神経変性疾患のための生物マーカーが開示される。例えば、神経変性疾患を診断するため、ならびに疾患の進行および処置をモニタリングするために、このような生物マーカーを同定する方法、およびこのような生物マーカーを使用する方法が、開示される。また、これらの生物マーカーに関するアッセイ、キットおよび固体支持体が開示される。さらなる局面において、本発明は、特定の被験体における神経変性疾患（例えば、パーキンソン病およびアルツハイマー病）の診断および予後のための方法に関する。 （もっと読む）

本発明は、アミノ酸、ペプチド及びタンパク質の同定、示差定量のための、並びに、翻訳後修飾及び架橋状態の分析のための、方法、試薬及びキットを提供する。該方法は、アミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を誘導体化して、そのＣ末端又はＮ末端以外の部位に固定電荷イオンを含む１以上のアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を形成させる段階、該固定電荷を含むように誘導体化したアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を含むアミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を質量分析装置に導入する段階、該固定電荷を含むように誘導体化したアミノ酸、ペプチド又はタンパク質を含むアミノ酸、ペプチド又はタンパク質の混合物を第１の質量分解分析装置に通して、第１質量対電荷比を有するタンパク質又はペプチドプリカーサーイオンを選択する段階、上記の第１質量対電荷比を有するプリカーサーイオンを解離させて、固定電荷の近傍の部位において起こるフラグメント化の特性である第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンを生成させる段階、及び第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンを検出する段階、、を含んでなる。第２質量対電荷比を有するプロダクトイオンは、プリカーサーイオンからの固定電荷の中性脱離によって形成されるプロダクトイオンであっても、又はプリカーサーイオンからの固定電荷の荷電脱離によって形成されるプロダクトイオンであってもよい。
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本発明者は、ナノＬＣ−ＭＳＭＳデータを用いてタンパク質混合物溶液中のタンパク質含有量を決定するべくタンパク質発現指標（ＰＡＩ，π）を確立した。消化されたペプチドはナノＬＣＭＳ／ＭＳによって分析され、得られた結果はタンデム質量スペクトルに基づいてマスコット（Ｍａｓｃｏｔ）タンパク質同定アルゴリズムに適用された。ＰＡＩは、１タンパク質あたりの検出されうるペプチドの数で検出されたペプチドの数を除したものとして定義づけされる。異なる濃度の血清アルブミンからのＰＡＩは、タンパク質濃度の対数に対する線形関係を示した。これは、単一回のナノＬＣ−ＭＳ／ＭＳにより分析されたマウス全細胞溶解物中の４７のタンパク質についても有効であった。一方で、マスコットタンパク質スコア並びにタンパク質あたりの同定されたペプチド数は、タンパク質発現量に対する相関関係が悪かった。絶対定量のためには、ＰＡＩは、タンパク質混合物中のタンパク質含有量に比例する指数関数的に修正されたＰＡＩ（ＥＭＰＡＩ，ｍπ）に転換された。全溶解物中の４７のタンパク質について、実際値に対するＥＭＰＡＩベースの濃度の偏差百分率は平均６３％以内であった。ＥＭＰＡＩは包括的タンパク質発現分析にうまく適用され、ＨＣＴ１１６ヒトガン細胞における遺伝子とタンパク質発現との間の比較研究を実施した。本発明は、タンパク質発現量指標に基づいてタンパク質含有量を定量するための方法及びコンピュータプログラムを提供する。
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酵素的又は化学的切断により１つ又は複数の被分析タンパク質から生成された、１つ以上のペプチドの質量分析を用いた定量測定方法であって、１つ又は複数の質量ラベルペプチド内部標準前駆体から１つ又は複数の質量ラベルペプチド内部標準を生成するために、分析されるべきサンプルと１つ又は複数の質量ラベルペプチド内部標準前駆体とを、酵素的又は化学的切断に一緒に暴露する工程を含み、ここで、前記質量ラベルペプチド内部標準前駆体が、前駆体から生じる質量ラベルペプチド内部標準の最もN末端側のN末端に対する少なくとも１つのアミノ酸のN末端伸長部と、前駆体から生じる質量ラベルペプチド内部標準の最もC末端側のC末端に対する少なくとも１つのアミノ酸のC末端伸長部とを含む、方法。
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【課題】ポリペプチド内のアミノ酸配列分析及び定量分析に用いられるポリペプチドのＮ−末端置換用化合物、これを用いたアミノ酸配列決定方法及びアミノ酸定量分析方法を提供する。
【解決手段】本発明によるアミノ酸配列決定方法及びアミノ酸定量分析方法は、非常に高い信頼度でタンパク質の相対的な定量分析ができ、ＭＳ／ＭＳスペクトラム上でｙタイプイオンとｂタイプイオンを明確に区分できるため、高い信頼度のタンパク質同定が可能である。 （もっと読む）

結合されたシリコンオン絶縁物（ＢＳＯＩ）ウエハから、マイクロエンジニアリングされた質量分析器を製造する方法が、四極子分析器を参照して記載される。四極子幾何形状は、モノリシックブロック４１０を形成するようにともに結合される２つのＢＳＯＩウエハ２００を使用して達成される。外側シリコン層に形成されたディープエッチングされた特徴及びばねは、円筒状金属電極ロッド３００を位置付けるために使用される。アセンブリの精度は、リソグラフィとディープエッチングとの組み合わせにより、かつ結合されたシリコン層の機械的構成度合により決定される。内側シリコン層に形成されディープエッチングされた特徴は、イオン入口及びイオン収集光学部品を画定するために使用される。また、流体チャネルなどの他の特徴を組み込むことができる。
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本発明は、癌に特異的なオリゴ糖を特定するための方法および個体における癌の系統を決定するための方法を提供する。本発明はまた、特異的な癌マーカーの存在または非存在を検出することによって個体における癌または癌のステージを診断するための方法、およびこのようなマーカーに対する抗体を投与することによって癌を治療するための方法を提供する。さらに、本発明は、O結合型オリゴ糖を含む癌マーカー、および癌を診断または治療するためのキットを提供する。

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イオントラップ質量分析器は、壁部、長軸及び内部空間を有した長形トンネルを含んでいる。壁部は基板と導電トレースパターンとを含んでいる。導電トレースパターンに接続され、電位を提供する可変電位手段も提供されている。導電トレースパターンと可変電位手段はトンネルの内部空間に可変電界を提供し、イオンを伝送、保存及び分析させる。
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サンプルが、液体クロマトグラフ１０４において処理され、質量分析計１１２において分析され、結果として得られるスペクトルデータが計算手段１２６によって処理される液体クロマトグラフィおよび質量分析計のシステムおよび方法。
【その他】 本願に係る特許出願人の国際段階での記載名称は「ウオーターズ・インベストメント・リミテツド」ですが、識別番号５０４４３８２５５を付与された国内書面に記載の名称が適正な名称表記であります。
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種々の局面において、本教示は、タンパク質発現の絶対定量のためのシステム、方法、アッセイ、およびキットを提供する。種々の局面において、本教示は、１つまたはそれ以上の目的のサンプル中の１つまたはそれ以上の目的のタンパク質の濃度を求める方法を提供する。種々の局面において、本教示は、特徴的タンパク質フラグメントの標準試料および親−娘イオントランジションモニタリング（ＰＤＩＴＭ）を使用して、タンパク質の１つまたはそれ以上のアイソフォームの絶対濃度を求める方法を提供する。種々の実施形態において、１つのサンプル中の生体分子の複数のアイソフォームの絶対濃度、生物学的プロセスや複数のサンプルを組み合わせたものにおける複数のタンパク質の絶対濃度、またはそれらを組み合わせたものを、本教示を使用した複合的な方法で求めることができる。化学物質に対する生物学的システムの応答を評価する方法を提供する。
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捕捉されたジヒドロ葉酸還元酵素を収容する、ゾル−ゲル由来のモノリシックシリカカラムを、低分子混合物のフロンタルアフィニティクロマトグラフィーのために使用した。このカラムからの出力を、マトリックス分子（ＨＣＣＡ）を含有する第二のストリームと組み合わせ、そして従来のＭＡＬＤＩプロ−と上に直接沈着させ、このＭＡＬＤＩプレートを、コンピュータ制御されるｘ−ｙステージを介してカラムに対して移動させ、ＦＡＣ実行の半永久的な記録を作成した。ＭＡＬＤＩ ＭＳの使用は、ＦＡＣ法とＭＳ法との切り離しを可能にし、かなり高いイオン強度の緩衝液が、ＦＡＣ研究のために使用されることを可能にし、これにより、複数の実行にわたるタンパク質活性のより良好な保持が可能になった。
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種々の局面で、分析器のフィールドフリー領域で形成される準安定イオンに由来するマススペクトルシグナルを少なくとも部分的に使用して、改変ペプチドの存在を同定するための方法が提供される。例えば、上記改変ペプチドがリンペプチドである種々の実施形態において、このような準安定イオンは、前駆イオンのｍ／ｚ値よりもおよそ９５ｕ低いようであり得る（ペプチドがリン酸基を含む場合に前駆イオンから準安定イオンが形成される）。種々の実施形態において、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦマススペクトルにおけるこのような準安定イオンの検出は、改変ペプチドを同定し得る。種々の局面で、改変ペプチド、脱改変ペプチドおよび非改変ペプチドの２つ以上に由来するＭＳ／ＭＳデータを少なくとも部分的に使用して、これら３つの形態のペプチドの２つ以上の配列情報および／または改変部位情報を比較することにより、改変ペプチドの存在を同定するための方法が提供される。
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質量分析計装置と、細長いロッドセットを有する質量分析計を動作させる方法とを提供する。上記ロッドセットは、入口端、出口端、複数のロッドおよび長手方向軸を有し、上記方法は、（ａ）ロッドセットの入口端にイオンを入れる工程と、（ｂ）複数のロッド間にＲＦ電界を生成して、ロッドセット内にイオンを径方向に閉じ込める工程と、（ｃ）ロッドセット内に静的軸方向電界を提供する工程と、（ｄ）ロッドセット内の振動性軸方向電界を提供して、静的軸方向電界を打ち消すことにより、イオンを第１の群のイオンと第２の群のイオンに分離する工程であって、振動性軸方向電界はロッドセットの長手方向軸に沿って変化する、工程とを含む。
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質量分析計および質量分析方法であって、２つの別々のサンプルが質量分析され、次いで第１のサンプル中の１つ以上の成分、分子または分析物の相対強度、濃度または発現レベルが第２のサンプル中の１つ以上の成分、分子または分析物の相対強度、濃度または発現レベルに対して定量化される、質量分析計および質量分析方法が開示される。相対的定量化は、内部較正物質を使用する必要なく確率的に行われる。
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本発明は、白血病などの血液悪性腫瘍患者における診断および臨床的挙動の予測が、血漿試料中に存在するタンパク質の解析によって達成され得ることを実証する。したがって、特定の態様において、本発明では血漿を使用して血液悪性腫瘍の診断または予後タンパク質プロファイルを作成し、これは、血液悪性腫瘍患者の集団から血漿試料を採取する段階；血漿試料から、分画を伴いまたは伴わずにタンパク質スペクトルを生成する段階；タンパク質スペクトルを臨床データと比較する段階；および臨床データと相関する、血漿試料中のタンパク質マーカーを同定する段階を含む。次いで、このアプローチによって同定したタンパク質マーカーを用いて、血液悪性腫瘍の診断または血液悪性腫瘍の予後の決定に使用し得るタンパク質プロファイルを作成することができる。場合によっては、これらの特定のタンパク質は同定され、これらの悪性腫瘍の治療において標的とされ得る。 （もっと読む）

抗体結合体、式（Ｉ）の抗体−薬物結合体、抗体、ならびにそれらのフラグメントおよび代謝産物を投与した後に、親和性分離、クロマトグラフィー、および質量分析法によって生物学的サンプルを検出する、スクリーニングする、および定量する方法が開示される。式Ｉ：Ａｂ−（Ｌ−Ｄ）_ｐ（式中、Ａｂは、抗体である；Ｄは、薬物成分である；ＬはＡｂへ共有結合し、そしてＤへ共有結合したリンカーである；およびｐは１、２、３、４、５、６、７、または８である）。 （もっと読む）

期間ΔＴ₁におけるゼロ透過率動作モードと期間ΔＴ₂における非ゼロ透過率動作モードとを繰り返し切り換えてイオンビームを減衰させるイオンビーム減衰器を含む質量分析計が開示されている。イオンビームの減衰の程度は、マークスペース比ΔＴ₂／ΔＴ₁を変化させることによって変化させることができる。イオンビーム減衰器は、イオンをパケットまたはパルスで放出し得るが、イオンのパケットまたはパルスは、イオンビーム減衰器の下流に配置された比較的高圧のイオンガイドまたはガス衝突セルによって、連続したイオンビームに変換され得る。
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本発明は、（ａ）対象生物由来のサンプルにおいて、少なくとも一つの生体マーカーを検出し、（ｂ）その測定結果を卵巣がんの状態と関連づけることを含む、対象生物における卵巣がんの状態を認定する方法に関するものである。更に、本発明は対象生物における卵巣がんの状態を認定するためのキットに関するものである。 （もっと読む）

周波数、波長又は質量スペクトルデータを拡張する方法であって、周波数、波長又は質量スペクトルデータをフーリエ逆変換し、得られた逆変換データをゼロフィル（及び望みならアポダイズ）し、そしてフーリエ変換して、周波数、波長又は質量領域へと再変換する。この処理によって得られるスペクトルデータは、ピークの位置、形状及び高さをより正確に示すものとなる。
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本発明は、電子移動解離の使用による質量分析計における新規のイオン断片化方法ならびに質量分析によるペプチドおよびタンパク質の配列分析方法に関する。ペプチドの場合、本発明により、ペプチド骨格に沿った断片化が促進され、ＲＦ場デバイスの使用によってサンプル（修飾アミノ酸残基が含まれる）のアミノ酸配列を予想することが可能になる。
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