本発明は、データ・ベース上の公知タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列、ならびに、推断される完全長アミノ酸配列を参照し、解析対象タンパク質を部位特異的酵素消化したペプチド断片複数の質量分析結果に基づき、該対象タンパク質と同じゲノム遺伝子に由来する公知タンパク質、ないしは公知タンパク質変異体を高い確度で特定する手法を提供する。
本発明の手法においては、部位特異的なタンパク質分解処理によるペプチド断片化を利用した、該対象タンパク質由来のペプチド断片分子量実測値と、公知タンパク質の推断完全長アミノ酸配列に基づき、推定されるペプチド断片分子量推定値とを対比し、一致する断片数の多寡、ならびに、公知タンパク質の一致断片アミノ酸配列の連続性、更には、不一致断片における変異推定を含む対比により、同定候補となる公知タンパク質を高い確度で特定する。 （もっと読む）

サンプルの質量分析を実施するような様式で、サンプルを支持するためのＭＡＬＤＩプレート構築物が提供される。そのプレート構築物は、サンプル受容表面、そのサンプル受容表面を保持するためのプレートホルダ、およびそのサンプル受容表面に隣接して配置され、かつそのプレートホルダと電気的に接触している導電性格子を備える。いくつかの実施形態において、その格子は、交差する導電性ワイヤから形成され得る。このワイヤは、そのワイヤの交点の範囲内に開放領域を形成する。種々の実施形態において、その格子は、サンプルまたはサンプル受容表面と接触して配置され得、そしてレーザーからの光線がその格子の開放領域を通って、次いでサンプルまたはサンプル受容表面上に通過し、そのサンプルを脱離およびイオン化することを可能にするように配置され得る。
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加熱または照射するステップにおいて、架橋を開裂し、抗原を回収することによって、細胞架橋（アルデヒド固定）された包埋細胞サンプルを分析する方法。分析は典型的に、質量分析に基づく。
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本発明は、関心のある多岐に渡る発色性または蛍光性のペプチドまたはタンパク質基質を個別に親水性担体に懸濁または溶解させ、各基質のアリコートを反応部位のアレイもしくはマイクロアレイ、または「ドット」に沈着させる、ペプチドまたはタンパク質マイクロアッセイの方法および装置に関する。各ドットは、分析目的のために生物学的サンプルを適用することのできる、関心のあるペプチドまたはタンパク質を含有する個別の反応容器を提供する。サンプルは、注目されている多様なサンプル適用技術のうちの一つをもって、クロスコンタミネーションを引き起こすドット同士の連通流路を形成することなく、ドットのアレイまたはマイクロアレイにおける各ドットに適用される。さらなる態様として、本発明は、続いてのMALDI MS分析のために、サンプルを電気泳動ゲルからターゲットプレートに移転する方法を提供する。

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本発明の実施形態は、クワイエットゾーンにおける質量スペクトルデータの分析に関する。いくつかの実施形態において、本発明は、質量スペクトル中のクワイエットゾーンにおいて、標識および／または標識された分析物の分析に有用である、方法、システム、および／または組成物に関する。上記分析を、クワイエットゾーンに向けることより、上記分析のダイナミックレンジを極大化することが可能である。これは、分析物の定性的分析および／または定量的分析に有用であり得る。 （もっと読む）

分析プロトコルを実施するための方法、システム、及び装置が提供される。本方法の実施形態は、少なくとも１つの構成要素の結合同一性（binding identity）を少なくとも決定するために、クロマトグラフィ条件下において、サンプルを少なくとも第１の固定相と第２の固定相とに連続的に接触させることを含み、該サンプル内に存在する少なくとも１つの構成要素に対する該第１の固定相の特異性が、少なくとも不確定であり、少なくとも１つの構成要素に対する該第２の固定相の特異性が確定的である。少なくとも前記第１及び第２の固定相を備えるシステム及び装置もまた提供される。前記本方法の実施に使用するためのキットもまた提供される。
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タンパク質の特定のアミノ酸残基の修飾の有無または修飾基の種類を簡便に決定する。分析対象のタンパク質の特定のアミノ酸残基の側鎖をラベルする試薬を作用させる。このとき、特定のアミノ酸残基の側鎖が未修飾の状態であれば、その側鎖がラベルされる（Ｓ１０１）。そして、特定のアミノ酸残基の側鎖がラベルされたタンパク質を、所定の位置で特異的に切断する（Ｓ１０２）。次いで、得られたペプチド断片を、質量分析に供する（Ｓ１０３）。そして、断片の分子量に関して得られた結果に基づき、分析対象のタンパク質中の特定のアミノ酸残基の側鎖の修飾状態を解析する（Ｓ１０４）。 （もっと読む）

質量分析データの分析に基づく癌スクリーニングモデルを用いて、上部気道消化管癌(肺癌および頭頚部癌を含む)を予測することができる。上部気道消化管癌患者から得られたスペクトルウエイト値と、このような癌のハイリスク患者から得られたスペクトルウエイト値とを比較することによって、モデルを作成することができる。予測変数または共変量の値によって、上部気道消化管癌に関連するスペクトルウエイト値が特定される。

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本発明は、患者のアルツハイマー病の病態を認定するために有用であるタンパク質をベースとするバイオマーカーおよびバイオマーカーの組み合わせを提供する。特に、本発明のバイオマーカーは、被験サンプルをアルツハイマー性痴呆または非アルツハイマー性痴呆または正常として分類するために有用である。このバイオマーカーはＳＥＬＤＩ質量分析法により検出することができる。さらに、本発明は、適切な治療行為を提供し、治療に対する反応を測定するための方法を提供する。本発明の特定のバイオマーカーは、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）等の非侵襲性撮像技術における放射標識リガンドとしての使用にも好適であり得る。
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イオンモビリティースペクトル法／質量分析機器の感度増強を可能にする方法および装置であって、有意な遅延を生じることなくイオンを伝送できるイオン源からドリフト管の入口部の砂時計型電気力学的イオン漏斗および／またはドリフト管の出口部の内部イオン漏斗へとイオンを伝送するためのデバイスを利用して、イオンモビリティースペクトロメーターのドリフト管内のイオン損失を実質的に減少または解消する方法および機器。砂時計型電気力学的漏斗は、少なくとも、入口要素、中央部要素、および出口要素で形成され、中央部要素の開口部は、入口要素の開口部および出口要素の開口部より小さい。砂時計型電気力学的漏斗の外側のイオン源により比較的高圧の領域内で生成されたイオンは、コンダクタンス制限オリフィスを通って、砂時計型漏斗の入口部の比較的低圧の領域へと伝送される。交流および直流の電位が砂時計型電気力学的漏斗の要素に印加され、これにより、イオンを砂時計型電気力学的漏斗の中へ、かつ、これを通して引き入れ、これにより、比較的多量のイオンをドリフト管に導入し、同時に、ドリフト管内部のガス圧および組成を電気力学的漏斗の入口部と異なるように保ち、かつ、所望される場合は、ドリフト管内のガス圧を陽圧に保つことを可能にする。ドリフト管内には内部イオン漏斗が設けられ、ドリフト管の出口部に配置される。内部イオン漏斗の利点は、次の任意の分析または測定へと接続された従来のドリフト管では失われることが典型的であるイオンのように、ドリフト管内の出口開口部から分散するイオンが、分散する代わりにドリフト管の出口を通って誘導され、これにより、ドリフト管から出るイオンの量が大幅に増加することである。

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ＭＡＬＤＩイオン源、イオン形成の方法及び質量分析装置システムを提供する。さまざまな実施形態において、サンプル面のサンプルに、取付け面の法線から１０度以内の角度でレーザー・エネルギー・パルスを照射するよう構成されたＭＡＬＤＩイオン源、及び取付け面の法線から５度以内の方向にサンプルイオンを抽出するよう構成された第一イオン光学システムを提供する。さまざまな実施形態において、ほぼ同軸のサンプル照射及びイオン抽出を具えるＭＡＬＤＩイオン源を提供する。さまざまな実施形態において、ＭＡＬＤＩによってサンプルイオンを生成し、加速電界を用いてサンプルイオンを抽出して、加速電界からの出口におけるサンプルイオン軌道の角度が、イオンビームのほぼ中心部において実質上サンプルイオンの質量に左右されないようにイオンビームを形成する方法を提供する。
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質量分析（ＭＳ）計測器システム用の少なくとも１つの較正フィルタを取得するための方法。質量スペクトル範囲内の測定された同位体ピーク・クラスタ・データは、与えられた較正標準に関して得られる。相対同位体存在量およびそれに対応する同位体の実際の質量配置は、与えられた較正標準について計算される。それぞれの質量スペクトル範囲内の中心に位置する質量スペクトル目標ピーク形状関数が指定される。計算された相対同位体存在量と質量スペクトル目標ピーク形状関数との間の畳み込み演算が実行され、計算された同位体ピーク・クラスタ・データを形成する。少なくとも１つの較正フィルタを取得する畳み込み演算の後に、測定された同位体ピーク・クラスタ・データと計算された同位体ピーク・クラスタ・データとの間の逆畳み込み演算が実行される。ピーク幅を正規化し、内部および外部較正を組合せ、選択された測定されたピークを標準として使用することが規定される。これらの方法の態様は、他の分析装置に適用される。 （もっと読む）

中央凹部を備える保持プレート、この開口部内にフィットするサンプル挿入プレート、任意の圧力プレートおよびハンドルを備えるサンプルプレート構造体が提供される。このハンドルは、このサンプル挿入プレートに圧力を付与し、このサンプル挿入プレートを、この保持プレート内に保持する。このサンプル挿入プレートは、周囲構成を備え、この構成は、このサンプル挿入物が、このサンプルプレート支持構造体内で適切に配向し、そして平坦に保持されることを保証する。このサンプル挿入プレートは、消耗品であり得るが、この装置の残りの部分は、再使用され得る。
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保持プレート（１１）、サンプル挿入プレート（１４）および磁石（１６）を備えるサンプルプレート構造体（１０）が提供され、この保持プレートは、その周囲に沿って谷部（１３）を備える中央凹部（１２）を備え、このサンプル挿入プレートは、この凹部の接触表面内にフィットし、そしてこの接触表面上に載り、そしてこの磁石は、この接触表面の下方に保持される。この挿入物の底部表面（１５）の一部分は、磁性材料から形成される。磁石（１６）は、ＭＡＬＤＩ ＭＳ分析の間、挿入プレート（１４）を保持プレート（１１）内に保持するために十分な力を提供する。このサンプル挿入プレート（１４）は、周囲構成を備え、この構成は、このサンプル挿入プレートが、このサンプルプレート支持構造体内で適切に配向し、そして平坦に保持されることを保証する。突出物のための穴（１８）は、配向特徴に対する挿入物の容易な設置および整列を可能にする。
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最初に高分子量種を除去するための篩過マトリックスを通して被検体を電気泳動的に駆動することによる、少量の被検体を分離するための分析方法および装置が開示される。その後、残存する少量の被検体を捕捉膜上に電気泳動的に集束させ、そこで被検体は小さな捕捉部位内に結合されたようになる。この段階の後に、捕捉膜を乾燥させることができ、そしてその後、伝導性ＭＡＬＤＩサンプルプレートに取付けうる。 （もっと読む）

患者の頭頸部扁平上皮癌（HNSCC）の診断および陰性診断におけるタンパク質バイオマーカーおよびそれらの使用を開示する。また、本発明のタンパク質バイオマーカーを検出するHNSCCの診断用キット、および複数の分類子を使用してHNSCCの有望な診断を行う方法を開示する。本発明の特定の局面において、本方法は決定ツリー解析の使用を含む。種々のコンピュータ可読媒体および本発明によるそれらの使用もまた開示する。 （もっと読む）

本発明は、アイソトープ標識水を１以上の組織又は個体に投与し、異なる化学クラスの生体分子を含む２以上の生体分子の分子流速を比較することによる、種々の生体分子の相対分子流速を測定及び比較するための技術に関する。本方法は、疾患、障害又は症状の診断、予後診断又はモニター、種々の疾患モデルにおける治療効果についての化学物質及び生物学的因子のｉｎ ｖｉｖｏハイスループットスクリーニング、並びに毒性作用についての化学物質及び生物学的因子のｉｎ ｖｉｖｏハイスループットスクリーニングを含む、複数の用途において使用しうる。
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本発明は、サンプル又は抽出物中の少なくとも一つの生体分子検体の濃度を、図１に示すように少なくとも一つのデンドリマー内部標準を使用する質量分析により定量化するための方法及び組成物に関する。適切なデンドリマー標準の具体例は、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）デンドリマー及びポリ（アミドアミン）（ＰＡＭＡＭ）デンドリマーである。一実施形態においては、熱やプロテアーゼに弱い不安定な内部標準をデンドリマー標準と共に使用する。

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本教示は、分子のマトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）質量分析法のために有用なプレートおよびそのプレートを作製するためのプロセスに関する。疎水性コーティングおよびＭＡＬＤＩマトリックス材料とポリマーのような境界剤との混合物の薄膜コーティングを含む複合コーティングを備える、ＭＳ分析またはＭＳ−ＭＳ分析のために適したＭＡＬＤＩプレートが開示される。本教示に従って作製されるＭＡＬＤＩプレートは、ＭＡＬＤＩ−ＭＳスペクトルの低質量領域（１，０００ダルトン未満）におけるマトリックスイオンの抑制のために有用である。
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本発明は、個体における代謝障害を検出する方法を提供する。この方法は、(a)(i)1種又は複数の代謝の指標となる酵素、及び(ii)1種又は複数の代謝被検体を含有する試料を、該1種又は複数の酵素の1種又は複数の基質と、少なくとも1種の該酵素が対応する基質に作用し少なくとも1種の生成物を生成することが可能であるような条件下で接触し、反応混合物を作成する工程；(b)該反応混合物を、該1種又は複数の酵素が対応する基質に作用する能力を阻害する試薬と接触し、被験試料を作成する工程であり、ここで該1種又は複数の代謝被検体及び該少なくとも1種の生成物は、該試薬中に溶解している工程、並びに、(c)質量分析を用い、該被験試料中に含まれる該1種又は複数の代謝被検体及び該少なくとも1種の生成物の存在又は量を決定する工程を含み、ここで決定された該1種又は複数の代謝被検体及び該少なくとも1種の生成物の存在又は量は、該代謝障害の存在又は非存在に相関している。 （もっと読む）