本明細書記載の本発明は、プロテオミクス質量分析(MS)データを解析して糖タンパク質を同定および特徴づけるために開発されたツールに関する。本ツールは、4つの主要な課題を独立してまたは必要に応じて行うように設計されている：MS/MSのための糖ペプチドの選択を至適化する、MS/MSデータから糖ペプチドスペクトルを同定する、同定された糖ペプチドスペクトルの糖成分を特徴づける、およびグリコシル化前駆体をその親タンパク質に一致させる。これらの成分のそれぞれに関する設計および実行について、本特許出願においてさらに詳細に説明する。
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【課題】 ハイブリダイゼーションプローブアレイ、プローブアレイのハイブリダイゼーションを検知する方法、ｃＤＮＡ特徴づける方法、および核酸の塩基配列を決定する方法を提供する。
【解決手段】 その各々が所定の鎖長の既知の塩基配列に結合された質量標識を有し、アレイの各々の質量標識を、必要に応じて既知の塩基配列と共に、質量分析法によりその塩基配列と関連づけることが可能である、ハイブリダイゼーションプローブアレイ。
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１つまたは複数の検体の高感度検出のための構成および方法が開示される。概して、それらの方法は、多次元シグナルと称される特別な標識コンポーネントの使用が含まれる。開示された方法では、多次元シグナルの分析の結果、別のレベルの分析を実行することができるか、あるいは実行すべきかどうか、および／または分析された材料のどの部分を別のレベルの分析で分析できるか、あるいは分析すべきかどうかを示すのに役立つ１つまたは複数の所定パターンが生じる。形式によっては、等圧および非等圧エレメントを同一の検定または検定システムにおいて一緒に使用することができる。ともに使用される等圧および非等圧多次元シグナルは、分析中に、１つまたは複数の所定パターンを生成することができる。この第１のレベルの分析で生成されたパターンは、第２のレベルの分析を実行すべきかどうかを示す。第２のレベルの分析は、等圧多次元シグナルの区別を含んでもよい。
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本発明は、質量分析（ＭＳ）を用いて変異体ペプチドをスクリーニングするための方法に関する。本発明は、当該方法を実施するためのシステム及びキットにも関する。 （もっと読む）

以下の工程：ａ）試料の調製、ｂ）場合により行われる、調製された試料希釈、ｃ）場合により希釈された試料の高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）／タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）による直接的な分析を含む、試料の５ｍｇ／ｋｇ以下の量で存在する１つ又はそれ以上の殺虫性化合物を分析するための方法。 （もっと読む）

多くの障害、特に癌及びポリープのような腫瘍性障害は、過剰増殖性細胞又は分化障害を有する細胞の結果である。これらのタイプの障害に対しては、早期の検出が極めて重要であり、結腸直腸癌のようなよく見られるタイプの癌のための信頼できる及び早期のバイオマーカーはまだ得られていない。それ故、新規マーカー及びこうした新規マーカーを同定するための方法が必要とされている。本発明は、癌のような障害、好ましくは、ポリープのような結腸直腸癌性又は関連する障害のためのマーカー及び療法剤として適した、転写中間因子−１ベータ（ＴＩＦ１−ベータ）に由来するペプチド及びタンパク質及びそれらの誘導体を提供する。
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【課題】反射電場長と同等から数倍の自由空間長を取ることができ、かつ、高い運動エネルギー収束性を実現したタンデム飛行時間型質量分析装置を提供する。
【解決手段】少なくとも２台の飛行時間型質量分析装置を直列に並べたタンデム飛行時間型質量分析装置であって、
（１）第１飛行時間型質量分析装置のフライトチューブ電位が、サンプルプレート電位と第２飛行時間型質量分析装置のフライトチューブ電位との中間の電位に設定されていること、
（２）サンプルプレートで生成したイオンは、サンプルプレートと第１飛行時間型質量分析装置との間の電位差により加速されるとともに、第１飛行時間型質量分析装置と第２飛行時間型質量分析装置との間の電位差によっても加速されること、
（３）第２飛行時間型質量分析装置は反射電場を備え、その反射電場の電位分布は、直線部と放物線部を組み合わせた形状をしていること、
を特徴とする。 （もっと読む）

【課題】 MALDIイオントラップ型質量分析装置において、１回の測定でより広い質量範囲をカバーすることのできる方法及び装置構成を提供する。
【解決手段】 MALDI部におけるパルスレーザの照射時刻t0とイオントラップ部におけるリング電極へのRF電圧印加時刻t1の間の時間を少しずつ変化させつつ、試料への複数回のパルスレーザ照射を行い、それらにより得られたマススペクトルを加算又は加算平均する。t0とt1の間の時間が短いほど、より小さな質量電荷比を持つイオンがイオントラップ空間１２２にトラップされるようになるため、このように時間をずらせて多数回の測定を行うことにより、広い質量範囲をカバーしたマススペクトルを得ることができる。 （もっと読む）

【課題】 微量タンパク質に対しても適用でき、かつ確度の高い内部配列情報取得技術の確立。
【解決手段】 解析対象とするタンパク質を、所定のアミノ酸の位置において限定的に分解して、複数のペプチド断片混合物を調製し、前記ペプチド断片混合物から、１又は複数のペプチド断片を分離・精製し、前記分離・精製されたペプチド断片のＣ末端アミノ酸を、化学反応により逐次的に分解して、得られる一連の生成物を含む混合物を調製し、前記逐次的分解の反応産物、及び前記逐次的分解反応を施していない未反応のペプチド断片のそれぞれの質量分析を行い、そして、前記質量分析の結果を解析し、解析対象とするタンパク質の化学構造情報を取得する。
なし （もっと読む）

本発明は、質量分析装置を用いてタンパク質やペプチドの同定を行う場合に、より高速且つ高確度に同定を行うことが可能な質量分析方法および装置を提供する。具体的には、試料をイオン化し、質量分析装置を用いてタンパク質の分析を行う質量分析方法において、タンパク質やペプチドの情報が格納されたデータベースより、所定の情報を選出し、当該選出された成分の質量を推測し、質量ごとの頻度情報を算出し、試料を質量分析装置によって分析してマススペクトルを得、当該得られたマススペクトルと前記頻度情報に基づいて同定に用いるべき質量を選出し、当該選出された質量のマススペクトルを前駆イオンとして質量分析し、得られたマススペクトルを用いて同定処理を行う。これにより、分析の目的に合致した頻度情報を用いて同定処理に必要なＭＳ／ＭＳスペクトルを得るための前駆イオンを効率良く選択することができる。
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転写因子が結合し得るエレメント配列を含む少なくとも１つのポリヌクレオチドが基板上に固定化されてなるトランスクリプションチップ。
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本発明は、患者において前立腺癌状態を測定するのに有用であるタンパク質に基づいたバイオマーカーである、ApoA-IIアイソフォームを提供する。特に、本発明のバイオマーカーは、生体試料を前立腺癌または非前立腺癌として分類するために有用である。正常な前立腺特異的抗原(PSA)を有する患者において疾患を検出するApoA-IIの能力により、本発明のバイオマーカーは無痛性疾患を同定するのに有用となる。バイオマーカーは、SELDI質量分析、HPLC、PAGE、およびウェスタンブロッティングにより検出することができる。 （もっと読む）

【課題】従来の技術に固有の制限を克服するｐｒｏｔｅｏｍｅ分析において使用され得る方法および試薬を提供する。
【解決手段】自動化ＬＣ／ＭＳ／ＭＳシステムであって、以下： （ａ）キャピラリーＨＰＬＣと流体接続するオートサンプラー （ｂ）該キャピラリーＨＰＬＣと流体接続するエレクトロスプレーイオン化三連四重極ＭＳ／ＭＳ装置；および （ｃ）該オートサンプラー、キャピラリーＨＰＬＣおよびＭＳ／ＭＳ装置と電気接続する装置制御およびデータ分析システムを備える、システム。 （もっと読む）

直交加速式飛行時間質量分析器（１３）に連結されたＭＡＬＤＩイオン源を備えた質量分析計を開示する。前記質量分析計は、特定の親イオンが質量フィルターにより選択され、第１の軸方向エネルギーをもつように加速される、第１機器設定で操作される。そして、フラグメントイオンは、第１遅延時間の後直交方向に加速され、第１質量スペクトルデータが得られる。続いて、前記質量分析計は、親イオンの軸方向エネルギーを増加させ、その結果得られるフラグメントイオンが、短縮された遅延時間の後、直交方向に加速される、第２機器設定で操作される。そして、第２質量スペクトルデータが得られる。その後、第１および第２質量スペクトルデータを組み合わせ、最終的な複合質量スペクトルを提供する。 （もっと読む）

【課題】計算処理の効率化を図り、精度の高いアミノ酸配列同定方法を提供する。
【解決手段】 マススペクトルを入力する入力手段と、プレカーサーの質量より考えられるアミノ酸組合せを算出し、アミノ酸の理論質量値と、上記入力手段から入力したマススペクトルのうち特定のマススペクトルの質量電荷比から算出される実測質量値との差を算出し、算出した差のなかで所定の範囲内にあるものを同定し、同定した差を算出するのに使用したN個のアミノ酸をd+1〜d+N番目のアミノ酸の候補アミノ酸とする候補アミノ酸検索手段と、アミノ酸の組合せに従いながらアミノ酸同定候補を絞り込み、各候補アミノ酸に関してイオン強度より算出した正規化相対イオン強度とアミノ酸巻の切れやすさの確率を評価関数に用いてそれぞれ評価値を演算する評価値演算手段と、評価値を用いてペプチド断片におけるアミノ酸配列を同定する同定手段とを備えるアミノ酸配列同定装置。 （もっと読む）

マイクロチップ（３５３）に形成された流路において予め試料を複数の成分に分離した後、分離方向に沿って流路にレーザー発信器（３６１）からレーザー光を照射し、流路で分離された各画分を順次イオン化する。イオン化されたフラグメントを質量分析部（３６３）にて検出し、分析結果解析部（３７１）にて解析する。解析結果は、駆動機構制御部（３６７）における位置情報、レーザー制御部（３７３）におけるレーザー光照射条件の情報と関連づけられて記憶部（３６９）に保存され、イメージ化部（３７５）にてイメージ化される。イメージ化された解析結果は、ディスプレイ（３７７）に表示される。
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第１の四重極ロッドセット質量フィルタ（７）、衝突セル（８）、イオン移動度分光計またはセパレータ、イオン移動度分光計またはセパレータの下流に配置されたイオンガイドまたは衝突セル（１３）、第２の四重極ロッドセット質量フィルタ（１６）、およびイオン検出器（１５）を含む質量分析計が開示される。 （もっと読む）

【課題】構造未知の糖鎖についてＣＩＤ−ＭＳⁿ測定を行い、得られたデータをすでに取得されている参照データと比較することにより該糖鎖の構造解析を行う方法を提供する。
【解決手段】（ａ）目的糖鎖について特定のｍ／ｚのフラグメントイオンが得られるまでＣＩＤ−ＭＳⁿ測定を行い、（ｂ）該フラグメントイオンについてさらにＣＩＤ−ＭＳ／ＭＳ測定を行い、得られた特定のｍ／ｚの娘イオンの総イオンカウント数とＣＩＤエネルギーとの関係を示すＣＩＤエネルギー依存曲線を作成し、（ｃ）該ＣＩＤエネルギー依存曲線と、構造既知の参照糖鎖から得られた、上記フラグメントイオンと同一のｍ／ｚのフラグメントイオンをＣＩＤ−ＭＳ／ＭＳ測定することにより得られた、上記娘イオンと同一のｍ／ｚの娘イオンのＣＩＤエネルギー依存曲線とを比較する糖鎖構造解析方法が提供される。 （もっと読む）

インターフェースされた液体分離技術またはガス分離技術からの液状流出物およびガス状流出物の両方をイオン化することができるイオン源を提供する。液状流出物はエレクトロスプレーイオン化法、光イオン化法、または大気圧化学イオン化法によってイオン化され、ガスクロマトグラフのような源からのガス状流出物は、コロナ放電またはタウンゼント放電または光イオン化によってイオン化される。この源は、液体源およびガス源の両方からの化合物をイオン化することができ、ガスクロマトグラフィーによって分離された揮発性化合物、液体クロマトグラフィーによって分離された低揮発性化合物、さらにエレクトロスプレーによって注入された、または液体クロマトグラフィーもしくはキャピラリー電気泳動によって分離された、高度に不揮発性の化合物のイオン化を容易にする。
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本発明は、1)リン酸化タンパク質またはリン酸化ペプチドの一つ以上のセリン残基及び/またはスレオニン残基を脱リン酸化させる工程;2)前記工程1の脱リン酸化されたアミノ酸残基をR-L-Gの構造からなるペプチド反応性標識物質で標識させる工程であって、Rは脱リン酸化されたアミノ酸部位と選択的に結合する親核性作用基、Gは陽イオン形成を誘発させる親陽性子性作用基、Lは前記親核性作用基と親陽性子性作用基とを連結させるリンカーである、工程;及び3)工程2で標識されたタンパク質またはペプチド誘導体を陽イオン質量分析方法で検出する工程を含むリン酸化タンパク質またはリン酸化ペプチドの質量分析方法またはリン酸化位置分析方法であって、前記工程2の標識物質に、グアニジノ基を親陽性子性作用基(G)として使用することを特徴とする、リン酸化タンパク質またはリン酸化ペプチドの質量分析方法またはリン酸化位置分析方法及び前記分析方法の標識反応用標識物質に関するものである。本発明の標識物質の利用により、既存の分析方法に比べて分析感度が優れ、ペプチド内部のリン酸化位置も正確に分析できるため、タンパク質のリン酸化状態による細胞シグナル伝達経路等様々なタンパク質の生体内での機能に対する研究及び数々の疾病の診断に有用に使用できる。

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