オリゴヌクレオチドの合成および精製に使用する方法および反応試薬
本発明は、オリゴヌクレオチドの合成および精製に用いる方法および反応試薬に関する。本発明をひとつの側面から見ると、オリゴヌクレオチド合成において、ホスホルアミダイトの活性化に有用な化合物に関する。別の側面から見ると、本発明に従うアクチベーターを用いたホスホルアミダイト法によってオリゴヌクレオチドを調製する方法に関する。さらに別の側面から見ると、硫黄転移反応試薬に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。別の側面から見ると、本発明に従う硫黄転移反応試薬を用いてホスファイトを処理することにより、ホスホロチオエートを調製する方法に関する。好ましい実施態様においては、硫黄転移反応試薬は3−アミノ−1,2,4−ジチアゾリジン−5−オンである。別の側面から見ると、エチルニトリル保護基を有するホスフェート基の脱保護中に生成したアクリロニトリルを捕獲する化合物に関する。好ましい実施態様においては、アクリロニトリル捕捉剤は、ポリマーに結合したチオールである。また別の側面から見ると、ホスファイトをホスフェートに酸化する際に使用する反応試薬に関する。好ましい実施態様においては、酸化剤は、亜塩素酸ナトリウム、クロロアミンまたはピリジン−N−オキシドである。さらにまた別の側面から見ると、第一の一本鎖オリゴヌクレオチドと第二の一本鎖オリゴヌクレオチドとをアニールさせて二本鎖オリゴヌクレオチドを形成させ、該二本鎖オリゴヌクレオチドをクロマトグラフィー精製することにより、オリゴヌクレオチドを精製する方法に関する。好ましい実施態様においては、クロマトグラフィー精製は、高速液体クロマトグラフィーである。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
構造式Iで表される化合物。
【化１】
（ここで、
Xは、C(R6)またはNであり；
R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R8、−SR8、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、アルコキシル、−OR7、−N(R7)2、−N(R7)C(O)R8、−C(O)R7または−CO2R8を表し；あるいは、R1およびR2、またはR2およびR3は、O、NおよびSより成る群から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する4〜8員の環構造を形成し；
R4は、空位、または、ぞれぞれ別異に、−(C(R9)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R9)2)nCH3であり；
R7は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R9は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR8CO2-を表す。）
【請求項２】
XはC(R6)であることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項３】
XはNであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項４】
XはC(R6)であり；R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNであり；R4は空位であり；R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項５】
XはC(R6)であり；R1、R2、R3およびR6はHであり；R4は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項６】
XはNであり；R1、R2、R3およびR6はHであり；R4は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項７】
構造式IIで表される化合物。
【化２】
（ここで、
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3を表し；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す。）
【請求項８】
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNを表し；R2は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項７記載の化合物。
【請求項９】
R1 はHであり；R3は−NO2であり；R2は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項７記載の化合物。
【請求項１０】
構造式IIIで表される化合物。
【化３】
（ここで、
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R3は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す。）
【請求項１１】
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNを表し；R3は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項１０記載の化合物。
【請求項１２】
R1 はHであり；R2は−NO2であり；R3は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項１０記載の化合物。
【請求項１３】
構造式IVで表される化合物。
【化４】
（ここで、
R1 は、H、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2、−（C(R4)2)mCO2R5、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R5、ハロゲン、アルケニル、アルキニル、アラルキル、−N(R4)C(O)R5、−C(O)R4または−CO2R5を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R6)2)nCH3・Yを表し；
R3は、Hまたは−(C(R6)2)nCH3であり；
R4は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R5は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；
ｍは、1、2、3、4、5、6、7または8であり；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR5CO2-を表す。）
【請求項１４】
R1 は、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2または−（C(R4)2)mCO2R5であることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１５】
R2は空位であり；さらに、R3はHであることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１６】
R1 は、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2または−（C(R4)2)mCO2R5であり；R2は空位であり；R3はHであり；R4はHであり；R5は、アルキルまたはアラルキルであり；さらに、mは1であることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１７】
構造式Vで表される化合物。
【化５】
（ここで、
R1 、R３およびR4は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R7、−SR7、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R6)C(O)R5、−C(O)R6または−CO2R7を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R8)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R8)2)nCH3であり；
R6は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR7CO2-を表す。）
【請求項１８】
R2は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１７記載の化合物。
【請求項１９】
R1はHであり；R2は空位であり；R3およびR4は−CNであり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１７記載の化合物。
【請求項２０】
ホスファイト化合物の調製法であって、ホスホルアミダイト、アルコールおよび活性化剤を混合してホスファイト化合物を調製する工程を含み、該活性化剤は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製方法。
【化６】
（ここで、
Xは、C(R6)またはNであり；
R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R8、−SR8、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、アルコキシル、−OR7、−N(R7)2、−N(R7)C(O)R8、−C(O)R7または−CO2R8を表し；あるいは、R1およびR6、R1およびR2、または、R2およびR3は、O、NおよびSより成る群から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する4〜8員の環構造を形成し；
R4は、空位、または、ぞれぞれ別異に、−(C(R9)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R9)2)nCH3であり；
R7は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R9は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR8CO2-を表す）；
【化７】
（ここで、
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す）；
【化８】
（ここで、
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R3は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す）；
【化９】
（ここで、
R1 は、H、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2、−（C(R4)2)mCO2R5、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R5、ハロゲン、アルケニル、アルキニル、アラルキル、−N(R4)C(O)R5、−C(O)R4または−CO2R5を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R6)2)nCH3・Yを表し；
R3は、Hまたは−(C(R6)2)nCH3であり；
R4は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R5は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；
ｍは、1、2、3、4、5、6、7または8であり；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR5CO2-を表す）；および、
【化１０】
ここで、
R1 、R３およびR4は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R7、−SR7、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R6)C(O)R5、−C(O)R6または−CO2R7を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R8)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R8)2)nCH3であり；
R6は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR7CO2-を表す。）
【請求項２１】
前記ホスホルアミダイトは、3'−ヌクレオシドホスホルアミダイト、3'−ヌクレオチドホスホルアミダイトまたは3'−オリゴヌクレオチドホスホルアミダイトであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記ホスホルアミダイトは、下記の構造式Aで表されることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【化１１】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R5)5であり；このとき、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R5で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3およびR4は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルを表し；あるいは、R3およびR4は、共に3〜8員の環構造を形成し；さらに、
R5は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルである。）
【請求項２３】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２５】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２６】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２７】
R2は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２８】
R3およびR4は、アルキルであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２９】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３０】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３１】
前記アルコールは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３２】
前記アルコールは、R5−OHで表され、ここで、R5は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、pは、1、2、3、4、5、6、7、または8であることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３３】
R5は、−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
前記ホスホルアミダイト、前記アルコールおよび前記活性化剤の混合物に、プロトンシャトル化合物を混合する工程をさらに含み、該プロトンシャトル化合物のpKaは、前記活性化剤のpKaより高く、かつ前記ホスホルアミダイトのpKaより低いことを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３５】
前記プロトンシャトル化合物は、一級、二級または三級アミンであることを特徴とする請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
前記プロトンシャトル化合物はN(R7)(R8)R9で表され、ここで、R7、R8およびR9は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルを表し；あるいは、R7およびR8は、共に3〜8員の環構造を形成し；さらに、R9は、H、アルキル、シクロアルキル、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項３４記載の方法。
【請求項３７】
構造式Dで表される化合物。
【化１２】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は共に、必要に応じて置換された芳香環を形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない。）
【請求項３８】
nは2であることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項３９】
R1 およびR2は、フェニル、ベンジル、シクロヘキシル、ピロール、ピリジンまたは−CH2−ピリジンであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４０】
XはC(O)であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４１】
XはSO2であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４２】
XはC(O)であり、R1 はピロールであり、さらにR2はピロールであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４３】
XはC(O)であり、R1 およびR2は、共にフェニル環を形成していることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４４】
構造式D1で表される化合物。
【化１３】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である。）
【請求項４５】
nは2であることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４６】
YはCNであることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４７】
YはP(OR2)2であることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４８】
構造式Eで表される化合物。
【化１４】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、C(O)N(R3)R4、C(S)N(R3)R4、C(S)N(R3)2、C(S)OR4 、CO2R4、C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである。）
【請求項４９】
XはOであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５０】
R2 は、H、アルキルまたはシクロアルキルであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５１】
R2 は、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５２】
R2 は、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５３】
R3はHであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５４】
R4は、アルキルまたはアリールであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５５】
XはOであり、さらに、R2 はHであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５６】
アルゴン雰囲気下において約0℃の氷槽で冷却した容器内に、約１当量のクロロカルボニルスルフェニルクロリド、約1当量のチオ尿素および約1当量のトリエチルアミンを入れ、得られた混合物を約6時間撹拌し、ろ過後、該混合物を濃縮して残渣を得て、これをジクロロメタン−ヘキサンから再結晶させる工程を含む方法により調製された化合物。
【請求項５７】
ホスホロチオエート化合物の調製法であって、ホスファイトおよび硫黄転移反応試薬を混合してホスホロチオエートを得る工程を含み、該硫黄転移反応試薬は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製法：
MoS4・Et3NCH2Ph；
【化１５】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は、必要に応じて置換された芳香環を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない）；
【化１６】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1、またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である）；および
【化１７】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである）。
【請求項５８】
前記ホスファイトは次の構造式Ｆで表されることを特徴とする請求項５７記載の調製法。
【化１８】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項５９】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６０】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６３】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６４】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【化１９】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3を表し；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項６５】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６６】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６７】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６８】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６９】
エチルシアニド保護基の除去法であって、アクリロニトリル捕捉剤の存在下、エチルシアニド基を有するホスフェート化合物を塩基と混合する工程を含み、該アクリロニトリル捕捉剤は、ポリマー結合チオール、4−n−ヘプチルフェニルメタンチオール、炭素原子数が少なくとも10であるようなアルカンチオール、ヘテロアリールチオール、アルキルチオールのナトリウム塩、
【化２０】
（ここで、R1はアルキルであり；さらに、R2は、−SHもしくは−CH2SHである）
であることを特徴とする除去法。
【請求項７０】
前記アクリロニトリル捕捉剤は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【化２１】
【請求項７１】
前記ホスフェート化合物はオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７２】
前記ホスフェート化合物は、少なくとも1個のホスホロチオエート基を有するオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７３】
前記ホスフェート化合物は、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７４】
前記ホスフェート化合物は、下記の構造式Gで表されことを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【化２２】
（ここで、
R1は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR3 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R3は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項７５】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項７６】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７７】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７８】
R1は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７９】
R1は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【化２３】
（このとき、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；R4は、アルキル、アリールまたはアラルキルであり；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項８０】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８１】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８２】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８３】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８４】
ホスファイトをホスフェートに酸化する方法であって、ホスファイトを酸化剤と混合してホスフェートを生成する工程を含み、該酸化剤は、NaClO2、クロロアミン、ピリジン−N−オキシド、CCl4、CCl4／水／アセトニトリル、CCl4／水／ピリジン、ジメチルカーボナート、または、CH2Cl2、NBSもしくはNCS中でのKNO3／TMSClの混合物であることを特徴とする方法。
【請求項８５】
前記酸化剤は、NaClO2、クロロアミンまたはピリジン−N−オキシドであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８６】
前記ホスファイトは、ホスファイト基を介して連結されたヌクレオシドのオリゴマーであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８７】
前記ヌクレオシドはリボヌクレオシドであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８８】
前記ホスファイトは下記の構造式Hで表されることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【化２４】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項８９】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９０】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９３】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９４】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【化２５】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項９５】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９６】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９７】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９８】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９９】
オリゴヌクレオチドからアミノ保護基を除去する方法であって、アミド保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ポリアミン、PEHA、PEG-NH2、短鎖PEG-NH2、シクロアルキルアミン、ヒドロキシシクロアルキルアミン、ヒドロキシアミン、K2CO3／MeOHマイクロ波、チオアルキルアミン、チオール化アミン、β−アミノ−エチル−スルホン酸またはβ−アミノ−エチルスルホン酸の硫酸ナトリウムを混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項１００】
前記オリゴヌクレオチドはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求９９記載の方法。
【請求項１０１】
オリゴヌクレオチドからシリル保護基を除去する方法であって、シリル保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ピリジン−HF、DMAP-HF、尿素−HF、TSAF、DAST、ポリビニルピリジン−HF、または、下記の構造式AAで表されるアリールアミン−HF反応試薬を混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【化２６】
（ここで、
R1 は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
R3 は、アリールまたはヘテロアリールである。）
【請求項１０２】
前記オリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１０１記載の方法。
【請求項１０３】
反応は、マイクロ波照射下で行うことを特徴とする請求項１０１記載の方法。
【請求項１０４】
ホスホジエステル化合物の調製法であって、H−ホスホナート、アルコールおよび活性化剤を混合してホスホジエステル化合物を調製する工程を含み、該活性化剤は、C8〜C20アルキルカルボニルクロリド、アリールカルボニルクロリドおよびアラルキルカルボニルクロリドより成る群から選択されることを特徴とする調製法。
【請求項１０５】
前記活性化剤は、デカノイルクロリド、ドデカノイルクロリド、ベンゾイルクロリド、1,2−ジベンジルエタノイルクロリド、ナフトイルクロリド、アントラセンカルボニルクロリドまたはフルオレンカルボニルクロリドであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１０６】
前記H−ホスホナートは、下記の構造式Iで表されることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【化２７】
（ここで、
R1 は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルである。）
【請求項１０７】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１０８】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１０９】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１１０】
R1は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１１１】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１２】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１３】
前記アルコールは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１４】
前記アルコールは、R5−OHで表され、ここで、R5は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、pは、1、2、3、4、5、6、7、または8であることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１５】
前記ホスホジエステルは下記の構造式Jで表されることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【化２８】
（ここで、
R1は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR6 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、 pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項１１６】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１７】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１８】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１９】
R1は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２０】
R2は、−(CR6 )2)p−ヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２３】
R2は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２４】
オリゴヌクレオチドの精製法であって、第一のオリゴヌクレオチドを第二のオリゴヌクレオチドにアニールさせて二本鎖オリゴヌクレオチドを形成させ、該二本鎖オリゴヌクレオチドをクロマトグラフィー精製にかける工程を含むことを特徴とする精製法。
【請求項１２５】
前記クロマトグラフィー精製は、液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２６】
前記クロマトグラフィー精製は、高速液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２７】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２８】
前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２９】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであり、さらに、前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１３０】
保護基の除去法であって、C2位に保護基を有する必要に応じて置換されたリボースに酵素を混合し、C2位に水酸基を有する必要に応じて置換されたリボースを生成させる工程を含むことを特徴とする除去法。
【請求項１３１】
前記保護基はアラルキルエステルであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３２】
前記保護基は、−O2CCH2Rという構造式で表され、ここで、Rは、フェニル、ピリジニル、アニリン、キノリンまたはイソキノリンであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３３】
前記酵素は、ペニシリンGアシラーゼであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３４】
前記リボースはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３５】
ジヌクレオシドユニットを含むオリゴヌクレオチドを調製する方法であって、液相化学によってジヌクレオシド基を合成し、該ジヌクレオシド基を支持体に結合させてプライマーを形成し、さらに、固相合成法を用いて該プライマーにさらにヌクレオチドを結合させる工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項１３６】
前記ジヌクレオシド基の各ヌクレオシド残基は、それぞれ別異に、天然または非天然のヌクレオシドであることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３７】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３８】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベース基は、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３９】
前記ジヌクレオシド基は、2個のチミジン残基を含むことを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４０】
前記ジヌクレオシド基は、2個のデオキシチミジン残基を含むことを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４１】
前記ジヌクレオシド基は、2個の2'−修飾5−メチルウリジンもしくはウリジン残基を含み、ここで、2'−修飾体は、2'−OTBDMS、2'−OMe、2'−F、2'−O−CH2−CH2−O−Meまたは2'−O−アルキルアミノ誘導体であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４２】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有することを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４３】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有し；さらに、前記ジヌクレオシド基は、リン原子に関して単一の立体異性体であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４４】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は、3'−5'結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方製法。
【請求項１４５】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は2'−5'結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４６】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、非天然かつ非ホスフェート性であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４７】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、MMI、アミド結合またはグアニジニウム結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１】
構造式Iで表される化合物。
【化１】
（ここで、
Xは、C(R6)またはNであり；
R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R8、−SR8、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、アルコキシル、−OR7、−N(R7)2、−N(R7)C(O)R8、−C(O)R7または−CO2R8を表し；あるいは、R1およびR2、またはR2およびR3は、O、NおよびSより成る群から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する4〜8員の環構造を形成し；
R4は、空位、または、ぞれぞれ別異に、−(C(R9)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R9)2)nCH3であり；
R7は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R9は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR8CO2-を表す。）
【請求項２】
XはC(R6)であることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項３】
XはNであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項４】
XはC(R6)であり；R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNであり；R4は空位であり；R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項５】
XはC(R6)であり；R1、R2、R3およびR6はHであり；R4は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項６】
XはNであり；R1、R2、R3およびR6はHであり；R4は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１記載の化合物。
【請求項７】
構造式IIで表される化合物。
【化２】
（ここで、
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3を表し；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す。）
【請求項８】
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNを表し；R2は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項７記載の化合物。
【請求項９】
R1 はHであり；R3は−NO2であり；R2は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項７記載の化合物。
【請求項１０】
構造式IIIで表される化合物。
【化３】
（ここで、
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R3は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す。）
【請求項１１】
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CNを表し；R3は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項１０記載の化合物。
【請求項１２】
R1 はHであり；R2は−NO2であり；R3は空位であり；さらに、R4はHであることを特徴とする請求項１０記載の化合物。
【請求項１３】
構造式IVで表される化合物。
【化４】
（ここで、
R1 は、H、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2、−（C(R4)2)mCO2R5、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R5、ハロゲン、アルケニル、アルキニル、アラルキル、−N(R4)C(O)R5、−C(O)R4または−CO2R5を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R6)2)nCH3・Yを表し；
R3は、Hまたは−(C(R6)2)nCH3であり；
R4は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R5は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；
ｍは、1、2、3、4、5、6、7または8であり；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR5CO2-を表す。）
【請求項１４】
R1 は、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2または−（C(R4)2)mCO2R5であることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１５】
R2は空位であり；さらに、R3はHであることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１６】
R1 は、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2または−（C(R4)2)mCO2R5であり；R2は空位であり；R3はHであり；R4はHであり；R5は、アルキルまたはアラルキルであり；さらに、mは1であることを特徴とする請求項１３記載の化合物。
【請求項１７】
構造式Vで表される化合物。
【化５】
（ここで、
R1 、R３およびR4は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R7、−SR7、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R6)C(O)R5、−C(O)R6または−CO2R7を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R8)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R8)2)nCH3であり；
R6は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR7CO2-を表す。）
【請求項１８】
R2は空位であり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１７記載の化合物。
【請求項１９】
R1はHであり；R2は空位であり；R3およびR4は−CNであり；さらに、R5はHであることを特徴とする請求項１７記載の化合物。
【請求項２０】
ホスファイト化合物の調製法であって、ホスホルアミダイト、アルコールおよび活性化剤を混合してホスファイト化合物を調製する工程を含み、該活性化剤は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製方法。
【化６】
（ここで、
Xは、C(R6)またはNであり；
R1、R2、R3およびR6は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R8、−SR8、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、アルコキシル、−OR7、−N(R7)2、−N(R7)C(O)R8、−C(O)R7または−CO2R8を表し；あるいは、R1およびR6、R1およびR2、または、R2およびR3は、O、NおよびSより成る群から選択される0〜4個のヘテロ原子を有する4〜8員の環構造を形成し；
R4は、空位、または、ぞれぞれ別異に、−(C(R9)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R9)2)nCH3であり；
R7は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R9は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR8CO2-を表す）；
【化７】
（ここで、
R1 およびR3は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す）；
【化８】
（ここで、
R1 およびR2は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R6、−SR6、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R5)C(O)R6、−C(O)R5または−CO2R6を表し；
R3は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R7)2)nCH3・Yを表し；
R4は、Hまたは−(C(R7)2)nCH3であり；
R5は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR6CO2-を表す）；
【化９】
（ここで、
R1 は、H、−SR5、アルキル、アリール、−N(R4)2、−（C(R4)2)mCO2R5、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R5、ハロゲン、アルケニル、アルキニル、アラルキル、−N(R4)C(O)R5、−C(O)R4または−CO2R5を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R6)2)nCH3・Yを表し；
R3は、Hまたは−(C(R6)2)nCH3であり；
R4は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R5は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R6は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；
ｍは、1、2、3、4、5、6、7または8であり；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR5CO2-を表す）；および、
【化１０】
ここで、
R1 、R３およびR4は、それぞれ別異に、H、−NO2、−CN、−CF3、−SO2R7、−SR7、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アラルキル、−N(R6)C(O)R5、−C(O)R6または−CO2R7を表し；
R2は、空位、または、それぞれ別異に−(C(R8)2)nCH3・Yを表し；
R5は、Hまたは−(C(R8)2)nCH3であり；
R6は、それぞれ別異に、H、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R7は、それぞれ別異に、アルキル、アリールまたはアラルキルを表し；
R8は、それぞれ別異に、Hまたはアルキルを表し；
nは、それぞれ別異に0〜15を表し；さらに、
Yは、それぞれ別異に、ハロゲンまたはR7CO2-を表す。）
【請求項２１】
前記ホスホルアミダイトは、3'−ヌクレオシドホスホルアミダイト、3'−ヌクレオチドホスホルアミダイトまたは3'−オリゴヌクレオチドホスホルアミダイトであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記ホスホルアミダイトは、下記の構造式Aで表されることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【化１１】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R5)5であり；このとき、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R5で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3およびR4は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルを表し；あるいは、R3およびR4は、共に3〜8員の環構造を形成し；さらに、
R5は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルである。）
【請求項２３】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２５】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２６】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２７】
R2は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２８】
R3およびR4は、アルキルであることを特徴とする請求項２２記載の方法。
【請求項２９】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３０】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３１】
前記アルコールは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３２】
前記アルコールは、R5−OHで表され、ここで、R5は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、pは、1、2、3、4、5、6、7、または8であることを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３３】
R5は、−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
前記ホスホルアミダイト、前記アルコールおよび前記活性化剤の混合物に、プロトンシャトル化合物を混合する工程をさらに含み、該プロトンシャトル化合物のpKaは、前記活性化剤のpKaより高く、かつ前記ホスホルアミダイトのpKaより低いことを特徴とする請求項２０記載の方法。
【請求項３５】
前記プロトンシャトル化合物は、一級、二級または三級アミンであることを特徴とする請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
前記プロトンシャトル化合物はN(R7)(R8)R9で表され、ここで、R7、R8およびR9は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルを表し；あるいは、R7およびR8は、共に3〜8員の環構造を形成し；さらに、R9は、H、アルキル、シクロアルキル、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項３４記載の方法。
【請求項３７】
構造式Dで表される化合物。
【化１２】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は共に、必要に応じて置換された芳香環を形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない。）
【請求項３８】
nは2であることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項３９】
R1 およびR2は、フェニル、ベンジル、シクロヘキシル、ピロール、ピリジンまたは−CH2−ピリジンであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４０】
XはC(O)であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４１】
XはSO2であり、R1 はフェニルであり、さらにR2はフェニルであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４２】
XはC(O)であり、R1 はピロールであり、さらにR2はピロールであることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４３】
XはC(O)であり、R1 およびR2は、共にフェニル環を形成していることを特徴とする請求項３７記載の化合物。
【請求項４４】
構造式D1で表される化合物。
【化１３】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である。）
【請求項４５】
nは2であることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４６】
YはCNであることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４７】
YはP(OR2)2であることを特徴とする請求項４４記載の化合物。
【請求項４８】
構造式Eで表される化合物。
【化１４】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、C(O)N(R3)R4、C(S)N(R3)R4、C(S)N(R3)2、C(S)OR4 、CO2R4、C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである。）
【請求項４９】
XはOであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５０】
R2 は、H、アルキルまたはシクロアルキルであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５１】
R2 は、アリールまたはアラルキルであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５２】
R2 は、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５３】
R3はHであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５４】
R4は、アルキルまたはアリールであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５５】
XはOであり、さらに、R2 はHであることを特徴とする請求項４８記載の化合物。
【請求項５６】
アルゴン雰囲気下において約0℃の氷槽で冷却した容器内に、約１当量のクロロカルボニルスルフェニルクロリド、約1当量のチオ尿素および約1当量のトリエチルアミンを入れ、得られた混合物を約6時間撹拌し、ろ過後、該混合物を濃縮して残渣を得て、これをジクロロメタン−ヘキサンから再結晶させる工程を含む方法により調製された化合物。
【請求項５７】
ホスホロチオエート化合物の調製法であって、ホスファイトおよび硫黄転移反応試薬を混合してホスホロチオエートを得る工程を含み、該硫黄転移反応試薬は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする調製法：
MoS4・Et3NCH2Ph；
【化１５】
（ここで、
Xは、それぞれ別異に、C(O)、C(S)、SO2、CO2、CS2またはSOを表し；
R1 およびR2は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し、あるいは、R1 およびR2は、必要に応じて置換された芳香環を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
nは、2、3または4であり；さらに、
XがC(O)のとき、R1はベンジルではない）；
【化１６】
（ここで、
Xは、CN、P(OR2)2、P(O)(OR2)2、C(O)R1、C(S)R1、SO2R1、CO2R1、CS2R1、またはSOR1であり；
Yは、CN、P(OR2)2またはP(O)(OR2)2であり；
R1 は、それぞれ別異に、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキルまたは−N(R3)R4を表し；
R2は、それぞれ別異に、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、アルカリ金属または遷移金属を表し、あるいは、R2が2個ある場合には、全体の電荷が+2であるようなアルカリ土類金属または遷移金属を共に形成し；
R3は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R4は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
nは、2、3または4である）；および
【化１７】
（ここで、
Xは、OまたはSであり；
R1 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、−C(O)N(R3)R4、−C(S)N(R3)R4、−C(S)N(R3)2、−C(S)OR4 、−CO2R4、−C(O)R4または−C(S)R4であり；
R3 は、Hまたはアルキルであり；さらに、
R4 は、H、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルである）。
【請求項５８】
前記ホスファイトは次の構造式Ｆで表されることを特徴とする請求項５７記載の調製法。
【化１８】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項５９】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６０】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６３】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項６４】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【化１９】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3を表し；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項６５】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６６】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６７】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６８】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項６４記載の調製法。
【請求項６９】
エチルシアニド保護基の除去法であって、アクリロニトリル捕捉剤の存在下、エチルシアニド基を有するホスフェート化合物を塩基と混合する工程を含み、該アクリロニトリル捕捉剤は、ポリマー結合チオール、4−n−ヘプチルフェニルメタンチオール、炭素原子数が少なくとも10であるようなアルカンチオール、ヘテロアリールチオール、アルキルチオールのナトリウム塩、
【化２０】
（ここで、R1はアルキルであり；さらに、R2は、−SHもしくは−CH2SHである）
であることを特徴とする除去法。
【請求項７０】
前記アクリロニトリル捕捉剤は、以下の化合物群から選択されることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【化２１】
【請求項７１】
前記ホスフェート化合物はオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７２】
前記ホスフェート化合物は、少なくとも1個のホスホロチオエート基を有するオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７３】
前記ホスフェート化合物は、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【請求項７４】
前記ホスフェート化合物は、下記の構造式Gで表されことを特徴とする請求項６９記載の除去法。
【化２２】
（ここで、
R1は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR3 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R3は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項７５】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項５８記載の調製法。
【請求項７６】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７７】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７８】
R1は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【請求項７９】
R1は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項７４記載の調製法。
【化２３】
（このとき、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；R4は、アルキル、アリールまたはアラルキルであり；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項８０】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８１】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８２】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８３】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項７９記載の調製法。
【請求項８４】
ホスファイトをホスフェートに酸化する方法であって、ホスファイトを酸化剤と混合してホスフェートを生成する工程を含み、該酸化剤は、NaClO2、クロロアミン、ピリジン−N−オキシド、CCl4、CCl4／水／アセトニトリル、CCl4／水／ピリジン、ジメチルカーボナート、または、CH2Cl2、NBSもしくはNCS中でのKNO3／TMSClの混合物であることを特徴とする方法。
【請求項８５】
前記酸化剤は、NaClO2、クロロアミンまたはピリジン−N−オキシドであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８６】
前記ホスファイトは、ホスファイト基を介して連結されたヌクレオシドのオリゴマーであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８７】
前記ヌクレオシドはリボヌクレオシドであることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【請求項８８】
前記ホスファイトは下記の構造式Hで表されることを特徴とする請求項８４記載の方法。
【化２４】
（ここで、
R1は、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、ハロゲン、−O2CR5または−OSO2R4で必要に応じて置換されており；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R3は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR5 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；
R4は、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはアラルキルであり；
R5は、Hまたはアルキルであり；さらに、
pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項８９】
R1は−CH2CH2CNであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９０】
R2は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９３】
R2は、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【請求項９４】
R2は下記の構造式で表されることを特徴とする請求項８８記載の方法。
【化２５】
（ここで、R'1は、それぞれ別異に、アルキル、アリール、アラルキルまたは−Si(R4)3であり；ここで、該アルキル、アリールおよびアラルキル基は、−CN、−NO2、−CF3、またはハロゲンで必要に応じて置換されており；さらに、n1は1〜50である。）
【請求項９５】
n1は1〜25であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９６】
n1は1〜15であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９７】
n1は1〜10であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９８】
n1は1〜5であることを特徴とする請求項９４記載の方法。
【請求項９９】
オリゴヌクレオチドからアミノ保護基を除去する方法であって、アミド保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ポリアミン、PEHA、PEG-NH2、短鎖PEG-NH2、シクロアルキルアミン、ヒドロキシシクロアルキルアミン、ヒドロキシアミン、K2CO3／MeOHマイクロ波、チオアルキルアミン、チオール化アミン、β−アミノ−エチル−スルホン酸またはβ−アミノ−エチルスルホン酸の硫酸ナトリウムを混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項１００】
前記オリゴヌクレオチドはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求９９記載の方法。
【請求項１０１】
オリゴヌクレオチドからシリル保護基を除去する方法であって、シリル保護基を有するオリゴヌクレオチドに、ピリジン−HF、DMAP-HF、尿素−HF、TSAF、DAST、ポリビニルピリジン−HF、または、下記の構造式AAで表されるアリールアミン−HF反応試薬を混合する工程を含むことを特徴とする方法。
【化２６】
（ここで、
R1 は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；
R2 は、アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキルであり；さらに、
R3 は、アリールまたはヘテロアリールである。）
【請求項１０２】
前記オリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１０１記載の方法。
【請求項１０３】
反応は、マイクロ波照射下で行うことを特徴とする請求項１０１記載の方法。
【請求項１０４】
ホスホジエステル化合物の調製法であって、H−ホスホナート、アルコールおよび活性化剤を混合してホスホジエステル化合物を調製する工程を含み、該活性化剤は、C8〜C20アルキルカルボニルクロリド、アリールカルボニルクロリドおよびアラルキルカルボニルクロリドより成る群から選択されることを特徴とする調製法。
【請求項１０５】
前記活性化剤は、デカノイルクロリド、ドデカノイルクロリド、ベンゾイルクロリド、1,2−ジベンジルエタノイルクロリド、ナフトイルクロリド、アントラセンカルボニルクロリドまたはフルオレンカルボニルクロリドであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１０６】
前記H−ホスホナートは、下記の構造式Iで表されることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【化２７】
（ここで、
R1 は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルである。）
【請求項１０７】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１０８】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１０９】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１１０】
R1は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０６記載の調製法。
【請求項１１１】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１２】
前記アルコールは、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１３】
前記アルコールは、ヌクレオシド、ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１４】
前記アルコールは、R5−OHで表され、ここで、R5は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(C(R6)2)pヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、pは、1、2、3、4、5、6、7、または8であることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【請求項１１５】
前記ホスホジエステルは下記の構造式Jで表されることを特徴とする請求項１０４記載の調製法。
【化２８】
（ここで、
R1は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキルまたはアルケニルであり；
R2は、必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、アラルキル、アルケニルまたは−(CR6 )2)p−ヘテロシクロアルキルであり；R6は、Hまたはアルキルであり；さらに、 pは、1、2、3、4、5、6、7または8である。）
【請求項１１６】
R1は、必要に応じて置換されたヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１７】
R1は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１８】
R1は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１１９】
R1は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２０】
R2は、−(CR6 )2)p−ヘテロシクロアルキルであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２１】
R2は、必要に応じて置換されたリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２２】
R2は、必要に応じて置換されたデオキシリボースであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２３】
R2は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドであることを特徴とする請求項１１５記載の調製法。
【請求項１２４】
オリゴヌクレオチドの精製法であって、第一のオリゴヌクレオチドを第二のオリゴヌクレオチドにアニールさせて二本鎖オリゴヌクレオチドを形成させ、該二本鎖オリゴヌクレオチドをクロマトグラフィー精製にかける工程を含むことを特徴とする精製法。
【請求項１２５】
前記クロマトグラフィー精製は、液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２６】
前記クロマトグラフィー精製は、高速液体クロマトグラフィーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２７】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２８】
前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１２９】
前記第一のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであり、さらに、前記第二のオリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１２４記載の精製法。
【請求項１３０】
保護基の除去法であって、C2位に保護基を有する必要に応じて置換されたリボースに酵素を混合し、C2位に水酸基を有する必要に応じて置換されたリボースを生成させる工程を含むことを特徴とする除去法。
【請求項１３１】
前記保護基はアラルキルエステルであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３２】
前記保護基は、−O2CCH2Rという構造式で表され、ここで、Rは、フェニル、ピリジニル、アニリン、キノリンまたはイソキノリンであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３３】
前記酵素は、ペニシリンGアシラーゼであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３４】
前記リボースはリボヌクレオチドのオリゴマーであることを特徴とする請求項１３０記載の除去法。
【請求項１３５】
ジヌクレオシドユニットを含むオリゴヌクレオチドを調製する方法であって、液相化学によってジヌクレオシド基を合成し、該ジヌクレオシド基を支持体に結合させてプライマーを形成し、さらに、固相合成法を用いて該プライマーにさらにヌクレオチドを結合させる工程を含むことを特徴とする方法。
【請求項１３６】
前記ジヌクレオシド基の各ヌクレオシド残基は、それぞれ別異に、天然または非天然のヌクレオシドであることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３７】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３８】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらはそれぞれ別異に、糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベース基は、天然もしくは非天然由来であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１３９】
前記ジヌクレオシド基は、2個のチミジン残基を含むことを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４０】
前記ジヌクレオシド基は、2個のデオキシチミジン残基を含むことを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４１】
前記ジヌクレオシド基は、2個の2'−修飾5−メチルウリジンもしくはウリジン残基を含み、ここで、2'−修飾体は、2'−OTBDMS、2'−OMe、2'−F、2'−O−CH2−CH2−O−Meまたは2'−O−アルキルアミノ誘導体であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４２】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有することを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４３】
前記ジヌクレオシド基は、ホスホロチオエート結合、アルキルホスホナート結合またはボラノホスフェート結合を有し；さらに、前記ジヌクレオシド基は、リン原子に関して単一の立体異性体であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４４】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は、3'−5'結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方製法。
【請求項１４５】
前記ジヌクレオシド基のヌクレオシド残基間の結合は2'−5'結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４６】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、D−リボースもしくはD−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、非天然かつ非ホスフェート性であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【請求項１４７】
前記ジヌクレオシド基は2個のヌクレオシド残基を含み、それらは、それぞれ別異に糖およびヌクレオベースを有しており、ここで、該糖は、L−リボースもしくはL−デオキシリボースであり、該ヌクレオベースは、天然もしくは非天然由来であり；さらに、前記ジヌクレオチド基のヌクレオシド残基間の結合は、MMI、アミド結合またはグアニジニウム結合であることを特徴とする請求項１３５記載の方法。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図１２】
【図４３】
【図２】
【図３】
【図４】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１】
【図１３】
【図１４】
【図１５】
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図２８】
【図２９】
【図３０】
【図３１】
【図３２】
【図３３】
【図３４】
【図３５】
【図３６】
【図３７】
【図３８】
【図３９】
【図４０】
【図４１】
【図４２】
【図４４】
【図４５】
【図４６】
【図４７】
【図４８】
【図４９】
【図５０】
【図５１】
【図１２】
【図４３】
【公表番号】特表２００７−５３１７９４（Ｐ２００７−５３１７９４Ａ）
【公表日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２００７−５０７４３１（Ｐ２００７−５０７４３１）
【出願日】平成１７年４月５日（２００５．４．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１１４９０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０９７８１７
【国際公開日】平成１７年１０月２０日（２００５．１０．２０）
【出願人】（５０６３３６７２８）アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＡＬＮＹＬＡＭ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
【公表日】平成１９年１１月８日（２００７．１１．８）
【国際特許分類】
【出願日】平成１７年４月５日（２００５．４．５）
【国際出願番号】ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１１４９０
【国際公開番号】ＷＯ２００５／０９７８１７
【国際公開日】平成１７年１０月２０日（２００５．１０．２０）
【出願人】（５０６３３６７２８）アルニラム ファーマスーティカルズ インコーポレイテッド (13)
【氏名又は名称原語表記】ＡＬＮＹＬＡＭ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．
【Ｆターム（参考）】
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