説明

病原体感染の検出のための組成物および方法

本発明は病原体感染の検出のための組成物および方法に関連する。本発明は、リゾチームポリペプチドと、Treponema pallidumのP17ポリペプチド(TP17)またはTp17に類似のポリペプチドとの間の結合を増強または減弱させるための治療用組成物または診断用組成物または治療方法または診断方法の使用を含むことで、基本的に特徴付けられる。より具体的には本発明は、病原体感染または慢性的な変質の検出、処置または予防のための組成物および方法、ならびにTp17に類似のポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドを用いる結合アッセイに関連する。


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【特許請求の範囲】
【請求項1】
少なくとも、アミノ酸配列XaaPro His Xaa(配列番号1)を含むリゾチーム結合モチーフを含む、実質的に純粋なTp17様ポリペプチドのフラグメントであって、該配列において、Xaaは任意のアミノ酸であり、かつnは少なくとも1であり、そして、該フラグメントは、リゾチームポリペプチドに結合し得、そして、該モチーフは、CKPHDC(配列番号24)ではない、フラグメント。
【請求項2】
前記フラグメントが、Tp17様ポリペプチドの約4アミノ酸と約200アミノ酸との間である、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項3】
前記フラグメントが、Tp17様ポリペプチドの約100未満のアミノ酸である、請求項2に記載のフラグメント。
【請求項4】
前記フラグメントが、約30アミノ酸長未満である、請求項2に記載のフラグメント。
【請求項5】
前記ポリペプチドが、リゾチームの酵素活性を実質的に阻害し得る、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項6】
前記ポリペプチドが、リゾチームの抗細菌活性を実質的に阻害し得る、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項7】
前記モチーフが、アミノ酸コンセンサス配列CS1:Cys Xaa Xaa Xaa Pro His Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa10 Xaa11 Xaa12 Xaa13 Cys(配列番号2)を含み、該配列において、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa10、Xaa11、Xaa12、またはXaa13は任意のアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合である、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項8】
以下:
Escherichia coli、Pseudomonas aeruginosa、Pseudomonas putida、Yersinia pestis、Shigella flexnerii、Treponema denticola、Vibrio cholerae、Vibrio vulnificus、Vibrio parahemolyticus、Chlamydia pneumoniae、Chlamydia trachomatis、Staphylococcus aureus、Staphylococcus epidermidis、Streptococcus pneumoniae、Streptococcus agalactiae、Streptococcus mutans、Streptococcus pyogenes、Enterococcus faecalis、Bordetella bronchiseptica、Bordetella pertussis、Bordetella parapertussis、Helicobacter hepaticus、Helicobacter pylori、Salmonella typhimurium、Ralstonia solanacearum、Xanthomonas campestris、Pseudomonas syringae、Pasteurella multocida、Brucella melitensis、Brucella suis、Porphyromonas gingivalis、重症急性呼吸器症候群(SARS)コロナウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、風疹ウイルス、Toxoplasma gondii、Trypanozoma spp.、Gardnerella vaginalis、Mycobacterium avium、Mycobacterium leprae、Mycobacterium paratuberculosis、Mycobacterium tuberculosis、Campylobacter jejuni、Helicobacter spp.、Agrobacterium tumefaciens、Moraxella catarrhalis、Neisseria meningitidis、Neisseria gonorrhoeae、Haemophilus influenzae、Haemophilus ducreyii、Propionibacterium acnes、Listeria monocytogenes、単純疱疹ウイルス2型、インフルエンザウイルス、タカリベウイルス、ブルータングウイルス、Bacteroides thetaiotaomicron、Coxiella burnetti、 Legionella pneumophila、Salmonella typhi、チンパンジーサイトメガロウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトパピローマウイルス、デング熱ウイルス、口蹄疫ウイルス、西ナイルウイルス、トリインフルエンザウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、LdMNPV、Plasmodium falciparum、Plasmodium ovale、Eimeria tenella、Eimeria acervulina、Giardia lamblia、Plasmodium yoelii、およびAnopheles gambiaeによって運ばれる病原体、からなる群より選択される病原体に由来する、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項9】
前記モチーフが、アミノ酸コンセンサス配列CS2:Xaa Xaa Pro His Xaa Xaa(配列番号3)を含み、該配列において、Xaaは、Cys、Lys、Val、Alaであるか、または存在せず;Xaaは、Ala、CysまたはLysであり;Xaaは、Ala、AspまたはGluであり、そして、Xaaは、Cys、GlyまたはLysである、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項10】
前記モチーフが、CCPHAG(配列番号4)、VCPHAG(配列番号5)、VAPHDC(配列番号6)、KAPHDK(配列番号7)、VKPHDG(配列番号8);KKPHAK(配列番号9)、KAPHEK(配列番号10)、KKPHAC(配列番号11)、VAPHAG(配列番号12)、VKPHAK(配列番号13)、VKPHAC(配列番号14)、VAPHEG(配列番号15)、VKPHEK(配列番号16)、VCPHEK(配列番号17)、CKPHAG(配列番号18)、ACPHAG(配列番号19)、またはKCPHDC(配列番号20)、VKPHDK(配列番号21)、KKPHAG(配列番号22)、およびCAPHEK(配列番号23)からなる群より選択される、請求項9に記載のフラグメント。
【請求項11】
前記モチーフが、アミノ酸コンセンサス配列CS3:Xaa Cys Pro His Ala Gly(配列番号25)を含み、該配列において、Xaaは、CysまたはValである、請求項1に記載のフラグメント。
【請求項12】
前記モチーフが、固体支持体に固定されている、請求項1〜9のいずれか1項に記載のフラグメント。
【請求項13】
前記フラグメントが、検出可能なラベルに連結されている、請求項1〜10のいずれか1項に記載のフラグメント。
【請求項14】
請求項1〜9のいずれか1項に記載のフラグメントをコードする、実質的に純粋な核酸分子。
【請求項15】
請求項14の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項16】
請求項15のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項17】
変異型リゾチームポリペプチドとTp17様ポリペプチドとの間の結合を低減させる、少なくとも1種のアミノ酸変異を含む、実質的に純粋な変異型リゾチームポリペプチドであって、該変異型リゾチームポリペプチドは、対応する野生型リゾチームポリペプチドの抗細菌活性の少なくとも50%を保持する、実質的に純粋な変異型リゾチーム。
【請求項18】
前記変異が、前記変異型リゾチームポリペプチドとTp17様ポリペプチドとの間の結合を、野生型のリゾチームポリペプチドの結合に対して少なくとも5%低減させる、請求項17に記載のポリペプチド。
【請求項19】
前記変異が、前記対応する野生型ポリペプチドにおいて表面電荷に影響を与える、請求項17に記載のポリペプチド。
【請求項20】
前記変異が、Tp17様ポリペプチドと接する野生型リゾチームポリペプチドの、正に荷電したアミノ酸残基、負に荷電したアミノ酸残基、または疎水性アミノ酸残基にある、請求項17に記載のポリペプチド。
【請求項21】
ヒトリゾチームのLys19、Arg23、Lys51、Gly55、Asn57、Arg131、Asn132およびArg133、ならびに、他の種における対応する位置からなる群より選択されるアミノ酸位置のうち少なくとも1つの変異を含む、請求項17に記載のポリペプチド。
【請求項22】
請求項17〜21のいずれか1項に記載のリゾチームポリペプチドをコードする、実質的に純粋な核酸分子。
【請求項23】
請求項22の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項24】
請求項23のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項25】
実質的に純粋なTp17様ポリペプチドおよび実質的に純粋なリゾチームポリペプチドを含有する組成物であって、該Tp17様ポリペプチドは、Ivyポリペプチドではない、組成物。
【請求項26】
前記リゾチームポリペプチドおよび前記Tp17様ポリペプチドが、約0.001と約1,000,000との間の分子比で存在する、請求項25に記載の組成物。
【請求項27】
さらに、キャリア粒子を含有する、請求項25に記載の組成物。
【請求項28】
前記キャリア粒子が、赤血球、ポリペプチド凝集粒子、ポリマー粒子、無機粒子、常磁性粒子および酵母細胞からなる群より選択される、請求項27に記載の組成物。
【請求項29】
前記Tp17様ポリペプチドが、配列:Cys Xaa Xaa Xaa Pro His Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa10 Xaa11 Xaa12 Xaa13 Cys(配列番号2)を含み、該配列において、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa、Xaa10、Xaa11、Xaa12またはXaa13は、任意のアミノ酸であるか、または存在しない、請求項25に記載の組成物。
【請求項30】
前記Tp17様ポリペプチドが、CCPHAG(配列番号4)、VCPHAG(配列番号5)、VAPHDC(配列番号6)、KAPHDK(配列番号7)、VKPHDG(配列番号8);KKPHAK(配列番号9)、KAPHEK(配列番号10)、KKPHAC(配列番号11)、VAPHAG(配列番号12)、VKPHAK(配列番号13)、VKPHAC(配列番号14)、VAPHEG(配列番号15)、VKPHEK(配列番号16)、VCPHEK(配列番号17)、CKPHAG(配列番号18)、ACPHAG(配列番号19)、KCPHDC(配列番号20)、VKPHDK(配列番号21)、KKPHAG(配列番号22)およびCAPHEK(配列番号23)からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項29に記載の組成物。
【請求項31】
前記リゾチームポリペプチドが、以下のアミノ酸配列:
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Trp Xaa Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Glu Ser Xaa Xaa Xaa Thr Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Ser Xaa Asp Tyr Gly Xaa Xaa Gln Ile Asn Xaa Xaa Xaa Trp Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Xaa Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Cys Ala Lys Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Trp Xaa Xaa Trp Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Xaa Xaa(配列番号28)
を含み、該配列において、Xaaは、任意のアミノ酸であるか、または存在しない、請求項25に記載の組成物。
【請求項32】
前記Tp17様ポリペプチドは、細菌、ウイルス、寄生虫、プラスミド、プリオン、マイコプラズマおよび糸状菌因子からなる群より選択される病原体に由来する、請求項31に記載の組成物。
【請求項33】
前記Tp17様ポリペプチドは、Treponema pallidumに由来する、請求項25に記載の組成物。
【請求項34】
前記Tp17様ポリペプチドは、生物学的サンプルから単離される、請求項25に記載の組成物。
【請求項35】
前記Tp17様ポリペプチドは、組換えポリペプチドである、請求項25に記載の組成物。
【請求項36】
前記Tp17様ポリペプチドは、親和性タグに融合される、請求項25に記載の組成物。
【請求項37】
前記Tp17様ポリペプチド、および/または、前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に固定されている、請求項25に記載の組成物。
【請求項38】
前記リゾチームポリペプチドが、ヒトリゾチームポリペプチドに由来する配列を含む、請求項25に記載の組成物。
【請求項39】
被験体において病原体に対する免疫応答を検出するための方法であって、該方法は、以下:
(a)該被験体に由来する生物学的サンプルを、外来性のリゾチームおよびTp17様ポリペプチドと接触させる工程;ならびに
(b)該Tp17様ポリペプチド、またはTp17様ポリペプチド−リゾチームポリペプチド複合体に結合する抗体を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項40】
病原体に対する免疫応答を検出するための診断アッセイの感度を高めるための方法であって、該方法は、該診断アッセイにリゾチームポリペプチドを添加する工程を包含し、該リゾチームポリペプチドの添加が、該アッセイの感度を少なくとも5%増加させる、方法。
【請求項41】
前記診断アッセイが、凝集アッセイである、請求項39または40に記載の方法。
【請求項42】
前記リゾチームポリペプチドが、前記生物学的サンプルとの接触の前、接触の間、または接触後に、前記Tp17様ポリペプチドと接触される、請求項39または40に記載の方法。
【請求項43】
前記Tp17様ポリペプチドが組み換え型である、請求項39または40に記載の方法。
【請求項44】
前記リゾチームポリペプチドが組み換え型である、請求項39または40に記載の方法。
【請求項45】
前記リゾチームポリペプチドが、ヒトに由来する、請求項39または40に記載の方法。
【請求項46】
前記病原体が、細菌、ウイルス、寄生虫、プラスミド、プリオン、マイコプラズマおよび糸状菌因子からなる群より選択される、請求項39または40に記載の方法。
【請求項47】
前記病原体が、Treponema pallidumである、請求項46に記載の方法。
【請求項48】
前記Tp17様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、親和性タグに融合されている、請求項39または40に記載の方法。
【請求項49】
前記Tp17様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に固定されている、請求項39または40に記載の方法。
【請求項50】
前記アッセイが、イムノアッセイを含む、請求項39または40に記載の方法。
【請求項51】
前記イムノアッセイが、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、ウェスタンブロット、免疫凝集アッセイ、ラジオイムノアッセイ、濁度アッセイ、比濁分析アッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、化学発光アッセイおよび蛍光アッセイからなる群より選択される、請求項50に記載の方法。
【請求項52】
前記生物学的サンプルが、血液、血清、血漿、涙液、唾液、痰、鼻腔液、耳液、生殖液、乳液、乳汁、初乳、胎盤液、汗、滑液、腹水、胃腸液、滲出液、濾出液、胸水、心膜液、羊水、脳脊髄液、胆汁、胃液、精液、糞便物質、上気道液、腹水、炎症部位から回収した流体、プールされた堆積部位から回収された流体(fluid harvested from a pooled collection site)、気管支洗浄液(bronchiallavage)、尿、生検物質、房水、反芻動物の噴門洞からの物質、有核細胞サンプル、粘膜表面に付随するあらゆる流体、毛髪および皮膚からなる群より選択される、請求項39または40に記載の方法。
【請求項53】
梅毒の診断に使用される、請求項39または40に記載の方法。
【請求項54】
病原体に対する免疫応答を検出するためのキットであって、Tp17様ポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドを含む、キット。
【請求項55】
サンプルにおいて病原体を検出するためのキットであって、配列番号28を含む標識されたリゾチームポリペプチドを含む、キット。
【請求項56】
前記Tp17様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に結合されている、請求項54または55に記載のキット。
【請求項57】
前記固体支持体が、樹脂、ゲル、ビーズ、ウェル、カラム、チップ、膜、マトリックス、プレートおよびフィルタデバイスからなる群より選択される、請求項54または55に記載のキット。
【請求項58】
リゾチームの抗細菌活性を増加させる候補化合物を同定するための方法であって、該方法は、該候補化合物の存在下で、リゾチームポリペプチドと、リゾチーム結合モチーフを含むポリペプチドとの間の結合の低減を検出する工程を包含する、方法。
【請求項59】
前記候補化合物が、ヒトリゾチームのGlu53に対応する触媒性グルタミン酸に対するリゾチーム結合モチーフの結合を低減する、請求項58に記載の方法。
【請求項60】
増加した抗細菌活性を有する変異型リゾチームポリペプチドを同定するための方法であって、該方法は、以下:
(a)野生型のリゾチーム配列に対して、ポリペプチドのアミノ酸配列に少なくとも1つの変異を含むリゾチームポリペプチドを提供する工程;および
(b)該変異型リゾチームポリペプチドとTp17様ポリペプチドとの間の結合の低減を検出する工程
を包含する、方法。
【請求項61】
病原体感染の処置または予防を必要とする被験体において、病原体感染を処置または予防するための方法であって、該方法は、アミノ酸変異を含む変異型リゾチームポリペプチドの有効量を被験体に投与する工程を包含し、該変異は、該リゾチームポリペプチドとTp17様ポリペプチドとの間の結合を低減する、方法。
【請求項62】
病原体感染の処置または予防を必要とする被験体において、病原体感染を処置または予防するための方法であって、該方法は、アミノ酸変異を含む変異型Tp17様ポリペプチドの有効量を被験体に投与する工程を包含し、該変異型Tp17様ポリペプチドの投与は、病原体により発現されるTp17様ポリペプチドと内在性のリゾチームポリペプチドとの間の結合を低減する、方法。
【請求項63】
免疫応答の増加を必要とする被験体において免疫応答を増加するワクチンであって、該組成物は、単純疱疹ウイルス2型に由来するgJ糖タンパク質およびgD糖タンパク質のうち少なくとも一方を含有する、ワクチン。
【請求項64】
免疫応答の増加を必要とする被験体において免疫応答を増加するワクチンであって、該組成物は、は、リゾチーム結合ポリペプチドを含有する、ワクチン。
【請求項65】
免疫応答の増加を必要とする被験体において免疫応答を増加するワクチンであって、該組成物は、リゾチームポリペプチド、およびリゾチーム結合モチーフを含むポリペプチドを含有する、ワクチン。
【請求項66】
被験体において単純疱疹ウイルス2型感染を診断する方法であって、該方法は、該被験体に由来するサンプルにおいて、gJタンパク質リゾチーム結合モチーフの存在を検出する工程を包含する、方法。
【請求項67】
サンプルにおいてリゾチーム酵素活性を低減するための方法であって、該方法は、サンプルを、Tp17様ポリペプチドに、該ポリペプチドの該リゾチームへの結合を可能にする条件下で接触させる工程を包含し、該Tp17様ポリペプチドは、Ivyタンパク質を含まない、方法。
【請求項68】
被験体においてリゾチーム酵素活性を低減するための方法であって、該方法は、該被験体に、Tp17様ポリペプチドまたはそのフラグメントの有効量を投与する工程を包含する、方法。
【請求項69】
前記ポリペプチドが、Treponema pallidum P17ポリペプチドである、請求項67または68に記載の方法。
【請求項70】
癌、アルツハイマー病、腎性アミロイドーシス、白血病、クローン病およびアレルギーからなる群より選択される疾患を処置または予防するために使用される、請求項67または68に記載の方法。
【請求項71】
APP様ポリペプチド、および実質的に純粋なリゾチームポリペプチドを含有する、組成物。
【請求項72】
被験体において、アルツハイマー病を診断する方法であって、該方法は、該被験体に由来するサンプルにおいて、APP様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の複合体の存在、または、このような複合体に結合する抗体の存在を検出する工程を包含する、方法。
【請求項73】
APP様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を調節する候補化合物を同定するための方法であって、該方法は、該候補化合物の存在下で、Tp17様ポリペプチドと該リゾチームポリペプチドとの間の結合の低減を検出する工程を包含する、方法。
【請求項74】
受精能の調節を必要とする被験体において、受精能を調節するための方法であって、該方法は、Tp17様ポリペプチドの有効量を該被験体に投与する工程を包含し、該変異型Tp17様ポリペプチドの投与は、卵細胞表面における内在性SLLP1ポリペプチドと、同族レセプターとの間の結合を低減し、その結果、該被験体の受精能が調節される、方法。
【請求項75】
受精プロセスの間のSLLP1結合を妨害するTp17様ポリペプチドを含有する、避妊用組成物。
【請求項76】
バクテリオファージT4リゾチームおよびパパインまたはバシトラシンの少なくとも有効量を含有する、抗菌薬として使用するための薬学的組成物。
【請求項77】
バクテリオファージT4リゾチーム、パパインおよびバシトラシンを含有する、請求項76に記載の薬学的組成物。
【請求項78】
被験体における病原体感染を処置する方法であって、該方法は、病原体感染を有すると診断された被験体に、バクテリオファージT4リゾチーム、およびパパインまたはバシトラシンを含有する薬学的組成物を投与する工程を包含する、方法。
【請求項79】
TP17様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の複合体に特異的に結合する、実質的に純粋な抗体。
【請求項80】
前記リゾチームポリペプチドが、ヒト由来である、請求項79に記載の実質的に純粋な抗体。

【図1A】
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【図1B】
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【図2】
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【図3A】
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【図3B】
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【図4】
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【図5】
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【図6】
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【図7】
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【図8】
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【図9】
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【図10】
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【図11】
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【図12】
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【図13】
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【図14】
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【図15】
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【図16】
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【図17】
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【図18】
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【図19】
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【図20】
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【図21】
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【図22】
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【図23】
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【図24】
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【図25】
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【図26】
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【図27】
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【図28】
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【図29】
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【図30】
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【図31】
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【図32】
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【図33】
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【図34A】
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【図34B】
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【図35】
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【図36】
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【図37】
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【図38】
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【公表番号】特表2008−502318(P2008−502318A)
【公表日】平成20年1月31日(2008.1.31)
【国際特許分類】
【出願番号】特願2006−546204(P2006−546204)
【出願日】平成16年12月23日(2004.12.23)
【国際出願番号】PCT/ES2004/000581
【国際公開番号】WO2005/061532
【国際公開日】平成17年7月7日(2005.7.7)
【出願人】(506215412)
【出願人】(506215434)
【出願人】(506215445)
【出願人】(506215456)
【出願人】(506215467)
【Fターム(参考)】