本発明は，遠縁ポリペプチドホモログを検出する新規方法に関する。本発明は，キナーゼポリペプチド，キナーゼポリペプチドをコードするヌクレオチド配列，ならびに種々のキナーゼ関連疾病および状態の診断および治療に有用な種々の産物および方法に関する。バイオインフォマティクス戦略を用いて，哺乳動物キナーゼが同定されその蛋白質構造が予測された。

【特許請求の範囲】
【請求項１】
キナーゼポリペプチドをコードする，単離され，濃縮され，または精製された核酸分子であって，
（ａ）配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の相補体である；
（ｃ）ストリンジェントな条件下で（ａ）のヌクレオチド分子にハイブリダイズし，かつ天然に生ずるキナーゼポリペプチドをコードする；
（ｄ）配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列であって，ただし，Ｎ末端ドメイン，Ｃ末端触媒ドメイン，触媒ドメイン，Ｃ末端ドメイン，コイルドコイル構造領域，プロリンリッチ領域，スペーサー領域およびＣ末端テールの全部ではないが１またはそれ以上を欠失しているアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする；または
（ｅ）（ｄ）のヌクレオチド配列の相補体である，
のヌクレオチド配列を含むことを特徴とする核酸分子。
【請求項２】
宿主細胞において転写を開始させるのに有効なベクターまたはプロモーターをさらに含む，請求項１記載の核酸分子。
【請求項３】
前記核酸分子が，哺乳動物から単離され，濃縮され，または精製されたものである，請求項１記載の核酸分子。
【請求項４】
前記哺乳動物がヒトである，請求項３記載の核酸分子。
【請求項５】
試料においてキナーゼポリペプチドをコードする核酸を検出するために用いられ，前記キナーゼポリペプチドが，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドからなる群より選択されることを特徴とする，請求項１記載の核酸プローブ。
【請求項６】
配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドをコードする請求項１記載の核酸分子を含む組換え細胞。
【請求項７】
単離され，濃縮され，または精製されたキナーゼポリペプチドであって，前記ポリペプチドは，
（ａ）それぞれ，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｂ）それぞれ配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列であって，ただし，Ｎ末端ドメイン，Ｃ末端触媒ドメイン，触媒ドメイン，Ｃ末端ドメイン，コイルドコイル構造領域，プロリンリッチ領域，スペーサー領域，およびＣ末端テールからなる群より選択されるドメインの全部ではないが１またはそれ以上を欠失しているアミノ酸配列，
を有するアミノ酸配列を含むことを特徴とするポリペプチド。
【請求項８】
前記ポリペプチドが哺乳動物から単離され，精製され，または濃縮されたものである，請求項７記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項９】
前記哺乳動物がヒトである，請求項８記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項１０】
キナーゼポリペプチドまたは前記ポリペプチドのドメインに対する特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラグメントであって，前記ポリペプチドは，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドであることを特徴とする抗体または抗体フラグメント。
【請求項１１】
配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドに対する特異的結合親和性を有する抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項１２】
請求項７または８記載のポリペプチドに結合する抗体および負対照抗体を含むキット。
【請求項１３】
キナーゼポリペプチドの活性を調節する物質を同定する方法であって，
（ａ）配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドを試験物質と接触させ；
（ｂ）前記ポリペプチドの活性を測定し；そして
（ｃ）前記物質が前記ポリペプチドの活性を調節するか否かを判定する，
の各工程を含む方法。
【請求項１４】
細胞においてキナーゼポリペプチドの活性を調節する物質を同定する方法であって，
（ａ）配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドを発現させ；
（ｂ）試験物質を前記細胞に加え；そして
（ｃ）細胞表現型または前記ポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用の変化をモニターする，
の各工程を含む方法。
【請求項１５】
治療を必要とする患者に，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼの活性を調節する物質を投与することにより，疾病または疾患を治療する方法。
【請求項１６】
前記疾病または疾患が，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される，請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
前記疾病または疾患が，組織の癌；血液起源の癌；中枢神経系の疾病；末梢神経系の疾病；アルツハイマー病；パーキンソン病；多発性硬化症；筋萎縮性側索硬化症；ウイルス感染；プリオンにより引き起こされる感染；細菌により引き起こされる感染；真菌により引き起こされる感染；および眼性疾病からなる群より選択される，請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
前記疾病または疾患が，片頭痛；痛み；性的機能不全；気分障害；注意障害；認識障害；低血圧症；高血圧症；精神病性疾患；神経学的疾患；運動異常症；代謝性疾患；および臓器移植拒絶からなる群より選択される，請求項１５記載の方法。
【請求項１９】
前記物質がインビトロでキナーゼ活性を調節する，請求項１５記載の方法。
【請求項２０】
前記物質がキナーゼ阻害剤である，請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
疾病または疾患の診断道具として試料中でキナーゼポリペプチドを検出する方法であって，
（ａ）前記試料を，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するキナーゼポリペプチドの核酸標的領域にハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブと接触させ，前記プローブは，前記ポリペプチド，そのフラグメント，または前記配列およびフラグメントの相補体をコードする核酸配列を含み；そして
（ｂ）前記疾病の指標として，プローブ：標的領域ハイブリッドの存在または量を検出する，
の各工程を含む方法。
【請求項２２】
前記疾病または疾患が，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される，請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
前記疾病または疾患が，組織の癌；血液起源の癌；中枢神経系の疾病；末梢神経系の疾病；アルツハイマー病；パーキンソン病；多発性硬化症；筋萎縮性側索硬化症；ウイルス感染；プリオンにより引き起こされる感染；細菌により引き起こされる感染；真菌により引き起こされる感染；および眼性疾病からなる群より選択される，請求項２１記載の方法。
【請求項２４】
前記疾病または疾患が，片頭痛，痛み；性的機能不全；気分障害；注意障害；認識障害；低血圧症；高血圧症；精神病性疾患；神経学的疾患；運動異常症；代謝性疾患；および臓器移植拒絶からなる群より選択される，請求項２１記載の方法。
【請求項２５】
疾病または疾患の診断道具として試料中のキナーゼポリペプチドを検出する方法であって，
（ａ）試料中の前記キナーゼポリペプチドをコードする核酸標的領域を，前記キナーゼポリペプチドまたはその１またはそれ以上のフラグメントをコードする対照核酸標的領域と比較し，ここで，前記キナーゼポリペプチドは，配列番号１−８７に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列またはその１またはそれ以上のフラグメントを有しており；そして
（ｂ）前記疾病または疾患の指標として前記標的領域と前記対照標的領域との間の配列または量の相違を検出する，
の各工程を含む方法。
【請求項２６】
前記疾病または疾患が，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される，請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
前記疾病または疾患が，組織の癌；血液起源の癌；中枢神経系の疾病；末梢神経系の疾病；アルツハイマー病；パーキンソン病；多発性硬化症；筋萎縮性側索硬化症；ウイルス感染；プリオンにより引き起こされる感染；細菌により引き起こされる感染；真菌により引き起こされる感染；および眼性疾病からなる群より選択される，請求項２５記載の方法。
【請求項２８】
前記疾病または疾患が，片頭痛，痛み；性的機能不全；気分障害；注意障害；認識障害；低血圧症；高血圧症；精神病性疾患；神経学的疾患；運動異常症；代謝性疾患；および臓器移植拒絶からなる群より選択される，請求項２５記載の方法。
【請求項２９】
参照対象蛋白質ファミリーに対する遠縁ポリペプチドホモログを同定する方法であって，
（ａ）前記蛋白質ファミリーの保存二次構造パターン（ＣＳＳＰ）を同定し；
（ｂ）参照対象蛋白質ファミリーの保存アミノ酸残基（ＣＡＡＲ）または保存活性部位アミノ酸残基（ＣＡＳＡＡＲ）を同定し；そして
（ｃ）二次構造パターン（ＣＲＩＳＳＰ）中に埋め込まれた保存残基を同定し；そして
（ｄ）候補ポリペプチドが（ｃ）のＣＲＩＳＳＰを含む場合に，候補を遠縁ホモログとして同定する，
の各工程を含む方法。
【請求項３０】
参照対象蛋白質ファミリーに対する遠縁ポリペプチドホモログを同定するためのプログラムコードが記録されているコンピュータ読み取り可能な媒体であって，プログラムコードはコンピュータに，
（ａ）前記蛋白質ファミリーの保存二次構造パターンを同定し；
（ｂ）参照対象蛋白質ファミリーの保存アミノ酸残基または保存活性部位アミノ酸残基を同定し；そして
（ｃ）二次構造パターン（ＣＲＩＳＳＰ）中に埋め込まれた保存残基を同定し；そして
（ｄ）候補ポリペプチドが（ｃ）のＣＲＩＳＳＰを含む場合に，候補を遠縁ホモログとして同定する，
の各工程を実行させるように形成されていることを特徴とする媒体。
【請求項３１】
プログラムされた記録デバイスであって，実行されたときに，
（ａ）前記蛋白質ファミリーの保存二次構造パターンを同定し；
（ｂ）参照対象蛋白質ファミリーの保存アミノ酸残基または保存活性部位アミノ酸残基を同定し；そして
（ｃ）二次構造パターン（ＣＲＩＳＳＰ）中に埋め込まれた保存残基を同定し；そして
（ｄ）候補ポリペプチドが（ｃ）のＣＲＩＳＳＰを含む場合に，候補を遠縁ホモログとして同定する，
の各工程を実施するための指針を含む記録デバイス。
【請求項３２】
メモリを有するコンピュータを用いてポリペプチド配列の分析を行うためのプロセスであって，
（ａ）ポリペプチドを示すデータを前記メモリに格納し，
（ｂ）前記メモリ中に，前記データと関連しかつ基礎となるデータの組織および構造を反映するデータ構造を作成して，プログラムが配列の論理的サブコンポーネントに対応するデータ要素にアクセスすることを容易にし；
（ｃ）請求項２９記載の方法を実行するのに十分な指針を含むプログラムで前記コンピュータをプログラミングし，そして
（ｄ）前記プログラムが前記メモリ中の前記データおよび前記データ構造にアクセスすることを認めながら前記プログラムを前記コンピュータで実行する，
の各工程を含むプロセス。
【請求項３３】
配列番号８８−１７４からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列の約１０−３０個の連続するヌクレオチド塩基から本質的になる，単離され，濃縮され，または精製された核酸分子。
【請求項３４】
配列番号８８−１７４からなる群より選択される核酸配列の約１５−２５個の連続するヌクレオチド塩基から本質的になる，請求項３３記載の単離され，濃縮され，または精製された核酸分子。

【図２】




















































































【図３】




















【図４】

【公表番号】特表２００６−５００００４（Ｐ２００６−５００００４Ａ）
【公表日】平成１８年１月５日（２００６．１．５）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００３−５５８１４３（Ｐ２００３−５５８１４３）
【出願日】平成１４年１２月３１日（２００２．１２．３１）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００２／０４１６８７
【国際公開番号】ＷＯ２００３／０５７８４１
【国際公開日】平成１５年７月１７日（２００３．７．１７）
【出願人】（５９８００９７３９）スージェン・インコーポレーテッド (8)
【氏名又は名称原語表記】ＳＵＧＥＮ，ＩＮＣ．
【住所又は居所原語表記】２３０　Ｅａｓｔ　Ｇｒａｎｄ　Ａｖｅｎｕｅ，Ｓｏｕｔｈ　Ｓａｎ　Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ　９４０８０，Ｕｎｉｔｅｄ　Ｓｔａｔｅｓ　ｏｆ　Ａｍｅｒｉｃａ
【Ｆターム（参考）】