１項に記載のアルドラーゼ活性を有するポリペプチド、もしくは請求項１〜９のいずれか１項に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；ならびに
(c)アルドラーゼが、3,4-置換2-ケト-グルタル酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、供与体および受容体が、ピルビン酸もしくはピルビン酸供与体ならびにα-ケト酸受容体、ケトンおよび／もしくはアルデヒドである、前記方法。
【請求項９０】
バイオマスまたは任意のリグノセルロース材料を燃料に変換する方法であって、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドと接触させることを含み、該ポリペプチドが請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を予備処理した後、アルドラーゼと接触させ、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、セルロースおよび／もしくはヘミセルロース分解酵素と接触させた後、アルドラーゼと接触させ、ならびに
必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記方法。
【請求項９１】
バイオマスまたは任意のリグノセルロース材料を燃料に変換するための、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドの使用であって、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を予備処理した後、アルドラーゼと接触させ、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料をセルロースおよび／もしくはヘミセルロース分解酵素と接触させた後、アルドラーゼと接触させ、ならびに
必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記使用。
【請求項９２】
燃料と、アルドラーゼ活性を有するポリペプチドとを含む組成物であって、該ポリペプチドが、請求項２５〜３３のいずれか１項に記載の配列を有するか、または該ポリペプチドが、請求項１〜９のいずれか１項に記載の配列を含む核酸によりコードされるものか、もしくはその酵素的に活性な断片であり、必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、前記組成物。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【公表番号】特表２００９−５３１０２５（Ｐ２００９−５３１０２５Ａ）
【公表日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００８−５５８５２１（Ｐ２００８−５５８５２１）
【出願日】平成１９年３月７日（２００７．３．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０６３５１５
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１０３９８９
【国際公開日】平成１９年９月１３日（２００７．９．１３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０８２６８６２１）ヴェレニウム コーポレーション (3)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２１年９月３日（２００９．９．３）
【国際特許分類】
【出願日】平成１９年３月７日（２００７．３．７）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００７／０６３５１５
【国際公開番号】ＷＯ２００７／１０３９８９
【国際公開日】平成１９年９月１３日（２００７．９．１３）
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．フロッピー
【出願人】（５０８２６８６２１）ヴェレニウム コーポレーション (3)
【Ｆターム（参考）】
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