ＲＮＡ干渉を用いる合成致死スクリーニング
本発明は、ある薬剤、例えばある薬物の効果と相互作用する、例えばモジュレートするある細胞型の細胞の１以上の遺伝子を同定する方法を提供する。例えば、同定された遺伝子は、ある薬物に対する耐性または感受性を与える、すなわち、薬物の効果を低減または増強することができる。本発明はまた、キネシン様運動タンパク質をコードするKSPと合成致死相互作用を示す遺伝子としてSTK6およびTPX2を提供するとともに、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／またはSTK6もしくはTPX2遺伝子産物の活性をモジュレートすることにより疾患、例えば、癌を治療する方法および組成物を提供する。本発明はまた、DNA損傷に対する細胞応答に関わる遺伝子、ならびにそれらの治療上の用途を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
その産物がある細胞型の細胞に対するある薬剤の効果をモジュレートする遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループを前記薬剤と接触させるステップであって、それぞれの前記１以上の細胞のグループは多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含み、前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAは前記細胞型の細胞においてそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする前記１以上の異なるsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、その産物が前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果をモジュレートする遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項２】
多数のsiRNAの１以上を含むそれぞれの細胞のグループを、接触ステップの前に１以上のsiRNAを用いるトランスフェクションによって取得する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
その産物がある細胞型の細胞に対するある薬剤の効果をモジュレートする遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループのそれぞれを多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含む組成物を用いてトランスフェクトするステップであって、前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAは前記細胞型の細胞においてそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)前記多数の１以上の細胞のグループのそれぞれを前記薬剤と接触させるステップ；(c)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを用いてトランスフェクトされてない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(d)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする前記１以上の異なるsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、その産物が前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果をモジュレートする遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項４】
siRNAを含む１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
siRNAを含む１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減する請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
薬剤が、多数のsiRNAにより標的とされた異なる遺伝子のいずれか以外の遺伝子、またはそのコードされたタンパク質に対して作用する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子の少なくとも1つを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも1つの遺伝子を標的とする１以上の異なるsiRNAは、2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子の少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは、2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
細胞型は癌細胞型である、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
細胞型は癌細胞型であり、そして効果は増殖抑制効果である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
薬剤はKSPインヒビターである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
多数の異なる遺伝子は少なくともN種類の異なる遺伝子を含み、ここでNは5、10、100、1,000、および5,000からなる群から選択される、請求項７〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
異なる遺伝子は異なる内在性遺伝子である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
ある細胞型の細胞において一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループをある薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は前記一次標的遺伝子の発現および／または前記一次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートし、それぞれの前記細胞のグループは多数の異なるsiRNAのなかの１以上の異なるsiRNAを含み、前記細胞型の細胞において前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAはそれぞれ異なる二次遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする１以上のsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１９】
多数のsiRNAの１以上を含むそれぞれの細胞のグループを、接触のステップの前に１以上のsiRNAによるトランスフェクションによって取得する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ある細胞型の細胞において一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループのそれぞれを、多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含む組成物を用いてトランスフェクトするステップであって、前記細胞型の細胞において前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAはそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b) 前記多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループを薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は前記一次標的遺伝子の発現および／または前記一次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートするステップ；(c)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(d)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする１以上のsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項２１】
薬剤は、一次標的遺伝子を標的としてサイレンシングするsiRNAである、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
薬剤は一次標的遺伝子のインヒビターである、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子の少なくとも１つを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの遺伝子を標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子の少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
一次標的遺伝子はKSPである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３２】
多数の異なる遺伝子は少なくともN種類の異なる遺伝子を含み、ここでNは5、10、100、1,000、および5,000からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項３３】
異なる二次遺伝子は異なる内在性遺伝子である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
細胞型は癌細胞型である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
組成物中の１以上のsiRNAの全濃度は、標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項８または２６に記載の方法。
【請求項３６】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
１以上のsiRNAのそれぞれの濃度はほぼ同じである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
１以上のsiRNAのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
組成物中のいずれのsiRNAも、１以上のsiRNAsの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
組成物中の少なくとも1つのsiRNAは、１以上のsiRNAsの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
組成物中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、組成物が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項８または２６に記載の方法。
【請求項４２】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物にSTK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含み、前記哺乳動物に治療上十分な量のKSPインヒビターを投与することを含む療法を前記哺乳動物に施す方法。
【請求項４３】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物に、i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤、ならびにii)治療上十分な量のKSPインヒビターを投与することを含む方法。
【請求項４４】
薬剤は、癌細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４５】
薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４６】
薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、STK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
異なるsiRNAsのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
薬剤中の少なくとも１つのsiRNAが、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
哺乳動物はヒトであり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５５】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、哺乳動物に、i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する第１の治療上十分な量の薬剤、ならびにii)KSP遺伝子の発現および／またはKSP遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の第２の薬剤を投与することを含む方法。
【請求項５６】
第１の薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAを含み、そして第２の薬剤はKSP遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
第１の薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
第１の薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、STK6もしくはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
異なるsiRNAsのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
第１の薬剤中の少なくとも１つのsiRNAが、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６４】
第１の薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項５８に記載の方法。
【請求項６５】
哺乳動物はヒトであり、ここでSTK6遺伝子を標的とするsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項５６に記載の方法。
【請求項６６】
哺乳動物はヒトであり、TPX2遺伝子を標的とするsiRNAが配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項４５または５６に記載の方法。
【請求項６７】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子の発現レベルを測定することを含み、所定の閾値を越える前記発現レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に耐性があることを示す方法。
【請求項６８】
STK6またはTPX2遺伝子の発現レベルは、それぞれSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含む１以上のポリヌクレオチドプローブを用いてSTK6またはTPX2遺伝子の発現レベルを測定することを含む方法により決定する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
１以上のポリヌクレオチドプローブはマイクロアレイ上のポリヌクレオチドプローブである、請求項６７または６８に記載の方法。
【請求項７０】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の存在量のレベルを測定することを含み、所定の閾値を越える前記タンパク質の存在量の前記レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性があると示すことを含む方法。
【請求項７１】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性のレベルを測定することを含み、所定の閾値レベルを越える前記活性レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性があることを示す方法。
【請求項７２】
細胞がヒト細胞である、請求項７０または７１に記載の方法。
【請求項７３】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する方法であって、前記細胞を、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤と接触させることを含む方法。
【請求項７４】
哺乳動物におけるKSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する方法であって、前記哺乳動物に、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含む方法。
【請求項７５】
細胞の増殖を調節する方法であって、前記細胞をi)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびにii) 十分な量のKSPインヒビターと接触させることを含む方法。
【請求項７６】
薬剤が細胞におけるSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する、請求項７３、７４、または７５に記載の方法。
【請求項７７】
薬剤がSTK6遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項７３、７４、または７５に記載の方法。
【請求項７８】
薬剤が、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
薬物中の異なるsiRNAの全siRNA濃度はSTK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項７９に記載の方法。
【請求項８４】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項７９に記載の方法。
【請求項８５】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項７９に記載の方法。
【請求項８６】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８７】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８８】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができる薬剤であって、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、前記薬剤の存在のもとでの前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する細胞に対する前記KSPインヒビターの抑制効果を前記薬剤の不在のもとでの前記STK6もしくはTPX2遺伝子を発現する細胞に対する前記KSPインヒビターの抑制効果と比較することを含み、前記KSPインヒビターの前記抑制効果に差があれば前記薬剤は前記細胞の前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性を調節することができると同定する方法。
【請求項８９】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができる薬剤であって、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、(a) 前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する第１の細胞を前記KSPインヒビターと前記薬剤の存在のもとで接触させ、そして第１の増殖抑制効果を測定するステップ；(b) 前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する第２の細胞を前記KSPインヒビターと前記薬剤の不在のもとで接触させ、そして第２の増殖抑制効果を測定するステップ；ならびに(c) 前記ステップ(a)と(b)で測定した前記第１と第２の抑制効果を比較するステップを含み、前記第１と第２の抑制効果に差があれば、前記薬剤は前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができると同定するステップを含む方法。
【請求項９０】
薬剤がSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する分子を含む、請求項８８または８９に記載の方法。
【請求項９１】
薬剤がSTK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAである、請求項８８または８９に記載の方法。
【請求項９２】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択することができる、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
細胞中にSTK6またはTPX2遺伝子を標的とする１以上の異なる小干渉RNA（siRNA）を含む細胞。
【請求項９５】
１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項９４に記載の細胞。
【請求項９６】
細胞は１以上の異なるsiRNAの組成物を用いてトランスフェクションにより作製され、前記組成物の全siRNA濃度は前記STK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項９５に記載の細胞。
【請求項９７】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加させることのない濃度である、請求項９６に記載の細胞。
【請求項９８】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項９６に記載の細胞。
【請求項９９】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１００】
組成物中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０１】
組成物中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０２】
組成物中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度は、前記組成物が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ばれる、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０３】
細胞がヒト細胞である、請求項９４に記載の細胞。
【請求項１０４】
哺乳動物はヒトであり、ここで１以上の異なるsiRNAのそれぞれは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項１０３に記載の細胞。
【請求項１０５】
哺乳動物はヒトであり、siRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項１０３に記載の細胞。
【請求項１０６】
細胞がマウス細胞である、請求項９４に記載の細胞。
【請求項１０７】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を診断するためのマイクロアレイであって、前記マイクロアレイは１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含むマイクロアレイ。
【請求項１０８】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を診断するためのキットであって、１以上の容器中に１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含むキット。
【請求項１０９】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する薬剤をスクリーニングするためのキットであって、１以上の容器中に、(i)請求項９４に記載の細胞；および(ii)KSPインヒビターを含むキット。
【請求項１１０】
癌を有する哺乳動物を治療するキットであって、１以上の容器中に(i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；および(ii)KSPインヒビターを含むキット。
【請求項１１１】
KSPインヒビターは、(1S)-1-{[(2S)-4-(2,5-ジフルオロフェニル)-2-フェニル-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル]カルボニル}-2-メチルプロピルアミンである、請求項４２〜４３、６７、７０〜７１、７４〜７５および８８〜８９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
接触ステップ(a)をそれぞれの１以上の細胞のグループに対して別々に行う、請求項１、２、または３に記載の方法。
【請求項１１３】
接触ステップ(a）をそれぞれの１以上の細胞のグループに対して別々に行う、請求項１８、１９、または２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１４】
KSPインヒビターは、(1S)-1-{[(2S)-4-(2,5-ジフルオロフェニル)-2-フェニル-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル]カルボニル}-2-メチルプロピルアミンである、請求項１０９または１１０のキット。
【請求項１１５】
ある細胞型の細胞中の一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)１以上の前記細胞型の細胞をある薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートし、そして前記１以上の細胞は前記一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現するステップ；(b)１以上の前記クローンの細胞に対する前記薬剤の効果を、前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)もし前記第１のsiRNAを発現する前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果が前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記二次標的遺伝子を前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１１６】
ある細胞型の細胞中の一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a) 前記一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現する前記細胞型の細胞のクローンを作製するステップ；(b) 前記クローンの１以上の細胞を、二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートする薬剤と接触させるステップ；(c) 前記クローンの前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果を、前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；および(d)もし前記第１のsiRNAを発現する前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果が前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記二次標的遺伝子を前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１１７】
第１のsiRNAは細胞のゲノムに組み込まれたヌクレオチド配列により発現される、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
薬剤が二次標的遺伝子を標的としかつサイレンシングする１以上の第２のsiRNAを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
薬剤が二次標的遺伝子のインヒビターである、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２０】
第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する薬剤の効果は、前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強される、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２１】
第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する薬剤の効果は、前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減される、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２２】
１以上の第２のsiRNAは少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２３】
薬剤中の少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、二次標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
それぞれの少なくともk種類の異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２６】
少なくともk種類の異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２７】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２８】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２９】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３０】
細胞型は癌細胞型であり、そして一次標的遺伝子はp53である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１３１】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(b)-(d)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
多数の二次標的遺伝子は、少なくとも5、10、100、1,000、および5,000種類の異なる遺伝子からなる群から選択される異なる遺伝子の数を含む、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
効果がある薬物に対する細胞型の細胞の感受性の変化である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
薬物はDNA損傷剤である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
DNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
ある薬物の処置に対するある細胞型の細胞の応答性を評価する方法であって、(a)１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞が一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現し、そして前記１以上の細胞を、１以上の二次標的遺伝子の発現および／または前記１以上の二次標的遺伝子がそれぞれコードする１以上のタンパク質の活性をモジュレートする組成物で処置するステップ；(b)一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現しない１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞を、二次標的遺伝子の発現および／または二次標的遺伝子がコードするあるタンパク質の活性をモジュレートする前記薬剤で処置するステップ；ならびに(c)ステップ(a)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果をステップ(b)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果と比較し、それにより前記薬物の処置に対する前記細胞の応答性を評価するステップを含む方法。
【請求項１３８】
ある薬物の処置に対するある細胞型の細胞の応答性を評価する方法であって、(a)一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現する前記細胞型の細胞のクローンを作製するステップ；(b) 前記第１のsiRNAを発現する前記クローンの１以上の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞を、ある二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートするある薬剤で処置するステップ；(c) 前記一次標的遺伝子を標的とする小干渉RNA（siRNA）を発現しない１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞をある二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートする前記薬剤で処置するステップ；ならびに(d)ステップ(b)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果をステップ(c)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果と比較し、それにより前記薬物の処置に対する前記細胞の応答性を評価するステップを含む方法。
【請求項１３９】
薬物の第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する効果が、前記薬物の前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する効果と比較して増強される、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
薬物の第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する効果が、前記薬物の前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する効果と比較して低減される、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４１】
組成物が１以上の二次標的遺伝子の１以上のインヒビターを含む、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４２】
組成物が１以上の二次標的遺伝子を標的としかつサイレンシングする１以上の第２のsiRNAを含む、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４３】
１以上の第２のsiRNAが少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
薬剤中の少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度が、二次標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
少なくともk種類の異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４７】
少なくともk種類の異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４８】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４９】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５０】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５１】
細胞型は癌細胞型であり、一次標的遺伝子はp53である、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１５２】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(b)-(d)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１５３】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(a)-(b)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１５４】
多数の二次標的遺伝子は、少なくとも5、10、100、1,000、および5,000種類の異なる遺伝子からなる群から選択される異なる遺伝子の数を含む、請求項１５２または１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
薬物はDNA損傷剤である、請求項１５４に記載の方法。
【請求項１５６】
DNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物に、ある遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含み、前記哺乳動物を、前記哺乳動物に１以上のDNA損傷剤を含む治療上十分な量の組成物を投与することを含む療法で処置する方法。
【請求項１５９】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物にi)ある遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤、ならびにii)１以上のDNA損傷剤を含む治療上十分な量の組成物を投与することを含む方法。
【請求項１６０】
薬剤が癌細胞中の遺伝子の発現を低減する、請求項１５８または１５９に記載の方法。
【請求項１６１】
薬剤が癌細胞中の遺伝子の発現を増強する、請求項１５８または１５９に記載の方法。
【請求項１６２】
１以上のDNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
１以上のDNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１６３に記載の方法。
【請求項１６５】
ある薬剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中の１以上の遺伝子のそれぞれの転写物レベルを測定するステップを含み、それぞれの遺伝子に対してそれぞれの所定の閾値レベルより低い前記転写物レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に感受性があると示す方法。
【請求項１６６】
薬剤は、トポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択されるDNA損傷剤であり、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６８】
１以上の遺伝子が少なくとも約5〜約50種類の異なる遺伝子を含む、請求項１６６〜１６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６９】
それぞれの転写物レベルが閾値レベルから1.5倍、2倍または3倍低下している、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
遺伝子の転写物レベルを、それぞれが前記遺伝子中のヌクレオチド配列を含む１以上のポリヌクレオチドプローブを用いて前記遺伝子の転写物レベルを測定することを含む方法により決定する、請求項１６６〜１６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７１】
１以上のポリヌクレオチドプローブがあるマイクロアレイ上のポリヌクレオチドプローブである、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
あるDNA損傷剤の増殖抑制効果に対するある細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中のある遺伝子がコードするあるタンパク質の存在量のレベルを測定するステップを含み、所定の閾値レベルより低い前記タンパク質の存在量の前記レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対して感受性のあることを示す方法。
【請求項１７３】
あるDNA損傷剤の増殖抑制効果に対するある細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中のある遺伝子がコードするあるタンパク質の活性のレベルを測定するステップを含み、所定の閾値レベルを超える前記タンパク質の活性の前記レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対して感受性のあることを示す方法。
【請求項１７４】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択され、そして遺伝子がEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１７２または１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子がEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
細胞がヒト細胞である、請求項１７２または１７３に記載の方法。
【請求項１７７】
DNA損傷に対する細胞の感受性を調節する方法であって、前記細胞を、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤と接触させることを含む方法。
【請求項１７８】
DNA損傷はDNA損傷剤により引き起こされる、請求項１７７に記載の方法。
【請求項１７９】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８１】
細胞の増殖を調節する方法であって、前記細胞をi)EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびにii) 十分な量のDNA損傷剤と接触させることを含む方法。
【請求項１８２】
薬剤が細胞中の遺伝子の発現を低減する、請求項１７７または１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１７７または１８１に記載の方法。
【請求項１８４】
薬剤が遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１８３に記載の方法。
【請求項１８５】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８８】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８９】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９０】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９１】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９２】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができる薬剤であって、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、薬剤の存在のもとでの前記遺伝子を発現する細胞に対する前記DNA損傷剤の抑制効果を薬剤の不在のもとでの前記遺伝子を発現する細胞に対する前記DNA損傷剤の抑制効果と比較することを含み、前記DNA損傷剤の前記抑制効果に差があれば、薬剤を、前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する前記細胞の感受性を調節することができると同定する方法。
【請求項１９３】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができる薬剤であって、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、(a)薬剤の存在のもとで前記遺伝子を発現する第１の細胞を前記DNA損傷剤と接触させて第１の増殖抑制効果を測定するステップ；(b)薬剤の不在のもとで前記遺伝子を発現する第２の細胞を前記DNA損傷剤と接触させて第２の増殖抑制効果を測定するステップ；ならびに(c) 前記ステップ(a)と(b)で測定した前記第１と第２の抑制効果を比較して、前記第１と第２の抑制効果の間に差があれば、薬剤を、前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができると同定するステップを含む方法。
【請求項１９４】
細胞が一次標的遺伝子を標的とするsiRNAを発現する、請求項１９２または１９３に記載の方法。
【請求項１９５】
一次標的遺伝子がp53である、請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９６】
薬剤が遺伝子の発現を低減する分子を含む、請求項１９２または１９３に記載の方法。
【請求項１９７】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
薬剤が遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度が遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２００】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０１】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０２】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０３】
薬剤中のいずれのsiRNAも、異なるsiRNAsの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０４】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAsの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０５】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０６】
細胞中のEPHB3、WEE1、ELK1、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択されるある遺伝子を標的とする１以上の異なる小干渉RNA（siRNA）を含む細胞。
【請求項２０７】
１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２０８】
細胞がヒト細胞である、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２０９】
細胞がマウス細胞である、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２１０】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を診断するためのマイクロアレイであって、１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、ここで、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される１以上の遺伝子中のあるヌクレオチド配列を含むマイクロアレイ。
【請求項２１１】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を診断するためのキットであって、１以上の容器中に１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、ここでそれぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される１以上の遺伝子中のあるヌクレオチド配列を含むキット。
【請求項２１２】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節する薬剤をスクリーニングするためのキットであって、１以上の容器中に(i)請求項206〜211のいずれか１つの請求項に記載の細胞；および(ii)前記DNA損傷剤を含むキット。
【請求項２１３】
癌を有する哺乳動物を治療するキットであって、１以上の容器中に(i)EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびに(ii)DNA損傷剤を含むキット。
【請求項２１４】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１９２〜１９３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１５】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項に２１４記載の方法。
【請求項２１６】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項２１２に記載のキット。
【請求項２１７】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
一次標的遺伝子のサイレンシングのレベルを制御する、請求項２１、１１７、１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１】
その産物がある細胞型の細胞に対するある薬剤の効果をモジュレートする遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループを前記薬剤と接触させるステップであって、それぞれの前記１以上の細胞のグループは多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含み、前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAは前記細胞型の細胞においてそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする前記１以上の異なるsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、その産物が前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果をモジュレートする遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項２】
多数のsiRNAの１以上を含むそれぞれの細胞のグループを、接触ステップの前に１以上のsiRNAを用いるトランスフェクションによって取得する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
その産物がある細胞型の細胞に対するある薬剤の効果をモジュレートする遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループのそれぞれを多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含む組成物を用いてトランスフェクトするステップであって、前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAは前記細胞型の細胞においてそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)前記多数の１以上の細胞のグループのそれぞれを前記薬剤と接触させるステップ；(c)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを用いてトランスフェクトされてない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(d)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする前記１以上の異なるsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、その産物が前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果をモジュレートする遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項４】
siRNAを含む１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
siRNAを含む１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減する請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
薬剤が、多数のsiRNAにより標的とされた異なる遺伝子のいずれか以外の遺伝子、またはそのコードされたタンパク質に対して作用する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子の少なくとも1つを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも1つの遺伝子を標的とする１以上の異なるsiRNAは、2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子の少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
多数のsiRNAは、異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは、2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
細胞型は癌細胞型である、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
細胞型は癌細胞型であり、そして効果は増殖抑制効果である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
薬剤はKSPインヒビターである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
多数の異なる遺伝子は少なくともN種類の異なる遺伝子を含み、ここでNは5、10、100、1,000、および5,000からなる群から選択される、請求項７〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
異なる遺伝子は異なる内在性遺伝子である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
ある細胞型の細胞において一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループをある薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は前記一次標的遺伝子の発現および／または前記一次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートし、それぞれの前記細胞のグループは多数の異なるsiRNAのなかの１以上の異なるsiRNAを含み、前記細胞型の細胞において前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAはそれぞれ異なる二次遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする１以上のsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１９】
多数のsiRNAの１以上を含むそれぞれの細胞のグループを、接触のステップの前に１以上のsiRNAによるトランスフェクションによって取得する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ある細胞型の細胞において一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループのそれぞれを、多数の異なる小干渉RNA（siRNA）のなかからの１以上の異なるsiRNAを含む組成物を用いてトランスフェクトするステップであって、前記細胞型の細胞において前記１以上の異なるsiRNAは同じ遺伝子を標的とし、そして前記多数の異なるsiRNAはそれぞれ異なる遺伝子を標的とするsiRNAを含むステップ；(b) 前記多数の１以上の前記細胞型の細胞のグループを薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は前記一次標的遺伝子の発現および／または前記一次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートするステップ；(c)それぞれの前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果を、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(d)ある遺伝子を、もし前記遺伝子を標的とする１以上のsiRNAを含む前記１以上の細胞のグループに対する前記薬剤の効果が、前記異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項２１】
薬剤は、一次標的遺伝子を標的としてサイレンシングするsiRNAである、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
薬剤は一次標的遺伝子のインヒビターである、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
１以上の細胞のグループに対する薬剤の効果を、異なる二次遺伝子のいずれかを標的とするsiRNAを含まない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減する、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子の少なくとも１つを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの遺伝子を標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子の少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも２つの異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
多数のsiRNAは、異なる二次遺伝子のそれぞれを標的とする少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
異なる遺伝子のそれぞれを標的とする１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
一次標的遺伝子はKSPである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３２】
多数の異なる遺伝子は少なくともN種類の異なる遺伝子を含み、ここでNは5、10、100、1,000、および5,000からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項３３】
異なる二次遺伝子は異なる内在性遺伝子である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
細胞型は癌細胞型である、請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
組成物中の１以上のsiRNAの全濃度は、標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項８または２６に記載の方法。
【請求項３６】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
１以上のsiRNAのそれぞれの濃度はほぼ同じである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
１以上のsiRNAのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
組成物中のいずれのsiRNAも、１以上のsiRNAsの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項３５に記載の方法。
【請求項４０】
組成物中の少なくとも1つのsiRNAは、１以上のsiRNAsの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
組成物中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、組成物が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項８または２６に記載の方法。
【請求項４２】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物にSTK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含み、前記哺乳動物に治療上十分な量のKSPインヒビターを投与することを含む療法を前記哺乳動物に施す方法。
【請求項４３】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物に、i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤、ならびにii)治療上十分な量のKSPインヒビターを投与することを含む方法。
【請求項４４】
薬剤は、癌細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４５】
薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４６】
薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、STK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
異なるsiRNAsのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
薬剤中の少なくとも１つのsiRNAが、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
哺乳動物はヒトであり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５５】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、哺乳動物に、i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現および／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する第１の治療上十分な量の薬剤、ならびにii)KSP遺伝子の発現および／またはKSP遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の第２の薬剤を投与することを含む方法。
【請求項５６】
第１の薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAを含み、そして第２の薬剤はKSP遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
第１の薬剤は、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
第１の薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、STK6もしくはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
異なるsiRNAsのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
第１の薬剤中の少なくとも１つのsiRNAが、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６４】
第１の薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項５８に記載の方法。
【請求項６５】
哺乳動物はヒトであり、ここでSTK6遺伝子を標的とするsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項５６に記載の方法。
【請求項６６】
哺乳動物はヒトであり、TPX2遺伝子を標的とするsiRNAが配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項４５または５６に記載の方法。
【請求項６７】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子の発現レベルを測定することを含み、所定の閾値を越える前記発現レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に耐性があることを示す方法。
【請求項６８】
STK6またはTPX2遺伝子の発現レベルは、それぞれSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含む１以上のポリヌクレオチドプローブを用いてSTK6またはTPX2遺伝子の発現レベルを測定することを含む方法により決定する、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
１以上のポリヌクレオチドプローブはマイクロアレイ上のポリヌクレオチドプローブである、請求項６７または６８に記載の方法。
【請求項７０】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の存在量のレベルを測定することを含み、所定の閾値を越える前記タンパク質の存在量の前記レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性があると示すことを含む方法。
【請求項７１】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を評価する方法であって、前記細胞中のSTK6またはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性のレベルを測定することを含み、所定の閾値レベルを越える前記活性レベルは前記細胞が前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性があることを示す方法。
【請求項７２】
細胞がヒト細胞である、請求項７０または７１に記載の方法。
【請求項７３】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する方法であって、前記細胞を、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤と接触させることを含む方法。
【請求項７４】
哺乳動物におけるKSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する方法であって、前記哺乳動物に、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含む方法。
【請求項７５】
細胞の増殖を調節する方法であって、前記細胞をi)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびにii) 十分な量のKSPインヒビターと接触させることを含む方法。
【請求項７６】
薬剤が細胞におけるSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する、請求項７３、７４、または７５に記載の方法。
【請求項７７】
薬剤がSTK6遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項７３、７４、または７５に記載の方法。
【請求項７８】
薬剤が、STK6またはTPX2遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
薬物中の異なるsiRNAの全siRNA濃度はSTK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項７９に記載の方法。
【請求項８４】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項７９に記載の方法。
【請求項８５】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項７９に記載の方法。
【請求項８６】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８７】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８８】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができる薬剤であって、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、前記薬剤の存在のもとでの前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する細胞に対する前記KSPインヒビターの抑制効果を前記薬剤の不在のもとでの前記STK6もしくはTPX2遺伝子を発現する細胞に対する前記KSPインヒビターの抑制効果と比較することを含み、前記KSPインヒビターの前記抑制効果に差があれば前記薬剤は前記細胞の前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する耐性を調節することができると同定する方法。
【請求項８９】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができる薬剤であって、STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、(a) 前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する第１の細胞を前記KSPインヒビターと前記薬剤の存在のもとで接触させ、そして第１の増殖抑制効果を測定するステップ；(b) 前記STK6またはTPX2遺伝子を発現する第２の細胞を前記KSPインヒビターと前記薬剤の不在のもとで接触させ、そして第２の増殖抑制効果を測定するステップ；ならびに(c) 前記ステップ(a)と(b)で測定した前記第１と第２の抑制効果を比較するステップを含み、前記第１と第２の抑制効果に差があれば、前記薬剤は前記KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節することができると同定するステップを含む方法。
【請求項９０】
薬剤がSTK6またはTPX2遺伝子の発現を低減する分子を含む、請求項８８または８９に記載の方法。
【請求項９１】
薬剤がSTK6またはTPX2遺伝子を標的とするsiRNAである、請求項８８または８９に記載の方法。
【請求項９２】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
細胞がヒト細胞であり、ここでsiRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択することができる、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
細胞中にSTK6またはTPX2遺伝子を標的とする１以上の異なる小干渉RNA（siRNA）を含む細胞。
【請求項９５】
１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項９４に記載の細胞。
【請求項９６】
細胞は１以上の異なるsiRNAの組成物を用いてトランスフェクションにより作製され、前記組成物の全siRNA濃度は前記STK6またはTPX2遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項９５に記載の細胞。
【請求項９７】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加させることのない濃度である、請求項９６に記載の細胞。
【請求項９８】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項９６に記載の細胞。
【請求項９９】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１００】
組成物中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０１】
組成物中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０２】
組成物中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度は、前記組成物が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ばれる、請求項９６に記載の細胞。
【請求項１０３】
細胞がヒト細胞である、請求項９４に記載の細胞。
【請求項１０４】
哺乳動物はヒトであり、ここで１以上の異なるsiRNAのそれぞれは配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、および配列番号6に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項１０３に記載の細胞。
【請求項１０５】
哺乳動物はヒトであり、siRNAは配列番号1237、配列番号1238、および配列番号1239に記載のsiRNAからなる群から選択される、請求項１０３に記載の細胞。
【請求項１０６】
細胞がマウス細胞である、請求項９４に記載の細胞。
【請求項１０７】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を診断するためのマイクロアレイであって、前記マイクロアレイは１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含むマイクロアレイ。
【請求項１０８】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を診断するためのキットであって、１以上の容器中に１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはSTK6またはTPX2遺伝子中のヌクレオチド配列を含むキット。
【請求項１０９】
KSPインヒビターの増殖抑制効果に対する細胞の耐性を調節する薬剤をスクリーニングするためのキットであって、１以上の容器中に、(i)請求項９４に記載の細胞；および(ii)KSPインヒビターを含むキット。
【請求項１１０】
癌を有する哺乳動物を治療するキットであって、１以上の容器中に(i)STK6もしくはTPX2遺伝子の発現ならびに／または前記STK6もしくはTPX2遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；および(ii)KSPインヒビターを含むキット。
【請求項１１１】
KSPインヒビターは、(1S)-1-{[(2S)-4-(2,5-ジフルオロフェニル)-2-フェニル-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル]カルボニル}-2-メチルプロピルアミンである、請求項４２〜４３、６７、７０〜７１、７４〜７５および８８〜８９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１２】
接触ステップ(a)をそれぞれの１以上の細胞のグループに対して別々に行う、請求項１、２、または３に記載の方法。
【請求項１１３】
接触ステップ(a）をそれぞれの１以上の細胞のグループに対して別々に行う、請求項１８、１９、または２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１４】
KSPインヒビターは、(1S)-1-{[(2S)-4-(2,5-ジフルオロフェニル)-2-フェニル-2,5-ジヒドロ-1H-ピロール-1-イル]カルボニル}-2-メチルプロピルアミンである、請求項１０９または１１０のキット。
【請求項１１５】
ある細胞型の細胞中の一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a)１以上の前記細胞型の細胞をある薬剤と接触させるステップであって、前記薬剤は二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートし、そして前記１以上の細胞は前記一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現するステップ；(b)１以上の前記クローンの細胞に対する前記薬剤の効果を、前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；ならびに(c)もし前記第１のsiRNAを発現する前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果が前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記二次標的遺伝子を前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１１６】
ある細胞型の細胞中の一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子を同定する方法であって、(a) 前記一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現する前記細胞型の細胞のクローンを作製するステップ；(b) 前記クローンの１以上の細胞を、二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートする薬剤と接触させるステップ；(c) 前記クローンの前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果を、前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較するステップ；および(d)もし前記第１のsiRNAを発現する前記１以上の細胞に対する前記薬剤の効果が前記第１のsiRNAを発現しない前記細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して異なれば、前記二次標的遺伝子を前記細胞型の細胞中の前記一次標的遺伝子と相互作用する遺伝子として同定するステップを含む方法。
【請求項１１７】
第１のsiRNAは細胞のゲノムに組み込まれたヌクレオチド配列により発現される、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
薬剤が二次標的遺伝子を標的としかつサイレンシングする１以上の第２のsiRNAを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
薬剤が二次標的遺伝子のインヒビターである、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１２０】
第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する薬剤の効果は、前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して増強される、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２１】
第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する薬剤の効果は、前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する前記薬剤の効果と比較して低減される、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２２】
１以上の第２のsiRNAは少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２３】
薬剤中の少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度は、二次標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
それぞれの少なくともk種類の異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２６】
少なくともk種類の異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２７】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２８】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２９】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１３０】
細胞型は癌細胞型であり、そして一次標的遺伝子はp53である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１３１】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(b)-(d)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
多数の二次標的遺伝子は、少なくとも5、10、100、1,000、および5,000種類の異なる遺伝子からなる群から選択される異なる遺伝子の数を含む、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
効果がある薬物に対する細胞型の細胞の感受性の変化である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
薬物はDNA損傷剤である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
DNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
ある薬物の処置に対するある細胞型の細胞の応答性を評価する方法であって、(a)１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞が一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現し、そして前記１以上の細胞を、１以上の二次標的遺伝子の発現および／または前記１以上の二次標的遺伝子がそれぞれコードする１以上のタンパク質の活性をモジュレートする組成物で処置するステップ；(b)一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現しない１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞を、二次標的遺伝子の発現および／または二次標的遺伝子がコードするあるタンパク質の活性をモジュレートする前記薬剤で処置するステップ；ならびに(c)ステップ(a)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果をステップ(b)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果と比較し、それにより前記薬物の処置に対する前記細胞の応答性を評価するステップを含む方法。
【請求項１３８】
ある薬物の処置に対するある細胞型の細胞の応答性を評価する方法であって、(a)一次標的遺伝子を標的とする第１の小干渉RNA（siRNA）を発現する前記細胞型の細胞のクローンを作製するステップ；(b) 前記第１のsiRNAを発現する前記クローンの１以上の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞を、ある二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートするある薬剤で処置するステップ；(c) 前記一次標的遺伝子を標的とする小干渉RNA（siRNA）を発現しない１以上の前記細胞型の細胞を前記薬物と接触させるステップであって、前記１以上の細胞をある二次標的遺伝子の発現および／または前記二次標的遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートする前記薬剤で処置するステップ；ならびに(d)ステップ(b)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果をステップ(c)で測定した前記１以上の細胞に対する前記薬物の効果と比較し、それにより前記薬物の処置に対する前記細胞の応答性を評価するステップを含む方法。
【請求項１３９】
薬物の第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する効果が、前記薬物の前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する効果と比較して増強される、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
薬物の第１のsiRNAを発現する１以上の細胞に対する効果が、前記薬物の前記第１のsiRNAを発現しない細胞型の細胞に対する効果と比較して低減される、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４１】
組成物が１以上の二次標的遺伝子の１以上のインヒビターを含む、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４２】
組成物が１以上の二次標的遺伝子を標的としかつサイレンシングする１以上の第２のsiRNAを含む、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１４３】
１以上の第２のsiRNAが少なくともk種類の異なるsiRNAを含み、ここで前記kは2、3、4、5、6および10からなる群から選択される、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
薬剤中の少なくともk種類の異なるsiRNAの全siRNA濃度が、二次標的遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度はさらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
少なくともk種類の異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４７】
少なくともk種類の異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４８】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４９】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５０】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５１】
細胞型は癌細胞型であり、一次標的遺伝子はp53である、請求項１３７または１３８に記載の方法。
【請求項１５２】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(b)-(d)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１５３】
さらに多数の異なる二次標的遺伝子のそれぞれに対してステップ(a)-(b)を繰り返すステップ(e)を含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１５４】
多数の二次標的遺伝子は、少なくとも5、10、100、1,000、および5,000種類の異なる遺伝子からなる群から選択される異なる遺伝子の数を含む、請求項１５２または１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
薬物はDNA損傷剤である、請求項１５４に記載の方法。
【請求項１５６】
DNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物に、ある遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤を投与することを含み、前記哺乳動物を、前記哺乳動物に１以上のDNA損傷剤を含む治療上十分な量の組成物を投与することを含む療法で処置する方法。
【請求項１５９】
癌を有する哺乳動物を治療する方法であって、前記哺乳動物にi)ある遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する治療上十分な量の薬剤、ならびにii)１以上のDNA損傷剤を含む治療上十分な量の組成物を投与することを含む方法。
【請求項１６０】
薬剤が癌細胞中の遺伝子の発現を低減する、請求項１５８または１５９に記載の方法。
【請求項１６１】
薬剤が癌細胞中の遺伝子の発現を増強する、請求項１５８または１５９に記載の方法。
【請求項１６２】
１以上のDNA損傷剤はトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
１以上のDNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１６３に記載の方法。
【請求項１６５】
ある薬剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中の１以上の遺伝子のそれぞれの転写物レベルを測定するステップを含み、それぞれの遺伝子に対してそれぞれの所定の閾値レベルより低い前記転写物レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に感受性があると示す方法。
【請求項１６６】
薬剤は、トポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択されるDNA損傷剤であり、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
DNA損傷剤はドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子はEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６８】
１以上の遺伝子が少なくとも約5〜約50種類の異なる遺伝子を含む、請求項１６６〜１６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６９】
それぞれの転写物レベルが閾値レベルから1.5倍、2倍または3倍低下している、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
遺伝子の転写物レベルを、それぞれが前記遺伝子中のヌクレオチド配列を含む１以上のポリヌクレオチドプローブを用いて前記遺伝子の転写物レベルを測定することを含む方法により決定する、請求項１６６〜１６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７１】
１以上のポリヌクレオチドプローブがあるマイクロアレイ上のポリヌクレオチドプローブである、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
あるDNA損傷剤の増殖抑制効果に対するある細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中のある遺伝子がコードするあるタンパク質の存在量のレベルを測定するステップを含み、所定の閾値レベルより低い前記タンパク質の存在量の前記レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対して感受性のあることを示す方法。
【請求項１７３】
あるDNA損傷剤の増殖抑制効果に対するある細胞の感受性を評価する方法であって、前記細胞中のある遺伝子がコードするあるタンパク質の活性のレベルを測定するステップを含み、所定の閾値レベルを超える前記タンパク質の活性の前記レベルは、前記細胞が前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対して感受性のあることを示す方法。
【請求項１７４】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択され、そして遺伝子がEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１７２または１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択され、そして遺伝子がEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
細胞がヒト細胞である、請求項１７２または１７３に記載の方法。
【請求項１７７】
DNA損傷に対する細胞の感受性を調節する方法であって、前記細胞を、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤と接触させることを含む方法。
【請求項１７８】
DNA損傷はDNA損傷剤により引き起こされる、請求項１７７に記載の方法。
【請求項１７９】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８１】
細胞の増殖を調節する方法であって、前記細胞をi)EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびにii) 十分な量のDNA損傷剤と接触させることを含む方法。
【請求項１８２】
薬剤が細胞中の遺伝子の発現を低減する、請求項１７７または１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１７７または１８１に記載の方法。
【請求項１８４】
薬剤が遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１８３に記載の方法。
【請求項１８５】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度は遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１８４に記載の方法。
【請求項１８６】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８８】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度はお互いに50％未満、20％未満、または10％未満だけ異なる、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８９】
薬剤中のいずれのsiRNAも異なるsiRNAの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９０】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９１】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満、または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１９２】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができる薬剤であって、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、薬剤の存在のもとでの前記遺伝子を発現する細胞に対する前記DNA損傷剤の抑制効果を薬剤の不在のもとでの前記遺伝子を発現する細胞に対する前記DNA損傷剤の抑制効果と比較することを含み、前記DNA損傷剤の前記抑制効果に差があれば、薬剤を、前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する前記細胞の感受性を調節することができると同定する方法。
【請求項１９３】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができる薬剤であって、EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性をモジュレートできる薬剤を同定する方法であって、(a)薬剤の存在のもとで前記遺伝子を発現する第１の細胞を前記DNA損傷剤と接触させて第１の増殖抑制効果を測定するステップ；(b)薬剤の不在のもとで前記遺伝子を発現する第２の細胞を前記DNA損傷剤と接触させて第２の増殖抑制効果を測定するステップ；ならびに(c) 前記ステップ(a)と(b)で測定した前記第１と第２の抑制効果を比較して、前記第１と第２の抑制効果の間に差があれば、薬剤を、前記DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節することができると同定するステップを含む方法。
【請求項１９４】
細胞が一次標的遺伝子を標的とするsiRNAを発現する、請求項１９２または１９３に記載の方法。
【請求項１９５】
一次標的遺伝子がp53である、請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９６】
薬剤が遺伝子の発現を低減する分子を含む、請求項１９２または１９３に記載の方法。
【請求項１９７】
薬剤が遺伝子を標的とするsiRNAを含む、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
薬剤が遺伝子を標的とする2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
薬剤中の異なるsiRNAの全siRNA濃度が遺伝子をサイレンシングするための最適濃度であり、ここで前記最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを実質的に増加することのない濃度である、請求項１９８に記載の方法。
【請求項２００】
最適濃度は、さらに濃度を増加してもサイレンシングのレベルを20％を超えて、10％を超えて、または5％を超えて増加することのない濃度である、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０１】
それぞれの異なるsiRNAの濃度はほぼ同じである、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０２】
異なるsiRNAのそれぞれの濃度は50％未満、20％未満、または10％未満だけお互いに異なる、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０３】
薬剤中のいずれのsiRNAも、異なるsiRNAsの全siRNA濃度の80％を超える、50％を超える、または20％を超える濃度を有しない、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０４】
薬剤中の少なくとも1つのsiRNAは、異なるsiRNAsの全siRNA濃度の20％を超えるまたは50％を超える濃度を有する、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０５】
薬剤中の異なるsiRNAの数およびそれぞれのsiRNAの濃度を、前記薬剤が標的としない遺伝子の10％未満、1％未満、0.1％未満または0.01％未満のサイレンシングを引き起こすように選ぶ、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０６】
細胞中のEPHB3、WEE1、ELK1、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択されるある遺伝子を標的とする１以上の異なる小干渉RNA（siRNA）を含む細胞。
【請求項２０７】
１以上の異なるsiRNAは2、3、4、5、6、または10種類の異なるsiRNAを含む、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２０８】
細胞がヒト細胞である、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２０９】
細胞がマウス細胞である、請求項２０６に記載の細胞。
【請求項２１０】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を診断するためのマイクロアレイであって、１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、ここで、それぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される１以上の遺伝子中のあるヌクレオチド配列を含むマイクロアレイ。
【請求項２１１】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を診断するためのキットであって、１以上の容器中に１以上のポリヌクレオチドプローブを含み、ここでそれぞれの前記ポリヌクレオチドプローブはEPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される１以上の遺伝子中のあるヌクレオチド配列を含むキット。
【請求項２１２】
DNA損傷剤の増殖抑制効果に対する細胞の感受性を調節する薬剤をスクリーニングするためのキットであって、１以上の容器中に(i)請求項206〜211のいずれか１つの請求項に記載の細胞；および(ii)前記DNA損傷剤を含むキット。
【請求項２１３】
癌を有する哺乳動物を治療するキットであって、１以上の容器中に(i)EPHB3、WEE1、ELK1、STK6、BRCA1、BRCA2、BARD1、およびRAD51からなる群から選択される遺伝子の発現および／または前記遺伝子がコードするタンパク質の活性を調節する十分な量の薬剤；ならびに(ii)DNA損傷剤を含むキット。
【請求項２１４】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項１９２〜１９３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１５】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項に２１４記載の方法。
【請求項２１６】
DNA損傷剤がトポイソメラーゼIインヒビター、トポイソメラーゼIIインヒビター、DNA結合剤、および電離放射線からなる群から選択される、請求項２１２に記載のキット。
【請求項２１７】
DNA損傷剤がドキソルビシン、カンプトセシン、およびシスプラチンからなる群から選択される、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
一次標的遺伝子のサイレンシングのレベルを制御する、請求項２１、１１７、１３７または１３８に記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図９Ｃ】
【図９Ｄ】
【図９Ｅ】
【図９Ｆ】
【図９Ｇ】
【図９Ｈ】
【図９Ｉ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１４Ｄ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１５Ｃ】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９Ａ】
【図９Ｂ】
【図９Ｃ】
【図９Ｄ】
【図９Ｅ】
【図９Ｆ】
【図９Ｇ】
【図９Ｈ】
【図９Ｉ】
【図１０Ａ】
【図１０Ｂ】
【図１０Ｃ】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１２Ａ】
【図１２Ｂ】
【図１２Ｃ】
【図１３Ａ】
【図１３Ｂ】
【図１３Ｃ】
【図１４Ａ】
【図１４Ｂ】
【図１４Ｃ】
【図１４Ｄ】
【図１５Ａ】
【図１５Ｂ】
【図１５Ｃ】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【公表番号】特表２００７−５０５６３４（Ｐ２００７−５０５６３４Ａ）
【公表日】平成１９年３月１５日（２００７．３．１５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００６−５２７１６５（Ｐ２００６−５２７１６５）
【出願日】平成１６年９月２２日（２００４．９．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３１６２９
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０３１００２
【国際公開日】平成１７年４月７日（２００５．４．７）
【出願人】（５０５４２４１２５）ロゼッタ インファーマティクス エルエルシー (7)
【出願人】（５０００８０９６０）メルク・アンド・カンパニー・インコーポレーテッド (4)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年３月１５日（２００７．３．１５）
【国際特許分類】
【出願日】平成１６年９月２２日（２００４．９．２２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０３１６２９
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０３１００２
【国際公開日】平成１７年４月７日（２００５．４．７）
【出願人】（５０５４２４１２５）ロゼッタ インファーマティクス エルエルシー (7)
【出願人】（５０００８０９６０）メルク・アンド・カンパニー・インコーポレーテッド (4)
【Ｆターム（参考）】
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