ＨＣＶ−１ａに感染した患者のインターフェロン処置に対する応答を予測するための方法。本発明の一局面において、本発明は、ＨＣＶ−１ａに感染した患者を、インターフェロンベースの処置で治療するための方法を包含する。上記方法は、ａ）上記患者の部分的もしくは完全なＨＣＶ ＮＳ５Ａ遺伝子を分析する工程；およびｂ）上記インターフェロンベースの処置に対する陽性応答の可能性を推定するための基準を決定する工程であって、上記基準は、以下の要素：ｉ）標準的ＮＳ５Ａアミノ酸配列と比較した場合、上記患者のＨＣＶ ＮＳ５Ａアミノ酸配列のインターフェロン感受性決定領域（ＩＳＤＲ）における変化の数；およびｉｉ）上記患者のＨＣＶ ＮＳ５Ａアミノ酸配列の２２６位におけるアミノ酸残基の配列、のうちの１つ以上を含む、工程を包含する。 （もっと読む）

【課題】巨大な環境メタゲノムライブラリーから、簡便、効率的かつ高感度に、目的の酵素遺伝子を含有する細胞あるいは目的酵素遺伝子をスクリーニングするための新しい方法を提供するとともに、これにとどまらず、単一の生物であるか複合生物であるか、あるいは既知、未知を問わず極めて多種の生物細胞試料から目的の酵素活性を保持する生物あるいはその遺伝子を迅速にスクリーニングする方法を提供する。
【解決手段】スクリーニング標的となる酵素遺伝子を保持する細胞に、その酵素反応により生じる物質（生成物）によって発現が誘導される遺伝子ユニット（例えば転写制御因子やリボスイッチ）と該酵素遺伝子発現を検出するレポーター遺伝子とを含むセンシングベクターを導入するか、あるいは該ベクターを導入したセンシング細胞と上記標的酵素遺伝子保持細胞とを共培養し、レポーター遺伝子の発現の有無を指標にして、目的の酵素遺伝子を含有する細胞あるいは目的とする酵素遺伝子をスクリーニングする。 （もっと読む）

【課題】 生物的排水処理設備を新規に立ち上げる場合において、適切な馴養期間や生物的排水処理設備の最適負荷を予測し、生物的排水設備の立ち上げを円滑に進める方法を提供する。
【解決手段】 排水中の処理対象物質を分解する生物的排水処理設備の汚泥中の特定微生物の将来のある時点における存在量を予測する方法であって、汚泥中の特定微生物の存在量を、リアルタイムＰＣＲ法を用いて、複数の時点において測定する測定ステップと、複数の時点における特定微生物の存在量に基づいて、特定微生物の比増殖速度を算出する算出ステップと、比増殖速度に基づいて、将来のある時点における特定微生物の存在量を予測する予測ステップと、を含む方法。 （もっと読む）

【課題】レジオネラ属菌の生菌を、死菌や損傷菌に比べて選択的に検出する方法、及びレジオネラ属菌の生菌を検出するキットを提供する。
【解決手段】被検試料中のレジオネラ属菌の生菌と、死菌及び／又は損傷菌とを識別する検出方法であって、以下の工程を含む検出方法：
ａ）前記被検試料を３５０ｎｍ〜７００ｎｍの波長の光照射によりＤＮＡを架橋する架橋剤で処理し、被検試料に３５０ｎｍ〜７００ｎｍの波長の光照射を行う工程、
ｂ）前記被検試料からＤＮＡを抽出し、抽出されたＤＮＡのmip遺伝子に相当する領域を
核酸増幅法により増幅する工程、並びに
ｃ）増幅産物を解析する工程。 （もっと読む）

HIV試料集団中のそれぞれのRNA分子からcDNA種を生成する工程；該cDNA種から少なくとも1つの第1アンプリコンを増幅する工程、それぞれの第1アンプリコンは複数の増幅されたコピーを含み、第1アンプリコンの座を規定する一対の核酸プライマーで増幅される；第1アンプリコンの増幅されたコピーをクローン増幅して、複数の第2アンプリコンを生成する工程、複数の第2アンプリコンは、第1アンプリコンの増幅されたコピーの1つに由来する実質的に同じコピーの固定された集団を含む；少なくとも100の固定された集団に由来する実質的に同じコピーの核酸配列組成を、単一基材上で並行して決定する工程；および少なくとも100の固定された集団の核酸配列組成中で5%以下の頻度で存在する1つ以上の配列バリアントを検出する工程；および検出された配列バリアントをHIV親和性に関連のある変形と相関する工程を含む、低出現頻度の薬物耐性に関わる1つ以上のHIV配列バリアントを検出するための方法の態様が記載される。
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【課題】量的変化が正確にわかる遺伝子変異検出システムを提供する。
【解決手段】特定部位用プライマーを用いて、第1のPCRで核酸配列の特定部位を幅して特定部位を含む第1の増幅産物を取得し、制限酵素の認識部位を含む認識部位導入用プライマーを用いて、第2のPCRで第1の増幅産物を増幅して制限酵素の認識部位で挟まれた特定部位を含む第2の増幅産物を取得し、制限酵素を用いて第2の増幅産物から切り出された特定部位を含むオリゴヌクレオチド断片の質量スペクトルを生成するスペクトル生成機構301、質量スペクトルにおける、特定部位の野生型配列のピーク、及び特定部位の変異型配列のピークの面積比の算出値を算出する面積比算出機構302、予め取得された面積比と野生型配列及び変異型配列の存在比との関係に基づいて、面積比の算出値から野生型配列及び変異型配列の存在比の測定値を求める存在比算出機構303を備える。 （もっと読む）

ヘリコバクター・ピロリ（rDNA16S Hpy）の4個の遺伝子、即ち、1個の識別遺伝子、および3個のビルレンス遺伝子（cagA、vacAm1、dupA）を同時に検出できる製品の形態にあるキットおよび方法が開示される。さらに、本キットではDNAの抽出の質を判定するプライマーの関連について考察されている（Eub遺伝子）。
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【課題】サンプルＤＮＡの長さや配列に制限されることなく、遺伝子分析を行うことができる遺伝子分析方法を提供する。
【解決手段】標識剤により修飾された第１のサンプルＤＮＡと、前記第１のサンプルＤＮＡの特異的な配列に対して相補的な配列を持つプローブＤＮＡにおもりとなる物質を結合したコンジュゲートＤＮＡを混合して、得られた混合液を所定の値で加熱し、室温に戻す過程で前記第１のサンプルＤＮＡと前記コンジュゲートＤＮＡを結合させて複合体を形成させ、得られた複合体と複合体を形成しないものを電気泳動で分子量の差により分離する。 （もっと読む）

【課題】異質性生体試料の多数のゲノム突然変異に向けた、選択性および感受性のある核酸検出法ならびに信頼性のある大規模スクリーニング法を提供すること。
【解決手段】本発明は、高い感受性と高い選択性を有する突然変異検出法を提供する。一般的実施例においては、本発明は、少なくとも１回反復する単一塩基伸長反応を含む。本発明の方法は、異質性生体試料において、遺伝子突然変異または疾患を引き起こす微生物の存在を検出および同定する際に有用である。 （もっと読む）

【解決すべき課題】
遺伝子ノックアウト戦略を決定する新規な方法を発見すること。
【解決手段】
生物に関連する代謝ネットワークのモデルを用いて遺伝子欠失及び遺伝子付加の候補を決定する方法であって、このモデルが代謝物の関連性を規定する複数の代謝反応を含むものであり、該方法が、該生物に対する生物工学的目標を選択する工程、少なくとも一つの細胞目標を選択する工程、少なくとも一つの細胞目標を該生物工学的目標と結び付ける最適化問題を形成する工程、及び該最適化問題を解いて少なくとも一つの候補を得る工程を含むものである方法。 （もっと読む）

【課題】食品を汚染する可能性のある種々の細菌群について、特定の種や株に限定されることなく、包括的に菌叢の評価を実施するための簡便かつ迅速な方法を提供することを目的とする。
【解決手段】アルカリゲネス属細菌、フラボバクテリウム属細菌、またはエンテロコッカス属細菌を特異的に検出するためのプライマーを用いた、食品中における菌叢の評価方法。 （もっと読む）

【課題】特別の微生物を投入することなく、多環芳香族炭化水素を含む全石油系炭化水素に対して、迅速な浄化処理を行うことができる土壌環境の維持を実現し、油汚染土壌を、より迅速に、しかも、より経済的に浄化処理することができるバイオレメディエーション方法を提供する。
【解決手段】油汚染土壌中の多環芳香族炭化水素ジオキシナーゼ遺伝子の濃度をモニタリングする工程、及び、上記遺伝子の濃度を特定の範囲となるように、上記土壌に微生物の成長促進剤を添加する工程、を含むことを特徴とする油汚染土壌のバイオレメディエーション方法。 （もっと読む）

【課題】デングウイルスのワクチン及び治療薬を開発するために好適なウイルス検査方法を提供する。
【解決手段】マーモセット科のサルにデングウイルスを接種する接種工程と、前記サルの血液、尿などからデングウイルスを検出する検出工程とを有するデングウイルスの検出方法、及びデングウイルスを増殖するのに好適なモデル動物に関する。検出行程はリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ウイルス感染価測定法、プラーク形成法、ＰＡＰ（Peroxidase Anti-Peroxidase）法、ＩｇＭ捕捉ＥＬＩＳＡ法、ＩｇＧ−ＥＬＩＳＡ法、又は、中和抗体価測定法のうち少なくともいずれかの１つの方法を含む。 （もっと読む）

本発明は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌の検出のための改良された試験法を提供する。この試験は、患者サンプル中の混合細菌集団の存在に起因する偽陽性の結果を取り除くために特に有用である。
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【課題】
マイコプラズマ・ニューモニエ(Mycoplasma pneumoniae)を特異的、高感度かつ迅速に検出する方法を提供すること。
【解決手段】
マイコプラズマ・ニューモニエ(Mycoplasma pneumoniae)に由来する塩基配列から設計された任意の塩基配列と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマー、核酸増幅の検出によるマイコプラズマ・ニューモニエ(Mycoplasma pneumoniae)の検出方法、並びにマイコプラズマ・ニューモニエ(Mycoplasma pneumoniae)の検出用キット。 （もっと読む）

本発明は、クロストリジウム・ディフィシレの細胞に特異的に結合し及び／又はそれを溶解させることができる、配列番号１のアミノ酸配列を含む単離したポリペプチド、又はそのフラグメント、バリアント、誘導体又は融合体、及びそのフラグメント、バリアント、誘導体又は融合体がクロストリジウム・ディフィシレのバクテリオファージの天然リシンではないという条件で、それを製造する手段を提供する。本発明は、クロストリジウム・ディフィシレの細胞など細菌細胞を殺細胞し、それの感染に関連する疾患及び状態を診断、治療、そして予防する方法を更に提供する。本発明は、また、当該方法に使用するための診断キットを提供する。
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線状ジペプチドの合成におけるCDSの使用、並びに対応するポリヌクレオチドを用いる線状ジペプチド、特にPhe-Leu、Leu-Phe、Phe-Phe、Phe-Tyr、Tyr-Phe、Leu-Leu、Leu-Tyr、Tyr-Leu、Phe-Met、Met-Phe、Leu-Met、Met-Leu、Tyr-Met、Met-Tyr、Met-Met、Tyr-Tyr、Ile-Met、Met-Ile、Leu-Ile、Ile-Leuのインビボ及びインビトロ合成のためのその応用。 （もっと読む）

本発明は感染症の検出に関する。感染症の自動検出用のシステムが開示される。このシステムは血液サンプルを受ける投入ユニット、溶解ユニット、ＰＣＲユニット、サンプルユニットおよび検出ユニットを含んでなる。このシステムは投入された血液サンプルが、血液サンプル中の病原体ＤＮＡの存在を示す出力シグナルを生成することに基づく。 （もっと読む）

1つ以上の標的を検出する方法及びデバイスが開示されている。当該方法は、第1標的を含む試料をマイクロ流体デバイス内部に設ける手順、及び複数の前記第1標的のコピーと複数のナノ構造とのハイブリダイゼーションを起こす手順を有する。当該方法は、前記複数のナノ構造に電流を印加する手順、及び前記電流によって発生する電場を用いて前記複数のナノ構造を移動させる手順を有する。それに加えて、前記複数のナノ構造は分類及び評価されることで、前記第1標的の存在、不存在、又は量のうちの少なくとも1つが決定される。
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本出願は、HPIV-2のバリアントの系統群、より具体的には新規のHPIV-2のバリアントの系統亜群に関する。本出願は、この新規の群及びこの新規の亜群を考慮してHPIV-2を診断するための手段を提案する。 （もっと読む）