非天然アミノ酸及びポリペプチドを含む組成物、非天然アミノ酸及びポリペプチドに関連する方法並び非天然アミノ酸及びポリペプチドその使用
非天然アミノ酸及び少なくとも１個の非天然アミノ酸を含むポリペプチド並びにかかる非天然アミノ酸及びポリペプチドを製造する方法を本明細書に開示する。非天然アミノ酸は、それ自体、又はポリペプチドの一部として、広範囲の可能な官能基を含むことができるが、典型的には、少なくとも１個のオキシム、カルボニル、ジカルボニル及び／又はヒドロキシルアミン基を有する。翻訳後にさらに修飾される非天然アミノ酸ポリペプチド、かかる修飾を実施する方法及びかかるポリペプチドを精製する方法も本明細書に開示する。典型的には、修飾非天然アミノ酸ポリペプチドは、少なくとも１個のオキシム、カルボニル、ジカルボニル及び／又はヒドロキシルアミン基を含む。治療、診断及び他のバイオテクノロジー用途を含めて、かかる非天然アミノ酸ポリペプチド及び修飾非天然アミノ酸ポリペプチドを使用する方法も開示する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）の化合物若しくはその塩、
【化１】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化２】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ”は独立にＨ、アルキル、置換アルキル若しくは保護基であり、又は１個を超えるＲ”基が存在するときには、２個のＲ”はヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
又は−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環若しくは三環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
又は−Ｊ−Ｒ基は合わせて、ジカルボニル基を含めた少なくとも１個のカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた少なくとも１個の保護されたカルボニル基、マスクされたジカルボニル基を含めた少なくとも１個のマスクされたカルボニル基若しくはこれらの組み合わせを含む、単環若しくは二環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
但し、Ａがフェニレンであり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂが存在し、ならびにＡが−（ＣＨ２）４−であり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂは−ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２ＣＨ２）−ではなく、ならびにＡもＢも存在せず、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｒはメチルではない。）
又は活性代謝物、又は薬剤として許容されるそのプロドラッグ若しくは溶媒和化合物。
【請求項２】
Ａが、置換若しくは非置換低級アルキレン又は、フェニレン、ピリジニレン、ピリミジニレン若しくはチオフェニレンからなる群から選択される非置換若しくは置換アリーレンである、請求項１の化合物。
【請求項３】
式（ＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化３】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項４】
式（ＸＸＸＩＩＩ−Ａ）に対応する、請求項３の化合物。
【化４】
【請求項５】
式（ＸＸＸＩＩＩ−Ｂ）に対応する、請求項３の化合物。
【化５】
【請求項６】
式（ＸＸＸＩＶ）に対応する、請求項１の化合物。
【化６】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びｎは０、１、２、３、４又は５であり、及び各ＣＲ８Ｒ９基上の各Ｒ８及びＲ９は、Ｈ、アルコキシ、アルキルアミン、ハロゲン、アルキル、アリールからなる群から独立に選択され、又は任意のＲ８とＲ９は一緒に＝Ｏ若しくはシクロアルキルを形成することができ、又は隣接Ｒ８基に対するいずれかは一緒にシクロアルキルを形成し得る。）
【請求項７】
式（ＸＸＸＩＶ−Ａ）に対応する、請求項６の化合物。
【化７】
【請求項８】
式（ＸＸＸＩＶ−Ｂ）に対応する、請求項６の化合物。
【化８】
【請求項９】
式（ＸＸＸＶ）に対応する、請求項１の化合物。
【化９】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項１０】
式（ＸＸＸＶ−Ａ）に対応する、請求項９の化合物。
【化１０】
【請求項１１】
式（ＸＸＸＶ−Ｂ）に対応する、請求項９の化合物。
【化１１】
【請求項１２】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１２】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化１３】
であり、
ここで（ａ）はＡ基との結合を表し、及び（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、及びＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項１３】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項１２の化合物。
【化１４】
【請求項１４】
【化１５】
から選択される、請求項１３の化合物。
【請求項１５】
式（ＩＩＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１６】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項１６】
【化１７】
からなる群から選択される、請求項１５の化合物。
【請求項１７】
式（ＶＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１８】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項１８】
【化１９】
からなる群から選択される、請求項１７の化合物。
【請求項１９】
式（ＩＸ）に対応する、請求項１の化合物。
【化２０】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項２０】
【化２１】
からなる群から選択される、請求項１９の化合物。
【請求項２１】
−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個のカルボニル基、保護されたカルボニル基又はマスクされたカルボニル基を含む、二環又は三環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項１の化合物。
【請求項２２】
【化２２】
からなる群から選択される、請求項２１の化合物。
【請求項２３】
−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個のカルボニル基、保護されたカルボニル基又はマスクされたカルボニル基を含む、単環又は二環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項１の化合物。
【請求項２４】
以下の構造を有する、請求項２３の化合物。
【化２３】
【請求項２５】
少なくとも１個の請求項１の化合物を組み込んだポリペプチド。
【請求項２６】
式（ＸＩ）の化合物若しくはその塩、
【化２４】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド（ｐｈｏｔｏｃａｇｅｄ）部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入（ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｉｎｇ）基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、
Ｌは任意であり、存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
又は活性代謝物、又は薬剤として許容されるそのプロドラッグ若しくは溶媒和化合物。
【請求項２７】
Ａがフェニレン又は置換フェニレンである、請求項２６の化合物。
【請求項２８】
式（ＸＩＩ）に対応する、請求項２６の化合物。
【化２５】
【請求項２９】
少なくとも１個の請求項２６の化合物を組み込んだポリペプチド。
【請求項３０】
Ｘが、ペプチド、タンパク質、酵素、抗体、薬物、色素、脂質、ヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、細胞、ウイルス、リポソーム、微粒子及びミセルからなる群から選択される生物活性剤である、請求項２６の化合物。
【請求項３１】
Ｘが、抗生物質、殺真菌剤、抗ウイルス剤、抗炎症剤、抗腫よう剤、心臓脈管薬、抗不安薬、ホルモン、成長因子及びステロイド剤からなる群から選択される薬物である、請求項３０の化合物。
【請求項３２】
Ｘが、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ及びグルコースオキシダーゼからなる群から選択される酵素である、請求項３０の化合物。
【請求項３３】
Ｘが、蛍光、リン光、化学発光、キレート、高電子密度、磁性、挿入、放射性、色素産生及びエネルギー伝達部分からなる群から選択される検出可能標識である、請求項２６の化合物。
【請求項３４】
式（Ｉ）のアミノ酸をポリペプチド内の末端又は内部位置に組み込むことを含む、式（Ｉ）の構造を有する少なくとも１個のアミノ酸を含むポリペプチドを製造する方法。
【化２６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化２７】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ”は独立にＨ、アルキル、置換アルキル若しくは保護基であり、又は１個を超えるＲ”基が存在するときには、２個のＲ”はヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
又は−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環若しくは三環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
又は−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、単環若しくは二環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
但し、Ａがフェニレンであり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂが存在し、ならびにＡが−（ＣＨ２）４−であり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂは−ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２ＣＨ２）−ではなく、ならびにＡもＢも存在せず、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項３５】
アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、式（Ｉ）のアミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドン（ｓｅｌｅｃｔｏｒ ｃｏｄｏｎ）を含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、ポリペプチドの特定の部位に組み込まれる、請求項３４の方法。
【請求項３６】
翻訳系が、式（Ｉ）のアミノ酸にアミノアシル化されたｔＲＮＡを含む、請求項３５の方法。
【請求項３７】
翻訳系が、細菌細胞、古細菌（ａｒｃｈｅａｅｂａｃｔｅｒｉａｌ）細胞及び真核細胞からなる群から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項３６の方法。
【請求項３８】
アミノ酸が式（ＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項３６の方法。
【化２８】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項３９】
アミノ酸が、
【化２９】
からなる群から選択される、請求項３８の方法。
【請求項４０】
アミノ酸が式（ＶＩ）に対応する構造を有する、請求項３７の方法。
【化３０】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項４１】
アミノ酸が、
【化３１】
からなる群から選択される、請求項４０の方法。
【請求項４２】
アミノ酸が式（ＩＸ）に対応する構造を有する、請求項３７の方法。
【化３２】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項４３】
アミノ酸が、
【化３３】
からなる群から選択される、請求項４２の方法。
【請求項４４】
−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基又はマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環又は三環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項３７の方法。
【請求項４５】
アミノ酸が、
【化３４】
からなる群から選択される、請求項４４の方法。
【請求項４６】
−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基又はマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、単環又は二環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項３７の方法。
【請求項４７】
アミノ酸が、
【化３５】
である、請求項４６の方法。
【請求項４８】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸ）の構造を有する、請求項３７の方法。
【化３６】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項４９】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸＩＩＩ）の構造を有する、請求項３７の方法。
【化３７】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項５０】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項３７の方法。
【化３８】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化３９】
であり、
ここで（ａ）はＡ基との結合を表し、（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、ＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項５１】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項５０の方法。
【化４０】
【請求項５２】
ポリペプチドを式（ＸＩＸ）の試薬と接触させることを含む、式（Ｉ）のアミノ酸を含むポリペプチドを誘導体化する方法であり、ここで式（Ｉ）は、
【化４１】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化４２】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
各Ｒ３及びＲ４は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル又は置換低級アルキルである。）
に対応し、
式（ＸＩＸ）は、
【化４３】
（式中、
各Ｘは独立に検出可能標識、生物活性剤又はポリマーであり、
各Ｌは、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）ＮＲ’Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｏ−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択されるリンカーであり、
Ｌ１は任意であり、及び存在するときには、−Ｃ（Ｒ’）ｐ−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−（ｐは０、１又は２である。）であり、
Ｗは−ＯＮ（Ｒ１）２又は−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ２であり、ここで各Ｒ１は独立にＨ又はアミノ保護基であり、ならびにＲ２はＨ又はＯＲ’であり、及び
ｎは１から３である。）
に対応する、方法。
【請求項５３】
アミノ酸が式（ＩＩ）に対応する、請求項５２の方法。
【化４４】
【請求項５４】
試薬が式（ＸＸＶＩＩ）に対応する、請求項５２の方法。
【化４５】
【請求項５５】
誘導体化されたポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項５２の方法。
【化４６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
各Ｒ３及びＲ４は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル又は置換低級アルキルであり、
Ｒ５はＨ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”若しくは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、こここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル若しくは置換アラルキルであり、又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは検出可能標識、生物活性剤又はポリマーであり、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項５６】
ポリペプチドが式（ＸＩＸ）の試薬と、弱酸性条件下の水溶液中で接触される、請求項５２の方法。
【請求項５７】
条件がｐＨ２から８である、請求項５６の方法。
【請求項５８】
ポリペプチドが、
【化４７】
からなる群から選択される促進剤の存在下で式（ＸＩＸ）の試薬と接触される、請求項５２の方法。
【請求項５９】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸ）の構造を有する、請求項５２の方法。
【化４８】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項６０】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸＩＩＩ）の構造を有する、請求項５２の方法。
【化４９】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項６１】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項５２の方法。
【化５０】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化５１】
であり、ここで
（ａ）はＡ基との結合を表し、及び（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、ＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項６２】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項６１の方法。
【化５２】
【請求項６３】
障害、症状又は疾患を治療する方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む非天然アミノ酸ポリペプチドの治療有効量を投与することを含み、該オキシム含有非天然アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項６４】
翻訳系が、以下の生物群：原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、真菌、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）種、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物、から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項６３の方法。
【請求項６５】
少なくとも１個の非天然アミノ酸がオキシム含有アミノ酸であり、及び前記オキシム含有非天然アミノ酸が式（ＸＩ）に対応する構造を有する、請求項６３の方法。
【化５３】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項６６】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項６５の方法。
【化５４】
【請求項６７】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項６５の方法。
【化５５】
【請求項６８】
Ｘが水溶性ポリマーである、請求項６５の方法。
【請求項６９】
Ｘがポリエチレングリコール誘導体である、請求項６５の方法。
【請求項７０】
Ｘが細胞傷害性化合物である、請求項６５の方法。
【請求項７１】
Ｘが薬物である、請求項６５の方法。
【請求項７２】
Ｘが第２のポリペプチドである、請求項６５の方法。
【請求項７３】
第２のポリペプチドがオキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７２の方法。
【請求項７４】
第２のポリペプチドが、請求項６３の非天然アミノ酸ポリペプチドと同じアミノ酸構造を有する、請求項７２の方法。
【請求項７５】
薬剤として許容される担体をさらに含む、請求項６３のいずれかの方法。
【請求項７６】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが修飾オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項６３の方法。
【請求項７７】
患者におけるポリペプチドの存在を検出する方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む相同非天然アミノ酸ポリペプチドの有効量を投与することを含み、該オキシム含有アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項７８】
翻訳系が、以下の生物群：原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ、シュードモナス種、真菌、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物から、選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項７７の方法。
【請求項７９】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項７７の方法。
【化５６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項８０】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項７９の方法。
【化５７】
【請求項８１】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項７９の方法。
【化５８】
【請求項８２】
Ｘが、標識；色素；親和性標識；光親和性標識；スピン標識；フルオロフォア；放射性部分；重原子を組み込んだ部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；発色団；エネルギー伝達剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項７９の方法。
【請求項８３】
生合成オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、修飾生合成オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７９の方法。
【請求項８４】
ポリペプチドの単離特性を容易にする方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む相同非天然アミノ酸ポリペプチドを利用することを含み、該オキシム含有アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項８５】
翻訳系が、以下の生物群、すなわち、原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ、真菌、シュードモナス種、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項８４の方法。
【請求項８６】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項８４の方法。
【化５９】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項８７】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項８４の方法。
【化６０】
【請求項８８】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項８７の方法。
【化６１】
【請求項８９】
Ｘが水溶性ポリマーである、請求項８７の方法。
【請求項９０】
Ｘがポリエチレングリコール誘導体である、請求項８７の方法。
【請求項９１】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが修飾オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７９の方法。
【請求項１】
式（Ｉ）の化合物若しくはその塩、
【化１】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化２】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ”は独立にＨ、アルキル、置換アルキル若しくは保護基であり、又は１個を超えるＲ”基が存在するときには、２個のＲ”はヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
又は−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環若しくは三環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
又は−Ｊ−Ｒ基は合わせて、ジカルボニル基を含めた少なくとも１個のカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた少なくとも１個の保護されたカルボニル基、マスクされたジカルボニル基を含めた少なくとも１個のマスクされたカルボニル基若しくはこれらの組み合わせを含む、単環若しくは二環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
但し、Ａがフェニレンであり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂが存在し、ならびにＡが−（ＣＨ２）４−であり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂは−ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２ＣＨ２）−ではなく、ならびにＡもＢも存在せず、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｒはメチルではない。）
又は活性代謝物、又は薬剤として許容されるそのプロドラッグ若しくは溶媒和化合物。
【請求項２】
Ａが、置換若しくは非置換低級アルキレン又は、フェニレン、ピリジニレン、ピリミジニレン若しくはチオフェニレンからなる群から選択される非置換若しくは置換アリーレンである、請求項１の化合物。
【請求項３】
式（ＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化３】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項４】
式（ＸＸＸＩＩＩ−Ａ）に対応する、請求項３の化合物。
【化４】
【請求項５】
式（ＸＸＸＩＩＩ−Ｂ）に対応する、請求項３の化合物。
【化５】
【請求項６】
式（ＸＸＸＩＶ）に対応する、請求項１の化合物。
【化６】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びｎは０、１、２、３、４又は５であり、及び各ＣＲ８Ｒ９基上の各Ｒ８及びＲ９は、Ｈ、アルコキシ、アルキルアミン、ハロゲン、アルキル、アリールからなる群から独立に選択され、又は任意のＲ８とＲ９は一緒に＝Ｏ若しくはシクロアルキルを形成することができ、又は隣接Ｒ８基に対するいずれかは一緒にシクロアルキルを形成し得る。）
【請求項７】
式（ＸＸＸＩＶ−Ａ）に対応する、請求項６の化合物。
【化７】
【請求項８】
式（ＸＸＸＩＶ−Ｂ）に対応する、請求項６の化合物。
【化８】
【請求項９】
式（ＸＸＸＶ）に対応する、請求項１の化合物。
【化９】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項１０】
式（ＸＸＸＶ−Ａ）に対応する、請求項９の化合物。
【化１０】
【請求項１１】
式（ＸＸＸＶ−Ｂ）に対応する、請求項９の化合物。
【化１１】
【請求項１２】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１２】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化１３】
であり、
ここで（ａ）はＡ基との結合を表し、及び（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、及びＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項１３】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項１２の化合物。
【化１４】
【請求項１４】
【化１５】
から選択される、請求項１３の化合物。
【請求項１５】
式（ＩＩＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１６】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項１６】
【化１７】
からなる群から選択される、請求項１５の化合物。
【請求項１７】
式（ＶＩ）に対応する、請求項１の化合物。
【化１８】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項１８】
【化１９】
からなる群から選択される、請求項１７の化合物。
【請求項１９】
式（ＩＸ）に対応する、請求項１の化合物。
【化２０】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項２０】
【化２１】
からなる群から選択される、請求項１９の化合物。
【請求項２１】
−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個のカルボニル基、保護されたカルボニル基又はマスクされたカルボニル基を含む、二環又は三環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項１の化合物。
【請求項２２】
【化２２】
からなる群から選択される、請求項２１の化合物。
【請求項２３】
−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個のカルボニル基、保護されたカルボニル基又はマスクされたカルボニル基を含む、単環又は二環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項１の化合物。
【請求項２４】
以下の構造を有する、請求項２３の化合物。
【化２３】
【請求項２５】
少なくとも１個の請求項１の化合物を組み込んだポリペプチド。
【請求項２６】
式（ＸＩ）の化合物若しくはその塩、
【化２４】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド（ｐｈｏｔｏｃａｇｅｄ）部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入（ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｉｎｇ）基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、
Ｌは任意であり、存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
又は活性代謝物、又は薬剤として許容されるそのプロドラッグ若しくは溶媒和化合物。
【請求項２７】
Ａがフェニレン又は置換フェニレンである、請求項２６の化合物。
【請求項２８】
式（ＸＩＩ）に対応する、請求項２６の化合物。
【化２５】
【請求項２９】
少なくとも１個の請求項２６の化合物を組み込んだポリペプチド。
【請求項３０】
Ｘが、ペプチド、タンパク質、酵素、抗体、薬物、色素、脂質、ヌクレオシド、オリゴヌクレオチド、細胞、ウイルス、リポソーム、微粒子及びミセルからなる群から選択される生物活性剤である、請求項２６の化合物。
【請求項３１】
Ｘが、抗生物質、殺真菌剤、抗ウイルス剤、抗炎症剤、抗腫よう剤、心臓脈管薬、抗不安薬、ホルモン、成長因子及びステロイド剤からなる群から選択される薬物である、請求項３０の化合物。
【請求項３２】
Ｘが、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ及びグルコースオキシダーゼからなる群から選択される酵素である、請求項３０の化合物。
【請求項３３】
Ｘが、蛍光、リン光、化学発光、キレート、高電子密度、磁性、挿入、放射性、色素産生及びエネルギー伝達部分からなる群から選択される検出可能標識である、請求項２６の化合物。
【請求項３４】
式（Ｉ）のアミノ酸をポリペプチド内の末端又は内部位置に組み込むことを含む、式（Ｉ）の構造を有する少なくとも１個のアミノ酸を含むポリペプチドを製造する方法。
【化２６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化２７】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ”は独立にＨ、アルキル、置換アルキル若しくは保護基であり、又は１個を超えるＲ”基が存在するときには、２個のＲ”はヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
又は−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環若しくは三環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
又は−Ｊ−Ｒ基は合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基若しくはマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、単環若しくは二環のシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成し、
但し、Ａがフェニレンであり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂが存在し、ならびにＡが−（ＣＨ２）４−であり、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｂは−ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２ＣＨ２）−ではなく、ならびにＡもＢも存在せず、及び各Ｒ３がＨであるときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項３５】
アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、式（Ｉ）のアミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドン（ｓｅｌｅｃｔｏｒ ｃｏｄｏｎ）を含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、ポリペプチドの特定の部位に組み込まれる、請求項３４の方法。
【請求項３６】
翻訳系が、式（Ｉ）のアミノ酸にアミノアシル化されたｔＲＮＡを含む、請求項３５の方法。
【請求項３７】
翻訳系が、細菌細胞、古細菌（ａｒｃｈｅａｅｂａｃｔｅｒｉａｌ）細胞及び真核細胞からなる群から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項３６の方法。
【請求項３８】
アミノ酸が式（ＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項３６の方法。
【化２８】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項３９】
アミノ酸が、
【化２９】
からなる群から選択される、請求項３８の方法。
【請求項４０】
アミノ酸が式（ＶＩ）に対応する構造を有する、請求項３７の方法。
【化３０】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項４１】
アミノ酸が、
【化３１】
からなる群から選択される、請求項４０の方法。
【請求項４２】
アミノ酸が式（ＩＸ）に対応する構造を有する、請求項３７の方法。
【化３２】
（式中、各Ｒａは、Ｈ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、−Ｎ（Ｒ’）２、−Ｃ（Ｏ）ｋＲ’（ｋは１、２又は３である。）、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）２、−ＯＲ’及び−Ｓ（Ｏ）ｋＲ’（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択される。）
【請求項４３】
アミノ酸が、
【化３３】
からなる群から選択される、請求項４２の方法。
【請求項４４】
−Ａ−Ｂ−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基又はマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、二環又は三環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項３７の方法。
【請求項４５】
アミノ酸が、
【化３４】
からなる群から選択される、請求項４４の方法。
【請求項４６】
−Ｊ−Ｒ基が合わせて、少なくとも１個の、ジカルボニル基を含めたカルボニル基、保護されたジカルボニル基を含めた保護されたカルボニル基又はマスクされたジカルボニル基を含めたマスクされたカルボニル基を含む、単環又は二環のシクロアルキル又はヘテロシクロアルキルを形成している、請求項３７の方法。
【請求項４７】
アミノ酸が、
【化３５】
である、請求項４６の方法。
【請求項４８】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸ）の構造を有する、請求項３７の方法。
【化３６】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項４９】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸＩＩＩ）の構造を有する、請求項３７の方法。
【化３７】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項５０】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項３７の方法。
【化３８】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化３９】
であり、
ここで（ａ）はＡ基との結合を表し、（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、ＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項５１】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項５０の方法。
【化４０】
【請求項５２】
ポリペプチドを式（ＸＩＸ）の試薬と接触させることを含む、式（Ｉ）のアミノ酸を含むポリペプチドを誘導体化する方法であり、ここで式（Ｉ）は、
【化４１】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｊは、
【化４２】
であり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
各Ｒ３及びＲ４は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル又は置換低級アルキルである。）
に対応し、
式（ＸＩＸ）は、
【化４３】
（式中、
各Ｘは独立に検出可能標識、生物活性剤又はポリマーであり、
各Ｌは、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）ＮＲ’Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｏ−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から独立に選択されるリンカーであり、
Ｌ１は任意であり、及び存在するときには、−Ｃ（Ｒ’）ｐ−ＮＲ’−Ｃ（Ｏ）Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−（ｐは０、１又は２である。）であり、
Ｗは−ＯＮ（Ｒ１）２又は−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ２であり、ここで各Ｒ１は独立にＨ又はアミノ保護基であり、ならびにＲ２はＨ又はＯＲ’であり、及び
ｎは１から３である。）
に対応する、方法。
【請求項５３】
アミノ酸が式（ＩＩ）に対応する、請求項５２の方法。
【化４４】
【請求項５４】
試薬が式（ＸＸＶＩＩ）に対応する、請求項５２の方法。
【化４５】
【請求項５５】
誘導体化されたポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項５２の方法。
【化４６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
各Ｒ３及びＲ４は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル又は置換低級アルキルであり、
Ｒ５はＨ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”若しくは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、こここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル若しくは置換アラルキルであり、又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは検出可能標識、生物活性剤又はポリマーであり、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項５６】
ポリペプチドが式（ＸＩＸ）の試薬と、弱酸性条件下の水溶液中で接触される、請求項５２の方法。
【請求項５７】
条件がｐＨ２から８である、請求項５６の方法。
【請求項５８】
ポリペプチドが、
【化４７】
からなる群から選択される促進剤の存在下で式（ＸＩＸ）の試薬と接触される、請求項５２の方法。
【請求項５９】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸ）の構造を有する、請求項５２の方法。
【化４８】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項６０】
式（Ｉ）のアミノ酸が式（ＸＸＸＩＩＩ）の構造を有する、請求項５２の方法。
【化４９】
（式中、Ｘ１はＣ、Ｓ又はＳ（Ｏ）であり、及びＬはアルキレン、置換アルキレン、Ｎ（Ｒ’）（アルキレン）又はＮ（Ｒ’）（置換アルキレン）である。）
【請求項６１】
式（ＸＸＸＸ）に対応する、請求項５２の方法。
【化５０】
（式中、
Ｍは−Ｃ（Ｒ３）−、
【化５１】
であり、ここで
（ａ）はＡ基との結合を表し、及び（ｂ）はそれぞれのカルボニル基との結合を表し、及びＴ３は結合、Ｃ（Ｒ）（Ｒ）、Ｏ又はＳであり、ＲはＨ、ハロゲン、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルである。）
【請求項６２】
式（ＸＸＸＸＩＩＩ）に対応する、請求項６１の方法。
【化５２】
【請求項６３】
障害、症状又は疾患を治療する方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む非天然アミノ酸ポリペプチドの治療有効量を投与することを含み、該オキシム含有非天然アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項６４】
翻訳系が、以下の生物群：原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、真菌、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）種、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物、から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項６３の方法。
【請求項６５】
少なくとも１個の非天然アミノ酸がオキシム含有アミノ酸であり、及び前記オキシム含有非天然アミノ酸が式（ＸＩ）に対応する構造を有する、請求項６３の方法。
【化５３】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項６６】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項６５の方法。
【化５４】
【請求項６７】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項６５の方法。
【化５５】
【請求項６８】
Ｘが水溶性ポリマーである、請求項６５の方法。
【請求項６９】
Ｘがポリエチレングリコール誘導体である、請求項６５の方法。
【請求項７０】
Ｘが細胞傷害性化合物である、請求項６５の方法。
【請求項７１】
Ｘが薬物である、請求項６５の方法。
【請求項７２】
Ｘが第２のポリペプチドである、請求項６５の方法。
【請求項７３】
第２のポリペプチドがオキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７２の方法。
【請求項７４】
第２のポリペプチドが、請求項６３の非天然アミノ酸ポリペプチドと同じアミノ酸構造を有する、請求項７２の方法。
【請求項７５】
薬剤として許容される担体をさらに含む、請求項６３のいずれかの方法。
【請求項７６】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが修飾オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項６３の方法。
【請求項７７】
患者におけるポリペプチドの存在を検出する方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む相同非天然アミノ酸ポリペプチドの有効量を投与することを含み、該オキシム含有アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項７８】
翻訳系が、以下の生物群：原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ、シュードモナス種、真菌、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物から、選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項７７の方法。
【請求項７９】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項７７の方法。
【化５６】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項８０】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項７９の方法。
【化５７】
【請求項８１】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項７９の方法。
【化５８】
【請求項８２】
Ｘが、標識；色素；親和性標識；光親和性標識；スピン標識；フルオロフォア；放射性部分；重原子を組み込んだ部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；発色団；エネルギー伝達剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項７９の方法。
【請求項８３】
生合成オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、修飾生合成オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７９の方法。
【請求項８４】
ポリペプチドの単離特性を容易にする方法であって、少なくとも１個のオキシム含有非天然アミノ酸を含む相同非天然アミノ酸ポリペプチドを利用することを含み、該オキシム含有アミノ酸が、
（ｉ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、オキシム含有アミノ酸の予め指定された組み込み部位に対応する選択コドンを含むポリヌクレオチドと、及び
（ｉｉ）前記オキシム含有アミノ酸を含むｔＲＮＡであって、選択コドンに特異的であるｔＲＮＡと
を含む翻訳系を用いて、該ポリペプチド内の特定の部位に組み込まれる、方法。
【請求項８５】
翻訳系が、以下の生物群、すなわち、原核生物、真核生物、哺乳動物、エシェリキア コリ、真菌、シュードモナス種、酵母、古細菌、真正細菌、植物、昆虫及び原生生物から選択される細胞を含むインビボ翻訳系である、請求項８４の方法。
【請求項８６】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが、式（ＸＩ）の構造を有する少なくとも１個のオキシム含有アミノ酸を含む、請求項８４の方法。
【化５９】
（式中、
Ａは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級シクロアルキレン、置換低級シクロアルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、アルキニレン、低級ヘテロアルキレン、置換ヘテロアルキレン、低級ヘテロシクロアルキレン、置換低級ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、置換アリーレン、ヘテロアリーレン、置換ヘテロアリーレン、アルカリーレン、置換アルカリーレン、アラルキレン又は置換アラルキレンであり、
Ｂは任意であり、及び存在するときには、低級アルキレン、置換低級アルキレン、低級アルケニレン、置換低級アルケニレン、低級ヘテロアルキレン、置換低級ヘテロアルキレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
Ｒは、Ｈ、アルキル、置換アルキル、シクロアルキル又は置換シクロアルキルであり、
Ｒ１はＨ、アミノ保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、及び
Ｒ２はＯＨ、エステル保護基、樹脂、アミノ酸、ポリペプチド又はポリヌクレオチドであり、
Ｒ３及びＲ４の各々は独立にＨ、ハロゲン、低級アルキル若しくは置換低級アルキルであり、又はＲ３とＲ４若しくは２個のＲ３基はシクロアルキル若しくはヘテロシクロアルキルを形成していてもよく、
Ｒ５は、Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アルキルアルコキシ、置換アルキルアルコキシ、ポリアルキレンオキシド、置換ポリアルキレンオキシド、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル、置換アラルキル、−（アルキレン又は置換アルキレン）−ＯＮ（Ｒ”）２、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＳＲ”、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−（アリール又は置換アリール）、−Ｃ（Ｏ）Ｒ”、−Ｃ（Ｏ）２Ｒ”又は−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ”）２であり、ここで各Ｒ”は独立に水素、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルコキシ、置換アルコキシ、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、アルカリール、置換アルカリール、アラルキル又は置換アラルキルであり、
又はＲ５はＬ−Ｘであり、ここで
Ｘは、標識；色素；ポリマー；水溶性ポリマー；ポリエチレングリコール誘導体；光架橋剤；細胞傷害性化合物；薬物；親和性標識；光親和性標識；反応性化合物；樹脂；第２のタンパク質又はポリペプチド又はポリペプチドアナログ；抗体又は抗体断片；金属キレート剤；補因子；脂肪酸；炭水化物；ポリヌクレオチド；ＤＮＡ；ＲＮＡ；アンチセンスポリヌクレオチド；糖類、水溶性デンドリマー、シクロデキストリン、生体材料；ナノ粒子；スピン標識；フルオロフォア、金属含有部分；放射性部分；新規官能基；他の分子と共有結合的又は非共有結合的に相互作用する基；フォトケージド部分；光異性化可能部分；ビオチン；ビオチンアナログ；重原子を組み込んだ部分；化学開裂可能な基；光開裂可能な基；長い側鎖；炭素連結糖；レドックス活性薬剤；アミノチオ酸；毒性部分；同位体標識部分；生物物理学的プローブ；リン光基；化学発光基；高電子密度基；磁性基；挿入基；発色団；エネルギー伝達剤；生物活性剤；検出可能標識及び上記の任意の組み合わせからなる群から選択され、及び
Ｌは任意であり、及び存在するときには、アルキレン、置換アルキレン、アルケニレン、置換アルケニレン、−Ｏ−、−Ｏ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ−、−Ｓ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｓ（Ｏ）ｋ−（ｋは１、２又は３である。）、−Ｓ（Ｏ）ｋ（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ（Ｏ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｓ）−、−Ｃ（Ｓ）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）−、−ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−ＣＯＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−、−ＣＳＮ（Ｒ’）−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）ＣＯ−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｏ−Ｎ＝ＣＲ’−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’−（アルキレン又は置換アルキレン）−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ（Ｏ）ｋ−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−、−（アルキレン又は置換アルキレン）−Ｓ−Ｓ−、−Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｃ（Ｓ）Ｎ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）Ｓ（Ｏ）ｋＮ（Ｒ’）−、−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ（Ｒ’）−、−Ｃ（Ｒ’）＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ＝Ｎ−及び−Ｃ（Ｒ’）２−Ｎ（Ｒ’）−Ｎ（Ｒ’）−（各Ｒ’は独立にＨ、アルキル又は置換アルキルである。）からなる群から選択されるリンカーであり、
但し、ＡもＢも存在しないときには、Ｒはメチルではない。）
【請求項８７】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩ）に対応する構造を有する、請求項８４の方法。
【化６０】
【請求項８８】
オキシム含有アミノ酸が式（ＸＩＩＩ）に対応する構造を有する、請求項８７の方法。
【化６１】
【請求項８９】
Ｘが水溶性ポリマーである、請求項８７の方法。
【請求項９０】
Ｘがポリエチレングリコール誘導体である、請求項８７の方法。
【請求項９１】
オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドが修飾オキシム含有非天然アミノ酸ポリペプチドである、請求項７９の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１２】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４３】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図５２】
【図５３】
【図５４】
【図５５】
【図５６】
【図５７】
【図５８】
【図５９】
【図６０】
【図６１】
【図６２】
【図６３】
【図６４】
【図６５】
【公表番号】特表２００８−５４５３７１（Ｐ２００８−５４５３７１Ａ）
【公表日】平成２０年１２月１８日（２００８．１２．１８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５４８４７５（Ｐ２００７−５４８４７５）
【出願日】平成１７年１２月２１日（２００５．１２．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０４６６１８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０６９２４６
【国際公開日】平成１８年６月２９日（２００６．６．２９）
【出願人】（５０６１１７０５７）アンブレツクス・インコーポレイテツド (14)
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成２０年１２月１８日（２００８．１２．１８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年１２月２１日（２００５．１２．２１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０４６６１８
【国際公開番号】ＷＯ２００６／０６９２４６
【国際公開日】平成１８年６月２９日（２００６．６．２９）
【出願人】（５０６１１７０５７）アンブレツクス・インコーポレイテツド (14)
【Ｆターム（参考）】
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