癌患者を分子標的治療で処置した後の、チロシンキナーゼ中の突然変異の出現は、獲得された薬物耐性の主要な機構を表す。ここでは、本発明者らは、髄芽腫中のヘッジホッグ（Ｈｈ）経路阻害剤に対する耐性をもたらす、セルペンチン受容体中の突然変異、Ｓｍｏｏｔｈｅｎｅｄ（ＳＭＯ）を記載する。ＳＭＯの保存的アスパラギン酸残基中の単一のアミノ酸置換は、Ｈｈシグナル伝達を維持するが、Ｈｈ経路阻害剤ＧＤＣ−０４４９がＳＭＯと結合して経路を抑制することを不能にさせる。この突然変異は、ＧＤＣ−０４４９耐性の髄芽腫のマウスモデルにおいて獲得されていただけでなく、髄芽腫患者においてＧＤＣ−０４４９の再発後に同定された。本発明は、ＳＭＯ突然変異を検出するためのスクリーニング方法、および薬物耐性を示す突然変異ＳＭＯを特異的に変調させる薬物のスクリーニング方法を提供する。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１と少なくとも９５％同一である、アミノ酸４７３でアスパラギン酸以外のアミノ酸を含むアミノ酸配列を含む、突然変異ＳＭＯタンパク質をコードしている単離した核酸分子。
【請求項２】
突然変異ＳＭＯタンパク質が、アミノ酸４７３でヒスチジン、グリシン、フェニルアラニン、チロシン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、セリン、スレオニン、メチオニン、グルタミン、またはアスパラギンを含む配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離した核酸配列。
【請求項３】
アミノ酸４７３をコードしている配列が異なるアミノ酸をコードするように変更させる突然変異を含有する、配列番号３の親核酸配列を含む、請求項１に記載の単離した核酸配列。
【請求項４】
アミノ酸４７３をコードしている配列中に突然変異を取り込んでいる突然変異したＳＭＯタンパク質またはその断片をコードしている核酸と特異的にハイブリダイズできる、核酸プローブ。
【請求項５】
突然変異したＳＭＯまたはその前記断片をコードしている前記核酸に相補的である、請求項４に記載のプローブ。
【請求項６】
約１０〜約５０個のヌクレオチドの長さを有する、請求項４に記載のプローブ。
【請求項７】
検出可能な標識をさらに含む、請求項４に記載のプローブ。
【請求項８】
配列番号２と少なくとも９５％同一である、アミノ酸４７３でアスパラギン酸以外のアミノ酸を含むアミノ酸配列を含む、単離した突然変異ＳＭＯタンパク質。
【請求項９】
アミノ酸４７３でアスパラギン酸以外のアミノ酸を含む配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項８に記載の単離した突然変異ＳＭＯタンパク質。
【請求項１０】
前記アミノ酸配列が、アミノ酸４７３でヒスチジン、グリシン、フェニルアラニン、チロシン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、セリン、スレオニン、メチオニン、グルタミン、またはアスパラギンを含む、請求項８または９に記載の単離した突然変異ＳＭＯタンパク質。
【請求項１１】
前記抗体のエピトープが、位置４７３にアスパラギン酸を有する野生型ＳＭＯと結合しない、請求項８または９に記載の突然変異ＳＭＯタンパク質と特異的に結合する抗体。
【請求項１２】
モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体またはその抗原結合断片である、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１３】
細胞毒性剤とコンジュゲートされている、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１４】
ＳＭＯ活性を阻害する、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１５】
前記試料から、突然変異を含有することが疑われるＳＭＯの膜貫通ドメイン６のカルボキシ末端またはその断片に対応する核酸を増幅することと、増幅した核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＳＭＯ遺伝子またはその断片の電気泳動移動度と比較することとを含む、試料中の突然変異したＳＭＯ遺伝子を検出する方法。
【請求項１６】
電気泳動移動度がポリアクリルアミドゲル上で決定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記試料からの核酸を、アミノ酸４７３をコードしている配列をアスパラギン酸以外のアミノ酸に変更させる突然変異を取り込んでいる突然変異したＳＭＯタンパク質またはその断片をコードしている核酸と特異的にハイブリダイズできる核酸プローブと接触させることと、前記ハイブリダイゼーションを検出することとを含む、試料中の少なくとも１つのＳＭＯ突然変異を同定する方法。
【請求項１８】
前記プローブが検出可能に標識されている、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記プローブがアンチセンスオリゴマーである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸の前記試料中のＳＭＯ遺伝子またはその断片を増幅し、前記プローブと接触させる、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記腫瘍の試料中の突然変異したＳＭＯ遺伝子または突然変異したＳＭＯタンパク質の存在を決定することを含み、前記突然変異がアミノ酸４７３をコードしているＳＭＯ遺伝子中に位置しており、前記突然変異したＳＭＯ遺伝子または突然変異したＳＭＯタンパク質の存在により、前記腫瘍がＧＤＣ−０４４９を用いた処置に対して耐性であることが示される、ヒト対象において、ＧＤＣ−０４４９を用いた処置に対して耐性である腫瘍を同定する方法。
【請求項２２】
ＧＤＣ−０４４９を用いた処置に対して感受性がない腫瘍を有する前記対象を、前記突然変異したＳＭＯと結合する化合物で処置することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記突然変異の存在または非存在を核酸試料の検査によって行う、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記突然変異の存在または非存在をタンパク質試料の検査によって行う、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記突然変異ＳＭＯを試験化合物と接触させることと、前記化合物と前記突然変異ＳＭＯとの結合を検出することとを含み、前記試験化合物と突然変異ＳＭＯとの結合により、前記試験化合物が突然変異ＳＭＯの阻害剤であることが示される、アミノ酸４７３に突然変異が取り込まれている突然変異ＳＭＯタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物についてスクリーニングする方法。
【請求項２６】
前記突然変異ＳＭＯを発現する細胞を試験化合物と接触させることと、前記細胞中のＧｌｉの活性を検出することとを含み、Ｇｌｉ活性の存在により、前記試験化合物が突然変異ＳＭＯの阻害剤でないことが示される、アミノ酸４７３に突然変異が取り込まれている突然変異ＳＭＯタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物についてスクリーニングする方法。
【請求項２７】
位置４７３にアスパラギン酸以外のアミノ酸をもたらす突然変異を有する突然変異ＳＭＯタンパク質と特異的に結合する化合物を、それを必要としている患者に投与することによる、癌を処置する方法。
【請求項２８】
前記化合物が、位置４７３でアスパラギン酸以外のアミノ酸を有する突然変異ＳＭＯと特異的に結合する抗体である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記化合物が式Ｉ、ＩＩおよび／またはＩＩＩの化合物である、請求項２７に記載の方法。
【化１】

【請求項３０】
（ａ）式Ｉ、式ＩＩおよび式ＩＩＩを有する構造式を有する化合物からなる群から選択されるＳＭＯ阻害剤、ならびに
（ｂ）ＰＩ３Ｋ阻害剤
を、それを必要としている患者に投与することを含む、ＳＭＯ阻害剤に対する獲得耐性を遅延させるまたは予防する方法。

【図１Ａ】

【図１Ｂ】

【図３Ａ】

【図６】

【図１４Ａ】

【図１４Ｂ】

【図１５Ｃ】

【図１８Ｃ】

【図１９】

【図２０Ａ】

【図２０Ｂ】

【図２Ａ】

【図２Ｂ】

【図２Ｃ】

【図３Ｂ】

【図３Ｃ】

【図３Ｄ】

【図４Ａ】

【図４Ｂ】

【図５】

【図７】

【図８】

【図９】

【図１０】

【図１１】

【図１２】

【図１３Ａ】

【図１３Ｂ】

【図１３Ｃ】

【図１４Ｃ】

【図１４Ｄ】

【図１５Ａ】

【図１５Ｂ】

【図１５Ｄ】

【図１６Ａ】

【図１６Ｂ】

【図１６Ｃ】

【図１６Ｄ】

【図１７Ａ】

【図１７Ｂ】

【図１８Ａ】

【図１８Ｂ】

【公表番号】特表２０１３−５０３６４４（Ｐ２０１３−５０３６４４Ａ）
【公表日】平成２５年２月４日（２０１３．２．４）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−５２８０６７（Ｐ２０１２−５２８０６７）
【出願日】平成２２年９月２日（２０１０．９．２）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０４７７３９
【国際公開番号】ＷＯ２０１１／０２８９５０
【国際公開日】平成２３年３月１０日（２０１１．３．１０）
【出願人】（５０９０１２６２５）ジェネンテック，　インコーポレイテッド (357)
【出願人】（５０１１８８８８９）キュリス，インコーポレイテッド (23)
【Ｆターム（参考）】