サンプル媒体上のレチクルマークを用いて、希少細胞のスキャナ画像座標を顕微鏡座標に変換する方法
【課題】物体の位置を取得する方法を提供する。
【解決手段】画像形成システムの第１座標空間が定められ、該第１座標空間における座標が指定される。第２の画像形成システムの第２座標空間が定められ、該第２座標空間における座標が指定される。第１座標空間の指定された座標を用いることにより、座標変換パラメータが計算される。その後、第１座標空間において少なくとも１つの物体の座標が指定され、該物体の第１座標空間座標が第２座標空間における独自の座標に変換される。
【解決手段】画像形成システムの第１座標空間が定められ、該第１座標空間における座標が指定される。第２の画像形成システムの第２座標空間が定められ、該第２座標空間における座標が指定される。第１座標空間の指定された座標を用いることにより、座標変換パラメータが計算される。その後、第１座標空間において少なくとも１つの物体の座標が指定され、該物体の第１座標空間座標が第２座標空間における独自の座標に変換される。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の例示的な実施形態は、画像形成技術に関し、区別できる画像形成システムにわたる血液塗抹標本、生物学的検定法などにおける低密度及び高密度の細胞検出、位置決め、及び識別に関連して特に用途があり、それに関して具体的に説明する。しかしながら、この例示的な実施形態は、さらに、種々の実質的に平坦な表面及びサンプルにおける他の種類の低密度又は高密度特徴の画像形成、位置決め、及び識別、例えば、半導体ウエハの画像形成、流体又は固体薄膜における粒状汚染物の画像形成などに用途があり、そのような画像形成は、印刷技術、電子技術、医療技術その他の科学的及び工学的領域において特に用途が見出されることを理解されたい。
【０００２】
本明細書は、２００２年１０月１５日に出願された米国特許連続番号第１０／２７１，３４７号の一部継続出願である、２００３年７月９日に出願された米国特許連続番号第１０／６１６，３６６号の一部継続出願である。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
物体の位置を取得する方法が提供される。画像形成システムの第１座標空間が定められ、該第１座標空間における座標が指定される。第２の画像形成システムの第２座標空間が定められ、該第２座標空間における座標が指定される。第１座標空間の指定された座標を用いることにより、座標変換パラメータが計算される。その後、第１座標空間において少なくとも１つの物体の座標が指定され、該物体の第１座標空間座標が第２座標空間における独自の座標に変換される。
【図面の簡単な説明】
【０００４】
【図１】画像形成装置を示す。
【図２】変形された光ファイバー束を示す。
【図３】変形された光ファイバー束の拡大端面図を示す。
【図４Ａ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図４Ｂ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図４Ｃ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図５】２つの座標空間の間におけるデータの転送を示す。
【図６】フローチャートを示す。
【図７】フローチャートを示す。
【図８】識別された、可能性のある希少細胞を示す。
【図９】付加的な、可能性のある希少細胞を識別する。
【図１０】付加的な制御ボックスを示す。
【図１１Ａ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｂ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｃ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｄ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１２】図１１とは逆方向のＦＡＳＴスキャナ座標変換出力を与える。
【図１３】マーキングシステムが、直接、マーキング材料をスライドに適用する実施形態を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
図１を参照すると、画像形成装置すなわちイメージャ１０が、スライド１６の表面の少なくとも一部の上に配設された生物学的塗抹標本１４のようなサンプル１２を検査する。画像形成装置すなわちイメージャ１０は、微小な又は微視的な物質を検出するために設計されたものである。
【０００６】
サンプル１２は、該サンプル１２を支持する線状に並進可能なトラック２２を含むイメージャ並進ステージ２０（部分的に示す）上に装着される。モータ２４は、歯車機構２６によりトラック２２と連結して、該トラック２２及び支持されたサンプル１２をｙ軸方向（矢印２８により示す）及びｘ軸方向（矢印２９により示す）に沿って並進させる。
【０００７】
引き続き図１を、さらに図２及び図３と関連して参照すると、光ファイバー束４０は、サンプル１２に対して近位にある第１端部４２と、該サンプル１２から遠位にある第２端部４４とを含む。第１端部４２は、長辺がｘ軸方向と一致したほぼ線状の又は高アスペクト比の長方形の入射側アパーチャ４８を定めるように、互いにほぼ平行に配置された複数の第１ファイバー端部４６を含む（図３において概略的に最もよく見られる）。入射側アパーチャ４８は、大きな数の第１光ファイバー端部を含むことが好ましい。１つの適当な実施形態において、各々がおおよそ５０ミクロンの直径を有する４０，０００本のファイバーが用いられ、長辺がおおよそ５ｃｍ、短辺が約０．２ｃｍで、アスペクト比２５：１に相当する。第１ファイバー端部４６は、図３に示すように、規則的なパターンで配置することができる。或いは、第１ファイバー端部を不規則な又は非周期的なアレイに配置し、これは５０ミクロンより大きいか又はこれより小さい直径を有するものとすることができる。第１ファイバー端部４６は、生物学的塗抹標本１４を視認するように、該塗抹標本１４の平面に対してほぼ直角に配向される。
【０００８】
光ファイバー束４０は、第１端部４２と第２端部４４との間で断面の寸法及び形状を「変形」又は変化させて、該第２端部４４において、複数の第２ファイバー端部５０がコンパクトでほぼ円形の出射側アパーチャ５２を定めるようにする（図２において概略的に最もよく見られる）。第１ファイバー端部４６と第２ファイバー端部５０との間には、１対１の対応があり、各々の該第１ファイバー端部が、自身の導波被覆を有する個々の区別できるファイバーにより、該第２ファイバー端部に連結されることが好ましい。或いは、各々のファイバーは、光透過性のファイバーコアだけを含むことができ、周囲／コアの界面は、光を導波するように機能する。
【０００９】
適当な実施形態における走査用放射線（光）源６０は、生物学的塗抹標本１４に印をつける際に用いられる物質を励起するように選択された波長又は波長範囲の励起光（放射線ビーム）６４を生成するレーザー６２を含む。励起光６４は、電気入力に応答して回転する（曲線の矢印６８により示される）反射面を有する検流計６６により角度方向に走査される。任意の合焦レンズ７０は、角度方向に走査された励起光６４をサンプル１２上に、より具体的には、生物学的塗抹標本１４の上に合焦する。検流計６６により生成された角度方向の走査は、入射側アパーチャ４８の下に、該入射側アパーチャ４８の長辺と平行に配置された線状の軌道７４に沿って、生物学的塗抹標本１４上で励起光を線状に掃引又は走査（矢印７２で示される）するように並進する。
【００１０】
電子制御ユニット８０は、検流計６６及び並進ステージ２０と通信して、放射線ビーム６４の線状の掃引又は走査７２を調整する。
【００１１】
放射線ビーム６４の入射角が入射側アパーチャ４２の収集角θより大きいため、鏡面反射放射線は、該入射側アパーチャ４２によっては収集されない。
【００１２】
励起ビーム６４が入射側アパーチャ４８に平行で、典型的には該入射側アパーチャ４８の下にある軌道７４に沿って掃引するのに伴い、近位にある１つ又は数個の第１ファイバー端部４６が、光ファイバー束４０によりコンパクトな出射側アパーチャ５２に通された特性ルミネセンスを収集する。
【００１３】
１つの適当な実施形態においては、遮断フィルタ９４は、放射線ビーム６４の中心波長と一致する反射ピークが用いられた干渉フィルタである。この構成された実施形態においては、第１レンズ９２は、出射側アパーチャ５２から放射する光を±１０°内の角発散にまでコリメートするという周知の光学設計方法を用いて設計されたレンズの組み合わせを含む。
【００１４】
第２レンズ９６は、コリメートされた収集光を光検出器装置９８の上に合焦する。コンパクトな出射側アパーチャ５２を合焦光学系９２、９６、光検出器９８と組み合わせることにより、空間的に分配された線状の入射側アパーチャ４８のための信号検出がもたらされる。
【００１５】
電子制御ユニット８０は検流計６６及び並進顕微鏡ステージ２０と通信して、サンプルを横切る放射線ビーム６４をラスタリングする。特性ルミネセンスは入射側アパーチャ４８により収集され、光学ファイバー束４０により出射側アパーチャ５２に通され、信号検出器９０により検出される。電子制御ユニット８０は、検出された信号を光検出器９８から受信し、該検出された信号をサンプル１２上の放射線ビーム６４の位置座標と相関させる。
【００１６】
電子制御ユニット８０は、ビームの掃引位置をｘ軸方向における第１座標として識別し、並進顕微鏡ステージ２０の位置をｙ軸方向における第２直角座標として識別して、収集された特性ルミネセンスの強度がサンプル１２上の位置の関数として空間的に図示されるようにする。
【００１７】
イメージャ１０は、希少細胞の識別には関連のない画像データを蓄積することがある。時々、このノイズは「偽陽性」と考慮することができる。したがって、フィルタ処理手順を、電子制御ユニット８０及び／又はシステム１０の他の要素により実施して、希少細胞とは関係ない情報を排除することができる。
【００１８】
一実施形態においては、画像事象は、調査中の画像事象のピクセル数を数えることにより、非希少細胞の又は希少細胞の画像事象として分類することができる。
【００１９】
別のフィルタ処理の実施形態においては、画像事象の形状を用いて、関連のない情報をフィルタ処理する。
【００２０】
さらに別のフィルタ処理方法は、調査中の画像事象の強度を追跡することである。
【００２１】
上記は、サンプルの走査及び希少細胞の検出を達成することができる速度を増加させるファイバーアレイ走査技術（ＦＡＳＴ）について述べている。大きなサンプルを走査する利点は、偽陽性結果の可能性が特別な関心事である、希少細胞の調査と特に関連する。偽陽性結果は、特定の種類の細胞が、実際には存在する場合であっても、これが見出されなかった場合を示す。
【００２２】
図４Ａないし図４Ｃに注目すると、図４Ａは、スライド１６’’の表面の少なくとも一部の上に配設された生物学的塗抹標本１４’’のようなサンプル１２’’が、図１の入射側アパーチャ４８のような入射側アパーチャを形成する第１端部４２’’より広いことを示している。
【００２３】
スライド１６’’は、識別されて保存されるべき検出された希少細胞の位置情報を取得するのを助ける位置合わせマーク１３０を含む。
【００２４】
並進ステージが矢印１３２（すなわち、図１の矢印２８）の方向に移動されると、第１端部４２’’の入射側アパーチャは、前述されたレーザー走査工程と併せて、サンプル１２’’の第１部分１３４内の蛍光細胞を検出して識別するように働く。並進ステージは、第１部分１３４の全面積が図４Ｂに示されるように走査されるまで継続する。
【００２５】
この工程に基づいて、細胞１３５、１３６、１３８、１３９が検出される。並進ステージが、サンプル１２’’を図４Ｂに示される位置まで移動させると、該並進ステージ２０’は、ｘ軸方向（矢印１４０）に移動されて、サンプルの第２部分１４２が、図４Ｂに示されるように、第１端部４２ＮＮの入射側アパーチャの下になるように該サンプルを調整する。その後、並進ステージ２０’は、矢印１４４により示される方向に移動されて、第２部分１４２を走査する。
【００２６】
幾つかの場合においては、走査されたサンプルは、関心のある細胞の識別及び局部化に続いて処理を必要とすることがある。この時点では、サンプルは、これらの付加的な動作のために除去されることがある。
【００２７】
他の場合においては、さらに別の調査を画像形成システム自体の一部として担うという利点が存在する。したがって、本適用例のシステムは、図４Ｃに示されるように、制御装置８０は、サンプル細胞１３５ないし１３９の場所又は位置情報を、自動蛍光顕微鏡のような自動高解像度装置１４６に与えるというさらに別の実施形態を含む。走査工程が完了すると（又はこの工程中に）、自動高解像度装置１４６には、細胞の位置情報が与えられ、該装置は移動して、この細胞をより詳細に調査するように作動させられる。
【００２８】
幾つかの適用例においては、ＦＡＳＴ走査方法を用いることは、蛍光顕微鏡のような高解像度視認装置によって、さらに調査されるべき、可能性のある希少細胞を取得する際に利点を有する。このような装置は、ＦＡＳＴ走査システムの中に組み込むことができる。或いは、より高い解像度の装置を、別の場所で見出すことができ、したがって、サンプル１２’’（１２）は、さらに別の調査のために、物理的に移動されることになる。
【００２９】
独自の区別できる座標空間を有する画像形成システム間でデータを転送する問題を、さらに具体的に示すために、図５に注目されたい。レチクルマークは、源レチクルマーク１５０ａ、ｙ軸レチクルマーク１５０ｂ、及びｘ軸レチクルマーク１５０ｃを含む。これらのマークは、直角三角形のおおよそ頂点に配置される。ＦＡＳＴ走査システム１０は、次いで、その走査工程を行い、物体１５２（可能性のある希少細胞）を検出する。その後、レチクルマーク１５０ａないし１５０ｂ及び物体１５２の位置情報が取得される。例えば、物体１５２は、この第１座標空間においては、位置（ａ，ｂ）として求めることができる。この工程に続いて、サンプル１２は、図４Ｃの顕微鏡１４６のような高解像度システムに移動される。第２の座標空間へのこの移動中に、サンプル１２は、回転されて、異なる尺度で表示され、シフトされ、歪められ、或いは別の方法で移動により影響されることになる。
【００３０】
１つの例示的な実施形態においては、サンプル上の位置合わせ（レチクル）マークを用いて、希少細胞のスキャナ画像座標を、高解像度装置（例えば、顕微鏡）座標に変換する方法及びシステムが述べられる。変換工程は、周知の非線形欠陥を変換することを含む線形手順である。この方法の一般化された作動フローは、図６のフローチャート１６０により示される。ステップ１６２において、レチクルマーク及び生物学的塗抹標本を含むサンプルが、図１ないし図３のＦＡＳＴ走査システムのような希少細胞走査システムの中に搭載される。ＦＡＳＴ走査システムの作動は、レチクルマーク及び可能性のある希少細胞を含む画像を生成する。この時点において、このシステムの作動は、識別された、可能性のある希少細胞の位置情報、並びに、サンプルの源及びｘ、ｙレチクルについての位置情報を生成する、１６４。任意的に、生成された画像は、後の使用のために、希少細胞（サンプルとも呼ばれる）画像ファイルとして格納することができる。
【００３１】
次に、ユーザは、画像データ情報をスキャナ座標空間から高解像度座標空間に変換する工程を始める座標変換手順を開始する、１６６。一実施形態においては、ステップ１６６の座標変換手順は、ユーザが変換プロセスと対話することを可能にするインターフェースを有するコンピュータ装置上のソフトウェアの一部として実施される。ステップ１６８においては、スキャナ座標空間の画像ピクセル空間におけるサンプルの源及びｘ、ｙレチクルマークに対する場所が指定される。
【００３２】
サンプル又は希少細胞画像ファイルは、ＦＡＳＴ走査システムから高解像度装置、すなわち顕微鏡に転送される、１７０。転送が行われると、高解像度装置に対する周知の位置検出工程は、高解像度座標空間内のサンプルの源及びｘ、ｙレチクルマークの場所を指定する、１７２。
【００３３】
ＦＡＳＴ走査工程は、ここで、スキャナ座標空間から高解像度装置座標空間への変換のために座標変換パラメータを計算する。具体的には、システムは、スキャナ座標空間の場所及び高解像度座標空間におけるサンプルのｘ軸及びｙ軸のずらされたシフト、回転、歪みその他の位置的な差異のすべてを求める、１７４。スキャナ座標空間からの情報を用いることにより、可能性のある希少細胞の場所が指定される、１７６。この情報が、ＦＡＳＴスキャナの座標変換工程の中に入射される。その後、このシステムは、前にステップ１７４において求められた座標変換パラメータを適用して、このスキャナ座標を高解像度装置座標に変換する、１７８。この情報を用いることにより、高解像度装置のｘ−ｙステージを、対応する疑わしい希少細胞の顕微鏡座標まで並進させる、１８０。
【００３４】
ステップ１７６ないし１８０は、複数の可能性のある希少細胞に対して繰り返すことができる。或いは、この工程は、ステップ１７６において複数の場所を一度に指定して、１７８における座標変換工程の適用がすべての指定された場所を処理するように設計することができる。その後、顕微鏡ステージの並進は、可能性のある希少細胞の場所を一度に１つずつ指定する必要なしで、第１の検出場所から次の検出場所まで自動的に移動する。
【００３５】
図７を参照すると、サンプル画像の生成、及び源、ｘ、ｙレチクルマーク、及び可能性のある希少細胞の位置決めを含む、図６のステップ１６４に関連する、より詳細なものが示される。ユーザには、画像のカスタマイズ化を可能にするインターフェースが与えられる、１９０。ステップ１９２においては、ユーザはシステムが受け取るデータを定める。例えば、走査速度、及び検出器により受け取られることになる光の程度について定めることができる。ユーザは、次いで、ステップ１９４において、表示されるべき画像のしきい値及び／又はコントラストを定めることができる。画像が表示されると、ユーザには、マーキング機構が与えられ、１９６、したがって、関心のある、可能性のある希少細胞が電子的に印付けされることになる。ステップ１９８においては、ユーザは、後に再検査するため、及び／又は、高解像度の視認工程において用いるために、画像を画像ファイルとして格納するという選択肢を有する。
【００３６】
図８及び図９は、図１ないし図３のＦＡＳＴ走査システムにより生成された、表示された、関心のある、可能性のある希少細胞の例示的な画像を示す。図８は、ユーザが様々な細胞を識別し、マーキング機構、すなわち、マウスのようなものであるか、又はその他の周知の指示及びマーキング機構を用いた画像２００を示す。このシステムは、関心のある細胞の周りに円２０２を生成し、その細胞を識別するために関連のある番号をさらに付ける。一実施形態においては、ユーザは、番号及び／又は円のカラー符号化を用いることができることが興味深い。例えば、細胞１、１３、及び１５ないし１８は、赤色の円で指定され、細胞４及び１２は緑色の円で指定され、細胞１４は青色で指定される。色は、あらゆる識別特性を表すことができる。一例においては、赤色が最も関心のあるものであり、緑色が二次的なものであり、青色が最低の関心のものとすることができる。
【００３７】
図９を参照すると、第１の画像と同様な画像２０６が示されている。これにおける主な違いは、コントラストレベルを増加させた結果が示されていることであり、したがって、より激しい光が蛍光結合により生成される。ページの底部近くにおいて、物体２０８は、さらに別の調査に指定されていないことに注目されたい。
【００３８】
図１０を参照すると、図７のインターフェース制御システムに用いることができるユーザインターフェース２１０の前面が示されている。具体的には、ユーザは、光が獲得される場所、すなわち、メインチャネル２１２、サイドチャネル２１４、又はこれら２つの組み合わせ２１６から選択することができる。さらに、スライドバー２１８、２２０、及び２２が与えられて、他にも項目はあるが、選択されたしきい値及びコントラストレベルに応じて、戻された画像をカスタマイズする能力をユーザに与える。強度、大きさ、２チャンネルの強度比などは、制御装置を開発することができる他の特性である。
【００３９】
画像が検出され格納されると、画像ファイル（すなわち、サンプル画像）を、図７のステップ１９８におけるように保存することができる。この画像ファイル（例えば、希少細胞の画像ファイル）は、次に、顕微鏡システムに用いることができるようになる。
【００４０】
図１１Ａないし図１１Ｄ、及び関連する説明は、希少細胞スキャナ画像座標のような第１座標から、顕微鏡座標のような第２座標に変換するのに用いることができる座標変換システム２３０を述べる。しかしながら、述べられるプロセスは、画像データが、区別できる座標空間を有する画像形成システム間で転送される他の適用例にも適用可能であることを理解されたい。
【００４１】
座標変換システム２３０は、様々な入力ブロック及び出力ブロックを含み、これらの機能は、以下により詳細に述べられる。図１の上方においては、スキャナ入力ブロック２３２、スキャナパラメータブロック２３４、２３６、顕微鏡入力ブロック２３８、及び顕微鏡パラメータブロック２４０、２４２、２４４が示される。座標変換システム２３０の下方部分は、スキャナ画像ヒットデータブロック２４６、シフトされたスキャナ座標ブロック２４８、及び回転されたスキャナ座標ブロック２５０を含む。さらに、前のブロックからデータを受け取るように構成された独立座標ブロック２５２が含まれる。その後、独立座標ブロック２５２は、歪められ換算された顕微鏡座標ブロック２５４、及び変換された顕微鏡座標ブロック２５８についての位置データを生成するように機能する回転された顕微鏡座標ブロック２５６を含む顕微鏡ブロックにより用いられる。前述のブロック部品２４６ないし２５８の下の最初の３行は、システムの適切な作動の視覚的な検証のために与えられることが理解される。具体的には、入力ブロック２３２の中に挿入される値は、画像ヒットデータブロック２４６の最初の３行のものと同じ値になる。その後、すべてのパラメータ及び値が入れられ、システムがその作動を行ったときには、変換された顕微鏡座標ブロック２５８の最初の３行におけるデータは、顕微鏡入力ブロック２３８におけるものと同じになり、適切な変容工程を確実にする。
【００４２】
画像ヒットデータブロック２４６の入力部２６０及び２６２は、ユーザがスキャナの作業空間に位置データを入れることを可能にし、次いで、システムの作動を通して、顕微鏡座標空間における位置データを生成する。この工程の詳細は、以下の段落において展開される。
【００４３】
図１１Ａに示されるように、部品の特定の配置は、これらの例示的な実施形態の概念に対する限定因子として意図されるものではないことが理解される。それどころか、このシステムは、図１１Ａとは異なる構成で設計することができ、さらに図１１Ａの表現を変更することもできる。
【００４４】
図１１Ａを続けて参照すると、座標変換システム２３０には、如何なる値も入れられていない。しかしながら、入力ブロック２３２は、（ｉ）源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）、（ｉｉ）ｙレチクル（ｙｒｅｔｉｃｌｅ）、（ｉｉｉ）ｘレチクル（ｘｒｅｔｉｃｌｅ）、及び（ｉｖ）サンプルの大きさ（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）について希少細胞スキャナから取得されるｘ座標及びｙ座標（値）を受け取るように設計される。この情報を挿入すると、座標変換システム２３０は、入力ブロック２３２の希少細胞スキャナの位置情報を、独立座標システムの位置情報に変換するパラメータ値を生成する。具体的には、ブロック２３４において、スキャナベースの座標空間内のサンプルのｘ位置及びｙ位置におけるあらゆるシフトを識別するパラメータは、以下により見出される。
（１）ｙｓｈｉｆｔ（ｘ）＝ｙｒｅｃｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（２）ｙｓｈｉｆｔ−（ｙ）＝ｙｒｅｃｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ
（３）ｘｓｈｉｆｔ（ｘ）＝ｘｒｅｃｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（４）ｘｓｈｉｆｔ（ｙ）＝ｘｒｅｃｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２３４の−１０、１２５０、−３９０、１０）
【００４５】
サンプルがシフトした角度は、ラジアンで、以下により見出され、
（５）ａｎｇ＝−ＡＴＡＮ２（ｘｓｈｆｔ ｘ，ｘｓｈｆｔ ｙ）、（例えば、ブロック２３４の−３．１１５９６）
ラジアン角度シフトは、以下により度に変換される。
（６）ａｎｇ＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ａｎｇ）、（例えば、ブロック２３４の−１７８．５３１）
【００４６】
ｘレチクル及びｙレチクルに対する回転パラメータは、角度の正規化（「ｎｒｍｉｚ」）及びスキャナシステムにおけるサンプルのあらゆる歪みの解消（「ｄｓｑｕ」）と併せて、ブロック２３６におけるパラメータを通して与えられる。これらのパラメータは、
（７）ｒｙ（ｘ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（８）ｒｙ（ｙ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））、（例えば、ブロック２３６の４２．０３７４７、−１２４９．３３）
により、ｘ軸方向におけるｙレチクルの回転（ｒｙ（ｘ））及びｙ軸方向におけるｙレチクルの回転（ｒｙ（ｙ））を定める。
【００４７】
ｘ軸方向におけるｘレチクルの回転（ｒｘ（ｘ））及びｙ軸方向におけるｘレチクルの回転（ｒｘ（ｙ））は、
（９）ｒｘ（ｘ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））、
（１０）ｒｘ（ｙ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））＋ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））、（例えば、ブロック２３６の３９０．１２８２、１．２１Ｅ−１３）
により見出される。
ｘ軸方向におけるサンプル（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）の正規化（ｎｒｍｉｚ）は、
（１１）ｎｒｍｉｚ（ｘ）＝ｓｌｉｄｅ．ｍｍ ｘ／ｒｘ’ｘ’
により求められ、ｙ軸方向におけるスライドの正規化は、
（１２）ｎｒｍｉｚ（ｙ）＝ｓｌｉｄｅ．ｍｍ ｙ／ｒｙ’ｙ’（例えば、ブロック２３６の０．０９７４０４、０．０１４８０８）
により求められる。
【００４８】
上述のパラメータ値が求められると、これらは、入力部２６０、２６２で入射される値に対して、座標変換システム２３０の繰り返される作動全体を通して用いられる。サンプルの歪みの解消は、以下により求められる。
（１３）ｄｓｑｕ（ｘ）＝ｒｙ’ｘ’／ｒｙ’ｙ’（例えば、ブロック２３６の−０．０３３６５）
【００４９】
図１１Ｂに示されるように、特定の値（例えば、ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝８５０、ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝１５０など）が入力ブロック２３２に入れられたときには、このシステムは、パラメータ値（例えば、ｙｓｈｉｆｔ（ｘ）−１０、ｙｓｈｉｆｔ（ｙ）＝１２５０を生成して、スキャナ空間における座標を独立座標空間に変容させる。画像ヒットデータブロック２４６を見ると、ｘ及びｙの位置データ（値）は、入力ブロック２３２と同じであり（例えば、８５０、１５０など）、これは、レチクルがスキャナ座標空間内に位置している場所を定める。シフトされたスキャナ座標ブロック２４８は、スキャナシステム（図１の１０）におけるサンプルがシフトされたかどうかを示す。この情報は、前述されたパラメータを用いることにより取得される。より具体的には、源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）のｘ位置及びｙ位置に対するシフトされたスキャナ座標（ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ）は、以下により求められる。
（１４）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｏｒｉｇｉｎ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１５）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｏｒｉｇｉｎ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２４８の最初の行、０、＿０）
【００５０】
ｙレチクルに対して何らかのシフトが生じたかどうかを求めるためには、以下の関係が用いられる。
（１６）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１７）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２４８の２行目、−１０、１２５０）
同様に、ｘレチクルのシフトは、以下により求められる。
（１８）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１９）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ（例えば、ブロック２４８の３行目、−３９０、１０）
回転されたスキャナ座標ブロック２５０においては、スキャナ座標システム内にある間のサンプルの回転（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ）は、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）に対して、以下により求められ、
（２０）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２１）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の最初の行、０、＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により求められ、
（２２）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の２行目における４２．０３７４７、−１２４９．３３）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により求められる。
（２４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２５）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））＋ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の３行目における３９０．１２８２、１．２１Ｅ−１３）
【００５１】
ブロック２３４及び２３６のパラメータ値を、あらゆるシフトされたスキャナ座標２４８又は回転されたスキャナ座標２５０の位置と併せて求めることにより、システムは、次いで、以下の関係を用いて、独立座標ブロック２５２において述べられたように、独立座標の位置決め（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ）を生成できるようになる。具体的には、独立座標空間内のｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）は、以下により見出され、
（２６）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（２７）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の最初の行における０，＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは以下により見出され、
（２８）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（２９）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の２行目における０，−１８．５）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（３０）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（３１）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の３行目における３８，１．７９Ｅ−１５）
【００５２】
先の作動は、スキャナ座標空間とは別個の独立座標空間（すなわち、独立座標ブロック２５２）に対する座標値を生成する。この設計は、これらの独立座標を、次いで、顕微鏡座標空間に変容させることを可能にする。図１１Ｂから分かるように、入力区域２３８には、まだ顕微鏡座標空間の源レチクル、及びｘレチクル及びｙレチクルの指定された場所が与えられていない。この情報が与えられると、システムは、次いで、ブロック２５２の独立座標情報を始点として用いて、歪められ換算された顕微鏡座標（すなわちブロック２５４）と、回転された顕微鏡座標（すなわちブロック２５６）とを生成し、シフトされて（すなわちブロック２５８）、変換された顕微鏡座標ブロック２５８に対する顕微鏡座標パラメータを生成する。
【００５３】
独立空間においては、レチクルの座標は、互いに丁度直角であり、完全な大きさを有し、シフトはされていない。これらの特性は、入力空間又は出力空間のいずれにおいても、必ずしも存在しなければいけないものではない。
【００５４】
図１１Ｃを参照すると、入力ブロックは、源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）、ｙレチクル（ｙｒｅｔｉｃｌｅ）、ｘレチクル（ｘｒｅｔｉｃｌｅ）及びサンプルの大きさ（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）に対して、顕微鏡システムから取得されたｘ座標及びｙ座標を受け取るようにされている。この情報を用いることにより、パラメータの組の式２４０を用いて、ｘ、ｙ軸方向におけるデルタｙレチクル（ｄｌｔａＹｒｅｔ）及び角度の斜辺（ｒ）が、以下を解くことにより求められ、
（３２）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｘ）＝（ｙｒｅｔ ｘ）−（ｏｒｉｇ ｘ）
（３３）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｙ）＝（ｙｒｅｔ ｙ）−（ｏｒｉｇ ｙ）
（３４）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｒ）＝ＳＱＲＴ（ＳＵＭＳＱ（ｄｌｔａＹｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＹｒｅｔ ｙ））（例えば、ブロック２４０の５，１８４０，１８４０．００７）デルタｘレチクル（ｄｌｔａＸｒｅｔ）が、以下を解くことにより求められる。
（３５）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｘ）＝（ｘｒｅｔ ｘ）−（ｏｒｉｇ ｘ）
（３６）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｙ）＝（ｙｒｅｔ ｙ）−（ｏｒｉｇ ｙ）
（３７）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｒ）＝ＳＱＲＴ（ＳＵＭＳＱ（ｄｌｔａＸｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＹｒｅｔ ｙ））（例えば、ブロック２４０の３７７５，−１０，３７７５．０１３）
【００５５】
その後、源、ｙレチクル及びｘレチクルにより、ラジアン及び度で形成された線角であるアルファ、ベータ、及びガンマ値が以下により見出され、
（３８）ａｌｐｈａ（ｒａｄ）＝ＡＴＡＮ２（ｄｌｔａＸｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＸｒｅｔ ｙ）
（３９）ａｌｐｈａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（４０）ｂｅｔａ（ｒａｄ）＝０．５*π＋ＡＴＡＮ２（ｄｌｔａＹｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａｙｒｅｔ ｙ）
（４１）ｂｅｔａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ｂｅｔａ ｒａｄ）
（４２）ｇａｍａ（ｒａｄ）＝ａｌｐｈａ ｒａｄ）−（ｂｅｔａ ｒａｄ）
（４３）ｇａｍａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（’ｇａｍａ’ ｒａｄ）（例えば、ブロック２４２の−０．００２６５、−０．１５１７８、３．１３８８７５、１７９．８４４３、−３．１４１５２、−１７９．９９６）ここで、ｄｌｔａＸｒｅｔはｘレチクルのデルタを表わし、ｄｌｔａＹｒｅｔはｙレチクルのデルタを表す。
【００５６】
さらにパラメータに注目すると、顕微鏡座標変換に対するサンプルの水平方向の換算（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）、垂直方向の換算（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）、ｔａｎＧａｍａ方向の換算（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ）は、以下により見出される。
（４４）ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＝（ｄｌｔａＸｒｅｔ’ｒ’）／ｓｌｉｄｅ．ｍｍＸ （４５）ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ（ｄｌｔａＹｒｅｔ’ｒ’）*ＣＯＳ（’ｇａｍａ’ｒａｄ）／ｓｌｉｄｅ．ｍｍＸ
（４６）ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ＝ＴＡＮ（’ｇａｍａ’ｒａｄ）（例えば、ブロック２４４の９９．３４２４５、−９９．４５９８、６．８４Ｅ−０５）
【００５７】
続けて図１１Ｃに注目すると、顕微鏡入力部分２３８の中に値を挿入することにより、独立座標空間の特定の座標点の変換に用いられるべき対応するパラメータが、ここで、顕微鏡座標空間への転送のために取得されることになる。
【００５８】
この情報を用いることにより、システムは、次いで、歪められ換算された顕微鏡座標ブロック２５４の歪められ換算された顕微鏡座標に対する値、回転された顕微鏡座標ブロック２５６における回転された顕微鏡座標に対する値、及び変換された顕微鏡座標ブロック２５８におけるシフトされた顕微鏡座標パラメータに対する値を生成する。
【００５９】
ブロック２５４に注目すると、座標変容工程に用いられるべきサンプルの歪められ換算された顕微鏡座標（ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ）は、以下によりｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルに対して見出され、
（４７）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＋ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（４８）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の最初の行における０，＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により見出され、
（４９）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）＋ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（５０）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の２行目における０．１２５８３、１８４０．０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（５１）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）＋（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ）） （５２）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の３行目における３７７５．０１、−１．８Ｅ−１３）
【００６０】
顕微鏡座標空間におけるサンプルの回転を求めるために（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ）（ブロック２５６）、以下の式が適用され、ここでは、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルは、以下により見出され、
（５３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の最初の行における０，０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により見出され、
（５５）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５６）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の２行目の５、１８４０）
最後に、ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（５７）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５８）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の３行目の３７７５、−１０）
【００６１】
このデータを用いることにより、ｘ軸方向及びｙ軸方向における変換された顕微鏡座標パラメータ（ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ）（ブロック２５８）を、以下により、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルに対して取得することができ、
（５９）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６０）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の最初の行の−７０５、１０９０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により取得することができ、
（６１）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６２）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の２行目の−７００、２９３０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により取得することができる。
（６３）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６４）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の３行目の３０７０、１０８０）
【００６２】
上述の座標変換パラメータが取得されたことにより、ユーザは、次に、直接であるか又は自動的に、図９及び図１０に示されるもののような物体（例えば、可能性のある希少細胞）に対する希少細胞スキャナ座標を入射することができる。これらの物体に対するｘ座標及びｙ座標は、それぞれ、図１１Ｄの列２６０、２６２の中に入れられる。このシステムは、次いで、或る物体のｘ及びｙの希少細胞スキャナ座標（例えば、ｘ＝１０００、ｙ＝２１３２）を独立座標空間座標（例えば、ｘ＝−１６．１６３６、ｙ＝−２９．３９６６）に変換し、その後、顕微鏡座標空間座標（例えば、ｘ＝−２３０２．７９、ｙ＝４０１８．０１９）に変換する。
【００６３】
或る物体（ｏｂｊｅｃｔ １−ｏｂｊｅｃｔ＋ｎ）の入れられた座標（ｘ＝１０００及びｙ＝２１３２）値（ｖａｌｕｅ（ｘ）、ｖａｌｕｅ（ｙ））の変換を達成する方法が、ここで、以下により詳細に述べられる。これらの値に対して列２６０及び２６２に挿入されたシフトされたスキャナ座標（ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ）は、以下によるものである。
（６５）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｖａｌｕｅ（ｘ）−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（６６）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｖａｌｕｅ（ｙ）−ｏｒｉｇｉｎ ｙ
【００６４】
ｘ軸方向及びｙ軸方向における物体の回転されたスキャナ座標（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ）は、以下により見出される。
（６７）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（６８）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））
【００６５】
与えられた関係を用いることにより、ｘ軸方向及びｙ軸方向における入れられた座標の独立座標（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ）は、以下により見出される。
（６９）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（７０）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’
【００６６】
取得された独立座標から、列２６０及び２６２に入射されたｘ座標及びｙ座標に対する歪められ換算された顕微鏡座標（ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ）が以下により見出される。
（７１）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＋（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ１）（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（７２）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）
その後、列２６０及び２６２におけるｘ値及びｙ値に対する回転された顕微鏡座標（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ）が、以下により求められる。
（７３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））
（７４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））
【００６７】
最後に、列２６０及び２６２からの値が、以下により、最終的に、ｘ軸方向及びｙ軸方向における顕微鏡座標空間に変換される（ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ）。
（７５）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（７６）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）
【００６８】
したがって、上述の方法は、第１座標空間における座標点を第２座標空間における座標点に変容させることを可能にする。上の説明は、希少細胞画像スキャナから顕微鏡座標空間への変容に着目されたが、座標変換システム２３０は、この実施に限定されるものではない。それどころか、このシステムは、区別できる画像形成システムの座標空間の間での変換に用いることができる一般化された平坦な物体位置の位置決め工程を教示するように考慮される。
【００６９】
述べられたシステムは、直角三角形のほぼ頂点に配置されたレチクルマークのような少なくとも３つのマークをもつ物体ホルダ（例えば、スライド／サンプル）を利用する。第１の画像形成装置は、次いで、第１座標空間を定め、該第１座標空間におけるレチクルマークが指定される。次に、サンプル又はサンプル画像が、第２の座標空間を定める第２の画像形成装置に与えられ、レチクルマークがこの第２座標空間に指定される。第１座標空間及び第２座標空間からのこれらの指定されたレチクルマークの座標を用いることにより、座標変換パラメータに対する値が計算されて、変容工程を行うのに用いられる。開示される機構は、異なる、おそらくは不完全な座標空間をもつ２つの装置の走査速度がこれらの工程方向に対して垂直ではなくても、及び物体ホルダが不注意に回転されるか、歪められるか、或いは別の方法により動かされたとしても、これらが共に作動することを可能にする。
【００７０】
上の説明においては、源レチクル及びｘレチクルを用いて水平方向軸を定め、該源レチクル及びｙレチクルを用いて水平方向軸を定めた。もちろん、この説明は、この設計に限定されるものではなく、他の軸構成を用いることができる。述べられたステップは、第１座標空間の位置情報の独立座標空間に対するシフトの解消、回転の解消、及び歪みの解消を含むように挙げられた。このシステムは、次いで、独立座標空間の情報を、顕微鏡（又は目標）座標空間に歪め、回転し、かつシフトする。これらのステップは、述べられた順番で行う必要はなく、他のステップを用いてサンプルの位置を求めることもできる。
【００７１】
システム２３０は、図１２に示されるように、逆方向で作動するように十分にモジュール化される。具体的には、或る物体の座標が第２座標空間（すなわち、顕微鏡ヒットデータブロック）に配置され、図１１Ａないし図１１Ｄに関連して前述されたように、座標情報の挿入により、この工程は、この情報を第１座標空間（すなわち、変換された画像座標ブロック）に戻すように変換する。
【００７２】
図１２におけるような逆方向における工程を可能にするこのシステムのモジュール性をより完全に説明するために、図１１Ａ及び図１２の間の比較をする。図１２においては、種々の入力ブロックの識別がわずかに変化されている。具体的には、「スキャナ」ブロックであったものが、ここでは、「顕微鏡」情報を保持するか又は生成するように識別されている。したがって、これらのブロックは、「素数（Ｎ）」として識別される。例えば、図１１Ａにおいては、入力ブロック２３２は、（ｉ）源レチクル、（ｉｉ）ｙレチクル、（ｉｉｉ）ｘレチクル、及び（ｉｖ）サンプルの大きさに対して、希少細胞（ＦＡＳＴ）スキャナから取得されたｘ座標及びｙ座標を保持するか又はこれが入射されたとして識別される。図１２におけるブロック２３２Ｎは、同様の情報を保持するが、これは顕微鏡座標システムからのものである。この情報は、図１１Ａのパラメータブロック２３４及び２３６に述べられた、述べられた関係により用いられる。同じ関係が用いられるため、ブロック２３４及び２３６は、図１２におけるものと同じように番号が付けられることに注意されたい。図１２の入力ブロック２３８Ｎは、図１１Ａの２３８と同じ入力区域を含むが、これは、スキャナ画像座標システムに関連するデータに対するものである。この情報は、図１１Ａないし図１１Ｄと関連して述べられたものと同じ関係を含むパラメータブロック２４０、２４２、及び２４４に用いられる。
【００７３】
同様に、図１２のブロック２４６Ｎ、２４８Ｎ、及び２５０Ｎは、図１１Ａないし図１１Ｄのスキャナ列２４６、２４８、及び２５０と相関する顕微鏡座標システム列である。列２４８及び２５０においては、この関係は、図１１Ａないし図１１Ｄの説明に述べられたものと同じであるが、入射される値は、列２４６Ｎの顕微鏡ヒットデータ値になることに注意されたい。
【００７４】
図１２の独立座標列２５２Ｎは、さらに、図１１Ａないし図１１Ｄの独立座標列２５２と対応する。ここでも、与えられる値は、顕微鏡座標システムからのものであるという区別がある。前述の列に関する説明におけるように、歪められ換算された画像座標列２５４Ｎ、及び回転された画像座標列２５６Ｎに対しても同様の観察がなされる。最後に、列２５８Ｎは、スキャナ座標空間における変換された画像座標を示す。
【００７５】
したがって、このモジュール化システムは、ユーザに対して、単一方向における変容を可能にするだけではなく、２つの座標空間での伝達を可能にする。
【００７６】
図１１Ａないし図１１Ｄ及び図１２のシステム２３０は、ほぼ自動化された作動として設計される。ユーザは、座標情報をブロック２３２及び２３８に入射して、その後、関心のある物体の位置情報を列２６０及び２６２に入れるだけでよい。その後、システムは、自動的に、変換された顕微鏡座標データを与える。
【００７７】
述べられたシステムは、情報の入力を完全に自動化するように設計できることを認識されたい。具体的には、サンプルを画像形成システムに入力することは、該画像形成システムが、ブロック２３２に対する座標位置に関する情報を取得して、自動的にこの情報をソフトウェアプログラムの中に挿入することを可能にする。その後、例えば、図４Ａないし図４Ｃに示されるような通常の伝送工程により、サンプルは、自動的に、顕微鏡システムのようなより高い解像度の装置に移動され、顕微鏡環境における位置が自動的に求められ、さらに、ブロック２３８の中に入れられる。その後、関心のある物体の位置データが、自動的に、ブロック２６０、２６２に与えられる。
【００７８】
さらに、図８及び図９に関する実施形態に戻ると、円形の画像２０２が電子スクリーン画像上に示される。本実施形態においては、さらに、サンプル自体上の物理的なマーキングを表すことが意図されることを認識されたい。具体的には、図１３に示されるように、自動マーキングシステム２６０は、スライド２６４上に直接マーク２６２（円形その他の形態で）を与えるように移動されて位置させられる。マークは、関心のある物体２６６と関連して置かれる。このシステムを用いることにより、関心のある物体の位置に関する恒久的な記録が取得される。顕微鏡システムによる物体の位置決めに対して述べられたものと同じ方法により、印刷のための場所が印刷装置において求められる。マーキングシステムは、十分に小さい量を、ガラスのような適切な基板上に印刷することができるあらゆる周知のマーキングシステムとすることができる。適切なマーキングシステムの例は、とりわけ、圧電プリンタ、音響プリンタ、又はレーザプリンタとすることができる。この印刷工程を用いる利点は、サンプルが、印刷に続いて、物体の場所のデータファイルを伴う必要がないことである。このことは、自動化されていない臨床環境において有益性が見出される実施とすることができる。
【００７９】
本実施形態の別の態様は、スキャナにおけるあらゆる周知の（固定された）非線形欠陥を変換工程に含むことである（すなわち、走査の非線形）。リアルタイムの非線形欠陥は、さらに、述べられた位置測定システムがリアルタイムの位置測定を行うようにすることにより、変換工程において対処することができる。
【符号の説明】
【００８０】
１０：イメージャ
１２：サンプル
１４：生物学的塗抹標本
１６：スライド
２０：ステージ
２４：モータ
４０：光ファイバー束
４８：入射側アパーチャ
５２：出射側アパーチャ
６０：走査用放射線源
８０：電子制御ユニット
９０：信号検出器
９８：光検出器
【技術分野】
【０００１】
本発明の例示的な実施形態は、画像形成技術に関し、区別できる画像形成システムにわたる血液塗抹標本、生物学的検定法などにおける低密度及び高密度の細胞検出、位置決め、及び識別に関連して特に用途があり、それに関して具体的に説明する。しかしながら、この例示的な実施形態は、さらに、種々の実質的に平坦な表面及びサンプルにおける他の種類の低密度又は高密度特徴の画像形成、位置決め、及び識別、例えば、半導体ウエハの画像形成、流体又は固体薄膜における粒状汚染物の画像形成などに用途があり、そのような画像形成は、印刷技術、電子技術、医療技術その他の科学的及び工学的領域において特に用途が見出されることを理解されたい。
【０００２】
本明細書は、２００２年１０月１５日に出願された米国特許連続番号第１０／２７１，３４７号の一部継続出願である、２００３年７月９日に出願された米国特許連続番号第１０／６１６，３６６号の一部継続出願である。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
物体の位置を取得する方法が提供される。画像形成システムの第１座標空間が定められ、該第１座標空間における座標が指定される。第２の画像形成システムの第２座標空間が定められ、該第２座標空間における座標が指定される。第１座標空間の指定された座標を用いることにより、座標変換パラメータが計算される。その後、第１座標空間において少なくとも１つの物体の座標が指定され、該物体の第１座標空間座標が第２座標空間における独自の座標に変換される。
【図面の簡単な説明】
【０００４】
【図１】画像形成装置を示す。
【図２】変形された光ファイバー束を示す。
【図３】変形された光ファイバー束の拡大端面図を示す。
【図４Ａ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図４Ｂ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図４Ｃ】より高い解像度の調査に対する実施形態を示す。
【図５】２つの座標空間の間におけるデータの転送を示す。
【図６】フローチャートを示す。
【図７】フローチャートを示す。
【図８】識別された、可能性のある希少細胞を示す。
【図９】付加的な、可能性のある希少細胞を識別する。
【図１０】付加的な制御ボックスを示す。
【図１１Ａ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｂ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｃ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１１Ｄ】ＦＡＳＴスキャナ座標変換工程の作動を述べるのに用いられる。
【図１２】図１１とは逆方向のＦＡＳＴスキャナ座標変換出力を与える。
【図１３】マーキングシステムが、直接、マーキング材料をスライドに適用する実施形態を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
図１を参照すると、画像形成装置すなわちイメージャ１０が、スライド１６の表面の少なくとも一部の上に配設された生物学的塗抹標本１４のようなサンプル１２を検査する。画像形成装置すなわちイメージャ１０は、微小な又は微視的な物質を検出するために設計されたものである。
【０００６】
サンプル１２は、該サンプル１２を支持する線状に並進可能なトラック２２を含むイメージャ並進ステージ２０（部分的に示す）上に装着される。モータ２４は、歯車機構２６によりトラック２２と連結して、該トラック２２及び支持されたサンプル１２をｙ軸方向（矢印２８により示す）及びｘ軸方向（矢印２９により示す）に沿って並進させる。
【０００７】
引き続き図１を、さらに図２及び図３と関連して参照すると、光ファイバー束４０は、サンプル１２に対して近位にある第１端部４２と、該サンプル１２から遠位にある第２端部４４とを含む。第１端部４２は、長辺がｘ軸方向と一致したほぼ線状の又は高アスペクト比の長方形の入射側アパーチャ４８を定めるように、互いにほぼ平行に配置された複数の第１ファイバー端部４６を含む（図３において概略的に最もよく見られる）。入射側アパーチャ４８は、大きな数の第１光ファイバー端部を含むことが好ましい。１つの適当な実施形態において、各々がおおよそ５０ミクロンの直径を有する４０，０００本のファイバーが用いられ、長辺がおおよそ５ｃｍ、短辺が約０．２ｃｍで、アスペクト比２５：１に相当する。第１ファイバー端部４６は、図３に示すように、規則的なパターンで配置することができる。或いは、第１ファイバー端部を不規則な又は非周期的なアレイに配置し、これは５０ミクロンより大きいか又はこれより小さい直径を有するものとすることができる。第１ファイバー端部４６は、生物学的塗抹標本１４を視認するように、該塗抹標本１４の平面に対してほぼ直角に配向される。
【０００８】
光ファイバー束４０は、第１端部４２と第２端部４４との間で断面の寸法及び形状を「変形」又は変化させて、該第２端部４４において、複数の第２ファイバー端部５０がコンパクトでほぼ円形の出射側アパーチャ５２を定めるようにする（図２において概略的に最もよく見られる）。第１ファイバー端部４６と第２ファイバー端部５０との間には、１対１の対応があり、各々の該第１ファイバー端部が、自身の導波被覆を有する個々の区別できるファイバーにより、該第２ファイバー端部に連結されることが好ましい。或いは、各々のファイバーは、光透過性のファイバーコアだけを含むことができ、周囲／コアの界面は、光を導波するように機能する。
【０００９】
適当な実施形態における走査用放射線（光）源６０は、生物学的塗抹標本１４に印をつける際に用いられる物質を励起するように選択された波長又は波長範囲の励起光（放射線ビーム）６４を生成するレーザー６２を含む。励起光６４は、電気入力に応答して回転する（曲線の矢印６８により示される）反射面を有する検流計６６により角度方向に走査される。任意の合焦レンズ７０は、角度方向に走査された励起光６４をサンプル１２上に、より具体的には、生物学的塗抹標本１４の上に合焦する。検流計６６により生成された角度方向の走査は、入射側アパーチャ４８の下に、該入射側アパーチャ４８の長辺と平行に配置された線状の軌道７４に沿って、生物学的塗抹標本１４上で励起光を線状に掃引又は走査（矢印７２で示される）するように並進する。
【００１０】
電子制御ユニット８０は、検流計６６及び並進ステージ２０と通信して、放射線ビーム６４の線状の掃引又は走査７２を調整する。
【００１１】
放射線ビーム６４の入射角が入射側アパーチャ４２の収集角θより大きいため、鏡面反射放射線は、該入射側アパーチャ４２によっては収集されない。
【００１２】
励起ビーム６４が入射側アパーチャ４８に平行で、典型的には該入射側アパーチャ４８の下にある軌道７４に沿って掃引するのに伴い、近位にある１つ又は数個の第１ファイバー端部４６が、光ファイバー束４０によりコンパクトな出射側アパーチャ５２に通された特性ルミネセンスを収集する。
【００１３】
１つの適当な実施形態においては、遮断フィルタ９４は、放射線ビーム６４の中心波長と一致する反射ピークが用いられた干渉フィルタである。この構成された実施形態においては、第１レンズ９２は、出射側アパーチャ５２から放射する光を±１０°内の角発散にまでコリメートするという周知の光学設計方法を用いて設計されたレンズの組み合わせを含む。
【００１４】
第２レンズ９６は、コリメートされた収集光を光検出器装置９８の上に合焦する。コンパクトな出射側アパーチャ５２を合焦光学系９２、９６、光検出器９８と組み合わせることにより、空間的に分配された線状の入射側アパーチャ４８のための信号検出がもたらされる。
【００１５】
電子制御ユニット８０は検流計６６及び並進顕微鏡ステージ２０と通信して、サンプルを横切る放射線ビーム６４をラスタリングする。特性ルミネセンスは入射側アパーチャ４８により収集され、光学ファイバー束４０により出射側アパーチャ５２に通され、信号検出器９０により検出される。電子制御ユニット８０は、検出された信号を光検出器９８から受信し、該検出された信号をサンプル１２上の放射線ビーム６４の位置座標と相関させる。
【００１６】
電子制御ユニット８０は、ビームの掃引位置をｘ軸方向における第１座標として識別し、並進顕微鏡ステージ２０の位置をｙ軸方向における第２直角座標として識別して、収集された特性ルミネセンスの強度がサンプル１２上の位置の関数として空間的に図示されるようにする。
【００１７】
イメージャ１０は、希少細胞の識別には関連のない画像データを蓄積することがある。時々、このノイズは「偽陽性」と考慮することができる。したがって、フィルタ処理手順を、電子制御ユニット８０及び／又はシステム１０の他の要素により実施して、希少細胞とは関係ない情報を排除することができる。
【００１８】
一実施形態においては、画像事象は、調査中の画像事象のピクセル数を数えることにより、非希少細胞の又は希少細胞の画像事象として分類することができる。
【００１９】
別のフィルタ処理の実施形態においては、画像事象の形状を用いて、関連のない情報をフィルタ処理する。
【００２０】
さらに別のフィルタ処理方法は、調査中の画像事象の強度を追跡することである。
【００２１】
上記は、サンプルの走査及び希少細胞の検出を達成することができる速度を増加させるファイバーアレイ走査技術（ＦＡＳＴ）について述べている。大きなサンプルを走査する利点は、偽陽性結果の可能性が特別な関心事である、希少細胞の調査と特に関連する。偽陽性結果は、特定の種類の細胞が、実際には存在する場合であっても、これが見出されなかった場合を示す。
【００２２】
図４Ａないし図４Ｃに注目すると、図４Ａは、スライド１６’’の表面の少なくとも一部の上に配設された生物学的塗抹標本１４’’のようなサンプル１２’’が、図１の入射側アパーチャ４８のような入射側アパーチャを形成する第１端部４２’’より広いことを示している。
【００２３】
スライド１６’’は、識別されて保存されるべき検出された希少細胞の位置情報を取得するのを助ける位置合わせマーク１３０を含む。
【００２４】
並進ステージが矢印１３２（すなわち、図１の矢印２８）の方向に移動されると、第１端部４２’’の入射側アパーチャは、前述されたレーザー走査工程と併せて、サンプル１２’’の第１部分１３４内の蛍光細胞を検出して識別するように働く。並進ステージは、第１部分１３４の全面積が図４Ｂに示されるように走査されるまで継続する。
【００２５】
この工程に基づいて、細胞１３５、１３６、１３８、１３９が検出される。並進ステージが、サンプル１２’’を図４Ｂに示される位置まで移動させると、該並進ステージ２０’は、ｘ軸方向（矢印１４０）に移動されて、サンプルの第２部分１４２が、図４Ｂに示されるように、第１端部４２ＮＮの入射側アパーチャの下になるように該サンプルを調整する。その後、並進ステージ２０’は、矢印１４４により示される方向に移動されて、第２部分１４２を走査する。
【００２６】
幾つかの場合においては、走査されたサンプルは、関心のある細胞の識別及び局部化に続いて処理を必要とすることがある。この時点では、サンプルは、これらの付加的な動作のために除去されることがある。
【００２７】
他の場合においては、さらに別の調査を画像形成システム自体の一部として担うという利点が存在する。したがって、本適用例のシステムは、図４Ｃに示されるように、制御装置８０は、サンプル細胞１３５ないし１３９の場所又は位置情報を、自動蛍光顕微鏡のような自動高解像度装置１４６に与えるというさらに別の実施形態を含む。走査工程が完了すると（又はこの工程中に）、自動高解像度装置１４６には、細胞の位置情報が与えられ、該装置は移動して、この細胞をより詳細に調査するように作動させられる。
【００２８】
幾つかの適用例においては、ＦＡＳＴ走査方法を用いることは、蛍光顕微鏡のような高解像度視認装置によって、さらに調査されるべき、可能性のある希少細胞を取得する際に利点を有する。このような装置は、ＦＡＳＴ走査システムの中に組み込むことができる。或いは、より高い解像度の装置を、別の場所で見出すことができ、したがって、サンプル１２’’（１２）は、さらに別の調査のために、物理的に移動されることになる。
【００２９】
独自の区別できる座標空間を有する画像形成システム間でデータを転送する問題を、さらに具体的に示すために、図５に注目されたい。レチクルマークは、源レチクルマーク１５０ａ、ｙ軸レチクルマーク１５０ｂ、及びｘ軸レチクルマーク１５０ｃを含む。これらのマークは、直角三角形のおおよそ頂点に配置される。ＦＡＳＴ走査システム１０は、次いで、その走査工程を行い、物体１５２（可能性のある希少細胞）を検出する。その後、レチクルマーク１５０ａないし１５０ｂ及び物体１５２の位置情報が取得される。例えば、物体１５２は、この第１座標空間においては、位置（ａ，ｂ）として求めることができる。この工程に続いて、サンプル１２は、図４Ｃの顕微鏡１４６のような高解像度システムに移動される。第２の座標空間へのこの移動中に、サンプル１２は、回転されて、異なる尺度で表示され、シフトされ、歪められ、或いは別の方法で移動により影響されることになる。
【００３０】
１つの例示的な実施形態においては、サンプル上の位置合わせ（レチクル）マークを用いて、希少細胞のスキャナ画像座標を、高解像度装置（例えば、顕微鏡）座標に変換する方法及びシステムが述べられる。変換工程は、周知の非線形欠陥を変換することを含む線形手順である。この方法の一般化された作動フローは、図６のフローチャート１６０により示される。ステップ１６２において、レチクルマーク及び生物学的塗抹標本を含むサンプルが、図１ないし図３のＦＡＳＴ走査システムのような希少細胞走査システムの中に搭載される。ＦＡＳＴ走査システムの作動は、レチクルマーク及び可能性のある希少細胞を含む画像を生成する。この時点において、このシステムの作動は、識別された、可能性のある希少細胞の位置情報、並びに、サンプルの源及びｘ、ｙレチクルについての位置情報を生成する、１６４。任意的に、生成された画像は、後の使用のために、希少細胞（サンプルとも呼ばれる）画像ファイルとして格納することができる。
【００３１】
次に、ユーザは、画像データ情報をスキャナ座標空間から高解像度座標空間に変換する工程を始める座標変換手順を開始する、１６６。一実施形態においては、ステップ１６６の座標変換手順は、ユーザが変換プロセスと対話することを可能にするインターフェースを有するコンピュータ装置上のソフトウェアの一部として実施される。ステップ１６８においては、スキャナ座標空間の画像ピクセル空間におけるサンプルの源及びｘ、ｙレチクルマークに対する場所が指定される。
【００３２】
サンプル又は希少細胞画像ファイルは、ＦＡＳＴ走査システムから高解像度装置、すなわち顕微鏡に転送される、１７０。転送が行われると、高解像度装置に対する周知の位置検出工程は、高解像度座標空間内のサンプルの源及びｘ、ｙレチクルマークの場所を指定する、１７２。
【００３３】
ＦＡＳＴ走査工程は、ここで、スキャナ座標空間から高解像度装置座標空間への変換のために座標変換パラメータを計算する。具体的には、システムは、スキャナ座標空間の場所及び高解像度座標空間におけるサンプルのｘ軸及びｙ軸のずらされたシフト、回転、歪みその他の位置的な差異のすべてを求める、１７４。スキャナ座標空間からの情報を用いることにより、可能性のある希少細胞の場所が指定される、１７６。この情報が、ＦＡＳＴスキャナの座標変換工程の中に入射される。その後、このシステムは、前にステップ１７４において求められた座標変換パラメータを適用して、このスキャナ座標を高解像度装置座標に変換する、１７８。この情報を用いることにより、高解像度装置のｘ−ｙステージを、対応する疑わしい希少細胞の顕微鏡座標まで並進させる、１８０。
【００３４】
ステップ１７６ないし１８０は、複数の可能性のある希少細胞に対して繰り返すことができる。或いは、この工程は、ステップ１７６において複数の場所を一度に指定して、１７８における座標変換工程の適用がすべての指定された場所を処理するように設計することができる。その後、顕微鏡ステージの並進は、可能性のある希少細胞の場所を一度に１つずつ指定する必要なしで、第１の検出場所から次の検出場所まで自動的に移動する。
【００３５】
図７を参照すると、サンプル画像の生成、及び源、ｘ、ｙレチクルマーク、及び可能性のある希少細胞の位置決めを含む、図６のステップ１６４に関連する、より詳細なものが示される。ユーザには、画像のカスタマイズ化を可能にするインターフェースが与えられる、１９０。ステップ１９２においては、ユーザはシステムが受け取るデータを定める。例えば、走査速度、及び検出器により受け取られることになる光の程度について定めることができる。ユーザは、次いで、ステップ１９４において、表示されるべき画像のしきい値及び／又はコントラストを定めることができる。画像が表示されると、ユーザには、マーキング機構が与えられ、１９６、したがって、関心のある、可能性のある希少細胞が電子的に印付けされることになる。ステップ１９８においては、ユーザは、後に再検査するため、及び／又は、高解像度の視認工程において用いるために、画像を画像ファイルとして格納するという選択肢を有する。
【００３６】
図８及び図９は、図１ないし図３のＦＡＳＴ走査システムにより生成された、表示された、関心のある、可能性のある希少細胞の例示的な画像を示す。図８は、ユーザが様々な細胞を識別し、マーキング機構、すなわち、マウスのようなものであるか、又はその他の周知の指示及びマーキング機構を用いた画像２００を示す。このシステムは、関心のある細胞の周りに円２０２を生成し、その細胞を識別するために関連のある番号をさらに付ける。一実施形態においては、ユーザは、番号及び／又は円のカラー符号化を用いることができることが興味深い。例えば、細胞１、１３、及び１５ないし１８は、赤色の円で指定され、細胞４及び１２は緑色の円で指定され、細胞１４は青色で指定される。色は、あらゆる識別特性を表すことができる。一例においては、赤色が最も関心のあるものであり、緑色が二次的なものであり、青色が最低の関心のものとすることができる。
【００３７】
図９を参照すると、第１の画像と同様な画像２０６が示されている。これにおける主な違いは、コントラストレベルを増加させた結果が示されていることであり、したがって、より激しい光が蛍光結合により生成される。ページの底部近くにおいて、物体２０８は、さらに別の調査に指定されていないことに注目されたい。
【００３８】
図１０を参照すると、図７のインターフェース制御システムに用いることができるユーザインターフェース２１０の前面が示されている。具体的には、ユーザは、光が獲得される場所、すなわち、メインチャネル２１２、サイドチャネル２１４、又はこれら２つの組み合わせ２１６から選択することができる。さらに、スライドバー２１８、２２０、及び２２が与えられて、他にも項目はあるが、選択されたしきい値及びコントラストレベルに応じて、戻された画像をカスタマイズする能力をユーザに与える。強度、大きさ、２チャンネルの強度比などは、制御装置を開発することができる他の特性である。
【００３９】
画像が検出され格納されると、画像ファイル（すなわち、サンプル画像）を、図７のステップ１９８におけるように保存することができる。この画像ファイル（例えば、希少細胞の画像ファイル）は、次に、顕微鏡システムに用いることができるようになる。
【００４０】
図１１Ａないし図１１Ｄ、及び関連する説明は、希少細胞スキャナ画像座標のような第１座標から、顕微鏡座標のような第２座標に変換するのに用いることができる座標変換システム２３０を述べる。しかしながら、述べられるプロセスは、画像データが、区別できる座標空間を有する画像形成システム間で転送される他の適用例にも適用可能であることを理解されたい。
【００４１】
座標変換システム２３０は、様々な入力ブロック及び出力ブロックを含み、これらの機能は、以下により詳細に述べられる。図１の上方においては、スキャナ入力ブロック２３２、スキャナパラメータブロック２３４、２３６、顕微鏡入力ブロック２３８、及び顕微鏡パラメータブロック２４０、２４２、２４４が示される。座標変換システム２３０の下方部分は、スキャナ画像ヒットデータブロック２４６、シフトされたスキャナ座標ブロック２４８、及び回転されたスキャナ座標ブロック２５０を含む。さらに、前のブロックからデータを受け取るように構成された独立座標ブロック２５２が含まれる。その後、独立座標ブロック２５２は、歪められ換算された顕微鏡座標ブロック２５４、及び変換された顕微鏡座標ブロック２５８についての位置データを生成するように機能する回転された顕微鏡座標ブロック２５６を含む顕微鏡ブロックにより用いられる。前述のブロック部品２４６ないし２５８の下の最初の３行は、システムの適切な作動の視覚的な検証のために与えられることが理解される。具体的には、入力ブロック２３２の中に挿入される値は、画像ヒットデータブロック２４６の最初の３行のものと同じ値になる。その後、すべてのパラメータ及び値が入れられ、システムがその作動を行ったときには、変換された顕微鏡座標ブロック２５８の最初の３行におけるデータは、顕微鏡入力ブロック２３８におけるものと同じになり、適切な変容工程を確実にする。
【００４２】
画像ヒットデータブロック２４６の入力部２６０及び２６２は、ユーザがスキャナの作業空間に位置データを入れることを可能にし、次いで、システムの作動を通して、顕微鏡座標空間における位置データを生成する。この工程の詳細は、以下の段落において展開される。
【００４３】
図１１Ａに示されるように、部品の特定の配置は、これらの例示的な実施形態の概念に対する限定因子として意図されるものではないことが理解される。それどころか、このシステムは、図１１Ａとは異なる構成で設計することができ、さらに図１１Ａの表現を変更することもできる。
【００４４】
図１１Ａを続けて参照すると、座標変換システム２３０には、如何なる値も入れられていない。しかしながら、入力ブロック２３２は、（ｉ）源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）、（ｉｉ）ｙレチクル（ｙｒｅｔｉｃｌｅ）、（ｉｉｉ）ｘレチクル（ｘｒｅｔｉｃｌｅ）、及び（ｉｖ）サンプルの大きさ（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）について希少細胞スキャナから取得されるｘ座標及びｙ座標（値）を受け取るように設計される。この情報を挿入すると、座標変換システム２３０は、入力ブロック２３２の希少細胞スキャナの位置情報を、独立座標システムの位置情報に変換するパラメータ値を生成する。具体的には、ブロック２３４において、スキャナベースの座標空間内のサンプルのｘ位置及びｙ位置におけるあらゆるシフトを識別するパラメータは、以下により見出される。
（１）ｙｓｈｉｆｔ（ｘ）＝ｙｒｅｃｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（２）ｙｓｈｉｆｔ−（ｙ）＝ｙｒｅｃｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ
（３）ｘｓｈｉｆｔ（ｘ）＝ｘｒｅｃｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（４）ｘｓｈｉｆｔ（ｙ）＝ｘｒｅｃｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２３４の−１０、１２５０、−３９０、１０）
【００４５】
サンプルがシフトした角度は、ラジアンで、以下により見出され、
（５）ａｎｇ＝−ＡＴＡＮ２（ｘｓｈｆｔ ｘ，ｘｓｈｆｔ ｙ）、（例えば、ブロック２３４の−３．１１５９６）
ラジアン角度シフトは、以下により度に変換される。
（６）ａｎｇ＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ａｎｇ）、（例えば、ブロック２３４の−１７８．５３１）
【００４６】
ｘレチクル及びｙレチクルに対する回転パラメータは、角度の正規化（「ｎｒｍｉｚ」）及びスキャナシステムにおけるサンプルのあらゆる歪みの解消（「ｄｓｑｕ」）と併せて、ブロック２３６におけるパラメータを通して与えられる。これらのパラメータは、
（７）ｒｙ（ｘ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（８）ｒｙ（ｙ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））、（例えば、ブロック２３６の４２．０３７４７、−１２４９．３３）
により、ｘ軸方向におけるｙレチクルの回転（ｒｙ（ｘ））及びｙ軸方向におけるｙレチクルの回転（ｒｙ（ｙ））を定める。
【００４７】
ｘ軸方向におけるｘレチクルの回転（ｒｘ（ｘ））及びｙ軸方向におけるｘレチクルの回転（ｒｘ（ｙ））は、
（９）ｒｘ（ｘ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））、
（１０）ｒｘ（ｙ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ*（ＳＩＮ（ａｎｇ））＋ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ*（ＣＯＳ（ａｎｇ））、（例えば、ブロック２３６の３９０．１２８２、１．２１Ｅ−１３）
により見出される。
ｘ軸方向におけるサンプル（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）の正規化（ｎｒｍｉｚ）は、
（１１）ｎｒｍｉｚ（ｘ）＝ｓｌｉｄｅ．ｍｍ ｘ／ｒｘ’ｘ’
により求められ、ｙ軸方向におけるスライドの正規化は、
（１２）ｎｒｍｉｚ（ｙ）＝ｓｌｉｄｅ．ｍｍ ｙ／ｒｙ’ｙ’（例えば、ブロック２３６の０．０９７４０４、０．０１４８０８）
により求められる。
【００４８】
上述のパラメータ値が求められると、これらは、入力部２６０、２６２で入射される値に対して、座標変換システム２３０の繰り返される作動全体を通して用いられる。サンプルの歪みの解消は、以下により求められる。
（１３）ｄｓｑｕ（ｘ）＝ｒｙ’ｘ’／ｒｙ’ｙ’（例えば、ブロック２３６の−０．０３３６５）
【００４９】
図１１Ｂに示されるように、特定の値（例えば、ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝８５０、ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝１５０など）が入力ブロック２３２に入れられたときには、このシステムは、パラメータ値（例えば、ｙｓｈｉｆｔ（ｘ）−１０、ｙｓｈｉｆｔ（ｙ）＝１２５０を生成して、スキャナ空間における座標を独立座標空間に変容させる。画像ヒットデータブロック２４６を見ると、ｘ及びｙの位置データ（値）は、入力ブロック２３２と同じであり（例えば、８５０、１５０など）、これは、レチクルがスキャナ座標空間内に位置している場所を定める。シフトされたスキャナ座標ブロック２４８は、スキャナシステム（図１の１０）におけるサンプルがシフトされたかどうかを示す。この情報は、前述されたパラメータを用いることにより取得される。より具体的には、源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）のｘ位置及びｙ位置に対するシフトされたスキャナ座標（ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ）は、以下により求められる。
（１４）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｏｒｉｇｉｎ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１５）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｏｒｉｇｉｎ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２４８の最初の行、０、＿０）
【００５０】
ｙレチクルに対して何らかのシフトが生じたかどうかを求めるためには、以下の関係が用いられる。
（１６）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１７）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｙｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｙ（例えば、ブロック２４８の２行目、−１０、１２５０）
同様に、ｘレチクルのシフトは、以下により求められる。
（１８）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｘ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（１９）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｘｒｅｔｉｃｌｅ ｙ−ｏｒｉｇｉｎ ｘ（例えば、ブロック２４８の３行目、−３９０、１０）
回転されたスキャナ座標ブロック２５０においては、スキャナ座標システム内にある間のサンプルの回転（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ）は、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）に対して、以下により求められ、
（２０）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２１）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の最初の行、０、＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により求められ、
（２２）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の２行目における４２．０３７４７、−１２４９．３３）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により求められる。
（２４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（２５）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））＋ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））（例えば、ブロック２５０の３行目における３９０．１２８２、１．２１Ｅ−１３）
【００５１】
ブロック２３４及び２３６のパラメータ値を、あらゆるシフトされたスキャナ座標２４８又は回転されたスキャナ座標２５０の位置と併せて求めることにより、システムは、次いで、以下の関係を用いて、独立座標ブロック２５２において述べられたように、独立座標の位置決め（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ）を生成できるようになる。具体的には、独立座標空間内のｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）は、以下により見出され、
（２６）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（２７）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の最初の行における０，＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは以下により見出され、
（２８）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（２９）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の２行目における０，−１８．５）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（３０）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（３１）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’（例えば、ブロック２５２の３行目における３８，１．７９Ｅ−１５）
【００５２】
先の作動は、スキャナ座標空間とは別個の独立座標空間（すなわち、独立座標ブロック２５２）に対する座標値を生成する。この設計は、これらの独立座標を、次いで、顕微鏡座標空間に変容させることを可能にする。図１１Ｂから分かるように、入力区域２３８には、まだ顕微鏡座標空間の源レチクル、及びｘレチクル及びｙレチクルの指定された場所が与えられていない。この情報が与えられると、システムは、次いで、ブロック２５２の独立座標情報を始点として用いて、歪められ換算された顕微鏡座標（すなわちブロック２５４）と、回転された顕微鏡座標（すなわちブロック２５６）とを生成し、シフトされて（すなわちブロック２５８）、変換された顕微鏡座標ブロック２５８に対する顕微鏡座標パラメータを生成する。
【００５３】
独立空間においては、レチクルの座標は、互いに丁度直角であり、完全な大きさを有し、シフトはされていない。これらの特性は、入力空間又は出力空間のいずれにおいても、必ずしも存在しなければいけないものではない。
【００５４】
図１１Ｃを参照すると、入力ブロックは、源レチクル（ｏｒｉｇｉｎ）、ｙレチクル（ｙｒｅｔｉｃｌｅ）、ｘレチクル（ｘｒｅｔｉｃｌｅ）及びサンプルの大きさ（ｓｌｉｄｅ．ｍｍ）に対して、顕微鏡システムから取得されたｘ座標及びｙ座標を受け取るようにされている。この情報を用いることにより、パラメータの組の式２４０を用いて、ｘ、ｙ軸方向におけるデルタｙレチクル（ｄｌｔａＹｒｅｔ）及び角度の斜辺（ｒ）が、以下を解くことにより求められ、
（３２）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｘ）＝（ｙｒｅｔ ｘ）−（ｏｒｉｇ ｘ）
（３３）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｙ）＝（ｙｒｅｔ ｙ）−（ｏｒｉｇ ｙ）
（３４）ｄｌｔａＹｒｅｔ（ｒ）＝ＳＱＲＴ（ＳＵＭＳＱ（ｄｌｔａＹｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＹｒｅｔ ｙ））（例えば、ブロック２４０の５，１８４０，１８４０．００７）デルタｘレチクル（ｄｌｔａＸｒｅｔ）が、以下を解くことにより求められる。
（３５）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｘ）＝（ｘｒｅｔ ｘ）−（ｏｒｉｇ ｘ）
（３６）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｙ）＝（ｙｒｅｔ ｙ）−（ｏｒｉｇ ｙ）
（３７）ｄｌｔａＸｒｅｔ（ｒ）＝ＳＱＲＴ（ＳＵＭＳＱ（ｄｌｔａＸｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＹｒｅｔ ｙ））（例えば、ブロック２４０の３７７５，−１０，３７７５．０１３）
【００５５】
その後、源、ｙレチクル及びｘレチクルにより、ラジアン及び度で形成された線角であるアルファ、ベータ、及びガンマ値が以下により見出され、
（３８）ａｌｐｈａ（ｒａｄ）＝ＡＴＡＮ２（ｄｌｔａＸｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａＸｒｅｔ ｙ）
（３９）ａｌｐｈａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（４０）ｂｅｔａ（ｒａｄ）＝０．５*π＋ＡＴＡＮ２（ｄｌｔａＹｒｅｔ ｘ，ｄｌｔａｙｒｅｔ ｙ）
（４１）ｂｅｔａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（ｂｅｔａ ｒａｄ）
（４２）ｇａｍａ（ｒａｄ）＝ａｌｐｈａ ｒａｄ）−（ｂｅｔａ ｒａｄ）
（４３）ｇａｍａ（ｄｅｇ）＝ＤＥＧＲＥＥＳ（’ｇａｍａ’ ｒａｄ）（例えば、ブロック２４２の−０．００２６５、−０．１５１７８、３．１３８８７５、１７９．８４４３、−３．１４１５２、−１７９．９９６）ここで、ｄｌｔａＸｒｅｔはｘレチクルのデルタを表わし、ｄｌｔａＹｒｅｔはｙレチクルのデルタを表す。
【００５６】
さらにパラメータに注目すると、顕微鏡座標変換に対するサンプルの水平方向の換算（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）、垂直方向の換算（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）、ｔａｎＧａｍａ方向の換算（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ）は、以下により見出される。
（４４）ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＝（ｄｌｔａＸｒｅｔ’ｒ’）／ｓｌｉｄｅ．ｍｍＸ （４５）ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ（ｄｌｔａＹｒｅｔ’ｒ’）*ＣＯＳ（’ｇａｍａ’ｒａｄ）／ｓｌｉｄｅ．ｍｍＸ
（４６）ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ＝ＴＡＮ（’ｇａｍａ’ｒａｄ）（例えば、ブロック２４４の９９．３４２４５、−９９．４５９８、６．８４Ｅ−０５）
【００５７】
続けて図１１Ｃに注目すると、顕微鏡入力部分２３８の中に値を挿入することにより、独立座標空間の特定の座標点の変換に用いられるべき対応するパラメータが、ここで、顕微鏡座標空間への転送のために取得されることになる。
【００５８】
この情報を用いることにより、システムは、次いで、歪められ換算された顕微鏡座標ブロック２５４の歪められ換算された顕微鏡座標に対する値、回転された顕微鏡座標ブロック２５６における回転された顕微鏡座標に対する値、及び変換された顕微鏡座標ブロック２５８におけるシフトされた顕微鏡座標パラメータに対する値を生成する。
【００５９】
ブロック２５４に注目すると、座標変容工程に用いられるべきサンプルの歪められ換算された顕微鏡座標（ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ）は、以下によりｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルに対して見出され、
（４７）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＋ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（４８）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の最初の行における０，＿０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により見出され、
（４９）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）＋ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（５０）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の２行目における０．１２５８３、１８４０．０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（５１）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ）＋（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ）） （５２）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）（例えば、ブロック２５４の３行目における３７７５．０１、−１．８Ｅ−１３）
【００６０】
顕微鏡座標空間におけるサンプルの回転を求めるために（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ）（ブロック２５６）、以下の式が適用され、ここでは、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルは、以下により見出され、
（５３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の最初の行における０，０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により見出され、
（５５）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５６）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の２行目の５、１８４０）
最後に、ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により見出される。
（５７）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）
（５８）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ）（例えば、ブロック２５６の３行目の３７７５、−１０）
【００６１】
このデータを用いることにより、ｘ軸方向及びｙ軸方向における変換された顕微鏡座標パラメータ（ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ）（ブロック２５８）を、以下により、ｘ軸方向及びｙ軸方向における源レチクルに対して取得することができ、
（５９）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６０）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｏｒｉｇｉｎ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の最初の行の−７０５、１０９０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｙレチクルは、以下により取得することができ、
（６１）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６２）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｙ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の２行目の−７００、２９３０）
ｘ軸方向及びｙ軸方向におけるｘレチクルは、以下により取得することができる。
（６３）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（６４）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ ｘ−ｒｅｔｉｃｌｅ（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）（例えば、ブロック２５８の３行目の３０７０、１０８０）
【００６２】
上述の座標変換パラメータが取得されたことにより、ユーザは、次に、直接であるか又は自動的に、図９及び図１０に示されるもののような物体（例えば、可能性のある希少細胞）に対する希少細胞スキャナ座標を入射することができる。これらの物体に対するｘ座標及びｙ座標は、それぞれ、図１１Ｄの列２６０、２６２の中に入れられる。このシステムは、次いで、或る物体のｘ及びｙの希少細胞スキャナ座標（例えば、ｘ＝１０００、ｙ＝２１３２）を独立座標空間座標（例えば、ｘ＝−１６．１６３６、ｙ＝−２９．３９６６）に変換し、その後、顕微鏡座標空間座標（例えば、ｘ＝−２３０２．７９、ｙ＝４０１８．０１９）に変換する。
【００６３】
或る物体（ｏｂｊｅｃｔ １−ｏｂｊｅｃｔ＋ｎ）の入れられた座標（ｘ＝１０００及びｙ＝２１３２）値（ｖａｌｕｅ（ｘ）、ｖａｌｕｅ（ｙ））の変換を達成する方法が、ここで、以下により詳細に述べられる。これらの値に対して列２６０及び２６２に挿入されたシフトされたスキャナ座標（ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ）は、以下によるものである。
（６５）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｖａｌｕｅ（ｘ）−ｏｒｉｇｉｎ ｘ
（６６）ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｖａｌｕｅ（ｙ）−ｏｒｉｇｉｎ ｙ
【００６４】
ｘ軸方向及びｙ軸方向における物体の回転されたスキャナ座標（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ）は、以下により見出される。
（６７）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））
（６８）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｎｇ））−ｓｈｉｆｔ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｎｇ））
【００６５】
与えられた関係を用いることにより、ｘ軸方向及びｙ軸方向における入れられた座標の独立座標（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ）は、以下により見出される。
（６９）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）−（ｄｓｑｕ*ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ））*ｎｒｍｉｚ’ｘ’
（７０）ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*ｎｒｍｉｚ’ｙ’
【００６６】
取得された独立座標から、列２６０及び２６２に入射されたｘ座標及びｙ座標に対する歪められ換算された顕微鏡座標（ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ）が以下により見出される。
（７１）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*ｈｏｒｉｚ ｓｃａｌｅ＋（ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ１）（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）*（ｔａｎＧａｍａ ｓｃａｌｅ））
（７２）ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｉｎｄｅ−ｓｃａｎ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ｖｅｒｔ ｓｃａｌｅ）
その後、列２６０及び２６２におけるｘ値及びｙ値に対する回転された顕微鏡座標（ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ）が、以下により求められる。
（７３）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））−ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））
（７４）ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）*（ＳＩＮ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））＋ｓｋ／ｓｃｌ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）*（ＣＯＳ（ａｌｐｈａ ｒａｄ））
【００６７】
最後に、列２６０及び２６２からの値が、以下により、最終的に、ｘ軸方向及びｙ軸方向における顕微鏡座標空間に変換される（ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ）。
（７５）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｘ）＋（ｏｒｉｇ ｘ）
（７６）ｃｏｎｖｅｒｔ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＝ｒｏｔａｔｅ−ｓｃｏｐｅ（ｏｂｊｅｃｔ １）（ｙ）＋（ｏｒｉｇ ｙ）
【００６８】
したがって、上述の方法は、第１座標空間における座標点を第２座標空間における座標点に変容させることを可能にする。上の説明は、希少細胞画像スキャナから顕微鏡座標空間への変容に着目されたが、座標変換システム２３０は、この実施に限定されるものではない。それどころか、このシステムは、区別できる画像形成システムの座標空間の間での変換に用いることができる一般化された平坦な物体位置の位置決め工程を教示するように考慮される。
【００６９】
述べられたシステムは、直角三角形のほぼ頂点に配置されたレチクルマークのような少なくとも３つのマークをもつ物体ホルダ（例えば、スライド／サンプル）を利用する。第１の画像形成装置は、次いで、第１座標空間を定め、該第１座標空間におけるレチクルマークが指定される。次に、サンプル又はサンプル画像が、第２の座標空間を定める第２の画像形成装置に与えられ、レチクルマークがこの第２座標空間に指定される。第１座標空間及び第２座標空間からのこれらの指定されたレチクルマークの座標を用いることにより、座標変換パラメータに対する値が計算されて、変容工程を行うのに用いられる。開示される機構は、異なる、おそらくは不完全な座標空間をもつ２つの装置の走査速度がこれらの工程方向に対して垂直ではなくても、及び物体ホルダが不注意に回転されるか、歪められるか、或いは別の方法により動かされたとしても、これらが共に作動することを可能にする。
【００７０】
上の説明においては、源レチクル及びｘレチクルを用いて水平方向軸を定め、該源レチクル及びｙレチクルを用いて水平方向軸を定めた。もちろん、この説明は、この設計に限定されるものではなく、他の軸構成を用いることができる。述べられたステップは、第１座標空間の位置情報の独立座標空間に対するシフトの解消、回転の解消、及び歪みの解消を含むように挙げられた。このシステムは、次いで、独立座標空間の情報を、顕微鏡（又は目標）座標空間に歪め、回転し、かつシフトする。これらのステップは、述べられた順番で行う必要はなく、他のステップを用いてサンプルの位置を求めることもできる。
【００７１】
システム２３０は、図１２に示されるように、逆方向で作動するように十分にモジュール化される。具体的には、或る物体の座標が第２座標空間（すなわち、顕微鏡ヒットデータブロック）に配置され、図１１Ａないし図１１Ｄに関連して前述されたように、座標情報の挿入により、この工程は、この情報を第１座標空間（すなわち、変換された画像座標ブロック）に戻すように変換する。
【００７２】
図１２におけるような逆方向における工程を可能にするこのシステムのモジュール性をより完全に説明するために、図１１Ａ及び図１２の間の比較をする。図１２においては、種々の入力ブロックの識別がわずかに変化されている。具体的には、「スキャナ」ブロックであったものが、ここでは、「顕微鏡」情報を保持するか又は生成するように識別されている。したがって、これらのブロックは、「素数（Ｎ）」として識別される。例えば、図１１Ａにおいては、入力ブロック２３２は、（ｉ）源レチクル、（ｉｉ）ｙレチクル、（ｉｉｉ）ｘレチクル、及び（ｉｖ）サンプルの大きさに対して、希少細胞（ＦＡＳＴ）スキャナから取得されたｘ座標及びｙ座標を保持するか又はこれが入射されたとして識別される。図１２におけるブロック２３２Ｎは、同様の情報を保持するが、これは顕微鏡座標システムからのものである。この情報は、図１１Ａのパラメータブロック２３４及び２３６に述べられた、述べられた関係により用いられる。同じ関係が用いられるため、ブロック２３４及び２３６は、図１２におけるものと同じように番号が付けられることに注意されたい。図１２の入力ブロック２３８Ｎは、図１１Ａの２３８と同じ入力区域を含むが、これは、スキャナ画像座標システムに関連するデータに対するものである。この情報は、図１１Ａないし図１１Ｄと関連して述べられたものと同じ関係を含むパラメータブロック２４０、２４２、及び２４４に用いられる。
【００７３】
同様に、図１２のブロック２４６Ｎ、２４８Ｎ、及び２５０Ｎは、図１１Ａないし図１１Ｄのスキャナ列２４６、２４８、及び２５０と相関する顕微鏡座標システム列である。列２４８及び２５０においては、この関係は、図１１Ａないし図１１Ｄの説明に述べられたものと同じであるが、入射される値は、列２４６Ｎの顕微鏡ヒットデータ値になることに注意されたい。
【００７４】
図１２の独立座標列２５２Ｎは、さらに、図１１Ａないし図１１Ｄの独立座標列２５２と対応する。ここでも、与えられる値は、顕微鏡座標システムからのものであるという区別がある。前述の列に関する説明におけるように、歪められ換算された画像座標列２５４Ｎ、及び回転された画像座標列２５６Ｎに対しても同様の観察がなされる。最後に、列２５８Ｎは、スキャナ座標空間における変換された画像座標を示す。
【００７５】
したがって、このモジュール化システムは、ユーザに対して、単一方向における変容を可能にするだけではなく、２つの座標空間での伝達を可能にする。
【００７６】
図１１Ａないし図１１Ｄ及び図１２のシステム２３０は、ほぼ自動化された作動として設計される。ユーザは、座標情報をブロック２３２及び２３８に入射して、その後、関心のある物体の位置情報を列２６０及び２６２に入れるだけでよい。その後、システムは、自動的に、変換された顕微鏡座標データを与える。
【００７７】
述べられたシステムは、情報の入力を完全に自動化するように設計できることを認識されたい。具体的には、サンプルを画像形成システムに入力することは、該画像形成システムが、ブロック２３２に対する座標位置に関する情報を取得して、自動的にこの情報をソフトウェアプログラムの中に挿入することを可能にする。その後、例えば、図４Ａないし図４Ｃに示されるような通常の伝送工程により、サンプルは、自動的に、顕微鏡システムのようなより高い解像度の装置に移動され、顕微鏡環境における位置が自動的に求められ、さらに、ブロック２３８の中に入れられる。その後、関心のある物体の位置データが、自動的に、ブロック２６０、２６２に与えられる。
【００７８】
さらに、図８及び図９に関する実施形態に戻ると、円形の画像２０２が電子スクリーン画像上に示される。本実施形態においては、さらに、サンプル自体上の物理的なマーキングを表すことが意図されることを認識されたい。具体的には、図１３に示されるように、自動マーキングシステム２６０は、スライド２６４上に直接マーク２６２（円形その他の形態で）を与えるように移動されて位置させられる。マークは、関心のある物体２６６と関連して置かれる。このシステムを用いることにより、関心のある物体の位置に関する恒久的な記録が取得される。顕微鏡システムによる物体の位置決めに対して述べられたものと同じ方法により、印刷のための場所が印刷装置において求められる。マーキングシステムは、十分に小さい量を、ガラスのような適切な基板上に印刷することができるあらゆる周知のマーキングシステムとすることができる。適切なマーキングシステムの例は、とりわけ、圧電プリンタ、音響プリンタ、又はレーザプリンタとすることができる。この印刷工程を用いる利点は、サンプルが、印刷に続いて、物体の場所のデータファイルを伴う必要がないことである。このことは、自動化されていない臨床環境において有益性が見出される実施とすることができる。
【００７９】
本実施形態の別の態様は、スキャナにおけるあらゆる周知の（固定された）非線形欠陥を変換工程に含むことである（すなわち、走査の非線形）。リアルタイムの非線形欠陥は、さらに、述べられた位置測定システムがリアルタイムの位置測定を行うようにすることにより、変換工程において対処することができる。
【符号の説明】
【００８０】
１０：イメージャ
１２：サンプル
１４：生物学的塗抹標本
１６：スライド
２０：ステージ
２４：モータ
４０：光ファイバー束
４８：入射側アパーチャ
５２：出射側アパーチャ
６０：走査用放射線源
８０：電子制御ユニット
９０：信号検出器
９８：光検出器
【特許請求の範囲】
【請求項１】
物体の位置を取得する方法であって、
少なくとも１つの物体を支持し、実質的に直角を形成する位置に配置されたレチクルマークを有するスライドを、第１画像形成システムのスライドホルダに位置決めし、
前記第１画像形成システムの第１座標空間を定義し、
前記第１座標空間において前記レチクルマークの座標を指定し、
第２画像形成システムの第２座標空間を定義し、
前記第２座標空間において前記レチクルマークの座標を指定し、
前記第１座標空間の前記レチクルマークの指定された座標を用いて、座標変換パラメータを計算し、
前記第１座標空間において前記少なくとも１つの物体の座標を指定し、
前記座標変換パラメータを用いて、前記少なくとも１つの物体の前記第１座標空間座標を、前記第２座標空間における独自の座標に変換する
ことからなる方法。
【請求項２】
前記変換が線形法である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第２の座標空間における前記独自の座標が、ｘ−ｙステージの運動を制御するのに用いられる請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の座標空間における前記独自の座標が、物体ホルダ上に識別マークを位置決めして、前記物体を視覚的に識別するように用いられる請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記変換が、さらに、前記第２座標空間から前記第１座標空間に進む請求項１に記載の方法。
【請求項６】
平坦な物体位置の位置決め装置であって、
第１座標空間を有し、画像サンプルの画像の位置データが該第１座標空間の第１座標として定められるようになった第１画像形成システムと、
第２座標空間と、
を備え、
画像形成されたサンプルの画像の位置データが前記第２座標空間の第２座標として定められ、
前記第１座標の位置データを受け取り、該第１座標の位置データに対応する第２座標の位置データを生成するように構成された座標位置変換システムが設けられた、
ことを特徴とする位置決め装置。
【請求項７】
前記第１又は第２の画像形成システムの１つが高速スキャナ走査システムである請求項６に記載の位置決め装置。
【請求項８】
前記高速スキャナシステムが、
生物学的塗抹標本を有するサンプルを支持する並進ステージと、
前記並進ステージ上の前記生物学的塗抹標本を視認する入射側アパーチャを定めるように配置された第１ファイバー端部の近位束端部と、前記入射側アパーチャとは異なる形状に成形され、前記並進ステージから遠い側に配設された出射側アパーチャを定めるように配置された第２ファイバー端部の遠位束端部とを有する光ファイバー束と、
前記入射側アパーチャに対して固定された相対位置に配置され、前記入射側アパーチャの視野領域内にある前記生物学的塗抹標本上で放射線ビームを走査する走査用放射線源と、
を含み、
前記放射線ビームは、前記生物学的塗抹標本と相互作用して、前記入射側アパーチャにより受信され、前記光ファイバー束を介して前記出射側アパーチャに送信される光信号を生成し、
前記遠位束端部において前記光信号を検出するように配置された光検出器と、
前記光検出器により検出された前記光信号を処理して、前記生物学的塗抹標本における希少細胞の存在を識別するようにされたプロセッサと、
が設けられた請求項７に記載の位置決め装置。
【請求項１】
物体の位置を取得する方法であって、
少なくとも１つの物体を支持し、実質的に直角を形成する位置に配置されたレチクルマークを有するスライドを、第１画像形成システムのスライドホルダに位置決めし、
前記第１画像形成システムの第１座標空間を定義し、
前記第１座標空間において前記レチクルマークの座標を指定し、
第２画像形成システムの第２座標空間を定義し、
前記第２座標空間において前記レチクルマークの座標を指定し、
前記第１座標空間の前記レチクルマークの指定された座標を用いて、座標変換パラメータを計算し、
前記第１座標空間において前記少なくとも１つの物体の座標を指定し、
前記座標変換パラメータを用いて、前記少なくとも１つの物体の前記第１座標空間座標を、前記第２座標空間における独自の座標に変換する
ことからなる方法。
【請求項２】
前記変換が線形法である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第２の座標空間における前記独自の座標が、ｘ−ｙステージの運動を制御するのに用いられる請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の座標空間における前記独自の座標が、物体ホルダ上に識別マークを位置決めして、前記物体を視覚的に識別するように用いられる請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記変換が、さらに、前記第２座標空間から前記第１座標空間に進む請求項１に記載の方法。
【請求項６】
平坦な物体位置の位置決め装置であって、
第１座標空間を有し、画像サンプルの画像の位置データが該第１座標空間の第１座標として定められるようになった第１画像形成システムと、
第２座標空間と、
を備え、
画像形成されたサンプルの画像の位置データが前記第２座標空間の第２座標として定められ、
前記第１座標の位置データを受け取り、該第１座標の位置データに対応する第２座標の位置データを生成するように構成された座標位置変換システムが設けられた、
ことを特徴とする位置決め装置。
【請求項７】
前記第１又は第２の画像形成システムの１つが高速スキャナ走査システムである請求項６に記載の位置決め装置。
【請求項８】
前記高速スキャナシステムが、
生物学的塗抹標本を有するサンプルを支持する並進ステージと、
前記並進ステージ上の前記生物学的塗抹標本を視認する入射側アパーチャを定めるように配置された第１ファイバー端部の近位束端部と、前記入射側アパーチャとは異なる形状に成形され、前記並進ステージから遠い側に配設された出射側アパーチャを定めるように配置された第２ファイバー端部の遠位束端部とを有する光ファイバー束と、
前記入射側アパーチャに対して固定された相対位置に配置され、前記入射側アパーチャの視野領域内にある前記生物学的塗抹標本上で放射線ビームを走査する走査用放射線源と、
を含み、
前記放射線ビームは、前記生物学的塗抹標本と相互作用して、前記入射側アパーチャにより受信され、前記光ファイバー束を介して前記出射側アパーチャに送信される光信号を生成し、
前記遠位束端部において前記光信号を検出するように配置された光検出器と、
前記光検出器により検出された前記光信号を処理して、前記生物学的塗抹標本における希少細胞の存在を識別するようにされたプロセッサと、
が設けられた請求項７に記載の位置決め装置。
【図１】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１１Ｄ】
【図１２】
【図１３】
【図２】
【図３】
【図４Ａ】
【図４Ｂ】
【図４Ｃ】
【図５】
【図６】
【図７】
【図８】
【図９】
【図１０】
【図１１Ａ】
【図１１Ｂ】
【図１１Ｃ】
【図１１Ｄ】
【図１２】
【図１３】
【公開番号】特開２０１２−１７７６９７（Ｐ２０１２−１７７６９７Ａ）
【公開日】平成２４年９月１３日（２０１２．９．１３）
【国際特許分類】
【出願番号】特願２０１２−８３６７０（Ｐ２０１２−８３６７０）
【出願日】平成２４年４月２日（２０１２．４．２）
【分割の表示】特願２００４−３５８６９６（Ｐ２００４−３５８６９６）の分割
【原出願日】平成１６年１２月１０日（２００４．１２．１０）
【出願人】（５０１２２８０７１）エスアールアイ インターナショナル (66)
【氏名又は名称原語表記】ＳＲＩ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ
【住所又は居所原語表記】３３３ Ｒａｖｅｎｓｗｏｏｄ Ａｖｅｎｕｅ， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４０２５， Ｕ．Ｓ．Ａ．
【出願人】（３９９０３８６２０）ザ スクリプス リサーチ インスティチュート (51)
【Ｆターム（参考）】
【公開日】平成２４年９月１３日（２０１２．９．１３）
【国際特許分類】
【出願日】平成２４年４月２日（２０１２．４．２）
【分割の表示】特願２００４−３５８６９６（Ｐ２００４−３５８６９６）の分割
【原出願日】平成１６年１２月１０日（２００４．１２．１０）
【出願人】（５０１２２８０７１）エスアールアイ インターナショナル (66)
【氏名又は名称原語表記】ＳＲＩ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ
【住所又は居所原語表記】３３３ Ｒａｖｅｎｓｗｏｏｄ Ａｖｅｎｕｅ， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ９４０２５， Ｕ．Ｓ．Ａ．
【出願人】（３９９０３８６２０）ザ スクリプス リサーチ インスティチュート (51)
【Ｆターム（参考）】
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